경정청구 당시 주장하지 않았던 이자비용을 재조사 과정에서 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

○○세무서장이 청구인에 대한 심사청구 재조사결정(사건번호: 심사소득2017-○○○○)에 따라 2018.9.13. 청구인에게 한 2011년 과세연도 종합소득세 606,813,040원의 감액경정처분은, 이자비용 27,155,051원 및 공사비용에 대한 지연이자 76,780,000원을 필요경비로 추가 인정하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2008.8.9. 개업하여 AA산업개발이라는 상호로 건물신축판매업을 영위하는 개인사업자로, 2008년부터 2011년까지 서울 ○○구 ○○동 ○○○-○○ 대 535.3㎡ 위에 지하 3층∼지상 15층 규모의 근린생활시설인 AA빌딩을 신축하여 분양한 후, 2012.6.19. 2011년 과세연도의 총수입금액은 53,009,899,014원, 필요경비는 35,696,073,983원, 납부할 세액은 3,515,025,244원으로 하여 종합소득세 확정신고하였다.
• 나. 처분청은 2012.10.25. 청구인의 2011년 과세연도 부가가치세 신고서상 과세표준금액과 종합소득세 신고서상 총수입금액이 서로 다른 사실을 확인하고, 청구인의 종합소득세 신고서상 총수입금액 53,009,899,014원은 과다신고된 것으로 보아 부가가치세 신고서상 과세표준인 41,462,285,559원으로 하여 감액함과 동시에, 필요경비는 종합소득세 신고서상의 총수입금액 대비 매출원가비율 65.7%로 하여 납부할 세액을 산정하고, 과다신고한 세액 1,659,542,795원을 감액경정하였다.
• 다. 한편, 처분청은 2013.4.12.부터 2013.5.1.까지 청구인의 2011년 과세연도 종합소득세에 대한 부분조사를 실시한 결과, 과소신고된 분양수입금액 8,182,484,318원을 증액하여 총수입금액을 49,644,769,877원으로 증액경정하면서 청구인이 2012.6.19. 당초 종합소득세 신고 시 반영하지 않은 대출금이자 1,371,024,639원, 외주공사비 4,620,718,182원 등 합계 7,006,445,085원의 필요경비를 추인하고, 기타 조사사항을 감안하여 추인된 필요경비 중 분양된 총수입금액에 대응되는 필요경비 상당액 5,665,052,863원을 증액하여 2013.7.1. 청구인에게 2011년 과세연도 종합소득세 1,756,927,566원을 경정·고지하였다.
• 라. 이에 대해 청구인은 2017.6.30. ① 이자비용 1,613,242,340원(이하 “쟁점이자비용”이라 한다) 및 ② 추가공사비용 1,249,600,000원과 그 지연이자 275,149,726원 합계 1,524,749,726원(이하 “쟁점공사비용 및 그 지연이자”라 한다)을 2012.6.19.자 당초 종합소득세 신고시 필요경비로 산입하지 않았다고 주장하며 2011년 과세연도 종합소득세 1,080,765,888원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였는데, 처분청은 2017.8.25. 경정청구기간 도과를 이유로 이를 거부하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2017.11.21. 심사청구(사건번호: 심사 소득2017-○○○○)를 제기하였는데, 2018.5.11. 다음과 같은 주문의 재조사 결정이 이루어졌다.

처분청이 2017.8.25. 청구인에게 한 2011년 과세연도 종합소득세 1,080,765,888원의 경정청구에 대한 거부처분은, 2013.4.12.부터 2013.5.1.까지 실시한 청구인의 2011년 과세연도 종합소득세 부분조사에서 이자비용 1,613,242,340원, 공사비용 1,249,600,000원 및 그 지연이자 275,149,726원을 필요경비로 추인하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

• 바. 처분청은 위 재조사 결정에 따라 2018.8.1.부터 2018.9.13.까지 청구인의 2011년 과세연도 종합소득세에 대한 재조사를 하였다. 먼저 쟁점이자비용 관련하여 처분청은, 청구인이 2011년도에 실제로 지급한 이자비용이 2,576,172,521원이 아니라 3,974,352,211원인 사실을 확인하였다. 이에 처분청은 2013년 부분조사 당시 2011년 지급된 총 이자비용 중에서 1,371,024,639원이 추인되었다고 인정하고, 나머지 2,603,327,572원(= 3,974,352,211원 - 1,371,024,639원)이 2011년 과세연도 종합소득세 필요경비로 반영되지 않았다고 보았으나, 재조사 결정의 주문에 기재된 1,613,242,340원만을 필요경비로 인정하였다. 다음으로 쟁점공사비용 등과 관련하여 처분청은, 2013.4.12부터 2013.5.1.까지 실시한 종합소득세 부분조사에서 공사비용 1,249,600,000원 및 그 지연이자 275,149,726원이 이미 필요경비로 추인되었다는 이유로 필요경비를 부인하였다. 처분청은 2018.9.13. 위와 같은 재조사 결과를 토대로 쟁점이자비용 1,613,242,340원을 필요경비로 인정하고, 종합소득세 606,813,040원을 감액경정하였다.
• 사. 청구인은 이에 불복하여 2018.12.26. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 추가 이자비용 관련 처분청은 재조사 과정에서 청구인이 경정청구 당시 주장한 이자비용보다 더 많은 이자비용이 지출된 사실을 추가적으로 확인하였다. 그럼에도 불구하고 처분청은 재조사 결정의 주문에 기재된 쟁점이자비용 1,613,242,340원만 필요경비로 인정하였는바, 이는 실질과세의 원칙에 반한다.
• 나. 쟁점공사비용의 지연이자 관련 쟁점공사비용 등이 부분조사 당시 필요경비로 추인되었는지 여부와 관련하여, 청구인 역시 쟁점공사비용 1,249,600,000원이 부분조사 당시 필요경비로 인정된 사실을 인정한다. 그러나 부외처리 된 쟁점공사비용의 지연이자 275,149,726원은 부분조사 당시 추인된 사실이 없다. 따라서 쟁점공사비용이 추인된 사실만 으로 쟁점공사비용에 대한 지연이자까지 필요경비를 부인하는 것은 부당하다.
• 다. 이월결손금 공제 및 기타 필요경비 추인 청구인은 AA빌딩을 신축분양하였으나, 실질적으로 이익은 없고 결손이다. 그런데 세무대리인이 기장을 잘못한 탓에 청구인에게 약 30억 원의 체납만 발생하였는바, 아래 이월결손금 977,232,718원(2006년∼2008년) 및 지급수수료 532,150,000원(2006년∼2010년) 내역을 고려하여 청구인의 체납액에 충당해 달라. 이월결손금 및 지급수수료 내역

2006년 318,926,484원 2007년 192,789,287원 2008년 465,516,947원

2006년 32,150,000원 2007년 70,000,000원 2008년 305,000,000원 2009년 105,000,000원 2010년 20,000,000원

처분청은 2018.8.1부터 2018.9.13.까지 재조사 결정에 따른 재조사를 하였는데, 재조사 결정문 주문에 기재된 쟁점이자비용 1,613,242,340원 전부 필요경비로 인정하였다. 따라서 재조사 범위를 벗어난 이자비용에 대해 필요경비로 인정해달라는 청구인의 주장은 재조사 결정문 주문의 범위를 벗어난 것일 뿐만 아니라, 경정청구기간이 만료된 것으로 이유 없다.

• 가. 쟁점

1. 경정청구 당시 주장하지 않았던 이자비용을 재조사 과정에서 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

2. 공사비용 지연이자를 필요경비로 인정할지 여부

3. 이월결손금 공제 및 기타 필요경비 추인 여부

• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】[2014.12.23-12848호]

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. (중략)

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 1-1) 국세기본법 시행령 제25조의3 【경정 등의 청구】 법 제45조의2 제1항ㆍ제2항 및 제4항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 하려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 결정 또는 경정 청구서를 제출(국세정보통신망을 활용한 제출을 포함한다)하여야 한다.

1. 청구인의 성명과 주소 또는 거소

2. 결정 또는 경정 전의 과세표준 및 세액

3. 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액

4. 결정 또는 경정의 청구를 하는 이유

1-2) 국세기본법 시행규칙 제12조의2 【경정 등의 청구】 영 제25조의3에 따른 결정 또는 경정의 청구는 별지 제16호의2서식의 과세표준 및 세액의 결정(경정) 청구서에 최초의 과세표준 및 세액신고서 사본과 경정청구 사유를 객관적으로 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 하여야 한다. 2) 국세기본법 제65조 【(결정)】 [2016.12.20-14382호]

① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소·경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

⑤ 제1항제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다. 이 경우 처분청은 제81조의7 및 제81조의8에 따라 조사를 연기하거나 조사기간을 연장하거나 조사를 중지할 수 있다. <신설 2016.12.20>

⑥ 제1항제3호 단서 및 제5항에서 규정한 사항 외에 재조사 결정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <신설 2016.12.20>

• 부칙 제4조【재조사 결정에 관한 적용례】

② 제65조제1항제3호 단서(제66조제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다), 제65조제5항(제66조제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다), 제81조의4제2항제4호 및 제81조의15제4항제2호 단서의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정하는 분부터 적용한다. 2)-1 국세기본법 시행령 제52조의2 【재조사 결과에 따른 처분의 통지】 처분청은 법 제65조제5항(법 제66조제6항, 제81조 및 제81조의15제5항에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 재조사 결과에 따라 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정을 하거나 필요한 처분을 하였을 때에는 그 처분결과를 지체 없이 서면으로 심사청구인(법 제66조제6항, 제81조 및 제81조의15제5항에서 준용하는 경우에는 이의신청인, 심판청구인 또는 과세전적부심사 청구인을 말한다)에게 통지하여야 한다. 3) 소득세법 시행령 제55조 【사업소득의 필요경비의 계산】

① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.

13. 총수입금액을 얻기 위하여 직접 사용된 부채에 대한 지급이자

27. 제1호 내지 제26호의 경비와 유사한 성질의 것으로서 당해 총수입금액에 대응하는 경비

• 다. 사실관계

1. 청구인의 2011년 과세연도 종합소득세 확정신고 및 경정내역 등 청구인의 종합소득세 확정신고(경정청구) 및 처분청의 경정내역과 관련된 필요경비의 주요 내용은 다음과 같다. [표1] 신고 및 경정내역 (단위: 백만원) 구분 확정신고 처분청의 경정내역 경정청구 감액경정1) 부분조사경정 신고(고지)일 2012.06.19. 2012.10.25. 2013.07.01. 2017.06.30. 수입금액 53,009 41,462 49,644 53,009 필요경비 △35,696 △28,802 △34,467 △38,783 필요경비 주요 내용 ․이자비용 △962 (이자비용으로 계상 △39 + 분양대행수수료로 계상 △923) ․외주가공비 △0 ․매출원가를 확정신고서상 총수입금액 대비 매출원가율 65.7%적용 ․이자비용 △1,371 추인 ․외주공사비 △4,620 추인 ․기타 합계 △7,006 추인2) ․쟁점이자비용 △1,613 ․쟁점공사비용 등 △1,524 사업소득금액 17,313 12,660 15,177 14,226 이월결손금 공제 △4,081 △4,081 △1,920 △4,081 종합소득금액 13,232 8,578 13,256 10,144 과세표준 13,228 8,574 13,252 10,140 산출세액 4,615 2,986 4,623 3,534 결정세액 4,614 2,985 4,622 3,533 총결정세액 4,614 3,020 4,777 3,533 기납부세액 당초고지세액 △1,099 △1,099 △3,581 △1,099 △1,921 △1,099 고지(납부) 또는 환급 세액 3,515 △1,659 1,756 △1,0813) 1) 부가세신고서와 소득세 신고서간 수입금액 차이로 인하여 감액경정 2) 분양된 수입금액에 대응하는 필요경비 상당액(△5,665백만원) 추인 3) 경정청구세액(△1,081백만원): 경정청구시 산정한 납부세액 2,434백만원 - 당초 신고시 납부세액 3,515백만원

2. 청구인이 확정신고 당시 계상한 이자비용 및 공사비용

• 가) 이자비용 계상내역 청구인은 확정신고 당시 ① 영업외비용 항목 중 이자비용 계정에 39,589,091원, ② 공사원가 중 분양대행 수수료 계정에 923,341,521원, 합계 962,930,181원을 이자비용으로 계상하였다.
• 나) 쟁점공사비용 등 관련 청구인은 확정신고 당시 외주가공비 계정과목에 0원을 계상하였다. 표준원가명세서 2011년 단위: 백만원 계 정 과 목 금 액 비고 Ⅰ. 당기제조비용(1+2+3) 562 (작성요령)

1. 대상자: 제조, 광업, 채석업, 건설업 그 밖에 별도의 원가계산이 필요한 업종

2. 그 밖의 사항은 표준대차대조표 작성요령과 동일

• 가. 기초재료재고액
• 나. 당기재료매입액
• 다. 기말재료재고액

• 가. 급료 및 임금·제수당
• 나. 퇴직급여(충당금전입액포함)

562

• 가. 전력·가스∙수도비
• 나. 운임 다. 감가상각비
• 라. 수선비 마. 소모품비
• 바. 세금과 공과 432
• 사. 임차료 아. 보험료
• 자. 복리후생비
• 차. 여비교통비
• 카. 접대비
• 타. 차량유지비
• 파. 외주가공비 0
• 하. 기타 130 Ⅱ. 기초재공품재고액 34,256 Ⅲ. 합계(Ⅰ+Ⅱ) 34,818 Ⅳ. 기말재공품재고액 Ⅴ. 고정자산(또는 타계정)대체액 Ⅵ. 당기제품제조원가(Ⅲ-Ⅳ-Ⅴ) 34,818

3. 처분청이 증액경정 당시 추인한 이자비용 및 공사비용

• 가) 이자비용 추인내역 처분청은 청구인에 대한 부분조사 당시 [표2]과 같이 ‘AA빌딩 공사원가 및 판관비의 대응원가 조정명세’를 작성하였는데, 이에 따르면 처분청이 1,371백만원을 이자비용으로 추인한 사실이 나타난다([표2] 음영표시). [표2] AA빌딩 공사원가 및 판관비의 대응원가 조정명세 (단위: 백만원) 구분 계 2011년 2008～2010년 당초 신고 조사 조정 과다 과소 당초신고 조사조정 과다 과소 당초 신고 조사조정 과다 과소 총계 39,557 37,964 1,592 1,543 9,207 △7,664 38,014 28,756 9,257 공사원가계 35,509 35,500 9 562 7,568 △7,006 34,946 27,931 7,015 대출금이자 9,644 10,161 △517 1,371 △1,371 9,644 8,790 853 외주공사비 7,332 8,4681) △1,136 4,620 △4,620 7,332 3,847 3,484 건설용지비 12,000 11,930 69 12,000 11,930 69 설계감리비 450 569 △119 30 83 △53 420 486 △65 세금및공과 1,513 710 802 432 432 1,080 277 802 지급수수료 4,368 3,559 808 100 1,061 △961 4,268 2,498 1,769 광고선전비 99 99 99 99 분양팀지원비 101 101 101 101 판관비소계 4,047 2,463 1,583 980 1,638 △657 3,067 825 2,241 분양대행 수수료 3,328 2,405 9242) 928 1,586 △657 2,400 818 1,581 광고선전비 165 58 106 51 51 113 6 106 지급이자 553 553 553 553 1) 서울남부지방법원 판결문(2011가합○○○○○ 공사대금)에 따르면, 청구인이 ㈜ BBB에게 도급한 금액은 당초 8,065백만원, 추가 공사비 1,249백만원(공급가액은 1,136백만원으로 위 표에서 필요경비로 추인된 것으로 나타남) 합계 9,314백만원으로 공급가액으로 환산한 금액은 8,468백만원임 2) 청구인이 확정신고 당시 이자비용으로 계상한 923,341,521원 상당임
• 나) 공사비용 추인내역 처분청은 당초 신고서상 반영되어 있지 않은 외주공사비 △4,620백만원을 2011년도 필요경비에 추인한 사실이 나타난다([표2] 박스표시).

4. 청구인이 경정청구 당시 주장한 쟁점이자비용 및 쟁점공사비용 등

• 가) 쟁점이자비용 관련 청구인은 2011년 지급한 이자비용이 2,576,172,521원이라고 주장하며 통장사본을 제출하였는데, 통장사본에 기재된 이자비용 지급내역을 표로 정리하면 다음과 같다. [표3] 2011년도 지급이자 비용 (단위: 백만원) 2011년 총계 ▣▣ 저축은행 ◁◁ 저축은행 ♤♤ 저축은행 ▷▷ 저축은행

○○종합 캐피탈 소계 2,576 673 318 671 833 79 9월 1,013 256 139 256 326 35 11월 410

• -

• 410

• 12월 1,152 416 179 415 96 44 청구인은 2017.6.30. 2011년에 지출한 이자비용 2,576,172,521원 중 확정신고 당시 필요경비에 반영한 962,930,181원을 차감한 나머지 1,613,242,340원을 필요경비로 인정하여 줄 것을 청구하였다.

• 나) 쟁점공사비용 등 관련 청구인은 서울남부지방법원 판결문(2011가합○○○○○ 공사대금)을 제출하고, 쟁점공사비용 등의 신고누락을 주장하면서 쟁점공사비용 및 그 지연이자를 필요경비로 인정하여 줄 것을 청구하였다.

5. 처분청의 경정청구 거부처분 및 이에 대한 심사청구

• 가) 처분청의 경정청구 거부처분 처분청은, 청구인의 경정청구는 2013년 청구인에 대하여 실시한 2011년 과세연도 종합소득세 부분조사 당시 증액 경정한 세액을 감액하여 줄 것을 청구하는 불복청구에 해당하는 것으로, 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따른 경정청구기한(90일)을 경과한 부적법한 청구에 해당한다고 판단하여, 2017.8.25. 거부처분하였다.
• 나) 청구인의 심사청구 및 재조사결정

처분청이 2017.8.25. 청구인에게 한 2011년 과세연도 종합소득세 1,080,765,888원의 경정청구에 대한 거부처분은, 2013.4.12.부터 2013.5.1.까지 실시한 청구인의 2011년 과세연도 종합소득세 부분조사에서 이자비용 1,613,242,340원, 공사비용 1,249,600,000원 및 그 지연이자 275,149,726원을 필요경비로 추인하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

(판단부분 발췌)

1. 이 건 경정청구가 ’12년 당초 확정신고에 대한 것으로 적법한 것인지 ’13년 증액경정처분에 대한 것으로 부적법한 것인지 여부 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구하여야 하나(국세기본법 제45조의2 제1항 단서 참조), 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 결정 또는 경정으로 인하여 증가되지 아니한 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액에 대하여는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내 경정청구할 수 있다(법규과-808, 2012.7.18., 징세과-667, 2011.7.5. 참조). 이와 같은 법리 및 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 청구인은 당초 2012.6.19. 수입금액을 53,009백만원, 이자비용 39백만원, 공사원가 562백만원 등 필요경비를 합계 35,696백만원으로 하여 2011년 과세연도 종합소득세를 신고하였는데, 이 건 경정청구는 당초 신고한 위 필요경비에 쟁점이자비용 및 쟁점공사비용 등을 추가로 필요경비로 인정하여 달라는 것으로, 이는 청구인이 당초 신고한 2011년 과세연도 종합소득세의 과세표준 및 세액에 관한 것이고, 2011년 과세연도 종합소득세 법정신고기한인 2012.6.30.이 지난 후 5년 이내인 2017.6.30. 이루어진 것으로 적법하다고 판단된다. 한편, 당초 2011년 과세연도 종합소득세 과세표준확정신고 및 납부계산서에 첨부된 “표준원가명세서”상 공사비용(당기제조비용)은 562백만원에 불과하고, 총결정세액은 4,614백만원인 반면, 처분청의 부분조사 결과 총결정세액은 4,777백만원으로 당초 신고시의 총결정세액보다 단지 163백만원이 증액된 것에 불과하여, 이 건 경정청구세액 1,081백만원은 처분청의 부분조사에 따라 증액경정된 세액에 대한 경정청구로 보기도 어렵다.

2. 쟁점이자비용 1,613백만원 및 쟁점공사비용 등 1,524백만원이 필요경비로 추가 인정되어야 하는지 여부 (중략) 이와 같은 법리 및 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 쟁점이자비용의 경우, ① 청구인은 AA빌딩 신축공사와 관련하여 2009.6.30. 청구인을 위탁자로, CCC자산신탁을 수탁자, 차주를 ㈜DDD엔터(분양대행업체), 대출기관을 ○○저축은행 등 5개 금융기관, 시공사를 ㈜BBB로 하는 사업약정서를 작성한 점, ② CCC 자산신탁 명의 우리은행 계좌를 통하여 2011년 9월～12월 ○○저축은행 등 5개 금융기관에 2,576백만원의 이자비용을 지급한 점, ③ ○○저축은행은 2011.12.29. CCC 자산신탁에 대하여 ○○저축은행 등 5개 금융기관의 대출원리금 상환을 요청한 점 등으로 미루어 보아 쟁점이자비용이 실제로 지급되었다고 판단된다. 그러나 청구인이 2011년 과세연도 종합소득세 신고시 제출한 표준손익계산서상 이자비용으로 기재된 금액은 39백만원에 불과한 점에 미루어 볼 때, 청구인은 당초 2011년 과세연도 종합소득세 신고시 쟁점이자비용을 필요경비로 반영하지 않은 것으로 보인다. 한편 쟁점공사비용 등의 경우, ㈜BBB는 2011.4.15. AA빌딩 신축공사를 완료하고 청구인에게 공급대가 1,249백만원의 전자세금계산서를 발행하였고, 청구인도 이를 2011년 제1기 매입세금계산서 합계표에 포함시켜 부가가치세를 신고하였음에도 1,249백만원을 ㈜BBB에게 지급하지 않아, ㈜BBB가 청구인을 상대로 제기한 공사대금청구의 소 판결(서울남부지방법원2011가합○○○○○)에 따라 청구인에게 쟁점공사비용 등의 지급의무가 발생한 사실이 확정되었다. 그러나 청구인이 2011년 과세연도 종합소득세 신고시 제출한 표준원가명세서상 외주공사비로 기재된 금액은 0원인 점에 미루어 볼 때, 청구인은 당초 2011년 과세연도 종합소득세 신고시 쟁점공사비용 등 역시 필요경비로 반영하지 않은 것으로 보인다. 반면 처분청이 작성한 “AA빌딩 공사원가 및 대응원가 조정명세서”에 따르면, 부분조사시 추인한 2011년 과세연도 이자비용은 1,371백만원으로 쟁점이자비용보다 242백만원이 적고, 대출금 이자 및 외주공사비 계정과목을 보면 구체적인 추인내용 없이 총액만 기재되어 있어, 쟁점이자비용 및 쟁점공사비용 등을 필요경비로 추인하였는지 여부가 불분명하다. 따라서 처분청이 2013.4.12.～2013.5.1. 청구인의 2011년 과세연도 종합소득세에 대한 부분조사시 쟁점이자비용 및 쟁점공사비용 등을 필요경비로 추인하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 청구인의 2011년 과세연도 소득금액을 산출함이 타당하다고 판단된다. 청구인은 이에 불복하여 2017.11.21. 심사청구를 하였는데, 다음과 같은 재조사 결정이 이루어졌다.

6. 재조사 결정에 따른 재조사 결과

• 가) 쟁점이자비용 관련 청구인은 2011.9.부터 2011.12.까지 지출한 이자비용 2,576,172,521원을 기준으로 경정청구를 하였으나, 재조사 과정에서 2011.1.부터 2011.6.까지 지출한 이자비용이 추가로 확인되었고, 그 결과 2011년도에 지급한 총 이자비용이 3,974,352,211원인 사실이 확인되었다. 처분청은 2011년 지급된 위 이자비용 3,974,352,211원 중에서 청구인이 경정청구 당시 주장한 1,613,242,340원을 필요경비로 인정하고, 나머지 부분은 재조사 결정 주문에 포함되어 있지 않을 뿐만 아니라 부과제척기간이 도과하였다는 이유로 필요경비로 인정하지 않았다.
• 나) 쟁점공사비용 등 관련 처분청은 2013.4.12.부터 2013.5.1.까지 실시한 종합소득세 부분조사에서 쟁점공사비용에 대한 지연이자도 필요경비로 반영되었다고 보아 필요경비로 인정하지 않았다.

7. 처분청의 쟁점공사비용 지연이자에 관한 추가 주장 처분청은 쟁점공사비용의 지연이자와 관련하여 추가로 인정할 비용은 76,780,000원에 불과하다는 주장을 하였는데, 그 근거는 아래 [표4]와 같다. [표4] 지연이자 필요경비 계산 내역 항 목 청구금액 조사 결과

① 공사비용 *1) 1,249,600,000 추가공사비: 936,000,000 설계변경: 50,000,000 ㉠ 합 계: 986,000,000

② 지연이자 2) 275,149,726 공사완료일 2011.4.15.(대금지급기일 2011.5.15.) ㉡ 986,000,000×36.5%×230/365=226,780,000 합 계 3) 1,524,749,726 추가로 인정할 비용: (㉠+㉡ 1,212,780,000) - 1,136,000,000 = 76,780,000 1) 청구인이 경정청구 시 제출한 판결문(서울남부지방법원 2011가합○○○○○)에 따르면 쟁점공사비용은 1,249,600,000원이 아니라 986,000,000원임 2) 따라서 공사비용에 대한 지연이자는 275,149,726원이 아니라 226,780,000원임 *3) 처분청은 부분조사 시 청구인이 주장한 공사비용 1,249,600,000원을 필요경비로 전액 인정하여 공사비용을 과다 인정하였으므로, 청구인이 주장하는 지연이자 중 추가로 인정할 부분은 76,780,000원에 불과함

• 라. 판단 먼저 경정청구 당시 주장하지 않았던 이자비용을 재조사 과정에서 필요경비로 인정할 수 있는지 여부에 관하여 살펴본다. 처분청은 재조사 결정서 주문에 기재된 쟁점이자비용인 1,613,242,340원을 필요경비로 인정하였으므로 경정청구 당시 주장하지 않았던 이자비용을 필요경비로 인정해달라는 청구인의 주장은 재조사 결정서 주문의 범위를 벗어난 것일 뿐만 아니라, 경정청구기간이 도과된 것으로 이유 없다고 주장한다. 그러나 ① 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 관하여 조사·확인할 의무가 있고(대법원 2006두13497 판결, 2008.12.24.), ② 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송은 그 거부처분의 실체적·절차적 위법 사유를 취소 원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적 존부라 할 것이며, 과세표준 및 세액의 인정이 위법이라고 내세우는 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과한 것이므로 감액경정청구를 함에 있어 개개의 위법 사유에 대하여 모두 주장하여야 하는 것은 아니고, 감액경정청구 당시 주장하지 아니하였던 사항도 그 거부처분 취소소송에서 새로이 주장할 수 있으며(대법원 2002두9261 판결, 2004.8.16.), ③국세기본법제65조제1항제5호에서 “재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다”라고 규정한 것은 재조사결정에 따른 후속조치를 명확하게 하기 위한 것이지 심사청구 과정에서 확인되지 않은 자료를 재조사 과정에서 배제하려는 취지는 아닌 것으로 보인다. 이와 같은 법리 및 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 건에 관하여 보건대, ① 청구인은 2012.6.30. 2011년 과세연도 종합소득세 3,515,025,244원을 신고하였고, ② 경정청구 기간 내인 2017.6.30. 1,080,765,888원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였으며, ③ 청구인이 현재 주장하는 이자비용이 경정청구 당시 주장한 과세표준 및 세액에 포함되어 있으므로, 경정청구 당시 주장하지 않았던 이자비용이 재조사 과정에서 추가로 확인되는 경우 이를 필요경비로 인정할 수 있을 것으로 판단된다. 다만, 처분청이 재조사 과정에서 필요경비에 반영되지 않았다고 인정한 2,603,327,572원에서 청구인이 신고 당시에 이자비용으로 계상한 962,930,181원 및 재조사 과정에서 필요경비로 추가 인정된 1,613,242,340원을 공제한 나머지 27,155,051원만이 필요경비에 반영되지 않은 이자비용으로 확인되므로, 이에 대하여만 필요경비로 인정함이 상당하다고 판단된다. 다음으로, 공사비용 지연이자를 필요경비로 인정할지 여부에 관하여 살펴본다. 처분청이 작성한 심사청구 재조사 종결 보고서에 따르면 재조사 결정서 주문에 기재된 공사비용 지연이자 275,149,726원이 2013.4.12.부터 2013.5.1.까지 실시한 종합소득세 부분조사에서 이미 필요경비로 반영되었다고 기재되어 있으나, 처분청은 이 건 심사청구 과정에서 공사비용 지연이자가 필요경비로 반영되지 않은 사실을 자인하고 있다. 다만, 청구인이 제출한 판결문(붙임 서울남부지방법원 2011가합○○○○○ 판결)에 따르면, 청구인이 주장하는 공사비용 1,249,600,000원에는 대여금 등이 포함되어 있기 때문에 실제 공사비용은 1,249,600,000원이 아니라 986,000,000원에 불과한 것으로 보이고, 처분청은 종합소득세 부분조사 당시 청구인이 주장한 공사비용 1,249,600,000원을 필요경비로 전액 인정하여 공사비용을 과다 인정하였는바, 결국 청구인이 주장하는 지연이자 중 추가로 인정할 부분은 76,780,000원에 불과한 것으로 확인되므로, 이에 대하여만 필요경비로 인정함이 상당하다고 판단된다. 마지막으로, 이월결손금 공제 및 기타 필요경비를 인정할 것인지 여부에 관하여 살펴본다. 청구인은 2006년부터 2008년까지의 이월결손금 977,232,718원 및 2006년부터 2010년까지의 지급수수료 532,150,000원을 반영하여 청구인의 체납액에 충당해 달라고 주장한다. 그러나 청구인이 이 건 심사청구에서 비로소 이월결손금 공제를 주장하는 것은 2013.7.1. 부분조사로 감액된 이월결손금을 증액시켜달라는 것으로 처분통지를 받은 날로부터 90일이 지나 경정청구기간을 도과함이 명백하다. 또한 청구인이 2006년부터 2010년까지의 지급수수료 532,150,000원을 필요경비로 인정해달라고 주장하는 것은 2011년 과세연도와 무관하여 이유 없다. 따라서 처분청이 이월결손금 공제 및 기타 필요경비를 반영하지 않고 과세한 처분은 정당하고 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.