오피스텔이 주거용과 다른 목적 용도로 구분등기된 경우 일괄매도시 전체를 주택으로 볼 수 없는 것이고 추계결정시 매입비용은 포함하는 것임

1. ◯◯세무서장이 2019.2.1. 청구인에게 한 2017년 제1기 부가가치세 65,295,820원과 2019.4.1. 한 2017년 제1기 부가가치세 34,045,630원 합계 99,341,450원 부과처분 중 86,438,616원을 초과하는 부분은 이를 취소합니다.

2. ◯◯세무서장이 2019.2.7. 청구인에게 한 2017년 과세연도 종합소득세 16,879,470원 부과처분은 이를 취소합니다.

3. 나머지 청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2015.12.15. 개업하여 부산 서구 □□로 119번길 18 외 2필지 (이하 “쟁점사업장”이라 한다)에서 □□○빌빌이라는 상호의 주택신축판매업 으로 사업자등록 후 2017.1.20.(2016.4.20. 과세겸업으로 면세폐업) 폐업한 사업자이
• 다. 나. 청구인은 2016.9.27. 쟁점사업장에서 다세대주택 16호, 오피스텔 6호(이 하 “쟁점 오 피스텔”이라 하고, 다세대주택 16호와 합하여 “쟁점건물”이라 한다) 등 지상 8층 규모의 쟁점건물을 신축(사용승인)하여 2017.2.1. 양 도하면서 쟁 점오피스텔을 부가가치세가 면제되는 주택으로 보아 부가가치 세 신고 및 소 득세법 제69조(부동산매매업자의 토지 등 매매차익 예정신고와 납부) 의 규정에 따른 토지 등의 매매차익 예정신고를 하지 않았다.
• 다. ○○지방국세청 감사관(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.8.27.부터 2018.9.13.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 쟁점오피스텔은 부가가치세 과세대상이며 청구인은 부동산매매업자에 해당하므로 쟁점오피스텔에 대해 토지 등 매매차익 예정신고를 하여야 함에도 이를 누락한 사실에 대하여 감사지적하였고 처분청은 2019.2.1 2017년 제1기 부가가치세 65,295,820원, 2019.4.1. 2017년 제1기 부가가치세 34,045,634원, ○○세무서장은 2019.2.7. 청구인에게 2017년 과세연도 종합소득세 16,879,470원을 부과처분 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.5.10. 부가가치세 부과처분에 대하여, 2019.5.13. 이 건 소득세 부과처분에 대하여 심사청구를 제기하였다.

(부가가치세 부분)

• 가. 과세분이 면세전용되어 면세전용으로 부가가치세 신고한 경우, 이후 공급 시에는 부가가치세 과세대상에 해당되지 아니한다. 쟁점건물의 건축관련 매입세금계산서를 부가가치세 신고를 통하여 부가가치세 공제받았으나, 오피스텔을 포함하여 2016.2기에 상시 주거용으로 사용되었으므로 부가가치세법 제10조 【재화 공급의 특례】제1호에 해당하는 “면세전용” 재화의 공급으로 보아 2016.2기 부가가치세 신고 시에 “면세전용” 공급에 대하여 부가가치세 공급가액 108,544,750원, 세액 10,854,475원을 과세표준으로 계산하고, 매입계산서 수취분 공급가액 400,007,862원, 세액 40,000,786원을 공제받지 못할 매입세액으로 계산하여 신고하였다. 즉, 청구인은 오피스텔과 주택 겸용건물 신축과 관련하여 과세매입 부분을 당초 매입세액공제 받았으나, 2016.2기 과세 해당분 오피스텔이 상시 주거용으로 사용된 것으로 보아 면세전용으로 부가가치세 신고하였고, 동시에 매입세금계산서 수취분도 면세전용에 사용되는 부분에 관한 것으로 보아 매입세액 불공제하여 신고한 것이다. 따라서, 면세전용으로 부가가치세 납세의무는 소멸하였음에도 쟁점건물의 양도에 대하여 부가가치세 재화의 공급으로 보아 재차 납세의무를 부여하는 것은 위법하다. 과세관청도 다음과 같이 근린생활시설을 상시 주거용으로 임대하다가 양도할 경우에는 부가가치세가 면제된다고 회신한 바 있다. 사전-2017-법령해석부가-0286(2018.5.14.) 근린생활시설 및 다중주택으로 신축된 건물을 원룸 형태로 개조하여 주택으로 임대 후 양도하는 경우 주거전용면적의 합계가 국민주택규모 이하인 다중주택의 양도는 부가가치세가 면제되며, 근린생활시설의 양도는 상시 주거용 임대인지 일시적, 잠정적 임대인지에 따라 해당 건물의 양도 시 과·면세가 달라짐 [답변내용] 주택신축판매업을 영위하는 사업자가 단독주택(다중주택) 및 근린생활시설로 건축허가를 받아 신축한 건물을 용도변경의 허가를 받지 아니하고 건물 전체를 원룸 형태로 개조하여 주택으로 임대하다 양도하는 경우로서 주거전용면적의 합계가 국민주택규모 이하인 단독주택(다중주택)의 양도는 조세특례제한법 제106조제1항제4호 및 같은 법 시행령 제106조제4항제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 것이며, 근린생활시설을 상시 주거용으로 임대하여 부가가치세법 제10조제1항제1호 에 따라 부가가치세가 과세된 근린생활시설의 양도는 같은 법 제14조제2항제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 것임.
• 나. 설혹, 재차 부가가치세 공급으로 볼 경우에도, 쟁점건물 과세대상 계산근거의 오류로 정당세액을 초과한 처분은 위법하다.

1. 쟁점건물의 양도계약서는 오피스텔과 주택 구분없이 1,920백만원으로 양도되었으므로, 과세대상 공급인 오피스텔 부분을 안분계산하여야 하는데, 조사청은 부산서구청에서 통보된 쟁점건물 각 호로 구분된 양도가액을 그대로 사용하였다. 부산서구청의 자료는 부동산실거래 매매 후 2달 이내에 양도자, 양수자, 부동산중개사 등 1인이 실거래가를 신고한 자료를 관리하는데, 이 건의 경우 부동산중개업자가 부산서구청에 부동산실거래가 신고를 하는 과정에서 겸용건물의 경우 반드시 각 호로 구분하여 거래가액을 기재하여야 하므로 임의로 기재한 것에 불과한 것으로, 양도자와 양수자의 거래계약서 내용과 무관하여 안분계산의 자료가 될 수 없다. 2) 부가가치세법 제29조제9항, 같은 법 시행령 제64조제2호에 따른 정당한 부가가치세 고지세액은 86,438,616원으로 그 초과한 처분은 위법하다. 쟁점건물의 양도계약서에 따라서 과세와 면세 공급가액이 구분되지 아니한 경우이고, 감정평가가액이 존재하지 아니하나 취득시의 토지취득원가와 건물공사에 관한 적경 증빙의 원가자료가 있는 경우이므로 부가가치세법 시행령제64조제2호에 해당하는 방법으로 과세분의 공급가액을 산출하면 86,438,616원에 해당한다(붙임1. 산출내역). 따라서, 그 초과세액은 위법하다. (소득세 부분)

• 가. 쟁점건물을 하나의 매매단위로 일괄매도하였고, 주택부분이 주택 외 부분보다 넓어 소득세법 시행령 제122조제4항 에서 규정하고 있는 주택신축판매업자에 해당하므로 토지 등 매매차익 예정신고 의무가 없다. 쟁점건물을 하나의 매매단위로 양도한 경우로서 주택면적 358㎡, 주택 외 면적 353㎡로서 주택면적이 더 큰 경우로서 소득세법 시행령 제122조제4항 에 따라 주택신축판매업(건설업)이므로, 토지 등 매매차익 예정신고 대상인 부동산매매업자에 해당되지 아니한다.
• 나. 조사청은 토지 등 매매차익 무신고 부분에 관한 무신고 가산세를 부과처분하였으나, 추계결정시 공제하는 매입비용을 고려할 경우 매매차익이 ‘0원’으로 무신고 가산세 처분은 위법하다. 조사청은 쟁점건물의 과세대상 오피스텔 건물양도가액 923,402,655원에 대하여 추계로 산출한 필요경비 577,680,702원에 대한 매매차익 345,721,953원을 산출하여 산출세액 111,974,342원에 대한 토지 등 매매차익 예정신고 무신고 가산세 20%를 적용하여 22,394,868원을 산출하였으며, 그 외 소득금액 등 조정으로 인하여 이 건 소득세 가산세 16,879,470원을 부과처분한 것으로 확인된다(붙임2 조사청 산출근거). 조사청은 추계결정하면서 기준경비율을 적용하였는데, 기준경비율을 적용하면서 소득세법 제143조 【추계결정 및 경정】제1호가목의 매입비용 등을 누락하였는바, 토지매입비용, 매입세금계산서, 계산서 등 객관적으로 확인되는 증빙과 과세관청에 신고한 적격증빙의 매입비용 등이 345,721,954원을 훨씬 초과하여 토지 등 매매차익이 0원(계산상은 음수)이므로 예정신고 무신고 가산세 부과처분은 위법하다(붙임3 주요 매입비용 및 오피스텔 공급에 대응하는 매입비용 산출근거).

• 가. 쟁점오피스텔은 건축법상 업무시설로 건축허가를 받고, 업무시설로 사용승인을 받은 것으로 부가가치세 과세대상에 해당하며, 일시적인 주거사용 후에 양도한 경우 과세재화의 공급에 해당한다.

1. 사업자의 재화의 공급에 대한 면세규정인 조세특례제한법제106조제1항제4호, 같은 법 시행령 제51조의2제3항 등은 주택법에 따른 국민주택 규모 이하의 주택 및 그 주택의 건설용역에 대하여 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있는바, 부가가치세가 면제되는 재화의 공급은 주택법상 국민주택 이하인 경우에만 해당하고, 쟁점오피스텔은 사용승인일부터 이 건 양도 시까지주택법상 주택으로 변경된 사실이 없으므로 쟁점오피스텔 공급은 부가가치세법상 부가가치세가 면제되는 공급에 해당되지 아니한다. 조세심판원은 2017.12.20. 조세심판관 합동회의를 통해 조세특례제한법에서 국민주택 규모 이하의 주택에 대하여 부가가치세를 면제한다는 규정은 주택법에 의한 국민주택에 해당하는 경우에만 해당하고 업무시설을 주거용으로 사용한다 하더라도 부가가치세가 면제되지 않는다고 결정하였다(조심2017중5031, 2017.12.22, 조심2018중1075, 2018.

5. 15, 조심2018중0978, 2018.04.27. 등 같은 뜻). 청구인이 인용한 국세청 질의회신에서도 주택으로 일시적, 잠정적 사용한 후에 양도하는 경우에는 과세공급이라고 회신하였으며, 이 건 청구인은 2016.9.27. 쟁점건물 사용승인 후, 2016.11.21. 양도하였으므로 면세전용 주거로 사용하였다고 할지라도 일시적, 잠정적 사용에 불과한 것으로 쟁점오피스텔 양도는 부가가치세 과세대상 거래에 해당한다. 따라서, 조세특례제한법이 면세대상 재화로 규정한 것 외의 과세재화를 사업자가 공급할 경우에는 면세로 전용되었다고 할지라도 과세거래로 이행될 때에는 과세대상 거래로 본 이 건 처분은 적법하다.

2. 조사청의 쟁점건물의 과세, 면세 안분계산은 지방자치단체에서 회신한 자료에 근거한 것으로 적법하다. 국세청 전산자료시스템에 수록된 쟁점건물의 각 호실 신고금액은 지방자치단체에서 회신받은 것으로 이 건 처분은 근거과세로서 적법하다.

• 나. 청구인은 부동산매매업자로서 오피스텔 공급분에 대한 매매차익은 소득세법에 따른 예정신고의무를 미이행한 것으로 가산세 대상에 해당한다. 청구인은 쟁점건물을 하나의 매매단위로 일괄매도하였고, 주택부분이 주택 외 부분보다 넓어 소득세법 시행령 제122조제4항 에서 규정하고 있는 주택신축판매업자(건설업자)에 해당하므로 토지 등 매매차익 예정신고의무가 없다고 주장한다. 그러나, 쟁점오피스텔은 각 호별로 구분등기되어 각 호별로 매매가 가능하고, 주거용 건물에 딸린 부속건물로 볼 수 없고, 이 규정은 다가구 주택 또는 일반주택 중 구분등기되지 아니한 겸용주택 등에 적용되는 것이다. 소득세법 시행령 제122조 는 주택과 비주택이 구분되지 아니한 경우에 적용되는 것으로 쟁점오피스텔은 구분등기되어 소득세법 시행령 제122조 적용대상이 아니다. 국세청 예규(법령해석소득-0045, 2016.6.29.)는 부동산매매업에서 발생하는 매매차익 예정신고 대상은 주거용 외 이 건 오피스텔 매매차익에 대하여 소득세법제69조에 따른 예정신고 의무를 명시하고 있다.
• 다. 토지 등 기타 자산의 매매에 대한 구분기장한 사실이 확인되지 아니하여 추계소득결정한 처분은 적법하다. 소득세법 시행령 제128조 제3항 에서는 부동산매매업자는 토지 등과 기타의 자산을 함께 매매하는 경우에는 이를 구분하여 기장해야 한다고 규정하고 있으나 청구인의 경우 구분하여 기장한 사실이 확인되지 않고 토지 등 매매차익 예정신고를 이행하지 않아 소득세법 시행령제129조 제1항 제2호에 따라 추계결정하였다. 다만, 추계결정 시에 매입비용 등 주요경비가 확인되는 경우 이를 반영하여 매매차익을 계산하는 것은 가능한 것으로 판단된다.

4. 관련법령, 판례 등

• 가. 쟁점

1. 오피스텔 면세전용 부가가치세 신고한 이후, 양도할 경우 부가가치세법상 재화의 공급인지 여부

2. (쟁점1 기각시) 부가가치세 과세대상 안분계산 시 부동산거래신고에 관 한 법률에 따라 중개사가 임의로 각 호별로 신고한 가액을 적용하는지 여부

3. 주택면적이 오피스텔보다 넓은 건물을 일괄매도한 경우 전체를 주택으로 보아 부동산매매업으로 볼 수 없는지 여부

4. 토지 등 매매차익에 대한 추계결정시 매입비용을 누락한 처분의 위법여부

• 나. 관련법령 (쟁점1 관련) 1) 부가가치세법 10조 【재화 공급의 특례】

① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 "자기생산ㆍ취득재화"라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다. <개정 2018.12.31>

1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화

2. 제9항제2호에 따른 사업양도로 취득한 재화로서 사업양도자가 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액을 공제받은 재화

3. 제21조제2항제3호에 따른 수출에 해당하여 영(零) 퍼센트의 세율을 적용받는 재화 2) 부가가치세법 제14조 【부수 재화 및 부수 용역의 공급】

① 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수되어 공급되는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

1. 해당 대가가 주된 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

② 주된 사업에 부수되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 별도의 공급으로 보되, 과세 및 면세 여부 등은 주된 사업의 과세 및 면세 여부 등을 따른다.

1. 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

2. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산 과정이나 용역의 제공 과정에서 필연적으로 생기는 재화 3) 부가가치세법 제29조【과세표준】

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다 만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다. <개정 2018.12.31>

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 4) 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. <개정 2015.2.3, 2016.8.31, 2019.2.12>

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

5. 국세청 고시 제2015-43호(2012. 8. 24) 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 경우 과세표준 안분계산방법 고시 제2조(토지와 건물 등의 가액을 일괄 산정ㆍ고시하는 오피스텔, 상업용 건물 및 주택을 공급하는 경우) 사업자가소득세법제99조제1항 제1호 다목 및 라목에 규정하는 오피스텔, 상업용 건물, 주택을 공급하는 경우로서 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호와 같이 과세표준을 계산한다.

1. 토지 및 건물 등의 기준가액 산정 토지의 기준가액은소득세법제99조 제1항 제1호 가목에 따른 토지의 기준시가로 하고, 건물 등의 기준가액은 같은 법 제99조 제1항 제1호 나목의 규정에 따라 국세청장이 고시한 건물의 기준시가의 산정방법을 준용하여 계산한 가액으로 한다.

제3조(건물의 건축 중에 토지와 건물을 함께 공급하는 경우) 사업자가 건물의 건축 중에 토지와 건물의 공급계약을 체결하면서 해당 건물을 완성하여 공급하기로 한 경우로서 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 순서에 따라 과세표준을 계산한다.

1. 토지 및 건물 등의 기준가액 산정 토지는 제2조 제1호에 따른 토지의 기준가액에 의하고, 건물 등은공급계약일 현재에 건축법상의 건축허가조건에 따라 건물이 완성된 것으로 보아 제2조 제1호에 따른 건물 등의 기준가액에 의한다. 다만, 당초의 건축허가조건이 변경되거나 건축허가조건과 다르게 건물이 완성되는 경우에는 해당 건물 등이 완성된 날(완성된 날이 불분명한 경우에는 준공검사일)에 정산하여야 한다.

제1호의 단서규정에 따라 토지와 건물 등의 기준가액을 정산하는 경우에는 제2호의 규정에 따른 과세표준을 정산하여야 한다. 6) 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다. <개정 2013.5.28, 2014.12.23, 2016.1.19, 2016.12.20, 2017.12.19>

1. 제94조제1항제1호에 따른 토지 또는 건물

• 가. 토지 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건물 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액
• 다. 오피스텔 및 상업용 건물 건물에 딸린 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도·면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔 및 상업용 건물(이에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정·고시하는 가액
• 라. 주택 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제17조제1항 단서에 따라 국세청장이 결정·고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다. (쟁점2 관련)

7. 부동산거래신고에 관한 법률【부동산 거래의 신고】

① 거래당사자는 부동산등에 관한 매매계약을 체결한 경우 그 실제 매매가격 등 대통령령으로 정하는 사항을 거래계약의 체결일부터 60일 이내에 그 부동산등(권리에 관한 매매계약의 경우에는 그 권리의 대상인 부동산을 말한다)의 소재지를 관할하는 시장(구가 설치되지 아니한 시의 시장 및 특별자치시장과 특별자치도 행정시의 시장을 말한다. 이하 같다)ㆍ군수 또는 구청장(이하 "등록관청"이라 한다)에게 공동으로 신고하여야 한다. 다만, 거래당사자 중 일방이 신고를 거부하는 경우에는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 단독으로 신고할 수 있다.

② 개업공인중개사가 공인중개사법 제26조제1항 에 따라 거래계약서를 작성ㆍ교부한 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 개업공인중개사가 같은 항에 따른 신고를 하여야 한다. 이 경우 공동으로 중개를 한 경우에는 해당 개업공인중개사가 공동으로 신고하여야 한다. (쟁점3 관련) 8) 소득세법 시행령 제122조 【부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례】

① 법 제64조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 부동산매매업"이란 한국표준산업분류에 따른 비주거용 건물건설업 (건물을 자영건설하여 판매하는 경우만 해당한다)과 부동산 개발 및 공급업을 말한다. 다만, 한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업(구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우는 제외한다. 이하 "주거용 건물 개발 및 공급업"이라 한다)은 제외한다. <신설 2010.2.18, 2010.12.30>

② 법 제64조제1항에 따른 주택등매매차익은 해당 주택 또는 토지의 매매가액에서 다음 각 호의 금액을 차감한 것 으로 한다. <개정 2007.2.28, 2013.2.15>

1. 제163조제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 양도자산의 필요경비

2. 법 제103조의 규정에 의한 양도소득기본공제금액

3. 법 제95조제2항에 따른 장기보유 특별공제액

③ 제1항 단서를 적용할 때 주거용 건물에는 이에 딸린 토지로서 다음 각 호의 어느 하나의 면적 중 넓은 면적 이내의 토지를 포함하는 것으로 한다. <신설 2010.12.30>

1. 건물의 연면적(지하층의 면적, 지상층의 주차용으로 사용되는 면적, 건축법 시행령 제34조제3항 에 따른 피난안전구역의 면적 및 주택건설기준 등에 관한 규정 제2조제3호에 따른 주민공동시설의 면적은 제외한다)

2. 건물이 정착된 면적에 5배(국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조제1호 에 따른 도시지역 밖의 토지의 경우에는 10배)를 곱하여 산정한 면적

④ 제1항 단서를 적용할 때 주거용 건물의 일부에 설치된 점포 등 다른 목적의 건물 또는 같은 지번 (주거여건이 같은 단지 내의 다른 지번을 포함한다)에 설치된 다른 목적의 건물(이하 이 항에서 "다른 목적의 건물"이라 한다) 이 해당 건물과 같이 있는 경우에는 다른 목적의 건물 및 그에 딸린 토지는 제1항 단서에 따른 주거용 건물에서 제외하는 것으로 하고, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 전체를 제1항 단서에 따른 주거용 건물로 본다. 이 경우 건물에 딸린 토지의 면적의 계산에 관하여는 제154조제4항 을 준용한다. <신설 2010.12.30>

1. 주거용 건물과 다른 목적의 건물이 각각의 매매단위로 매매되는 경우로서 다른 목적의 건물면적이 주거용 건물면적의 100분의 10 이하인 경우

2. 주거용 건물에 딸린 다른 목적의 건물과 주거용 건물을 하나의 매매단위로 매매하는 경우로서 다른 목적의 건물면적이 주거용 건물면적보다 작은 경우

⑤ 주거용 건물과 다른 목적의 건물을 신축하여 판매하는 경우에는 각각 이를 구분하여 기장하고, 이에 공통되는 필요경비가 있는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 안분 계산한다. <신설 2010.12.30>

⑥ 법 제64조의 규정에 의한 세액의 계산 그 밖에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. <개정 2008.2.29, 2010.12.30> 9) 소득세법 기본통칙 64-122…1【부동산매매업 등의 업종구분】

① 영 제122조의 규정에 의한 부동산매매업의 범위는 다음과 같다.

1. 부동산의 매매(건물을 신축하여 판매하는 경우를 포함한다) 또는 그 중개를 사업목적으로 나타내어 부동산(부동산을 취득할 수 있는 권리를 포함한다)을 매매하거나 사업상의 목적으로 부가가치세법상 1과세기간 내에 1회 이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매하는 경우

2. 자기의 토지 위에 상가 등을 신축하여 판매할 목적으로 건축중인건축법에 의한 건물과 토지를 제3자에게 양도한 경우

3. 토지를 개발하여 주택지ㆍ공업단지ㆍ상가ㆍ묘지 등으로 분할판매하는 경우(공유수면매립법제26조의 규정에 의하여 소유권을 취득한 자가 그 취득한 매립지를 분할하여 양도하는 경우 포함)

② 부동산매매ㆍ저당ㆍ임대 등에 따라 행하는 부동산 감정업무를 수행하는 사업은 부동산 감정평가업으로 본다.

③ 부동산매매업의 구분에 있어 토지의 개발이라 함은 일정한 토지를 정지ㆍ분합ㆍ조성ㆍ변경 등을 함으로써 당해 토지의 효용가치가 합리적이고 효율적으로 증진을 가져오게 되는 일체의 행위를 말한다. (쟁점4 관련) 10) 국세기본법 제47조의2 【무신고가산세】

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법 및 종합부동산세법에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다. <개정 2016.12.20>

1. 부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우: 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위인 경우에는 100분의 60)

2. 제1호 외의 경우: 100분의 20 11) 소득세법 제64조 【부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례】

① 대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하 "부동산매매업"이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 "부동산매매업자"라 한다)로서 종합소득금액에 제104조제1항제4호·제8호·제10호 또는 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 매매차익(이하 이 조에서 "주택등매매차익"이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다.

2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액

• 가. 주택등매매차익에 제104조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액
• 나. 종합소득과세표준에서 주택등매매차익의 해당 과세기간 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액

② 부동산매매업자에 대한 주택등매매차익의 계산과 그 밖에 종합소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 12) 소득세법 제69조 【부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부】

① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또한 같다.

② 제1항에 따른 신고를 "토지등 매매차익예정신고"라 한다.

③ 부동산매매업자의 토지등의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매가액에서 제97조를 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104조에서 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 다만, 토지등의 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제104조제1항제2호 및 제3호에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. <개정 2014.1.1>

④ 부동산매매업자는 제3항에 따른 산출세액을 제1항에 따른 매매차익예정신고 기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. <신설 2013.1.1>

⑤ 토지등의 매매차익에 대한 산출세액의 계산, 결정·경정 및 환산가액 적용에 따른 가산세에 관하여는 제107조제2항, 제114조 및 제114조의2를 준용한다. <개정 2013.1.1, 2017.12.19>

⑥ 토지등의 매매차익과 그 세액의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2013.1.1> 13) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항 에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항 에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다) 에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. <신설 2015.12.15>

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 14) 소득세법 시행령 제143조 【추계결정 및 경정】

③ 법 제80조제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다.

1. 수입금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액 (수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 제외한다) 을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 "기준소득금액"이라 한다)으로 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 기준소득금액이 제1호의2에 따른 소득금액에 기획재정부령으로 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우 2021년 12월 31일이 속하는 과세기간의 소득금액을 결정 또는 경정할 때까지는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있다.

• 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액. 다만, 복식부기의무자의 경우에는 수입금액에 기준경비율의 2분의 1을 곱하여 계산한 금액 1의2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법 1의3. 법 제73조제1항제4호에 따른 사업소득(이하 "연말정산사업소득"이라 한다)에 대한 수입금액에 제201조의11제4항에 따른 연말정산사업소득의 소득률을 곱하여 계산한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법

2. 기준경비율 또는 단순경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 사업자의 소득금액을 참작하여 그 소득금액을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 사업자가 없는 경우로서 과세표준확정신고후에 장부등이 멸실된 때에는 법 제70조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준확정신고전에 장부등이 멸실된 때에는 직전과세기간의 소득률에 의하여 소득금액을 결정 또는 경정한다.

3. 기타 국세청장이 합리적이라고 인정하는 방법 15) 소득세법 시행령 제145조 【기준경비율 및 단순경비율】

① 제143조제3항에 따른 기준경비율 또는 단순경비율은 국세청장이 규모와 업황에 있어서 평균적인 기업에 대하여 업종과 기업의 특성에 따라 조사한 평균적인 경비비율을 참작하여 기준경비율심의회의 심의를 거쳐 결정한 경비율로 한다. <개정 2000.12.29, 2002.12.30, 2010.6.8>

② 제1항에 따른 기준경비율심의회는 국세청에 두되, 그 위원장은 국세청차장이 되고, 위원은 경상계대학·학술연구단체·경제단체·금융회사 등으로부터 추천을 받아 국세청장이 위촉하는 자 11인과 기획재정부령으로 정하는 공무원으로 구성한다. <개정 1998.4.1, 2000.12.29, 2008.2.29, 2010.2.18>

③ 국세청장은 당해 과세기간에 적용할 경비율 및 추계방법(2 이상의 추계방법을 정하는 경우에는 그 적용에 관한 사항을 포함한다)을 당해 과세기간에 대한 과세표준확정신고기간 개시 1개월 전까지 기준경비율심의회의 심의를 거쳐 확정하고 이를 고시하여야 한다. <개정 2000.12.29, 2008.2.22, 2010.6.8, 2013.2.15>

④ 기준경비율심의회의 조직·운영에 관하여 필요한 사항은 국세청장이 정한다. <개정 2000.12.29> 16) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. <개정 2005.2.19, 2007.2.28, 2013.6.28, 2016.2.17, 2016.3.31>

• 다. 사실관계 (쟁점1 관련)

1. 청구인의 이 건 관련 사업자등록 사항

• 가) 일반과세 사업자등록(286-12-00***) 내용 상호: □□○빌빌, 개업 및 폐업: 2015.12.15-2017.1.20., 업종: 건설(주택신축판매), 사업장소재지: 부산 서구 ○△동○가 1-00 외
• 나) 면세 사업자등록(576-90-00***) 내용 상호: □□○빌, 개업 및 폐업: 2015.12.15.～2016.4.20., 업종: 건설, 주택신축판매,
• 다) 주택임대 사업자등록 내용 청구인이 제출한 주택임대사업자등록증 발급일: 2016.9.26. 해운대구청장), 등록번호: 2012-○○구-임대사업자-00., 서구 □□로119번지 18(○△동○가 1-05)

2. 쟁점건물 기본사항

• 가) 대지: 2015.12.17. 전양도자로부터 청구인은 쟁점건물 소재지인 부산시 서구 ○△동○가 1-25번지 86.9㎡, 1-34번지 64.8㎡, 1-48번지 21.8㎡ 대지 및 지상 단독주택을 535백만원에 취득
• 나) 건물명칭: □□○빌빌, 토지면적 173.5㎡, 연면적 711.9㎡, 건축물대장 주용도: 공동주택(다세대주택), 층수 8층, 착공 2015.2.23., 사용승인일자 2016.9.27.
• 다) 건물 층별 현황 구분 층별 구조 용도 면적(㎡) 지상 1층 철근콘크리트구조 통신실, 계단실 16.42 지상 2층 철근콘크리트구조 업무시설(오피스텔) 124.22 지상 3층 철근콘크리트구조 공동주택(다세대주택) 92.39 지상 4층 철근콘크리트구조 공동주택(다세대주택) 92.39 지상 5층 철근콘크리트구조 공동주택(다세대주택) 92.39 지상 6층 철근콘크리트구조 공동주택(다세대주택) 92.39 지상 7층 철근콘크리트구조 업무시설(오피스텔) 100.85 지상 8층 철근콘크리트구조 업무시설(오피스텔) 100.85
• 라) 청구인 제출 임대현황 AAA 등 22인이 2016.10.10. 임대일부터 2016.12.18.까지 임대개시되었으며, 공부상 오피스텔인 2층, 7층, 8층에는 2층 4인, 7층 1인, 8층 1인이 임대개시된 것으로 부가가치세 신고서 부속서류에 확인된다.

3. 부가가치세 신고내용 (단위: 백만원) 구분 매출 공급가액 매입 세금계산서 공제받지못할매입세액 매입세액 납부세액 2016.1.기 0 118 10 2016.2.기 108 400 40 10 (쟁점2 관련)

4. 각 호별로 신고한 금액에 대한 부산시 서구 토지관리과 확인사항

• 가) 양도계약서에는 “토지와 건물”에 대하여 양도가액 1,920,000,000원(부가세 별도)로 기재되었다.
• 나) 조사청이 오피스텔 각 호별 양도가액으로 지방자치단체에서 통보하여 국세통합전산시스템에서 확인한바, 그 내용은 다음과 같이 각 호별 양도금액이 구분되어 기재되었다.
• 다) 부산시 서구 토지관리과 담당자와 유선 통화한 사항

(1) 부동산을 양도한 경우, 부동산실거래가 신고의무를 준수하도록 규정되어 있고, 쟁점건물의 경우 부동산중개사가 인터넷 신고방법으로 각 호로 양도가액을 신고한 것으로 심리 중에 유선으로 확인하였다.

(2) 이 건과 같이 각 호가 구분된 경우에는 각 호별로 양도가액을 신고하지 아니할 경우 신고접수가 되지 아니한다고 확인하였다.

(3) 청구인은 부동산중개업자가 신고를 위하여 별다른 기준없이 안분하여 인터넷방식으로 신고한 사실을 추후 확인하였고, 양도거래의 각 당사자는 양도계약서 기재사항 외에는 별도로 각 호별로 구분하여 양도한 사실 및 부동산중개업자에게 각 호별로 구분한 가액을 알려준 사실이 없다고 확인하였다.

(4) 부산시 서구에서 쟁점건물 부동산실거래가 신고내용을 회신한 내용을 보면, 다음과 같이 각 호별로 양도가액을 신고하였으며, 신고한 자는 부동산중개사라고 부산시 서구 담당자가 확인하였다.

• 쟁점건물을 중개한 공인중개사는 다음과 같이 부동산 거래신고에 관한 법률에 의하여 거래계약 체결 후 60일 이내에 실거래가액을 신고하는 규정에 따라 일괄매매한 건을 신고하기 위해서는 각 호별로 구분하여 신고하여야만 하기 때문에 임의로 안분하여 신고한 사실을 확인하였다.

5. 쟁점건물 양도계약서 기재사항 (가) 쟁점건물에 대한 작성일 2016.11.21.자 계약서에는 양도가액은 1,920,000,000원(부가가치세포함금액), 잔금일은 2017.1.20.이며, 계약금은 50,000,000원으로 기재되어 있다. (나) 쟁점건물에 대한 작성일 2016.6.21.자 계약서에는 양도가액은 1,900,000,000원(부가가치세포함금액), 잔금일은 2016.10.31.이며, 계약금은 50,000,000원으로 기재되어 있다. (다) 청구인 제출 통장에는 2016.7.18. 남순재로부터 자기앞수표 50,000,000원이 입금된 사실이 확인된다. (라) 쟁점건물 등기부등본에는 2016.11.21. 매매원인으로 2017.2.1. 등기접수되었다. (마) 조사청은 양도가액을 1,920,000,000원으로 판단하였다.

6. 부가가치세 정당세액 관련 사항 (가) 부가가치세 공급가액의 배부와 관련하여 조사청이 근거로 사용한 지방자치단체에서 국세청에 자료송부한 오피스텔 각 호별 양도 신고금액이 인정되지 아니할 경우, 청구인의 과세분 안분계산 세액에 대하여 조사청이 심리과정 중 부인하지 아니하였다. (쟁점3 관련)

7. 청구인이 쟁점건물을 일괄양도하였고, 주택이 주택 외 면적보다 넓으므로 부동산매매업자가 아니라는 근거 규정 소득세법 시행령제122조제4항이 인용한 통계청 한국표준산업분류표 해당 부분 (가) 제122조제4항은 제1항을 적용할 때 주거용 면적 > 주거용 외 면적이면서 하나의 매매단위로 매매하는 경우 그 전체를 제1항 단서에 따른 주거용 건물로 보도록 규정하고 있다. (나) 제122조 제1항 한국표준산업분류표해당 부분의 분류사항 소득세법 시행령제122조【부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례】

① 법 제64조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 부동산매매업"이란 한국표준산업분류에 따른 비주거용 건물건설업 (건물을 자영건설하여 판매하는 경우만 해당한다)과 부동산 개발 및 공급업을 말한다. 다만, 한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업 (구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우는 제외한다. 이하 "주거용 건물 개발 및 공급업"이라 한다) 은 제외 한다. <신설 2010.2.18, 2010.12.30> (다) 통계청표준산업분류 해당부분 대분류 소분류 세분류 건 설 업 주거용 건물건설업 단독주택건설업 아파트건설업 기타 공동주택건설업(4층이하 연립, 4층이하 다세대) 비주거용 건물건설업 사무, 상업용 및 공공기관용건물건설(오피스텔) 제조업 및 유사산업용건물건설 기타 비주거용건물건설 부 동 산 업 주거용 건물개발및공급업 직접 건설활동을 수행하지 않고, 전체 건물 건설공사를 일괄도급하여 주거용 건물을 건설하고, 이를 분양․판매하는 산업활동 비주거용 건물개발및공급업 한국표준산업분류표는 해당부분은 ‘건설업’, ‘부동산업’으로 대분류되며, 대분류 건설업 중에서 비주거용 건물건설업은 사무, 상업용 및 공공기관용 건물을 건설하는 산업활동을 말하고, 예시로서 교육연구시설 및 의료시설용 건물건설, 상점 및 쇼핑센터건설, 호텔, 기숙사, 군인 막사 등 숙박시설, 각종 오락 및 상업시설용 건물 건설, 경찰서 및 소방서 건설, 오피스텔 건설을 말한다. 대분류 건설업 중에서 주거용 건물건설업은 단독주택 건설업, 아파트 건설업, 기타 공동주택 건설업으로 소분류되고, 기타 공동주택 건설업은 “4층이하이며, 660㎡ 이하 다세대 주택건설과 4층 이하이며 660㎡이하 연립 주택 건설”을 말한다. (라) 4층을 초과하는 즉, 5층 이상의 연립․다세대주택 혹은 4층 이하일 경우에도 660㎡초과하는 연립․다세대주택은 한국표준산업분류표주거용 건물건설업에 해당되지 아니한 점이 확인된다. (마) 오피스텔은 주거용 건물건설업이 아닌 비주거용 건물건설업에 분류되는 점이 확인된다. (바) 청구인은 관할세무서에 사업자등록 시 일반과세 주택신축사업자로 등록하였으며, 쟁점건물은 8층 건물로서 주거용 건물 층과 주거용 외 건물 층이 다른 층으로 구분되었다. (쟁점4 관련)

8. 사업장 주요경비 관련 국세통합전산시스템 확인내용 (가) 국세통합시스템에서 확인되는 쟁점건물 신축 이전 구 건물 매입, 신축에 관련된 매입세금계산서, 계산서 신고사항은 다음과 같이 확인된다. (단위: 원) 소계 구 건물 및 대지 매입세금계산서 계산서 1,397 535 404 458 (나) 쟁점건물 신축 이전에 동 소재지 단독주택 양도자는 쟁점 토지 및 단독주택을 535백만원에 양도한 사실이 국세통합시스템에서 확인된다. (다) 부가가치세 신고 중 매입세금계산서 내용 (단위: 백만원) 구분 상호 업종 2016.1기 주식회사 YY 건설업 103 ㈜HHH종합건축사사무소 서비스, 건축사 10 그 외 5 2016.2기 주식회사 YY 건설업 301 ㈜HHH종합건축사사무소 상동 5 그 외 94 (라) 계산서합계표 제출내용 (단위: 백만원) 구분 상호 업종 2016년 상반기 주식회사 YY 건설업 179 2016년 하반기 주식회사 YY 건설업 279

9. 소득세 정당세액 관련 부동산매매업자의 토지 등 매매차익예정신고 무신고 가산세에 관하여 조사청은 심리과정 중 청구인의 토지매입가액, 매입세금계산서 가액, 계산서 가액을 부인하지 아니하고, 청구인이 주요 매입을 추가하여 매매차익이 0원이 된다는 점에 관하여 부인하지 아니하였다.

• 라. 판단

1. 쟁점오피스텔을 면세전용으로 부가가치세 신고한 이후, 양도할 경우 부가가치세법상 재화의 공급에 해당하는지 여부 구 조세감면규제법(1991.12.27. 법률 제4451호로 개정되기 전의 것) 제74조 제1항제1호 소정의 부가가치세가 면제되는 국민주택은, 위 법의 목적 등에 비추어 적어도 주택의 용도로 적법하게 건축허가를 받아 그에 따라 건축된 건물만 해당되고 이 사건의 경우와 같이 근린생활시설로 건축허가를 받아 준 공검사까지 마친 다음, 용도변경의 허가를 받음이 없이 주택으로 개조한 경 우에는 설사 그 면적이 국민주택 규모에 해당한다고 하더라도, 위 규정 소정의 부가가치세가 면제되는 국민주택에 해당한다고 할 수 없는 것(대법원96누8758, 1996.10.11.)으로 쟁점오피스텔은 주택으로 용도변경의 허가를 받은 사실이 없으므로 과세되는 재화로서 공급되었으며, 매입 때와 공급 때의 공급가액 차이만큼 부가가치가 증가된 점으로 보아 부가가치세법상 재화의 공급에 해당한다.

2. 부가가치세 과세대상 안분계산시 부동산거래신고에 관한 법률에 따라 부동산중개업자가 임의로 각 호별로 신고한 가액을 적용하는지 여부 조사청이 쟁점오피스텔 각 호의 양도가액 근거로 삼은 지방자치단체에서 통보한 신고금액은 부동산중개업자가 부동산거래신고에 관한 법률에 따라 해당 지방자치단체에 신고하면서 당사자의 양도계약서 및 세법 규정과 무관하게 편의상 임의로 안분하여 각 호별로 신고한 금액인 점이 부동산중개업자의 확인서 등으로 확인되어 적법한 방법에 해당되지 아니하고, 청구인이 세법에 따른 적법한 안분계산 결과로 제시한 정당세액 86,438,616원을 조사청도 배척하지 아니하므로 86,438,616원을 초과하는 부가가치세 처분은 위법한 것으로 판단된다.

3. 주택면적이 오피스텔보다 넓은 건물을 일괄매도한 경우 전체를 주택으로 보아 부동산매매업으로 볼 수 없는 것인지 여부 소득세법 시행령제122조제4항은 주거용 건물에 딸린 다른 목적의 건물과 주거용 건물을 하나의 매매단위로 매매하는 경우로서 다른 목적의 건물면적이 주거용 건물면적보다 작은 경우에는 그 전체를 주거용 건물로 본다고 규정하고 있는바, 쟁점건물은 주거용 건물과 다른 목적의 건물이 다른 용도로서 독립적으로 구분등기되었으므로 주거용 건물에 딸린 다른 목적의 건물에 해당되지 아니하여 이 부분 처분은 적법한 것으로 판단된다.

4. 토지 등 매매차익에 대한 추계결정시 매입비용을 누락한 처분의 위법여부 조사청은 쟁점오피스텔의 매매차익을 소득세법 시행령제143조제3항에 따라 추계결정하면서 매매차익에 대하여 예정신고 무신고 가산세를 부과하였다. 그런데, 쟁점오피스텔의 매입과 관련된 토지구입비용, 부가가치세 신고서에서 확인되는 매입세금계산서 및 과세관청에 신고한 계산서합계표상의 계산서 비용을 수입금액에서 공제하지 아니한 사실이 확인되므로 매입비용을 청구인 주장과 같이 추가로 공제하는 것이 타당하고, 조사청도 매입비용이 확인될 경우 추가로 공제하여야 한다는 의견이다. 또한, 조사청은 매입비용을 공제할 경우 매매차익이 0원이 되어 토지 등 매매차익 예정신고 무신고 가산세가 발생하지 아니한다는 청구인 주장을 배척하지 아니하므로 이 부분 소득세 가산세 16,879,470원의 부과처분은 위법한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법제65조제1항제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.