조세심판원 심사청구 종합소득세

기한후신고 결정시 신고납부불성실가산세를 부과한 처분이 위법 부당하다는 청구주장의 당부

사건번호 심사-소득-2020-0016 선고일 2020.04.22

합병절차에서 발생한 의제배당을 기타소득으로 신고하였다고 하여 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어려움

1. 처분내용
  • 가. 청구인은

○○ 도

○○ 시

○ 면

○○ 리 5**-*에 소재한 사업장 폐기물 중간 처리업체인 S S S개발(주)(이하 “피합병법인”이라 한다)의 주주로, 2016. 11. 24. 피합병법인이 (주)○○에너지(이하 “합병법인”이라 한다)에 흡수합병되면서 피합병법인이 보유하던 폐기물중간처분업 허가권 등 영업권을 매도하였고, 합병법인은 영업권 매매대금 총 1,925,000,000원(이하 “쟁점 영업권 매매대금”이라 한다)을 피합병법인 주주들의 기타소득으로 보아 기타소득세를 원천징수하였으며, 청구인은 본인의 주식 보유비율 (25%)에 해당하는 금액 481,250,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 2017년 과세연도 종합소득세 신고시 기타소득으로 하여 신고하였다.

  • 나. 처분청은 2019. 9. 2.~ 2019. 9. 21.까지 피합병법인의 2016 사업연도에 대한 법인세 통합 조사를 실시하여, 2019. 9. 19. 쟁점 영업권 매매대금은 피합병법인의 합병대가에 해당하며 이를 신고 누락하였다고 하여 동 금액을 피합 병법인의 2016년 사업연도 익금에 가산하여 법인세 164,158,230원을 부과하고, 합병대가 1,925백만원에서 주식취득가액 500백만원을 차감한 1,425백만원이 주주들의 의제배당금액 에 해당된다는 내용의 세무조사결과통지를 하였으며, 주주들의 주소지 관할 세무서로 관련 과세자료를 통보하였다. 청구인의 의제배당금액: 356,250,000원(= 481,250,000원 - 125,000,000원, 이하 “쟁점의제배당액”이라 함))
  • 다. 청구인은 세무조사결과통지 내용에 따라 2019.

10. 31. 2016년 과세연도 종합소득세 기한후신고를 하였고, 처분청은 청구인에 대한 기한후신고 결정 시 과소납부한 세액 47,972,740원과 함께 무신고가산세 13,594,550원과 납부불성실가산세 17,828,723원(이하 무신고 가산세와 함께 “쟁점가산세”라 한다)을 가산하여 79,396,023원을 과세예고 통지한 후 2020. 1. 7. 동 금액을 고지하였다.

  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2020. 2. 26. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장
  • 가. 사실관계

1. 피합병법인과 합병법인은 합병계약에 따라 2016. 11. 24. 합병등기를 하고 합병대가 5,000,000원에 대한 주식을 피합병법인 주주들에게 발행 교부하였는데, 이보다 앞선 2016. 10. 4. 피합병법인을 매도자로, 합병법인을 매수자로, 매매대금을 1,925백만원으로 하는 허가권(영업권등) 매매계약서를 작성하였다가 2016. 11. 24. 매도자를 피합병법인의 주주들로 변경하는 영업권매매계약변경계약서를 작성한 사실이 있다.

2. 한편, 합병법인은 쟁점 영업권 매매대금 지급시 동 금액은 피합병법인 주주들의 기타소득에 해당한다고 보아 기타소득세를 원천징수하여 납부하고 청구인 등에게 기타소득 원천징수영수증을 교부하였으며, 청구인은 2017년 과세연도 종합소득세 신고시 기타소득으로 하여 종합소득세 과세표준 확정신고를 마쳤다.

3. 처분청은 쟁점 영업권 매매대금은 피합병법인에 대한 합병대가로서 법인세법 제16조 제1항 제5호 에 의한 의제배당에 해당되며, 합병등기일인

2016. 11. 24.이 속하는 사업연도가 배당소득 수입시기이므로 이를 기준으로 세법상 신고․납부의무를 이행하여야 함에도 2016년에 대한 종합소득세 확정신고기한인 2017. 5. 31.까지 신고․납부하지 않았다는 이유로 과소납부한 세액에 쟁점가산세를 포함하여 부과처분 하였다.

  • 나. 처분의 부당성

1. 법인세 조사에 따른 이 건 배당처분의 경우 소득세법 집행기준 70-134-1(인정상여 등 소득처분에 따른 추가 신고납부 및 가산세 적용)에서

• 종합소득세 과세표준 확정신고기한이 지난 후에 배당, 상여 또는 기타소득으로 처분됨으로써 소득금액에 변동이 발생함에 따라 종합소득과세표준 확정신고 의무가 없었던 자가 소득세를 추가 납부해야 하는 경우 해당 법인(또는 거주자)이 소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가신고납부한 때에는 과세표준확정신고기한까지 납부한 것으로 본다고 규정되어 있고,

• 청구인은 세무조사통지서를 받은 날의 다음달 말일까지 종합소득세 과세표준 확정신고를 하였으므로 쟁점가산세를 부과하는 것은 위법․부당하다.

2. 이 건 영업권 매매금액이 합병대가로서 의제배당소득에 해당되어 원천징수 관련 신고 및 납부 등 세법상 의무를 이행해야 할 자는 피합병법인이고, 청 구인은 피합병법인으로부터 배당금액이나 원천징수 내용 등의 통지를 받았을 때에 세법상 신고․납부 의무를 이행할 수 있는바,

• 청구인은 피합병법인으로부터 배당소득에 대한 원천징수를 당하지도 않았고, 배당소득 원천징수 영수증을 수령한 사실도 없으며, 배당소득금액이 얼마인지도 모르기 때문에 배당소득에 대한 신고를 할 수 없었다.

• 따라서, 피합병법인에게 세법상 의무 위반에 따른 가산세 등을 부과하는 것은 별론으로 하고 청구인은 당초 합병법인으로부터 통지받은 내용에 따라 신고 기한 내에 종합소득세 신고를 하였고, 처분청의 세무조사통지에 대하여도 통지를 받은 다음달 말일까지 종합소득세 신고를 하였는바, 세법상 할 수 있는 모든 신고․납부의무를 다하였음에도 가산세를 부과하는 것은 부당하다. 3) 영업권 매매대금의 소득 분류 및 원천징수 등은 피합병법인 또는 합병법인이 하는 것이고, 청구인은 피합병법인으로부터 아무런 통지를 받지 않은 상태 에서 세법상 신고․납부를 할 수 없었으며, 청구인이 조세부담을 경감하려고 고의로 소득 분류를 사실과 다르게 한 것도 아니다.

• 소득 분류 착오에 의한 과소납부 부분에 대하여 납부불성실 가산세는 부과 한다 하더라도, 청구인이 할 수 있는 신고의무는 다하였는바, 무신고가산세를 부과하는 것은 위법․부당한 처분이므로 취소해주기 바란다.

3. 처분청 의견
  • 가. 청구인의 쟁점의제배당소득은 소득금액변동통지 대상이 아님

1. 법인간 합병이 발생하는 경우 피합병법인 주주는 보유하고 있던 주식의 소멸 대가로 합병법인 주식을 교부받게 되고, 경우에 따라 일정한 금전보상도 함께 받게 되는데, 해당 합병에 따라 피합병법인의 주주가 받은 대가는 ‘피합병법인 주식의 소멸대가’에 해당하는 것이고 이 소득은 본래 ‘자본이득(양도소득)’에 해당하는 것이며,

• 다만, 우리 세법은‘기업경영의 성과인 잉여금 중 사외에 유출되지 않고 법정 적립금, 이익준비금 기타 임의적립금 등의 형식으로 사내에 유보된 이익이 법인의 해산 등의 사유로 주주나 출자자에게 환원되어 귀속되는 경우에 이러한 이익은 실질적으로 현금배당과 유사한 경제적 이익이므로 과세형평의 원칙에 비추어 이를 배당으로 의제하여 과세하고 있다(대법원 91다10565, 1991.9.10.).

2. 구 소득세법 시행령제192조 제1항은 소득금액변동통지의 대상으로 “법인세법에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당” 등을 그 대상으로 삼고 있고, 같은 법 시행령 제134조는 추가 신고시 가산세를 부과하지 않는 소득금액에 대하여 ‘법인세 과세표준을 신고하거나 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하여 익금에 산입한 금액’이라고 규정하고 있으며,

• 구법인세법제67조는 소득처분 대상금액을 ‘법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액’이라고 규정하고, 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호는 ‘익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당’ 등으로 처분하도록 하고 있다.

3. 우리 세법 어디에도 ‘의제배당’ 처분은 존재하지 않으며, 법인의 과세표준(법인소득금액)을 결정 또는 경정하면서 동 금액이 사외로 유출된 경우 소 득 처분을 그 귀속자에 따라 배당(귀속자가 주주 등인 경우) 등으로 처분하도록 하고 있을 뿐이다.

• 이는 전술한 바와 같이 합병 등으로 발생한 의제배당의 성격이란 단순히 피합병법인의 주주 입장에서 소멸하는 주식에 대한 대가로 수령한 것일 뿐 이 의제배당이 피합병법인의 과세표준(소득금액)에 대한 변동에 따라 지급받는 것이 아니기 때문이다.

4. 처분청의 세무조사에서 피합병법인이 영업권매매대가 중 순자산가액을 초과하는 금액에 대하여 익금으로 세무조정하지 않은 부분에 대하여 해당 영 업권의 취득가액을 초과하는 대가를 ‘익금’에 가산하는 세무조정이 이 루어져 마치 해당 세무조정과 피합병법인의 주주가 받는 합병대가 사이에 상관관계가 존재하는 것으로 오해할 수도 있으나,

• 피합병법인의 주주는 피합병법인의 과세표준에 가산한 영업권의 대가를 ‘의제배당’으로 인식하는 것이 아니라 당초 본인이 소유하는 주식의 취득가액을 초과하여 분배받는 합병대가의 총액을 ‘의제배당’으로 신고할 의무가 있을 뿐인 것으로, 두 대가 사이에는 직접적인 연관이 없다. 5) 법인세법 제67조 에 의하여 법인의 과세표준(법인소득금액)을 결정 또는 경 정하면서 처분하는 금액은 주주가 해당법인의 매출누락 금액을 수취한 경우 등과 같이 주주가 가득한 금액이 직접적으로 법인의 익금(손금불산입)을 구성하는 사례를 의미하는 것이나,

• 청구인이 의제배당으로 인식할 금액은 청구인이 보유하던 주식의 취득가액을 초과하는 합병대가이고, 피합병법인이 익금으로 계상할 금액은 피합병법인의 순자산가액을 초과하여 수령하는 양도대가이므로 두 금액은 같은 금액이 아닌 것이고 따라서 피합병법인의 과세표준(소득금액)을 경정하는 금액이 청구인의 의제배당으로 처분되는 것이 아니다.

6. 구 소득세법 시행령 제46조 제5호 에서 합병으로 소멸할 경우 의제배당 수입시기를 ‘그 합병등기를 한 날’이라고 규정하고 있고, 같은조 제6호에서 ‘법인세법에 의하여 처분된 배당’에 대하여 ‘당해 법인의 당해 사업연도의 결산확정일’이라고 규정하고 있는바, 쟁점의제배당이 법인의 과세표준(소득금액)을 결정․경정하면서 이루어지는 처분에 해당한다면 그 소득 금액의 수입시기를 별도로 규정할 이유가 없는바, 이러한 점으로 보더라도 의제배당은 법인세법에 의해 처분되는 배당이 아니라는 것이 명확하다. 7) 따라서 쟁점의제배당은 법인세 조사에 의한 배당처분이며 따라서 세무조사통지를 받은 다음달 말일까지 종합소득세 신고를 하였으므로 청구인에게 가산세를 부과하는 것은 위법 부당하다는 주장은 이유가 없다.

  • 나. 쟁점의제배당소득을 신고․납부하지 않은 데에 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

1. 청구인은 피합병법인으로부터 원천징수를 당하지 않은 상황에서 배당소득금액이 얼마인지 몰랐고, 영업권 대가에 대한 소득 분류 및 원천징수 등은 피합병법인이 해야 하는 사항으로서 아무런 통지를 받지 않은 상태에서 세법상 신고․납부를 할 수 없었던 정당한 사유가 존재하므로 신고불성실가산세를 부과하는 처분이 위법하다고 주장하고 있으나,

• 구상법제522조 이하의 규정에 따르면 회사가 합병을 함에 있어 합병계약서를 작성하여 주주총회의 승인을 얻어야 하며, 합병계약서 및 흡수합병 계약서에는 소멸하는 회사의 주주에 대한 신주의 배정 또는 자기주식의 이전에 관한 이유 등을 기재하도록 하고 있으며, 합병에 대하여 반대하는 주주에게는 주식매수청구권을 주도록 하고 있는바,

• 결국, 정당한 상법상의 규정에 의한 합병절차에서 발생하는 의제배당에 대하여는 해당 주주 개인이 본인이 보유하는 피합병법인 주식의 취득가액과 그 취득가액을 초과하여 배분받게 되는 합병대가를 모두 인지할 수 있었다고 할 것인데, 본인의 의제배당 소득금액이 얼마인지 전혀 알 수 없다고 주장하는 것은 신의칙의 관점에서 납득할 수 없다.

2. 청구인이 제출한 서류 및 처분청의 세무조사 관련 서류에 의하여 확인되는 바와 같이 통상 합병계약의 당사자인 합병법인과 피합병법인간에 작성되어야 할 합병대가에 대한 사항(허가권에 대한 매매계약)을 당초 피합병법인이 계약 당사자로 진행하다가 청구인 등 피합병법인의 주주가 직접 계약 당사자로 참가하여 계약을 체결한 정황 등을 미루어 볼 때,

• 쟁점의제배당에 대한 소득분류 및 원천징수 등은 피합병법인이나 합병법인이 하는 것이므로 청구인이 아무런 통지를 받지 않은 상태에서는 세법상 신고 ․납부를 할 수 없었다는 주장은 인정할 수 없다(물론 해당 영업권 매매계약을 피합병법인과 합병법인 간에 체결하였다 할 지라도 사정이 달라지지는 않음). 3) 가산세는 납세의무자에게 부여된 협력의무 위반에 대한 책임을 묻는 행정적 제재이며, 납세의무자가 각종 의무를 위반한 경우에 납세자의 고의․과실은 고려되지 않고, 법령의 부지․착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다고 할 것인데(대법원 2002두10780, 2004.6.24.선고 등 다수), 청구인은 가산세를 부과할 수 없는 사유로 오직 본인의 부지 만을 주장하고 있으므로 그 청구를 인정할 수 없다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 기한후신고 결정시 쟁점가산세를 부과한 처분이 위법 부당하다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령 1) 소득세법 제17조 【배당소득】

① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 의제배당(擬制配當)

4. 법인세법에 따라 배당으로 처분된 금액

② 제1항 제3호에 따른 의제배당이란 다음 각 호의 금액을 말하며, 이를 해당 주주, 사원, 그 밖의 출자자에게 배당한 것으로 본다.

4. 합병으로 소멸한 법인의 주주ㆍ사원 또는 출자자가 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인으로부터 그 합병으로 취득하는 주식 또는 출자의 가액과 금전의 합계액이 그 합병으로 소멸한 법인의 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

③ 배당소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액으로 한다. 다만, 제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 배당소득 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 배당을 제외한 분(分)과 제1항제5호에 따른 배당소득 중 대통령령으로 정하는 배당소득에 대해서는 해당 과세기간의 총수입금액에 그 배당소득의 100분의 11(2009년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지의 배당소득분은 100분의 12)에 해당하는 금액을 더한 금액으로 한다. 2) 소득세법 시행령 제46조 【배당소득의 수입시기】 배당소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

5. 법 제17조제2항제3호ㆍ제4호 및 제6호의 의제배당

  • 나. 법인이 합병으로 인하여 소멸한 경우에는 그 합병등기를 한 날

6. 법인세법에 의하여 처분된 배당: 당해 법인의 당해 사업연도의 결산확정일 3) 소득세법 시행령 제192조 【소득처분에 따른 소득금액변동통지서의 통지】

법인세법에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분(국제조세조정에 관한 법률 시행령 제25조제6항 에 따라 처분된 것으로 보는 경우를 포함한다)되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 기획재정부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.

④ 세무서장 또는 지방국세청장이 제1항에 따라 해당 법인에게 소득금액변동통지서를 통지한 경우 통지하였다는 사실(소득금액 변동내용은 포함하지 아니한다)을 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 알려야 한다. 4) 소득세법 시행령 제134조 【추가신고납부】

① 종합소득 과세표준 확정신고기한이 지난 후에 법인세법에 따라 법인이 법인세 과세표준을 신고하거나 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하여 익금에 산입한 금액이 배당ㆍ상여 또는 기타소득으로 처분됨으 로써 소득금액에 변동이 발생함에 따라 종합소득 과세표준 확정신고 의무가 없었던 자, 세법에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니하여도 되는 자 및 과세표준확정신고를 한 자가 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우 해당 법인(제192조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 거주자가 통지를 받은 경우에는 그 거주자를 말한다)이 제192조제1항에 따른 소득금액변동통지 서를 받은 날(법인세법에 따라 법인이 신고함으로써 소득금액이 변동된 경우에는 그 법인의 법인세 신고기일을 말한다)이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가신고납부한 때에는 법 제70조 또는 제74조의 기한까지 신고납부한 것으로 본다. (이하 생략) 5) 법인세법 제67조 【소득처분】 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 6) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

  • 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 7) 국세기본법 제45조의3 【기한 후 신고】

① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.

② 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다.

③ 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출하거나 제45조제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 과세표준수정신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정 또는 경정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.

④ 기한후과세표준신고서의 기재사항 및 신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 8) 국세기본법 제47조의2 【무신고가산세】

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법, 농어촌특별세법종합부동산세법에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 과세표준 신고(소득세법 제70조 및 제124조 또는 법인세법 제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고만 해당한다)를 하지 아니한 자가 소득세법 제160조제3항 에 따른 복식부기의무자(이하 "복식부기의무자"라 한다) 또는 법인인 경우에는 각각 무신고납부세액의 100분의 20에 상당하는 금액과 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 가산세로 하고, 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제48조제1항, 제49조제1항 및 제67조에 따른 신고를 하지 아니한 경우로서 같은 법 또는 조세특례제한법에 따른 영세율이 적용되는 과세표준(이하 "영세율과세표준"이라 한다)이 있는 경우에는 무신고납부세액의 100분의 20에 상당하는 금액과 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 9) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.

1. 법정신고기한이 지난 후 제45조에 따라 수정신고한 경우(제47조의3에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

  • 가. 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액
  • 나. 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액
  • 다. 법정신고기한이 지난 후 1년 초과 2년 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 법정신고기한이 지난 후 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 한 경우(제47조의2에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 결정할 것을 미리 알고 기한후과세표준신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

  • 가. 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 기한 후 신고를 한 경우: 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액
  • 나. 법정신고기한이 지난 후 1개월 초과 6개월 이내에 기한 후 신고를 한 경우: 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액 다. 사실관계

1. 피합병법인 기본사항

○ 국세통합전산망에 따르면, 피합병법인은 2000. 7. 1. ○○도 ○○시 ○○동 3**-*에서 사업장폐기물중간처리업을 주업종으로 하여 사업개시 하였으며, 2016. 12. 1. 사업부진으로 폐업신고한 것으로 나타난다. 상호 대표자 사업장 개업일 폐업일 주업종 부업종 SSS개발 (주) C C C

○○ 시

○ 면

○○ 리 5**-* 2000.7.1 2016.12.1 서비스/사업장 폐기물중간처리업 서비스/지정폐기물중간처리업 서비스/일반폐기물수집운반

• 피합병법인의 2015년말 주주현황은 다음과 같다. (%, 원) 성명 주식수 지분율 자본금 관계 YYY 25,250 25.25 126,250,000 CCC 4,750 4.75 23,750,000 대표이사 CTT 45,000 45.00 225,000,000 지배주주 청구인 25,000 25.00 125,000,000 부모 합계 100,000 100.00 500,000,000

2. 합병계약서 및 합병법인 등기사항전부증명서 내역

○ 피합병법인은 2016. 11. 24. 합병법인에 흡수합병되었으며, 청구인이 제시한

2016. 10. 17.자 합병계약서에 따르면,

• 제5조 및 제6조에서 합병법인은 합병시 보통주식 1,000주(주당 5,000원)를 발행하고 합병기일 (2016. 11. 22.)에 피합병법인의 주주에게 주식 100주당 합병법인 주식 1주를 교부하는 것으로 기재되어 있으며,

• 제7조에서 2016. 10. 17. 주주총회를 개최하여 계약을 승인하고 합병에 관하여 필요한 사항을 결의하는 것으로 되어 있다.

• 또한, 제13조(사업권 및 허가권 등의 승계 조항)에서 ‘별첨 1. 인허가신고사항 * 에 기재된 허가, 신고, 등록에 대한 권리 외 기타 사업권 및 허가권 등에 관하여 폐기물관리법 제33조 에서 정한 바와 같이 피합병법인의 권리와 의무 모두 합병법인에게 승계하는 것을 원칙으로 한다’고 기재되어 있다.

○ 합병법인의 등기사항전부증명서의 기타사항에서 피합병법인을 합병하고

2016. 11. 24. 등기한 사실과 같은 날 주식수 1,000주와 자본금 5,000,000원이 증가한 사실이 확인된다. <참고> 합병법인 기본사항 상호 대표자 사업장 개업일 주업종 부업종 주식회사 ○○에너지 최○○ 외1

○○

○○ 시

○ 면

○○ 리 5**-* 2016.8.26 서비스/ 폐기물소각 서비스/ 산업폐기물 수집처리 등

3. 허가권(영업권등) 매매계약서 및 영업권 매매계약변경계약서

○ 청구인이 제시한 2016. 10. 4.자 허가권(영업권등)매매계약서에 따르면, 매도자 피합병법인, 매수인 합병법인은 피합병법인 소유의 무형자산 일체를 매도․매수하기로 하였으며 주요 내용은 다음과 같다. 제1조(매매목적물)

• 무형자산

• ‘별지2’에 기재된 매도자가 보유한 ‘사업인허가권 * 일체’ 제2조(매매대금)

1. 본 계약 목적물의 매매대금은 총 1,925,000,000원으로 한다. 단 본 계약의 매매목적물 매매이후 발생하는 본 계약과 관련하여 발생하는 제세공과금(취등록세 등)은 매수자가 부담한다 제3조(매매대금의 지급) ‘매수자’는 본 계약에 대한 매매대금으로 계약금 242,000,000원을 2016. 10. 4.까지 지급하며, 중도금으로 300,000,000원을 2017. 1월 중에 지급하고 잔금 1,383,000,000원을 2017. 2.28.까지 ‘매도자’에게 지급한다. (이하 생략)

○ 청구인이 제출한 2016. 11. 24.자 영업권 매매계약 변경계약서에 따르면, 합병법인과 피합병법인이 2016.10.4.자 계약체결한 자산매매계약에 대한 변경계약을 체결하였으며, 원계약에 대한 계약변경은 다음과 같다. 구분 당초 변경 계약금액 일금 일십구억이천오백만원 (₩1,925,000,000) 변경없음 매매대가 지급

① 계약금: 242,000,000원 (2016.10.4)

② 중도금: 300,000,000원 (2017.1월중)

③ 잔금: 1,383,000,000원 (2017.2.28)

① 계약금: 242,000,000원(2016.10.4)

② 중도1차: 300,000,000원(2017.1.23)

③ 중도2차: 800,000,000원(2017.2.27)

④ 중도3차: 200,000,000원(2017.6.30)

⑤ 잔금: 383,000,000원(2017.7.17) 매도인 피합병법인 대표이사 CCC CCC(6-) YYY(6-) CTT(6-) 청구인(4-)

4. 기타소득 원천징수 영수증

○ 청구인의 주장에 따르면, 합병법인은 영업권 매매대금 지급시 주주들의 기타소득으로 보아 기타소득세를 원천징수하여 납부하고 청구인 등에게 원천징수영수증을 교부하였으며, 청구인이 제시한 기타소득원천징수영수증 (지급명세서) 내역은 다음과 같다. (천원) 귀속 연월일 지급총액 필요경비 소득금액 세율 원천징수세액 소득세 지방소득세 계 '17.01 335,500 268,400 67,100 20.0 13,420 1,342 14,762 '17.05 50,000 40,000 10,000 20.0 2,000 200 2,200 '17.06 95,750 76,600 19,150 20.0 3,830 383 4,213 합계 481,250 385,000 96,250

• 19,250 1,925 21,175

5. 청구인의 2017년 과세연도 종합소득세 신고내역

○ 청구인은 2018. 5. 31. 2017년 과세연도 종합소득세 과세표준확정신고서를 작성하여 제출하였는데, 기타소득 총수입금액 481,250,000원에서 필요경비 385,000,000원을 차감한 기타소득금액 96,250,000원을 종합소득금액으로 하고, 기납부세액 19,250,000원을 공제함에 따라 납부(환급)할 총세액은 △1,337,500원으로 신고된 사실이 나타난다.

6. 세무조사결과통지

○ 처분청은 2019. 9. 2.부터 2019. 9. 21.까지 피합병법인에 대한 법인세통합조사를 실시하였고, 2019. 9. 19. 세무조사결과통지서를 피합병법인 대표이사에게 통지하였으며 세무조사결과통지서에 기재된 조사내용은 다음과 같다. '16. 11월 합병법인과의 흡수합병 과정에서 확인된 합병대가 1,925백만원(사업권 양도대가) 신고누락 익금산입 법인세 과세

○ 2016년 피합병법인 주주별 의제배당 계산내역

• 의제배당 소득계산 사유: 2016. 11월 피합병법인이 합병법인에 흡수합병시 발생한 합병대가 1,925백만원에 대하여 피합병법인의 주주에게 합병에 따른 의제배당 과세

• 의제배당금액: 1,425,000,000원(합병대가-주식취득가액)

• 소득귀속연도: 2016년(합병등기일: 2016. 11. 24.) * 주주별 의제배당 계산 내역 (%, 원) 주주명 지분율 합병대가 (총합병대가×지분율) 피합병법인의 주식취득가액 의제배당액 (합병대가-주식취득가액) 합계 100.00 1,925,000,000 500,000,000 1,425,000,000 CTT 45.00 866,250,000 225,000,000 641,250,000 YYY 25.25 486,062,500 126,250,000 359,812,500 청구인 25.00 481,250,000 125,000,000 356,250,000 CCC 4.75 91,437,500 23,750,000 67,687,500

7. 청구인의 2016년 과세연도 종합소득세 기한후 신고내역

○ 청구인은 2019. 10. 23. 2016년 과세연도 종합소득세 과세표준확정신고서를 작성하여 제출(2017년 종합소득세 신고분에 대하여는 수정신고서 제출)하였는데, 쟁점의제배당액에 배당가산액 36,987,500원을 합계한 배당소득금액 393,237,500원을 종합소득금액으로 하고, 합병법인의 기타소득세 원천징수금액 19,250,000원을 기납부세액으로 공제하여 납부할세액을 67,972,750원으로 계산하여 기한후 신고서를 제출하였다.

  • 라. 판단

1. 관련법리

① 구 소득세법 시행령제192조 제1항에서는 “법인세법에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당․상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일로부터 15일내에 기획재정부 령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다고 규정하고 있으며, 구 소득세법 시행령제134조에서는 종합소득세 과세표준 확정신고기한이 지난 후에법인세법에 따라 법인이 법인세 과세표준을 신고하거나 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하여 익금에 산입한 금액이 배당․상여 또는 기타소득으로 처분됨으로써 소득금액에 변 동이 발생함에 따라 종합소득세 과세표준 확정신고 의무가 없었던 자 등이 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우 해당 법인(제192조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 거주자가 통지를 받은 경우에는 그 거주자를 말한다)이 소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음다음달 말일까지 추가 신고납부한 때에는 법 제70조 또는 제74조의 기한까지 신고 납부한 것으로 본다고 규정하고 있다.

② 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2013. 11. 14. 선고2012두89 판결 참조). 한편 법령의 부지는 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2001. 11. 13. 선고 2000두3788 판결 참조).

2. 쟁점 가산세 부과가 정당한지 여부 가) 위 법리와 다음과 같은 사실관계에 비추어 이 건을 보건데, 이 건 기한후신고 결정시 쟁점가산세를 부과하는 것이 위법․부당하다고 보기 어렵다.

① 쟁점의제배당액은 합병으로 인한 의제배당으로서 합병등기일을 배당소득의 수입시기로 하여 종합소득세 과세표준 확정신고기한 내에 신고 납부하여야 하는 것으로법인세법에 따라 배당으로 처분된 금액에 해당되지 않는바, 청구인이 세무 조사통지서를 받은 날의 다음 달 말일까지 기한 후 신고를 하였다고 하여 소득세법 시행령 제134조 규정에 따라 과세표준 확정신고기한까지 신고 ․납부한 것으로 보기 어렵다.

② 당초 피합병법인이 허가권(영업권등) 매매계약 당사자에서 청구인 등 피합 병법인의 주주가 직접 계약 당사자로 변경되어 영업권 매매계약을 체결하고 합병계약이 이루어 진 점으로 볼 때, 합병법인이 배당소득에 대한 원천징수를 하지 않아서 청구인이 종합소득세 신고 ․ 납부를 할 수 없었다는 청구 주장은 받아들이기 어렵다.

③ 청구인은 합병절차에서 발생한 의제배당에 대해 배당소득으로 보고 종합소 득세를 신고 납부하였어야 함에도 기타소득으로 신고한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하고, 의제배당액으로 산정되는 소득금액과 현격한 차이가 있는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인의 의무 해태에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

  • 나) 따라서, 처분청이 청구인의 기한후신고에 대한 결정시 무신고 및 납부불성실가산세를 가산한 금액으로 하여 종합소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)