원천징수의무자가 외국인근로자 과세특례 단일세율로 원천징수한 후, 누진세율로 계산한 원천징수세액과의 차액을 경정청구할 수 있는지 여부

삼성세무서장이 청구인에게 2017. 4. 10. 한 2011년 과세연도 원천세(근로소득세) 37,932,690원의 경정청구거부처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구법인은 1999. 2. 12. 개업하여 반도체·전자제품 등의 수입판매를 목적으로 설립된 영리외국법인이다. 청구법인은 일본법인의 한국현지법인으로서, 모회사 소속의 직원을 청구법인의 직원으로 고용하여 한국에 4～5년간 주재시키면서 근로를 제공받고 있다.
• 나. 청구법인은 2012. 3. 10. 주재원 16명(이하 “쟁점원천납세의무자”라 한다)의 2011년 소득에 대하여 연말정산신고를 하면서, 외국인근로자에 대한 과세특례로서 단일세율 15%를 적용하여 누진소득세율을 적용한 경우보다 더 높은 소득세 및 지방소득세를 납부하였다.
• 다. 청구법인은 2017년 2월 처분청에 쟁점원천납세의무자의 소득에 대하여 일반 누진세율을 적용하여 산출된 세액과 기신고납부한 세액과의 차액 합계 37,932,690원에 대하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017. 4. 10. 원천징수방법의 변경은 경정청구의 대상이 아니라는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부처분(이하 “쟁점처분”이라 한다) 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2017. 7. 10. 이 건 심사청구를 제기하였다.

국세기본법에 따르면 원천징수의무자도 경정청구를 할 수 있다. 청구법인은 원천징수방식을 변경하는 것이 아니라, 이미 정상적으로 신고한 2011년 과세연도 근로소득세가 과다하게 납부되었기 때문에 정당한 세액과의 차액을 경정청구하는 것이다. 조세심판원 결정례 및 기재부 예규에 의하면, 외국인에 대하여 비과세 30% 또는 단일세율 적용의 과세특례 중 하나를 선택하여 정상적으로 신고한 후, 다른 과세특례를 적용하는 것이 기납부한 세액보다 세액이 감소하는 경우에는, 확정신고 및 연말정산이 끝난 후에도 별도의 원천징수신고방법 변경 없이 다른 과세특례를 적용하여 경정청구 하는 것이 가능하다. 원천징수포기신청서를 제출하지 않아서 경정청구를 할 수 없다는 처분청의 논리대로라면, 특례세율적용을 신청한 경우에는 이를 포기할 수 없고, 납세자가 실수로 조특법 등에서 규정한 조세감면, 세액공제 신청을 하여 납세자가 부담해야 할 세액이 증액된다고 하더라도 경정청구를 할 수 없다는 부당한 결론에 이르게 되어, 경정청구제도의 취지에 맞지 않는다.

조특법 시행령 제16조의2 제6항에서는 단일세율적용 원천징수신청서를 제출한 외국인 근로자가 단일세율적용 원천징수포기신청서를 제출하는 경우에는 다음 과세기간부터 단일세율을 적용하지 않는다고 규정하는데, 청구법인은 단일세율적용 원천징수포기신청서를 제출한 사실이 없다. 이 건 심사청구는 근로자 개개인의 종합소득세 대한 경정청구가 아니라 원천징수의무자가 원천징수방법을 변경하는 것이므로 경정청구를 할 수 없다. 청구인이 들고 있는 조세심판원 결정례 및 기재부 예규는 30% 비과세와 단일세율 분리과세 중 하나의 특례를 받은 후 경정청구로서 다른 과세특례를 적용받는 것이 가능하다는 것으로서, 이 사건과 같이 당초의 원천징수방법 자체를 배제하고 누진세율로 변경하는 사안과는 다르므로 이 건 심사청구에 적용할 수 없다. 외국인 근로자에 대한 특례세율 규정은 외국인 근로자 국내유치를 위한 특례규정으로서 엄격하게 해석·적용하여야 한다. 청구법인이 단일세율적용 원천징수포기신청서를 제출하지 않아서 그 이후 연도에도 동일하게 특례세율이 적용된 것이므로 이 건 심사청구는 타당하지 않다.

• 가. 쟁점 원천징수의무자가 외국인근로자 과세특례 단일세율로 원천징수한 후, 누진세율로 계산한 원천징수세액과의 차액을 경정청구할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】 (2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정된 것)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

④ 소득세법 제73조제1항제1호 부터 제7호까지에 해당하는 소득이 있는 자, 소득세법 제119조제1호·제2호, 제4호부터 제8호까지, 제10호부터 제12호까지의 규정에 해당하는 소득이 있는 자 또는 법인세법 제93조제1호·제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 "원천징수대상자"라 한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자"는 "연말정산 또는 원천징수하여 소득세 또는 법인세를 납부하고 소득세법 제164조, 제164조의2 및 법인세법 제120조, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자"로, 제1항 각 호 외의 부분 중 "법정신고기한이 지난 후"는 "연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후"로, 제1항제1호 중 "과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액"으로, 제1항제2호 중 "과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액"은 "원천징수영수증에 기재된 환급세액"으로 본다.

소득세법 제137조, 제138조, 제143조의4, 제144조의2에 따른 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 같은 법 제164조 또는 제164조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우 부칙 <제12848호, 2014.12.23> 제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 제7조(경정 등의 청구 기간 연장에 관한 적용례 등)

① 제45조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정 또는 경정을 청구하는 분부터 적용한다.

② 제1항에도 불구하고, 이 법 시행 전에 종전의 제45조의2제1항에 따른 청구기간이 경과한 분에 대해서는 제45조의2제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. ※ 구 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】 (2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 구 조세특례제한법 제18조의2 【외국인근로자에 대한 과세특례】 (2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)

① 삭제 <2010.12.27> ※ 구 조세특례제한법 제18조의2 제1항 개정취지: 15% 단일세율 제도만으로도 우수한 외국인 근로자 유치지원이 가능하므로 비과세 제도는 폐지하여 세제 단순화

② 외국인인 임원 또는 사용인(일용근로자는 제외하며, 이하 "외국인근로자"라 한다)이 국내에서 근무함으로써 2012년 12월 31일까지 받는 근로소득에 대한 소득세는 소득세법 제55조제1항 에도 불구하고 해당 근로소득에 100분의 15를 곱한 금액을 그 세액으로 할 수 있다. 이 경우 소득세법 및 이 법에 따른 소득세와 관련된 비과세, 공제, 감면 및 세액공제에 관한 규정은 적용하지 아니한다. <개정 2010.12.27>

③ 제2항을 적용할 때 해당 근로소득은 소득세법 제14조제2항 에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다.

④ 원천징수의무자는 외국인근로자에게 매월분의 근로소득을 지급할 때 소득세법 제134조제1항 에도 불구하고 해당 근로소득에 100분의 15를 곱한 금액을 원천징수할 수 있다. <신설 2010.12.27>

⑤ 제2항이나 제4항을 적용받으려는 외국인근로자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. <개정 2010.12.27> 부칙 <제10406호, 2010.12.27> 제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제104조의23의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제18조의2제4항ㆍ제5항의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제73조(제1항제14호의 개정규정은 제외한다), 제88조의4제13항, 제104조의16제4항제2호 및 제129조제1항의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. 제10조(외국인근로자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제18조의2제4항 및 제5항의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 제18조의2제4항 및 제5항의 개정규정 시행 후 최초로 지급하는 소득부터 적용한다. ※ 구 조세특례제한법 제18조의2 【외국인근로자에 대한 과세특례】 (2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것)

① 외국인인 임원 또는 사용인(일용근로자는 제외하며, 이하 "외국인근로자"라 한다)이 국내에서 근무함으로써 2009년 12월 31일까지 받는 소득세법 제20조제2항 에 따른 총급여액의 100분의 30에 상당하는 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

② 외국인근로자가 국내에서 근무함으로써 2012년 12월 31일까지 받는 근로소득에 대한 소득세는 소득세법 제55조제1항 에도 불구하고 해당 근로소득에 100분의 15를 곱한 금액을 그 세액으로 할 수 있다. 이 경우 소득세법 및 이 법에 따른 소득세와 관련된 비과세(제1항의 경우를 포함한다), 공제, 감면 및 세액공제에 관한 규정은 적용하지 아니한다.

③ 제2항을 적용할 때 해당 근로소득은 소득세법 제14조제2항 에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다.

④ 제2항에 따른 과세특례를 적용받으려는 외국인근로자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.

3. 구 조세특례제한법 시행령 제16조의2 【외국인근로자에 대한 과세특례】 (2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것)

① 법 제18조의2제2항의 규정을 적용받고자 하는 외국인근로자(해당 과세연도 종료일 현재 대한민국의 국적을 가지지 아니한 사람만 해당한다)는 근로소득세액의 연말정산 또는 종합소득과세표준확정신고를 하는 때에 소득세법 시행령 제198조제1항 의 규정에 의한 근로소득자소득공제신고서에 기획재정부령이 정하는 외국인근로자단일세율적용신청서를 첨부하여 원천징수의무자・납세조합 또는 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2010.12.30>

② 법 제18조의2제4항을 적용받으려는 외국인근로자(원천징수 신청일 현재 대한민국 국적을 가지지 아니한 사람만 해당한다)는 근로를 제공한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 기획재정부령으로 정하는 단일세율적용 원천징수신청서를 원천징수의무자를 거쳐 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <신설 2010.12.30>

③ 제2항에 따라 단일세율적용 원천징수신청서를 제출한 외국인근로자가 기획재정부령으로 정하는 단일세율적용 원천징수포기신청서를 원천징수의무자를 거쳐 원천징수 관할 세무서장에게 제출하는 경우에는 제출일이 속하는 과세기간의 다음 과세기간부터 법 제18조의2제4항을 적용하지 아니한다. <신설 2012.2.2> 부칙 <제22583호, 2010.12.30> 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조제7항제49호의 개정규정은 2011년 3월 1일부터 시행하고, 제16조의2제2항 및 제108조제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제69조제3항 및 제69조의2의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행하고, 제2조제1항제3호 전단(중소기업기본법 시행령 제3조제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. 부칙 <제23590호, 2012.2.2> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제18조, 제80조의2제1항, 제104조제1항제2호, 제106조의3제5항제7호 및 제116조의28의 개정규정은 2012년 3월 2일부터 시행하고, 제105조제1항의 개정규정은 2013년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제11133호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. 법률 제11133호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일은 2012. 1. 1. 임

4. 구 소득세법 제1조의2 【정의】 (2014.12.23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것)

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "거주자"란 국내에 주소를 두거나 1년 이상의 거소(居所)를 둔 개인을 말한다.

2. "비거주자"란 거주자가 아닌 개인을 말한다.

② 제1항에 따른 주소ㆍ거소와 거주자ㆍ비거주자의 구분은 대통령령으로 정한다. 5) 소득세법 제2조 【납세의무】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

2. 비거주자로서 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 개인 6) 소득세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 거주자에게는 이 법에서 규정하는 모든 소득에 대해서 과세한다. (이하 생략)

② 비거주자에게는 제119조에 따른 국내원천소득에 대해서만 과세한다.

7. 구 소득세법 제55조 【세율】 (2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것)

① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. (이하 생략) 8) 소득세법 제119조 【비거주자의 국내원천소득】 비거주자의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

7. 국내에서 제공하는 근로와 대통령령으로 정하는 근로의 대가로서 받는 소득 9) 소득세법 제127조 【원천징수의무】

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

4. 근로소득 (이하 생략)

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따라 원천징수를 하여야 할 자를 "원천징수의무자"라 한다. 10) 소득세법 제128조 【원천징수세액의 납부】

① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 11) 소득세법 제129조 【원천징수세율】

① 원천징수의무자가 제127조제1항 각 호에 따른 소득을 지급하여 소득세를 원천징수할 때 적용하는 세율(이하 "원천징수세율"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따른다.

4. 근로소득에 대해서는 기본세율. 다만, 일용근로자의 근로소득에 대해서는 100분의 6으로 한다.

③ 매월분의 근로소득과 공적연금소득에 대한 원천징수세율을 적용할 때에는 제1항제4호 및 제5호에도 불구하고 대통령령으로 정하는 근로소득 간이세액표(이하 "근로소득 간이세액표"라 한다) 및 연금소득 간이세액표(이하 "연금소득 간이세액표"라 한다)를 적용한다. 12) 소득세법 제134조 【근로소득에 대한 원천징수시기 및 방법】

① 원천징수의무자가 매월분의 근로소득을 지급할 때에는 근로소득 간이세액표에 따라 소득세를 원천징수한다.

13. 구 소득세법 제137조 【근로소득세액의 연말정산】 (2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것)

① 원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때에는 다음 각 호의 순서에 따라 계산한 소득세를 원천징수한다.

1. 근로소득자의 해당 과세기간(퇴직자의 경우 퇴직하는 날까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 근로소득금액에 그 근로소득자가 제140조에 따라 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 적용하여 종합소득과세표준을 계산

2. 제1호의 종합소득과세표준에 기본세율을 적용하여 종합소득산출세액을 계산

3. 제2호의 종합소득산출세액에서 해당 과세기간에 제134조제1항에 따라 원천징수한 세액, 외국납부세액공제 및 근로소득세액공제에 따른 공제세액을 공제하여 소득세를 계산

② 제1항제3호에서 해당 과세기간에 제134조제1항에 따라 원천징수한 세액, 외국납부세액공제 및 근로소득세액공제에 따른 공제세액의 합계액이 종합소득산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과액을 그 근로소득자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급하여야 한다.

③ 원천징수의무자가 제140조에 따른 신고를 하지 아니한 근로소득자에 대하여 제1항을 적용하여 소득세를 원천징수할 때에는 기본공제 중 그 근로소득자 본인에 대한 분과 표준공제만을 적용한다.

14. 구 소득세법 제164조 【지급명세서의 제출】 (2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것)

① 제2조에 따라 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 국내에서 지급하는 자(법인, 제127조제5항에 따라 소득의 지급을 대리하거나 그 지급 권한을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조에 따른 납세조합, 제7조 또는 법인세법 제9조 에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와 부가가치세법 제4조 에 따른 사업자단위과세사업자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지급명세서를 그 지급일(제131조, 제135조, 제144조의5 또는 제147조를 적용받는 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 과세기간 종료일을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일(제3호에 따른 사업소득과 제4호에 따른 근로소득 또는 퇴직소득의 경우에는 다음 연도 3월 10일, 휴업 또는 폐업한 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음다음 달 말일)까지 원천징수 관할 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. 다만, 제4호의 근로소득 중 대통령령으로 정하는 일용근로자의 근로소득의 경우에는 그 지급일이 속하는 분기의 마지막 달의 다음 달 말일(4분기에 지급한 근로소득은 다음 과세기간 2월 말일)까지 지급명세서를 제출하여야 한다.

15. 구 소득세법 시행령 제2조 【주소와 거소의 판정】 (2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것)

① 소득세법(이하 "법"이라 한다) 제1조의2에 따른 주소는 국내에서 생계를 같이 하는 가족 및 국내에 소재하는 자산의 유무 등 생활관계의 객관적 사실에 따라 판정한다.

② 법 제1조의2에 따른 거소는 주소지 외의 장소 중 상당기간에 걸쳐 거주하는 장소로서 주소와 같이 밀접한 일반적 생활관계가 형성되지 아니한 장소로 한다.

③ 국내에 거주하는 개인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 국내에 주소를 가진 것으로 본다.

1. 계속하여 1년 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 때

2. 국내에 생계를 같이하는 가족이 있고, 그 직업 및 자산상태에 비추어 계속하여 1년 이상 국내에 거주할 것으로 인정되는 때

④ 국외에 거주 또는 근무하는 자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 국내에 주소가 없는 것으로 본다.

1. 계속하여 1년 이상 국외에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 때

2. 외국국적을 가졌거나 외국법령에 의하여 그 외국의 영주권을 얻은 자로서 국내에 생계를 같이하는 가족이 없고 그 직업 및 자산상태에 비추어 다시 입국하여 주로 국내에 거주하리라고 인정되지 아니하는 때

16. 구 소득세법 시행령 제2조의2 【거주자 또는 비거주자가 되는 시기】 (2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것)

① 비거주자가 거주자로 되는 시기는 다음 각 호의 시기로 한다.

2. 제2조제3항 및 제5항에 따라 국내에 주소를 가지거나 국내에 주소가 있는 것으로 보는 사유가 발생한 날

3. 국내에 거소를 둔 기간이 1년이 되는 날

② 거주자가 비거주자로 되는 시기는 다음 각 호의 시기로 한다.

1. 거주자가 주소 또는 거소의 국외 이전을 위하여 출국하는 날의 다음 날

2. 제2조제4항 및 제5항에 따라 국내에 주소가 없거나 국외에 주소가 있는 것으로 보는 사유가 발생한 날의 다음 날

17. 구 소득세법 시행령 제4조 【거주기간의 계산】 (2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것)

① 국내에 거소를 둔 기간은 입국하는 날의 다음날부터 출국하는 날까지로 한다.

② 국내에 거소를 두고 있던 개인이 출국 후 다시 입국한 경우에 생계를 같이하는 가족의 거주지나 자산소재지등에 비추어 그 출국목적이 명백하게 일시적인 것으로 인정되는 때에는 그 출국한 기간도 국내에 거소를 둔 기간으로 본다.

③ 국내에 거소를 둔 기간이 2과세기간에 걸쳐 1년 이상인 경우에는 국내에 1년 이상 거소를 둔 것으로 본다.

• 다. 사실관계

1. 쟁점원천납세의무자에 대한 각 청구세액내역은 아래 표와 같다. 청구법인은 2012. 3. 10. 쟁점원천납세의무자의 2011년 총급여에 일률적으로 15%를 곱한 금액(아래 표 중 “기신고세액”란 금액)을 2011 과세연도 연말정산세액으로 신고·납부하였다. 그러나 청구법인은 이 건 심사청구에서 원천납세의무자 16명을 거주자로 보아 종합소득세 누진세율, 근로소득공제, 기본공제, 특별공제 등을 적용하여 계산한 금액(아래 표 중 “경정후세액”란 금액)과 기신고세액과의 차액(아래 표 중 “환급대상세액”란 금액)에 대하여 경정청구를 구하고 있다.

2. 이 건 경정청구금액의 구체적인 산정내역은 아래 표와 같다.

3. 청구법인은 2012. 3. 10. 처분청에 근로자 103명의 연말정산세액을 납부하고 원천징수이행상황신고서를 제출하였다. 그 중 이 건 심사청구의 대상이 된 쟁점원천납세의무자 16명의 근로기간, 총급여, 납부세액내역은 아래 표와 같다.

4. 쟁점원천납세의무자들은 일본 본사로부터 해외파견명령을 받았는데, 해외파견명령서에 기재된 쟁점원천납세의무자들의 각 파견기간은 아래 표와 같다.

• 라. 판단 국세기본법 제45조의2 제4항 제1호, 제1항의 규정에 의하면, 원천징수의무자가 근로소득만 있는 자 등에 대하여 소득세법 제137조 등의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 동법 제164조의 규정에 의하여 지급조서를 제출기한 내에 제출한 경우 그 원천징수의무자 또는 근로소득자 등은 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 납부하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 경정청구를 할 수 있다. 또한 조심 2009서3974 결정, 기획재정부 조세정책과-382, 국제세원관리담당관실-532 예규 등에 의하면 외국인근로자에 대한 과세특례 즉 특별세율과 30% 비과세 적용 중 하나를 선택한 후 경정청구를 통하여 다른 특례를 적용할 수 있고, 과세특례를 적용하지 않고 누진세율로 신고한 경우에도 경정청구를 통하여 과세특례를 적용할 수 있다. 처분청은 조세특례제한법 시행령 제16조의2 제3항 에 의하여 단일세율적용을 포기하기 위해서는 단일세율적용 원천징수포기신청서를 제출하여야 하는데 쟁점원천납세의무자들이 이러한 신청서를 제출하지 않았으므로 청구법인이 단일세율 적용을 누진세율 적용으로 변경하는 경정청구를 할 수 없다고 주장하나, 위 조항은 2012년 신설되었으므로 2011년 과세연도 원천세(근로소득세)를 다투는 이 사건에는 적용이 없다. 따라서 청구법인이 쟁점원천납세의무자들에 대하여 외국인근로자 과세특례를 적용하여 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 한 후, 누진세율로 계산한 세액과의 차액에 대하여 경정청구를 하는 것은 적법하다. 그렇다면 청구법인의 경정청구를 거부한 처분청의 쟁점처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.