청구인이 직원으로 근무하다가 퇴직한 이후에도 쟁점가지급금의 대여 및 회수거래가 있어 청구인과는 무관한 거래로 보이고, 대표이사가 제출한 운영협약서에는 청구인의 서명 날인이 없으며, 실질 귀속자가 청구인임을 확인할만한 금융거래내역의 확인이 없으므로 청구인을 실질 귀속자로 상여처분은 부당함
청구인이 직원으로 근무하다가 퇴직한 이후에도 쟁점가지급금의 대여 및 회수거래가 있어 청구인과는 무관한 거래로 보이고, 대표이사가 제출한 운영협약서에는 청구인의 서명 날인이 없으며, 실질 귀속자가 청구인임을 확인할만한 금융거래내역의 확인이 없으므로 청구인을 실질 귀속자로 상여처분은 부당함
○○세무서장이 2019.11.4. 청구인에게 한 2016년 과세연도 종합소득세 00,000,000원의 부과처분은 이를 취소합니다.
1) 청구외법인에 대한 세무조사 당시 청구외법인이 제출했던 ‘의료기관 운영협약서’에 의해 청구인이 DD치과의원을 실질 운영하였던 자로 확인이 된다. 2) EE세무서에서 실시한 청구외법인에 대한 2011~2015사업연도 법인세 세무조사 당시 작성된 ‘조사기간 연장 검토서’의 조사 진행 내용에 “① 지점병원의 의사, 사무장 명의로 수시로 보통예금 계정에서 가지급금으로 인출됨에 따라 법인세법상 특수관계자간의 가지급금 인정이자 과세검토, ② 각 지점사업자의 폐업당시 가지급금 잔액에 대해 실질귀속자에 대해 인정상여 처분”하는 것으로 기재되어 있다. 3) 위 세무조사 결과에 따라 2015사업연도 DD치과의원의 가지급금 인정이자에 대한 실질귀속자를 청구인으로 보아 청구인에게 상여처분하는 세무조사결과통지 및 소득금액변동통지를 하였는바, DD치과의원의 실질 운영자를 청구인으로 판단할 수 있다. 4) 청구외법인에 대한 과세자료 확인과정에 청구외법인으로부터 제출받은 2016사업연도 가지급금 등의 인정이자 조정명세서에 의하면, DD치과의원의 폐업일(2016.12.15.) 현재 단기대여금 잔액이 000,000,000원(쟁점가지급금)으로 확인되므로, 특수관계가 소멸할 때가지 회수하지 않은 쟁점가지급금에 대해 실질 귀속자인 청구인에게 상여처분한 것은 정당하다.
① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.
(1) 청구인은 2011년부터 2015년까지 DD치과의원에서 매년 약 14백만원의 급여를 지급받은 것으로 나타나고, (2) 2017.9월부터 2018.9월까지 FF정형외과의원에서 26백만원의 급여를 지급받고, 2019.5월부터 2019.12월까지 송도통증의학과의원에서 13백만원의 급여를 지급받은 것으로 나타난다. <표6> (생략) 4) 청구외법인에 대한 세무조사 결과 가) 청구외법인에 대한 세무조사 결과 가지급금 관련 조사적출내용 EE세무서의 ‘청구외법인에 대한 법인사업자 조사종결보고서’에 의하면, 2017.2.2.부터 2017.3.3.까지 청구외법인의 2011사업연도~2015사업연도 법인세 통합조사 및 부분조사를 실시한 결과 가지급금 관련 조사적출내용은 다음과 같다. (1) 2011사업연도~2015사업연도의 각 지점사업자(HHH의원 외 12개 업체)의 단기대여금에 대해 가지급금 인정이자를 계상하지 않아 가지급금 인정이자(000백만원) 익금산입하고 실질 귀속자(박JJ외 12인)에게 상여처분하였는데, 그 중 2015사업연도 DD치과의원의 가지급금 인정이자 0,000천원에 대해서는 실질 귀속자를 청구인으로 보아 청구인에게 상여처분하고 청구외법인에게 소득금액변동통지를 한 것으로 확인된다. (2) 각 지점사업자별 폐업당시 가지급금 잔액(2013년~2015년 폐업한 지점사업자 가지급금 잔액 총 0,000백만원)에 대해 익금산입․실질 귀속자 상여처분하였으며, 동 폐업당시 가지급금 잔액을 손금산입․기타처분하였다. 나) 조사청에 청구외법인의 단기대여금 과세자료 통보 EE세무서장은 청구외법인에 대한 법인세 세무조사 종결후 청구외법인의 2016사업연도 표준대차대조표상 단기대여금에 대해 가지급금 인정이자 익금산입 및 기 폐업된 지점사업자의 가지급금 상당액은 익금산입(귀속자 상여처분)과 동시에 손금산입으로 법인세 처분을 요한다는 내용의 단기대여금 과세자료를 2017.7월경 조사청에 통보하였다. 5) 단기대여금 과세자료 확인결과 법인세 경정결의 및 상여처분 가) 조사청이 2017.10.31. 경정결정한 청구외법인의 2016사업연도 법인세 경정결의서 및 첨부 증빙자료에 의하면, 조사청은 단기대여금 과세자료 확인과정에 청구외법인으로부터 2016사업연도 지점별 가지급금 잔액 내역(DD치과의원 등 8개 지점의 가지급금 잔액 0,000백만원)과 지점별 가지급금 인정이자 조정명세서 등의 증빙자료를 제출받아 DD치과의원의 폐업당시 가지급금 잔액 000백만원(쟁점가지급금)에 대하여 익금산입하고 청구인에게 상여처분하는 등 각 지점별 가지급금 잔액 총 0,000백만원에 대하여 익금산입하고 귀속자에게 상여처분하고, 각 귀속자들에게 소득자통지용 소득금액변동통지를 한 것으로 확인된다. 나) 조사청은 2017.12월경 청구인에 대한 상여처분액 000백만원(쟁점가지급금)을 포함한 상여처분액 0,000백만원의 귀속자들의 주소지 관할 세무서로 인정상여소득 과세자료를 통보하였다. 6) 처분청 과세근거와 입증 등 가) 의료기관 운영협약서 처분청은 청구인을 DD치과의원의 실질 운영자로 판단한 근거자료로서 청구외법인에 대한 세무조사 당시 청구외법인이 DD치과의원의 실질 운영자를 청구인으로 소명하면서 제출하였던 2011.3.17. 청구외법인(이사장 김CC)과 청구인 간에 체결한 ‘의료기관 운영협약서’를 제출하였다(이에 대해 청구인은 의료기관 운영협약서에 청구인의 자필로 서명한 사실도 없고, 청구인란에 날인된 인장을 청구인은 보유한 사실도 없다는 주장이다). <그림> (생략) 나) 청구외법인에 대한 법인세 세무조사 ‘조사기간 연장검토서’ 처분청은 EE세무서의 청구외법인에 대한 세무조사 당시 보통예금 계정에서 가지급금 인출관련 실질귀속자에 대해 인정상여 처분을 과세검토하였고, 이에 따라 2015사업연도 DD치과의원의 가지급금 인정이자에 대한 실질귀속자를 청구인으로 확정하여 세무조사결과통지하였다고 주장하면서 청구외법인에 대한 법인세 세무조사 당시 작성된 ‘조사기간 연장 검토서’에 기재된 ‘조사 진행 내용’을 제출하였는바, ‘조사기간 연장 검토서’에 기재된 내용을 살펴보면 “① 지점병원의 의사, 사무장 명의로 수시로 보통예금 계정에서 가지급금으로 인출됨에 따라 법인세법상 특수관계자간의 가지급금 인정이자 과세검토, ② 각 지점사업자의 폐업당시 가지급금 잔액에 대해 실질귀속자에 대해 인정상여 처분 과세검토”를 진행한 것으로 기재되어 있으나, DD치과의원 가지급금 잔액의 실질귀속자를 청구인으로 확인한 근거자료는 첨부되어 있지 않다. 다) DD치과의원의 가지급금 인정이자 조정명세서 처분청은 DD치과의원의 폐업당시 가지급금 잔액이 000백만원이었다는 근거자료로서 ‘단기대여금 과세자료’ 처리시 청구외법인으로부터 제출받은 DD치과의원의 가지급금 인정이자 조정명세서를 제출하였는바, 이를 살펴보면 2016년말 가지급금 잔액이 000백만원으로 기재되어 있으나, 가지급금 지급대상의 직책 및 성명란에 ‘대표’라고만 기재되어 있고 청구인이 퇴사한 2016.7.29. 이후에도 4회에 걸쳐 00,000,000원을 대여하고 12회에 걸쳐 00,000,000원을 회수한 것으로 기재되어 있다(이에 대해 청구인은 위 가지급금 인정이자 조정명세서상 청구인이 퇴직한 이후에도 16회에 걸쳐 대여 및 회수한 거래가 있다는 것은 가지급금 대여 및 회수 거래가 청구인과는 무관한 거래임을 알 수 있다는 주장이다). <그림> (생략) 7) 청구주장 근거와 입증 등 가) 건강보험자격득실 확인서 청구인은 2016.7.29.에 DD치과의원을 퇴직하였다면서 국민건강보험공단 이사장이 발급한 ‘건강보험자격득실 확인서’(발급일: 2020.2.16.)를 제출하였는바, 청구인은 DD치과의원에서 2011.3.23.부터 2016.7.30.까지 근무한 것으로 기록되어 있다. <표> (생략) 나) 학원교육비(수강료) 납입증명서 청구인은 DD치과의원을 2016.7.29. 퇴직한 후 간호조무사학원에 등록하여 2016.9월부터 2017.1월까지 간호학원에서 수강하였는데 청구인이 청구외법인의 가지급금을 대여받고 회수하였다는 가지급금 인정이자 조정명세서는 잘못되었다고 주장하면서 KKK간호학원에서 발급한 ‘학원교육비(수강료) 납입증명서’를 제출하였는바, 수강료 납입내역을 보면 청구인은 2016.9.20.부터 2017.1.1월까지 1일 수업시간 5시간, 1주간 수업일수 5일간 간호조무사 교습과정을 수강(월 수강료 22만원)한 것으로 확인된다.
① 청구인이 제출한 ‘건강보험자격득실 확인서’ 및 ‘학원교육비 납입증명서’에 의하면 청구인은 2016.7.29. DD치과의원을 퇴사한 후 2016.9월부터 2017.1월까지 간호학원에서 간호조무사 교습과정을 수강한 것으로 확인되는바, 청구인이 DD치과의원에서 근무하는 기간에 간호보조원으로 근무하였다는 주장이 신빙성이 있어 보인다.
② DD치과의원의 가지급금 인정이자 조정명세서상 청구인이 퇴직한 2016.7.29. 이후에도 16회에 걸쳐 대여 및 회수한 거래가 있는바, DD치과의원의 가지급금의 대여 및 회수 거래가 청구인과는 무관한 거래로 보인다.
③ 처분청이 청구인을 DD치과의원의 실질 운영자로 확정한 근거자료인 청구외법인의 대표이사로부터 제출받은 ‘의료기관 운영협약서’에 대해 청구인은 ‘의료기관 운영협약서’를 체결한 사실이 없다고 주장하고 있는바, ‘의료기관 운영협약서’에 청구인의 자필서명이나 청구인의 인장날인이 없는 것으로 확인되며, 청구인이 작성하였음을 확인할만한 인감증명 등의 서류도 첨부되어 있지 않다.
④ 처분청은 청구외법인의 대표이사가 제출한 ‘의료기관 운영협약서’만으로 청구인을 쟁점가지급금의 실질 귀속자로 확정하였을 뿐, 사업용계좌의 입출금 내역 등 쟁점가지급금의 실질 귀속자가 청구인임을 확인할만한 금융거래내역의 확인이 전혀 없다.
이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.