청구인이 교부받은 원천징수영수증에 기재된 원천징수세액을 기납부세액으로 공제할 수 있는지

• 가. 청구인은 2017. 6. 25.

○○도

○○ 군

○ 면

○○ 리 2**-2 토지 1,615㎡와 동소 산3-* 토지 595㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를

○○○ 지방법원의 조정판결에 따라 DDD에게 총 매매대금 125백만원에 양도한 후 2017년 과세연도 종합소득세 신고시 △△△△(부동산매매업)의 사업소득 수입금액으로 신고하였다.

• 나. 쟁점토지 매수자인 DDD는 2017. 6. 26. 쟁점토지 매매대금 125백만원 중 100백만원(이하 “쟁점사업소득금액”이라 한다)을 청구인에게 지급하고,

2019. 5. 15. 나머지 25백만원을 청구인의 계좌로 입금하였으며, 2019. 1. 9. 쟁점사업소득금액에 대하여 청구인을 사업소득자로, DDD가 운영하는 부동산매매업체△△(이하 “쟁점거래처”라고 한다)을 원천징수의무자로, 원천징수세액을 3백만원(이하 “쟁점원천징수세액”이라 한다)으로 하여 작 성한 2017년 귀속 사업소득지급명세서와 (수정)원천징수이행상황신고서를 관할세무서에 제출하였다.

• 다. 처분청은 쟁점사업소득금액에 대해 파생된 청구인의 사업소득 과세자료 처 리과정에서 청구인에게 종합소득세 신고 여부에 대한 소명을 요청하 였고, 이에 청구인은 2017년 과세연도 종합소득세 신고 시 사업소득 수입금액에 포함하여 정상 신고하였다고 소명하였다.
• 라. 이후 청구인은 2019. 7. 9. 쟁점거래처의 사업소득지급명세서상 쟁점원천징수세액을 당초 종합소득세 신고시 기납부세액으로 반영하여 종합소득세가 환급되어야 한다고 주장하며 처분청에 경정청구 하였고,

• 처분청은 2019. 9. 5. 청구인이 쟁점토지 매매대금을 지급받을 때 원천징수 되지 않은 전체 금액을 지급받았음이 확 인되며, 쟁점거래처가 쟁점원천징수세액을 납부하였거나 관할세무서장 이 징수한 사실이 확인되지 않으므로 쟁점원천징수세액은 종합소 득세 과세표준신고서 상 기납부세액에 해당되지 않는다는 내용으로 청구인에게 경정청구 거부통지 하였다.

• 마. 청구인은 이에 불복하여 2019. 12. 2. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 쟁점거래처는 부동산매매업을 영위하면서 민사소송과 조정절차를 거쳐 청구인의 토지를 125백만원에 매수하게 되었고, 매수대금 지급 일부를 청구인에게 용역료를 지급한 것으로 작성하여 ○○○세무서에 청구인을 소득자로 하는 원천징수영수증을 기한 후 제출하였으나, 이에 대한 원천징수세액은 납부하지 않은 것으로 처분청이 확인하였다.
• 나. 원천징수의무자의 원천징수세액 납부 여부와 상관없이 원천징수의무자는 청구인의 세금을 처분청에 납부하겠다는 의사표시를 한 것이므로 관할 세무서장은 쟁점거래처에 대하여 무납부고지를 하여 징수했어야 하며,

• 처분청은 쟁점거래처 가 원천징수세액을 납부하지 않았기 때문에 청구인의 기납부세액으로 인정할 수 없다고 하나, 이는 도저히 납득이 가지 않는다.

• 청구인에 대한 기납부세액 인정 여부와 원천징수의무자에 대한 무납부 고지는 징수권자도 다르고 귀속자도 다른 별개의 건이다.

• 다. 또한, 쟁점거래처는 동 토지대금을 용역료로 지불한 것처럼 신고함으로써 토지매매계약서에 의해 재고자산 매입원가 처리를 하고 또 지급수수료 로도 회계처리 함으로써 이중으로 비용을 계상하려는 의도로 보이는데도 이에 대한 청구인의 의사표시를 처분청은 거부하였다.
• 라. 처분청은 과거 유사한 심사결정례(국심95서205, 국심2007서1277, 심사소득2013-0046 등)가 있다며 청구인의 경정청구를 기각하였는바, 과거의 심사결 정례가 절대적으로 옳은 것만이 아님에도 여전히 같은 결정을 내린다면 이는 같은 오류를 반복해서 일으킬 수 있으므로 이에 대한 새로운 해석이 필요하다. 즉, 쟁점거래처가 스스로 기한 후 제출한 원천징수영수증을 취하하지 아니 하는 한, ○○○세무서장은 무납부고지를 통한 징수를 했어야 하며, 처분청은 이와 상관없이 청구인의 경정청구 주장을 받아들였어야 한다. 왜냐하면 기한후 제출된 원천징수영수증에 대하여 처분청이 청구인에게 사업소득 누락이라고 통보했다는 것은 원천징수영수증이 정상적인 것을 전제 했기 때문이고, 만약 청구인이 이 건에 대해 정상적인 소득세 신고를 이행하지 않았다면 받지도 않은 용역료에 대해 당연히 소득세를 추징했을 것이기 때문이다.

• 가. 쟁점거래처가 청구인에게 지급한 쟁점토지 매매대금이 원천징수대상인 사업소득 인지 여부와는 별론으로, 청구인은 쟁점토지 매매대금 125백만원 전액을 수취한 사실이 사업소득 수입금액 과세자료 첨부 서류 및 경정청구서 증빙서류에서 확인된다.
• 나. 청구인이 원천징수되지 않은 전체 매매대금을 수취하였음이 명확하다면 위 사업소득과 관련하여 당초 원천징수 자체도 없었으며, 청구인이 주장하는 기납부세액은 당연히 부존재하는 것으로서, 이는 쟁점거래처가 원천 징 수 의무가 있는 것으로 잘못 신고한 것에 불과하므로, 쟁점거래처의 원천세 신고 경정사항에 해당할 뿐이다.
• 다. 또한, 쟁점거래처가 비록 원천징수세액이 있는 것으로 사업소득지급명세서와 원천징수이행상황신고서를 제출하였다고 하여도 이에 대하여 자진납부하 거나 과세관청을 통해 징수된 바가 확인되지 않는다면 소득세 집행기준 76-139-1 제3항에 따라 공제가능한 기납부세액에 해당하지 않는다.
• 라. 쟁점거래처가 제출한 사업소득 지급명세서 및 원천징수이행상황신고서는 청구인이 2017년 과세연도 종합소득세 신고를 마친 이후에 제출된 것으로, 청구인은 해당 사업소득과 관련하여 정상적으로 신고․납부하여 납세의무는 정상 종결되었으며, 이 경우 쟁점거래처는 소득세법 제85조 제3항 제1호 에 따라 가산세만 부담할 뿐이며, 이 또한 원천징수의무자의 원천세 신고 경정대상에 불과하다 할 것이다.
• 마. 이상과 같이 청구인이 주장하는 기납부세액은 원천징수 불이행된 소득세 상당액에 해당하고 이 경우 소득세법 제79조 제3항 제4호 에 따른 기납부세액으로 공제 불가하므로, 경정청구 거부 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 교부받은 원천징수영수증에 기재된 원천징수세액을 기납부세액으로 공제할 수 있는지
• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제76조 【확정신고납부】

① 거주자는 해당 과세기간의 과세표준에 대한 종합소득 산출세액 또는 퇴직 소득 산출세액에서 감면세액과 세액공제액을 공제한 금액을 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

③ 확정신고납부를 할 때에는 다음 각 호의 세액을 공제하여 납부한다.

4. 제127조에 따른 원천징수세액(제133조의2제1항에 따른 채권등의 이자등 상당액에 대한 원천징수세액은 제46조제1항에 따른 해당 거주자의 보유기간의 이자등 상당액에 대한 세액으로 한정한다) 2) 소득세법 제85조 【징수와 환급】

③ 납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에 국세기본법 제47조의5제1항 에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 세액으로 하여 그 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 국세기본법 제47조의5제1항 에 따른 가산세액만을 징수한다.

1. 납세의무자가 신고·납부한 과세표준금액에 원천징수하지 아니한 원천징수 대상 소득금액이 이미 산입된 경우

2. 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할 세무서장이 제80조 및 제114조에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과·징수하는 경우 3) 소득세법 제127조 【원천징수의무】

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

1. ~ 2. (생략)

3. 대통령령으로 정하는 사업소득(이하 "원천징수대상 사업소득"이라 한다)

4. ~ 8. (생략)

② 제1항에 따른 원천징수를 하여야 할 자(제1항제3호에 따른 소득의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위는 수권(授權) 또는 위임의 범위에서 본인 또는 위임인의 행위로 보아 제1항을 적용한다. <개정 2009.12.31, 2010.12.27>

③ ~ ⑥ (생략)

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따라 원천징수를 하여야 할 자를 "원천징수의무자"라 한다.

⑧ 원천징수의무자의 범위 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 소득세법 시행령 제184 조【원천징수대상 사업소득의 범위 】

① 법 제127조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 사업소득"이란 부가가치세법제26조제1항제5호 및 제15호에 따른 용역의 공급에서 발생하는 소득을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다. <개정 2007.2.28, 2008.2.29, 2010.2.18, 2013.6.28>

1. 부가가치세법 시행령 제35조제4호 에 따른 조제용역의 공급으로 발생하는 사업소득 중 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 계산한 의약품가격이 차지하는 비율에 상당하는 소득

2. 부가가치세법 시행령 제42조제1호 바목에 따른 용역의 공급으로 발생하는 소득 5) 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

15. 저술가ㆍ작곡가나 그 밖의 자가 직업상 제공하는 인적(人的) 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 6) 소득세법 제128조 【원천징수세액의 납부】

① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

② 상시고용인원 수 및 업종 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 원천징수의무자는 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 원천징수세액 외의 원천징수세액을 그 징수일이 속하는 반기(半期)의 마지막 달의 다음 달 10일까지 납부할 수 있다. 다. 사실관계 1) 청구인은 2010. 3. 29. ○○도 ○○군 ○면 ○○리 산 3- 외 3필지를 사업장소재지로 하여△△△△라는 상호로 부동산 매매업을 개업하였으며 2017. 12. 31. 폐업 신고한 사실이 국세통합전산망에서 확인된다. 구분 상호 소재지 대표자 개업일 (폐업일) 업태/종목 청구인 △△△△

○○ 군 청구인 2010.3.29 (2017.12.31) 부동산/부동산매매(토지보유5년미만) 쟁점거래처 △△

○○ 군 DDD 2008.7.1 부동산/부동산매매

2. 쟁점토지 등기사항전부증명서에 따르면 청구인은 2010. 2. 20. 매매를 원인으로 2010. 3. 29. 소유권이전등기를 하였으며 2017. 6. 26. 매매를 원인으로 2017. 6. 27. DDD에게 소유권을 이전한 사실이 확인된다.

3. 부동산매매계약서

○○ 도

○○ 군

○○ 면

○○ 리 2**-2* 임야 1,615평방미터

○○ 도

○○ 군

○○ 면

○○ 리 산3- 임야 595평방미터

매매대금 금125,000,000원 계약금 12,500,000원은 계약시 지불하고 중도금 87,500,000원은 2017.6.26.지불하며 잔금 25,000,000원은 2019. 6. 26. 지불한다. 특약사항: 매도인은 2017. 6. 25. 매수인으로부터 계약금 12,500,000원 및 중도금 87,500,000원을 받음과 동시에 매수인 앞으로 소유권이전등기를 마치기로 하고 나머지 잔금 25,000,000원은 2019. 6. 26.까지 지급하기로 한다.

2017. 6. 26. 매도인: 청구인, 매수인: DDD 4) 청구인은 2017년 과세연도 종합소득세 신고 시 부동산매매업의 총수입금액 125,000,000원을 근로소득과 합산하여 신고 하였으며, 토지등매매차익예정 신고납부세액 1,046,220원과 근로소득 원천징수세액을 기납부세액으로 공제한 사실이 국세통합전산망에서 확인된다. 5) 청구인은 2019. 1. 9. 쟁점거래처에서 청구인을 소득자로 하여 작성한 2017년 귀속 사 업소득지급명세서와 (수정)원천징수이행상황신고서를 ○○○세무서에 기한 후 제출함에 따라 처분청으로 파생된 사업소득 자료에 대하여, 2017년 과세연도 종합소득세 신고시 사업소득으로 정상 신고하였다고 소명하였다.

○ 자료발생경위 소명내용

• 2010. 3. 29. ㈜△△으로부터 사업부지인

○○ 도

○○ 군

○○ 면

○○ 리 산3-외3필지를 200,000,000원에 취득

• 2011. 1. 27. 사업자등록(부동산매매업)

• 2014. 12. 31. 2014년까지 매각 후 잔여면적 2,601제곱미터, 원가 121,962,320원으로 2017년까지 이월됨(공사중단)

• 2016. 1. 12. 사업부지 이해관계자인 DDD(쟁점거래처) 소 제기

• 2017. 5. 17. 조정성립 * (토지 양도대가로 금 125,000,00원 지급받기로 하여 그 중 100,000,000원 2017. 6. 26. 수령, 나머지는 2019. 5. 15. 수령하기로 함)

• 2017. 8. 31. 양도대가 125,000,000원에 대한 토지등 매매차익 신고 납부 필

• 2018. 2. 10. 사업장현황신고 필

• 2018. 5. 31. 종합소득세 신고필

• 2019. 5. 8. 잔액 25,000,000원 지급청구

• 2019. 5. 15. 토지대금 잔액 25,000,000원 수령(2017년 귀속으로 기 신고납부함) *

○○○ 지방법원 제3민사부 조정조서(201*나5**** 소유권이전등기, 2017. 5. 17.) 조정조항

1. 원고(DDD)는 피고(청구인)에게 금 125,000,000원을 지급하되, 2017. 6. 30. 금 100,000,000원,

2019. 5. 15. 금 25,000,000원으로 2회 분할 지급한다.

2. 피고는 원고로부터 제1항 기재 돈 중 금 100,000,000원을 지급받음과 동시에 원고에게 별지 목록 * 부동산에 대하여 별지 목록 부동산에 대하여 2017. 5. 17.자 조정에 의한 약정을 원인으로 소유권이전등기절차를 이행한다.

3. 원고가 별지 목록 부동산을 타인에게 매도한 경우에는 제1항의 25,000,000원의 지급일자와 관계없이 금 25,000,000원을 즉시 지급한다(이하 생략). * 별지목록

○○ 도

○○ 군

○○ 면

○○ 리 2**-2* 임야 1615㎡, 2.

○○ 도

○○ 군

○○ 면

○○ 리 산 3- 임야 595㎡

6. 청구인은 2019. 7. 9. 쟁점원 천징수세액을 종합소득세 신고시 기납부세액으로 반영하지 않았다고 하여 처분청에 종합소득세 경정청구를 하였으며, 청구인이 경정청구시 함께 제출한 사업소득원천징수영수증은 아래와 같다.

7. 쟁점거래처는 2019. 1. 9. (수정)원천징수이행상황신고서(2017년 6월 귀속, 2017년 6월 지급분)와 사업소득지급명세서를 제출하여 국세통합전산망에수록 완료된 사실이 확인되며, 쟁점원천 징수세액의 납부 혹은 징수 내역은 확인되지 않는다. 8) 처분청은 2019. 9. 5. 청구인에게 다음과 같은 사유로 경정청구처리결과(기각) 통지를 하였다.

• 지급내역 등 확인 결과 해당 사업소득 지급시 원천징수 되지 않은 금액을 지급하였음이 확인되고 원천징수의무자가 원천징수세액을 징수하거나 납부한 바 없으므로, 납세자가 주장하는 기납부세액은 원천징수 불이행된 소득세 상당액에 해당하여 소득세법 제79조 제3항 제4호 에 따른 기납부세액으로 공제 불가하여 경정청구 기 각하고자 합니다.

• 근거법령: 소득세법 제76조 【확정신고납부】제3항 제4조, 소득세법 제85조 【징수와환급】제3항, 소득세집행기준76-139-1

• 참조: 국심95서205, 국심2007서1277, 심사소득2013-0046, 서울행정법원2009구합11287

• 라. 판단

1. 관련 법리 원천징수제도의 취지에 따라 원천징수의무자가 원천징수한 세액은 가사 원천징수의무자가 관할세무관서에 이를 납부하지 아니하였다 하더라도 그 원천징수한 세액의 범위 내에서는 납세의무자는 면책된다(대 법원 1984. 4. 10. 선고 83누540 판결). 그러나 원천세를 징수할 소득이라 하더라도 그 소득이 소득세법 소정의 종합소득 과세표준에 합산하여 신고하여야 할 소득으로서 그 원천징수가 누락되었다면 그 소득자에 대하여 종합소득세로서 이를 부과할 수 있다(대법원 1981. 9. 22. 선고 79누347판결, 대법원 2006. 7. 13. 선고 2004두4604 판결 등 참조). 또한, 소득세법 제85조 에서는 납세지관할세무서장은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에 국세기본법 제47조의5 제1항 에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 세액으로 하여 그 원천징수의무자로부터 징수하여야 하며 다만, 원천지우의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 국세기본법 제47조의5 제1항 에 따른 가산세액만을 징수한다고 규정하고 있으며 제1호에서 납세의무자가 신고․납부한 과세표준금액에 원천징수하지 아니한 원천징수대상소득금액이 이미 산입한 경우를 들고 있다.

2. 이 건 경정청구거부처분이 정당한지 가) 위 법리와 다음의 사실관계에 비추어 이 건을 보건데, 쟁점원천징수세액을 종합소득세 기납부세액으로 공제하기 어렵다할 것이다.

① 쟁점거래처가 청구인을 소득자로 하여 사업소득지급명세서를 제출한 사실은 있으나, 청구인이 2017년 과세연도 종합소득세 신고시 DDD로부터 지급받은 토지매매대금 125,000,000원을 부동산 매매업의 수입금액으로 신고하였고, 토지등매매차익 예정 신고․납부 및 사업장현황신고를 한 사실 등에 비추어 볼 때 쟁점 금액은 소득세법 제127조 및 동법 시행령 제184조의 원천징수대상 사업소득에 해당된다고 보기 어렵다.

② 쟁점거래처는 2019. 1. 9.에서야 (수정)원천징수이행상황신고서와 사업소득지급명세서를 제출하였으나, 청구인은 2017년 과세연도 종합소득세 신고시 쟁점거래처로부터 지급받은 쟁점금액 전부에 대하여 종합소득세 과세표준을 산정하여 종합소득세 신고를 한 사실이 있다.

③ 설령, 쟁점금액의 성격에 따라 원천징수대상소득에 해당된다 하더라도, 청구인이 쟁점토지 매매대금 125,000,000원을 2017.6.26. 100,000,000원, 2019.5.15. 25,000,000원으로 나누어 지급받은 점에 비추어 볼 때 쟁점거래처가 쟁점원천징수세액을 실제로 원천징수하였다고 보기도 어렵다. 나) 따라서 처분청이 쟁점원천징수세액을 청구인의 종합소득세 기납부세액에 해당되지 않는다고 보아 종합소득세 경정청구를 거부한 통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.