계속 사업 중인 원천징수의무자가 원천세 징수유예를 받은 경우 소득귀속자에 대한 종합소득세 부과 시 기납부세액으로 공제함

○○○세무서장이 2020.3.16. 청구인 박AA에게 한 2016년 과세연도 종합소득세 692,362,778원의 부과처분 및 청구인 이BB에게 한 2016년 과세연도 종합소득세 683,407,194원의 부과처분은, 원천징수의무자에게 고지 결정한 갑종근로소득(원천)세 상당액(청구인 박AA에 대한 618,851,991원 및 청구인 이BB에 대한 609,808,082원)을 기납부세액으로 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

• 가. 주식회사 CCCC개발(이하 ‘원천징수의무자’라 한다)은 2005.11.9. 개업하여 현재까지 시 *구 **로 177에서 건설업/전문건설하도급을 영위하고 있는 법인으로, 2011년경부터 청구인들이 공동대표자로 재직 중이다.
• 나. 처분청은 2019.2.11.부터 2019.8.11.까지 원천징수의무자에 대한 법인통합조사를 실시한 결과 가공용역비 등이 확인되어 2019.12.2. 청구법인에게 2016 사업연도 법인세 2,644,073,333원을 경정고지하고, 2016년 귀속 인정상여 소득 합계 3,305,800,000원(청구인 박AA 1,663,900,000원, 청구인 이BB 1,641,900,000원, 이하 ‘쟁점소득’이라 한다)에 대한 소득금액 변동통지를 하였다.
• 다. 원천징수의무자는 2020.2.7. 2017년 2월 귀속분 갑종근로소득세(원천세)를 기한 후 신고하였으나 납부하지 않았고, 이에 처분청은 2020.2.14. 원천징수의무자에게 원천세 1,295,007,690원(이하 ‘쟁점세액’이라 한다)을 고지하였으며, 원천징수의무자는 2020.2.24. 처분청으로부터 쟁점세액의 징수유예 승인(기간: 2020.3.16.∼2020.12.15.)을 받았다.
• 라. 한편, 청구인들은 상여처분된 쟁점소득에 대하여 종합소득세 추가신고를 하지 아니하였고, 처분청은 2020.3.16. 청구인들에게 2016년 과세연도 종합소득세를 부과하면서 쟁점세액을 기납부세액으로 공제하지 아니하고 청구인 박AA에게 692,362,778원을, 청구인 이BB에게 683,407,194원을 각각 경정·고지 하였다.
• 마. 청구인들은 이에 불복하여 2020.4.24. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 처분청은 원천징수의무자에게 소득금액변동통지와 갑종근로소득세 납세고지를 하였으므로, 청구인들에게 종합소득세 부과 시 쟁점세액을 공제하여 주어야 한다. 소득세법제80조 제2항 제2호는 종합소득세 경정사유를, ‘소득세를 원천징수한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 원천징수의무자의 폐업·행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우’로 규정하고 있다. 그러나 원천징수의무자는 사업활동을 활발히 하고 있는 정상사업자이고 청구인들은 원천징수의무자의 공동대표자로 재직 중이므로, 처분청이 소득세법 시행령제192조 제1항에 따라 원천징수의무자에게 소득금액변동통지를 하고 이후 갑종근로소득세 납세고지를 한 것에는 절차상 아무런 문제가 없다.
• 나. 처분청은 원천징수의무자로부터 원천세 징수가 가능하다고 판단하여 징수유예를 승인하였는바, 쟁점세액은 원천징수의무자로부터의 징수가 보장되어 있다. 원천징수의무자는 쟁점세액에 대하여 납세담보를 제공하고 징수유예신청을 하였고, 처분청은 2020.3.2. 원천징수의무자로부터 징수가 가능하다고 판단하여 징수유예를 승인하였다. 즉, 처분청이 원천징수의무자로부터 징수가 보장되었음을 스스로 인정한 것이며, 따라서 청구인들에 대한 종합소득세 부과 시 쟁점세액을 기납부세액으로 공제하지 않은 처분은 위법하다.
• 다. 원천징수의무자에게 정당한 절차에 따라 고지된 쟁점세액을 청구인에 대한 종합소득세 부과 시 기납부세액으로 공제하지 않는 것은 이중과세에 해당한다. 원천징수의무자가 쟁점세액을 고지 받고 적법한 납세담보를 제공하여 징수유예 승인까지 되었음에도 청구인들에게 종합소득세를 부과한 처분은 이중과세의 위법이 있다. 더욱이 청구인들은 일시적인 자금경색으로 인하여 이 건 종합소득세 처분에 대하여 징수유예를 신청해야 하는 상황에서 원천징수의무자가 이미 충분한 납세담보를 제공하였음에도 다시 납세담보를 이중으로 제공하여야 하는 어려움에 처해있다.

• 가. 원천징수의무자가 상여처분된 소득에 대하여 원천징수를 누락한 이상 종합소득세를 부과할 수 있으며, 기납부세액으로 공제하지 않은 것은 정당하다. 원천징수의무자가 해당소득에 대한 원천세 납부여부와 관계없이 원천징수를 한 상태라면 소득 귀속자에 대한 종합소득세 계산 시 기납부세액으로 차감하여야 할 것이나, 원천징수가 되지 않은 경우에는 기납부세액으로 차감할 수 없다. 소득세법제85조 제3항에 의하면 당해 납세의무자에게 부과·징수된 원천징수 대상 소득금액에 대하여는 원천징수의무자에게 가산세액만을 징수하는 것이라고 규정한 점으로 보아 납세의무자에게 직접 소득세를 부과·징수할 수 있는 것이며, 원천징수의무자가 원천징수이행상황 기한 후 신고서를 제출하였다는 사정만으로 소득금액에 대한 원천세를 실제 징수하였다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 징수유예를 받은 점에 비추어 보면 실제 징수하지 아니하였다고 봄이 타당하다. 따라서 청구인에게 상여처분된 소득금액을 합산하여 종합소득세를 과세하면서 원천세 상당액을 기납부세액으로 공제하지 않은 것은 정당하다.
• 나. 원천징수의무자에게 징수고지한 세액에 대하여 원천납세의무자인 청구인에게 종합소득세를 부과하는 것은 이중과세에도 해당하지 않는다. 소득세법제2조에 의하면 개인과 법인은 납세의무를 달리하는 것이고, 인정 상여소득에 대하여 청구인에게 과세된 종합소득세를 납부할 경우에는 법인에 기결정한 원천세 본세를 취소하고 가산세만을 징수하는 것이며, 법인에게 기결정한 원천세액을 법인이 납부하는 경우 청구인에게 부과된 종합소득세 산출세액에서 기납부세액으로 공제하는 것이므로 중복과세의 문제는 발생할 여지가 없다.

• 가. 쟁점

1. 계속 사업 중인 원천징수의무자가 원천세 징수유예를 받은 경우 소득 귀속자에 대해 직접 종합소득세를 부과할 수 있는지 여부

2. (쟁점① 기각시) 종합소득세를 부과하는 경우 원천징수세액을 기납부세액으로 공제할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 1) 소득세법 제20조 【근로소득】

① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 법인세법에 따라 상여로 처분된 금액 2) 소득세법 제76조 【확정신고납부】

① 거주자는 해당 과세기간의 과세표준에 대한 종합소득 산출세액 또는 퇴직소득 산출세액에서 감면세액과 세액공제액을 공제한 금액을 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

③ 확정신고납부를 할 때에는 다음 각 호의 세액을 공제하여 납부한다.

4. 제127조에 따른 원천징수세액(괄호 생략) 3) 소득세법 제80조 【결정과 경정】

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

2. 제137조, 제137조의2, 제138조, 제143조의4, 제144조의2, 제145조의3 또는 제146조에 따라 소득세를 원천징수한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 원천징수의무자의 폐업ㆍ행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우 4) 소득세법 제85조 【징수와 환급】

③ 납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에 국세기본법 제47조의5제1항 에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 세액으로 하여 그 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 국세기본법 제47조의5제1항 에 따른 가산세액만을 징수한다.

1. 납세의무자가 신고ㆍ납부한 과세표준금액에 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액이 이미 산입된 경우

2. 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할 세무서장이 제80조 및 제114조에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과ㆍ징수하는 경우 5) 소득세법 제127조 【원천징수의무】

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

4. 근로소득. (단서 생략) 6) 소득세법 제128조 【원천징수세액의 납부】

① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

② 상시고용인원 수 및 업종 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 원천징수의무자는 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 원천징수세액 외의 원천징수세액을 그 징수일이 속하는 반기(半期)의 마지막 달의 다음 달 10일까지 납부할 수 있다.

1. 법인세법 제67조 에 따라 처분된 상여ㆍ배당 및 기타소득에 대한 원천징수세액 7) 소득세법 시행령 제49조 【근로소득의 수입시기】

① 근로소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

3. 해당 사업연도의 소득금액을 법인이 신고하거나 세무서장이 결정ㆍ경정함에 따라 발생한 그 법인의 임원 또는 주주ㆍ사원, 그 밖의 출자자에 대한 상여 해당 사업연도 중의 근로를 제공한 날. 이 경우 월평균금액을 계산한 것이 2년도에 걸친 때에는 각각 해당 사업연도 중 근로를 제공한 날로 한다. 8) 소득세법 시행령 제134조 【추가신고납부】

① 종합소득 과세표준확정신고기한이 지난 후에 법인세법에 따라 법인이 법인세 과세표준을 신고하거나 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하여 익금에 산입한 금액이 배당ㆍ상여 또는 기타소득으로 처분됨으로써 소득금액에 변동이 발생함에 따라 종합소득 과세표준확정신고 의무가 없었던 자, 세법에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니하여도 되는 자 및 과세표준확정신고를 한 자가 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우 해당 법인(제192조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 거주자가 통지를 받은 경우에는 그 거주자를 말한다)이 제192조제1항에 따른 소득금액변동통지서를 받은 날(법인세법에 따라 법인이 신고함으로써 소득금액이 변동된 경우에는 그 법인의 법인세 신고기일을 말한다)이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가신고납부한 때에는 법 제70조 또는 제74조의 기한까지 신고납부한 것으로 본다. 9) 소득세법 시행령 제192조 【소득처분에 따른 소득금액변동통지서의 통지】

① 법인세법에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분(국제조세조정에 관한 법률 시행령 제25조제6항 에 따라 처분된 것으로 보는 경우를 포함한다)되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 기획재정부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.

④ 세무서장 또는 지방국세청장이 제1항에 따라 해당 법인에게 소득금액변동통지서를 통지한 경우 통지하였다는 사실(소득금액 변동내용은 포함하지 아니한다)을 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 알려야 한다.

• 다. 사실관계

1. 원천징수의무자 법인세 경정 고지 및 소득금액 변동 통지 원천징수의무자는 2005.11.9. 개업하여 현재까지 ○○시 ○○○구 ○○로 177에서 건설업/전문건설하도급을 영위하는 계속사업자이다. 처분청은 2019.2.11.부터 2019.8.11.까지 원천징수의무자의 2016 사업연도에 대한 법인세 일반통합조사를 실시하여 2019.12.2. 아래와 같이 원천징수의무자에게 법인세 2,644,073,333원을 부과하였고, 2019.10.1. 공동대표자인 청구인들을 소득 귀속자로 하여 인정상여처분을 하고 원천징수의무자에게 소득금액 변동 통지를 하였다. (표 생략)

2. 이 건 종합소득세 부과처분 내역

• 가) 청구인들의 당초 종합소득세 신고 내용 청구인들의 2016년 과세연도 종합소득세 신고서에 의하면, 청구인들은 해당 과세연도 근로소득 및 사업소득을 합산하여, 청구인 박AA는 종합소득세 11,200,990원을, 청구인 이BB은 종합소득세 10,539,004원을 신고한 것으로 확인된다. (표 생략) * 신고서상 청구인들이 원천징수의무자로부터 받은 수수료 수입으로 나타남
• 나) 종합소득세 부과처분 내용 원천징수의무자는 소득금액변동통지에 따른 기한 내 원천세 신고 납부를 이행하지 아니하였고, 청구인들은 종합소득세 추가 신고 납부기한인 2019.12.31.까지 쟁점소득에 대한 종합소득세 신고를 하지 않았다. 이에 처분청은 2020.2.5. 청구인들에게 과세예고통지를 한 후 2020.3.16. 아래와 같이 2016년 과세연도 종합소득세 부과처분 부과하면서 쟁점세액을 기납부세액으로 공제하지 아니하였다. (표생략)

3. 원천세 기한후 신고 및 징수유예 승인

• 가) 원천징수의무자는 청구인들에게 과세예고통지서를 발송한 이후인 2020.2.7. 지급년월 2019.10월, 근로소득 지급액 3,305백만원, 징수세액 1,228백만원으로 하여 원천세를 기한 후 신고하였으나 납부하지 아니하였고, 처분청은 2020.2.17. 원천징수의무자에게 원천세 1,295백만원(가산세 포함) 무납부 고지(납부기한: 2020.3.15.)결정을 하였다.
• 나) 원천징수의무자는 위 무납부 고지세액에 대해 징수유예 신청을 하였으며, 2020.2.26. 납세담보를 제공하고 아래와 같이 징수유예 승인을 받았다. <징수유예 승인 기본사항> 성명 주식회사 CCCC개발 (원천징수의무자) 유예기간 2020.3.16.∼ 2020.12.15. 유예종류 국세징수법 제17조 에 의한 징수유예 유예사유 사업이 중대한 위기에 처한 경우 승인일 2020.2.26. 신청세액 1,295백만원 납세담보제공 ㈜DDDDD로부터 받을 합의금 채권 구체적 사유 경기불황으로 인해 사업이 부진하고, 일시적인 자금경색으로 인해 현금 유동성이 없는 상태임 원천징수의무자는 ㈜DDDDD로부터 받을 합의금채권 150억원(2018.9.28. 합의서 작성)을 납세담보로 제공하였으며, 처분청은 위 채권을 납세담보로 제공받아 질권을 설정하고 2019.12. 원천징수의무자에게 고지한 2016사업연도 법인세 2,644백만원 및 쟁점소득에 대한 원천세 1,295백만원 징수유예 승인을 한 것으로 나타남

4. ㈜DDDDD에 대한 합의금 채권 관련 사항

• 가) 사업자 기본사항 및 주주 현황 ㈜DDDDD는 2015.9.4. 개업하여 ○○광역시 ○○○구 ○○○○로 97에서 건설업/주택신축판매업을 영위하고 있는 법인이다. ㈜DDDDD의 주주현황을 NTIS에서 조회한 결과, 청구인들은 2015년말 ㈜DDDDD의 지분을 각각 26%씩 보유하고 있는 주주였으나 2016년경 박EE과 박FF에게 보유지분을 모두 양도한 것으로 나타난다. (표 생략)
• 나) 부동산 매매 및 사업부지 양수도 계약(2016. 5월) 원천징수의무자가 납세담보로 제공한 ㈜DDDDD에 대한 합의금 채권과 관련하여 2016. 5월 원천징수의무자와 ㈜DDDDD 사이에 작성된 부동산 매매 및 사업부지(사업권 포함) 양수도 계약서에 의하면, 원천징수의무자는 ㈜DDDDD에게 ○○시 ○○○구 HH동3구역 도시환경정비사업지구 내 ○○ ○○○구 ○○ 13○○-○ 외 12필지(434.86평)에 대한 부동산, 사업부지 및 사업권 일체를 229억원에 양도하였으며, 위 사업부지 등 양수도 계약은 2015.8.29.자 원천징수의무자와 ㈜HHHHH 간 체결된 약정서 및 토지매매계약서를 승계하는 것으로 되어 있다.
• 다) 원천징수의무자와 ㈜DDDDD 간 합의서(’18.9.28) 원천징수의무자가 ’18.9.28. ㈜DDDDD와 사이에 위 사업부지 및 사업권의 양도와 관련하여 작성한 합의서에 의하면, ㈜DDDDD가 원천징수의무자에게 지급하여야 할 합의금은 180억원으로 하고, 그 중 30억원은 ’18.10.18.까지, 나머지 150억원은 사업과 관련한 공동주택의 준공승인을 받은 날부터 3개월 이내에 현금으로 지급하기로 약정한 내용이 나타난다. * 위 합의금의 원인이 된 ’15.8.29.자 약정서는 제출되지 않음
• 라) 시공사 II건설 및 JJ종합금융증권(주)의 신탁계좌 자금집행 동의 공문 원천징수의무자와 ㈜DDDDD 간 합의서(’18.9.28)에 따라 시공사인 II건설과 JJ종합금융증권(주)는 원천징수의무자 및 ㈜DDDDD에게, 원천징수의무자가 ㈜DDDDD를 대위하여 사업의 제반사업비를 정산(PF대출금 상환 및 공사비 지급 등) 완료 시(준공승인 후 3개월 이내에 완료되지 않은 때에는 그와 상관 없이) 신탁계좌에서 150억원을 인출 집행하는 데 동의한 사실이 확인된다.
• 마) ㈜DDDDD가 납세보증과 관련하여 회신한 문서 ㈜DDDDD는 2020.1.30. 원천징수의무자에게, 원천징수의무자가 징수유예 신청한 세금 4,016백만원에 대하여 2020.12.31.까지 납부 보증한다는 내용의 문서를 회신한 사실이 확인된다.

5. 원천징수의무자 체납 유무 조회 NTIS에서 조회한 결과 원천징수의무자의 현재 체납세액은 없는 것으로 확인된다.

6. 청구인 박AA 재산에 대한 압류 처분청은 2019.10.1. 쟁점소득에 대한 소득금액변동 통지를 한 후, 청구인 박AA가 비주거용 건물 임대업을 영위 중인 부동산(서울 ○○○구 AA동 78-37, 같은 동 78-3 소재 토지 및 건물)에 대해 2019.12.23. 국세 확정 전 보전압류(보전압류사유: 국세포탈, 예상국세 686백만원)를 실시하였다. 한편, 청구인들은 이 건 종합소득세 부과처분에 대하여 징수유예승인 신청을 하였으나, 청구인 이BB에 대해서는 승인 거부되어 현재 체납상태이고, 청구인 박AA의 경우 위 압류된 부동산이 납세담보로 적정하다고 인정되어 2020.3.31. 징수유예가 승인(유예기간 2020.4.1.∼2020.12.31.)되었다.

• 라. 판단

1. 쟁점①에 대한 판단

• 가) 관련법리 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액은 소득세법제20조 제1항 제3호에 따른 근로소득세 과세대상이고, 당해 사업연도 중에 근로를 제공한날이 근로소득의 수입시기가 되므로 소득 귀속자의 종합소득세 납세의무는 당해 소득이 귀속된 과세기간이 종료하는 때 성립하는 것이며, 갑종근로소득이 원천세를 징수할 소득이라 하더라도 그 소득이 소득세법 소정의 종합소득과세표준에 합산하여 신고하여야 할 소득으로서 원천징수가 누락되었다면 그 소득자에 대하여 종합소득세로서 이를 부과할 수 있는 것이다(대법원 1981.9.22. 선고 79누347 전원합의체 판결 등 참조).
• 나) 계속 사업 중인 원천징수의무자가 원천세 징수유예를 받은 경우 소득 귀속자에 대해 직접 종합소득세를 부과할 수 있는지 여부 이상의 사실관계, 관련 법리 및 아래와 같은 사정 등을 종합하여 살펴보면, 쟁점소득이 원천세를 징수할 소득이라 하더라도 청구인들에게 직접 종합소득세를 부과할 수 있다고 봄이 타당하다.

① 청구인들은 2016년 근로소득 외 사업소득이 발생하여 해당 과세연도 종합소득세 확정신고를 한 자들이고, 종합소득 과세표준 확정신고기한이 지난 후에 쟁점소득이 상여처분되어 소득금액에 변동이 발생함에 따라 쟁점소득을 종합소득 과세표준에 합산하여 추가신고를 하여야 하나 이를 이행하지 아니하였다.

② 원천징수의무자는 원천징수이행상황신고서를 기한 후 제출하였으나 원천세액을 납부하지 않았고, 쟁점세액 무납부 고지결정을 받고 징수유예 승인 신청을 한 사실에 비추어 보면 원천징수가 이루어지지 않은 것으로 보인다.

③ 소득세법제80조 제2항은 “제70조에 따른 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다”고 규정하고 있고, 제1호는 “신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우”를 규정하고 있으므로, 법인세법에 의하여 상여 처분된 쟁점소득은 청구인들이 종합소득과세표준에 합산하여 신고하여야 할 소득에 해당하고, 이에 대한 원천징수 및 합산신고가 누락된 이상 청구인들에게 직접 종합소득세로서 부과할 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 쟁점소득을 청구인들의 2016년 과세연도 종합소득 과세표준에 합산하여 종합소득세를 경정한 것에는 잘못이 없다고 판단된다.

2. 쟁점②에 대한 판단

• 가) 관련법리 소득세법제76조 제3항 제4호는 거주자는 해당 과세기간의 종합소득세 확정신고 납부 시 제127조에 따른 원천징수세액을 공제하여 납부하는 것으로 규정하고 있고, 원천징수의무자에 의하여 원천세가 징수된 후에는 원천징수의무자가 이를 세무관서에 납부하지 아니하였다는 사유로 납세의무자에게 다시 이를 부과할 수 없는 것이다(대법원 1981. 10. 13. 선고 80누288 판결 등 참조).
• 나) 종합소득세를 부과하는 경우 원천징수세액을 기납부세액으로 공제할 수 있는지 여부 이상의 사실관계, 관련 법리 및 아래와 같은 사정 등을 종합하여 살피건대, 쟁점소득에 대한 종합소득 산출세액에서 원천징수세액을 기납부세액으로 보아 공제함이 타당하다고 판단된다.

① 원천징수의무자는 심리일 현재 계속 사업 중인 법인이고 청구인들은 원천징수의무자의 공동대표자로 재직 중에 있으므로, 원천징수의무자가 사실상 폐업상태라는 등 원천징수의무를 정상적으로 이행하기 어려운 상태에 있다고 보기 어렵다.

② 원천징수의무자는 쟁점소득에 대한 소득금액변동통지서를 받고 2020.2.10. 원천징수이행상황 기한 후 신고서를 제출하였으며, 원천세액이 납부되지는 않았으나 원천징수의무자가 경기불황에 따른 사업 부진과 일시적 자금경색으로 현금 유동성이 부족하다는 이유로 쟁점세액의 징수유예를 신청하였고, 처분청은 2020.2.26. 원천징수의무자의 ㈜DDDDD에 대한 채권 150억원을 납세담보로 제공받은 후 징수유예를 승인(유예기간: 2020.3.16.∼2020.12.15.)하여 현재 유예기간 중이다.

③ 또한 원천징수의무자와 ㈜DDDDD 사이에 2018.9.28. 작성한 합의서에 의하면 원천징수의무자는 ㈜DDDDD로부터 ○○ ○○○구 HH동3구역의 도시환경정비사업과 관련하여 공동주택의 준공승인일로부터 3개월 이내에 합의금 150억원을 지급받기로 하였고, ㈜DDDDD는 원천징수의무자에게 2020.12.31.까지 쟁점세액의 납부를 보증하였으며, 시공사 II건설 및 JJ종합금융증권(주)이 본 사업의 PF상환 완료 시(공동주택 준공승인일로부터 3개월 이내) 신탁계좌에서 우선적으로 원천징수의무자에 대한 합의금 150억원을 변제하는데 동의한 사실이 확인되는바, 원천징수의무자로부터 납세담보로 제공받은 채권의 회수가능성이 없어 조세채권의 일실이 우려되는 상황으로 보이지도 않는다. 따라서 쟁점세액이 실제 납부되지는 않았으나 쟁점세액은 1차적으로 원천징수의무자에게 과세하는 것이고, 쟁점세액에 대한 조세채권이 이미 확보되어 있다고 보이는 이상 소득의 귀속자인 청구인들에게 종합소득세를 과세함에 있어 원천징수세액을 기납부세액으로 공제하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.