경정시 세액공제를 배제하지 않은 것에 대해 감사지적으로 배제하여 경정한 사정만으로는 가산세 감면의 정당한 이유로 볼 수 없음

○○세무서장이 2015.4.1. 청구인에게 한 2012년 과세연도 종합소득세 1,201,000원의 부과처분 중 처분청이 직권시정한 납부불성실가산세 9,000원은 각하하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

가. 청구인은 2005.9.1.부터 ○○ △△구 302길에서 A정신과의원(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 현재까지 의료사업을 영위하고 있는 성실신고확인대상사업자로서 다른 종합소득은 없다. 나. 청구인은 2013.6.27. 당초 2012년 과세연도 종합소득세 신고시 쟁점사업장에서 발생한 수입금액은 1,329,082천원, 사업소득금액은 472,529천원이라고 신고하였다. 다. 이후 청구인은 2013.10월에 처분청의 사후검증대상자로 지정되어 수정신고 권장 안내문을 받고 복리후생비와 보험료 계정과목 등에서 가사 관련 경비를 일부 확인하여 2013.10.31. 사업소득금액 17,319천원을 수정신고함에 따라 총 489,848천원을 사업소득금액으로 신고하였으며, 성실신고확인비용에 대한 세액 1,000,000원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 공제받았다. 라. 이에 대해 처분청은 2014.5월 청구인에 대해 세무조사를 실시하였고, 그 결과, 청구인이 2012년 과세연도 사업소득금액 산정시 필요경비로 산입한 업무무관 및 가사사용 경비 등 41,885천원을 필요경비불산입하고 2014.7.1. 종합소득세 23,060,370원을 경정․고지하면서 청구인이 공제받은 쟁점세액에 대해서는 별도로 경정하지 않았다. 마. 이후 2015.3월경 감사원의 처분청에 대한 감사결과, 처분청의 청구인에 대한 세무조사결과 2014.7.1. 2012년 과세연도 종합소득세 경정․고지 당시 청구인이 과소신고한 사업소득금액이 경정된 사업소득 금액의 10% 이상임에도 처분청이 청구인이 공제받은 쟁점세액을 추징하지 않은 사실이 감사지적되었다. 마. 이에 처분청은 감사원장의 감사지적에 따라 2015.4.1. 쟁점세액 1,000,000원을 추징하면서 납부불성실가산세 201,000원을 더하여 합계 1,201,000원을 경정․고지하였다. 바. 청구인은 이에 불복하여 이 중 납부불성실가산세 201,000원에 대하여 2015.4.27. 이 건 심사청구(당초 처분청에 이의신청을 하였으나,국세심사사무처리규정제4조제3항에 따라감사원법에 따른 시정요구에 의한 처분에 대하여 이의신청을 한 경우에는 심사청구를 한 것으로 본다)를 제기하였다.

처분청이 세무조사시 소득금액을 경정하면서 쟁점세액공제부분을 잘못 적용하였다가 이후, 이를 추징하는 재경정시 귀책사유가 전혀 없는 청구인에게 납부불성실가산세를 부과하는 것은 부당함 가. 청구인은 당초 처분청이 2014.7.1.자 경정고지한 종합소득세 23,060,370원을 아무런 이의 없이 처분청의 처분이 정당하다고 신뢰하고 2014.7.8. 이를 납부하였다. 나. 그러나, 처분청이 당초 세무조사시에 성실신고 확인비용에 대한 세액공제를 부인하고 고지했어야 하나, 이를 누락하고 이제 와서 청구인에게 아무런 귀책사유도 없는 사항을 경정하면서 납부불성실가산세를 고지하는 것은 세법의 가장 중요한 국세부과의 원칙 중 하나인 신의성실의 원칙을 심대하게 위반하였다. 다. 처분청은 납부불성실가산세 기산일을 2013.6.1.자로 하고 있으나, 청구인이 성실신고확인 대상자로 종합소득세 신고․납부기한은 2013.6.30.자로 단순하게 기산을 하더라도 2013.7.1.자로 하여야 하고, 감사원 심사사례(감심-1998-0038, 1998.2.10.)에 의하면, 과세요인 발생일은 신고기한의 다음날이 아니라 처분청의 조사종결 후 고지일의 다음날인 2014.7.1.자로서, 이 또한 청구인의 귀책사유가 아니라 처분청의 잘못으로 고지가 이루어지지 않은 것이므로 신의성실의 원칙을 심대하게 위반한 것이다.

이 건 쟁점세액의 추징에 대한 귀책사유는 청구인에게 있고, 이 건 납부불성실가산세의 기산일은 2013.7.1.로서 당초 과다부과한 9천원은 감액경정하였음 가. 청구인은 당초 신고시부터 사업소득금액을 과소신고하였음에도 불구하고 성실신고확인비용에 대한 세액공제를 신청하였던바, 쟁점세액의 추징에 대한 귀책사유는 납세의무를 성실히 이행하지 않은 청구인에게 있다고 할 것이고, 이 건 납부불성실가산세의 기산일은 2014.5월 청구인에 대한 세무조사 종결후 고지일의 다음날인 2014.7.1.이 아니라 신고․납부기한의 다음날인 2013.7.1.이 정당하다. 나. 또한, 납부불성실가산세는 납부가 지연되는 기간에 대한 이자를 부과하고 있는 점으로 보아 행정상의 제재로서의 응징성보다는 미납기간에 대한 이자성격이 강하다고 보아야 할 것이므로 이 건 납부불성실가산세의 부과는 신의성실의 원칙에도 위배되지 않는다. 다. 다만, 청구인은 성실신고확인대상사업자로 2012년 과세연도 종합소득세 신고․납부기한이 2013.6.30.인바, 이 건 처분시 청구인의 종합소득세 신고․납부기한을 2013.5.31.로 보아 납부불성실가산세를 과다계산한 30일분에 대한 납부불성실가산세 9천원은 감액경정하였다.

• 가. 쟁점 처분청이 세무조사시 소득금액을 경정하면서 쟁점세액을 추징하지 않은 것에 대해 추후 감사지적에 따라 추징하는 경우 납부불성실가산세를 부과하는 것이 정당한지 여부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제126조의6 【성실신고 확인비용에 대한 세액공제】 [2012.10.2. 개정]

① 소득세법제70조의2제1항 따른 성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 성실신고 확인에 직접 사용한 비용의 100분의 60에 해당하는 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다)에서 공제한다. 다만, 공제세액의 한도는 100만원의 범위에서 대통령령으로 정한다.

② 제1항을 적용받은 사업자가 해당 과세연도의 사업소득금액을 과소 신고한 경우로서 그 과소 신고한 사업소득금액이 경정(수정신고로 인한 경우를 포함한다)된 사업소득금액의 100분의 10 이상인 경우에는 제1항에 따라 공제받은 금액에 상당하는 세액을 전액 추징한다.

③ 제2항에 따라 세액이 추징된 사업자에 대하여는 추징일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도부터 3개 과세연도 동안 성실신고 확인비용에 대한 세액공제를 하지 아니한다. 2) 소득세법 제70조의2 【성실신고확인서 제출】 [2012.1.1.개정]

① 성실한 납세를 위하여 필요하다고 인정되어 수입금액이 업종별로 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 사업자(이하 "성실신고확인대상사업자"라 한다)는 제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때에 같은 조 제4항 각 호의 서류에 더하여 제160조 및 제161조에 따라 비치・기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 사업소득금액의 적정성을 세무사 등 대통령령으로 정하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 확인하고 작성한 확인서(이하 "성실신고확인서"라 한다)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

② 제1항에 따라 성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 제70조제1항에도 불구하고 종합소득과세표준 확정신고는 그 과세기간의 다음 연도 6월 30일까지 할 수 있다. 3) 소득세법 시행령 제133조 【성실신고확인서 제출】 [2012.9.14. 개정]

① 법 제70조의2제1항에서 "수입금액이 업종별로 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 사업자"란 해당 과세기간의 수입금액의 합계액이 다음 각 호의 구분에 따른 금액 이상인 사업자(이하 이 조에서 "성실신고확인대상사업자"라 한다)를 말한다. 다만, 제1호 또는 제2호에 해당하는 업종을 영위하는 사업자 중 별표 3의3에 따른 사업서비스업을 영위하는 사업자의 경우에는 제3호에 따른 금액 이상인 사업자를 말한다. <개정 2012.2.2>

3. 부동산 임대업, 전문・과학 및 기술 서비스업, 사업시설관리 및 사업지원 서비스업, 교육 서비스업, 보건업 및 사회복지 서비스업, 예술・스포츠 및 여가관련 서비스업, 협회 및 단체, 수리 및 기타 개인 서비스업, 가구내 고용활동: 7억 5천만원

③ 법 제70조의2제1항에서 "세무사 등 대통령령으로 정하는 자"란 세무사(세무사법제20조의2에 따라 등록한 공인회계사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다), 세무법인 또는 회계법인(이하 이 조에서 "세무사등"이라 한다)을 말한다. 4) 소득세법 제76조 【확정신고납부】 [2012.2.1. 개정]

① 거주자는 해당 과세기간의 과세표준에 대한 종합소득 산출세액 또는 퇴직소득 산출세액에서 감면세액과 세액공제액을 공제한 금액을 제70조, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

② 제1항에 따른 납부를 "확정신고납부"라 한다. 5) 국세기본법 제47조의4 【납부불성실ㆍ환급불성실가산세】 [2011.12.31. 개정]

① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만,인지세법제8조제1항에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 6) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】 [2011.12.31. 개정]

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 7) 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】 [2014.12.23. 개정] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

8. 국세심사사무처리규정 제4조(이의신청과 심사청구가 중복 제기된 경우) [2013.7.1. 개정]

③ 영 제44조의2에 따라 이의신청이 배제되는 처분 및감사원법에 따른 시정요구에 의한 처분에 대하여 이의신청을 한 경우에는 심사청구를 한 것으로 본다.

• 다. 사실관계

1. 청구인의 성실신고확인비용에 대한 세액공제 내역 청구인이 2013.6.27. 2012년 과세연도 종합소득세 신고시 제출한 ‘성실신고확인비용 세액공제신청서’에 의하면, 청구인의 성실신고확인비용은 2,900,000원이고, 이 비용의 60%인 공제가능액은 1,740,000원이나, 공제한도액이 1,000,000원으로서 이에 쟁점세액을 공제받았다.

2. 청구인의 당초 신고 및 수정신고내역 청구인이 2013.6.27. 신고한 2012년 사업연도 종합소득세 신고서에 의하면, 청구인의 쟁점사업장에 대한 수입금액은 1,329,082천원, 사업소득금액은 472,529천원이고, 쟁점세액을 공제받았다. 이후 2013.10.31. 수정신고를 하였던바, 청구주장에 의하면, 수정신고내용은 복리후생비와 보험료 계정과목 등에 포함시킨 가사 관련 경비 17,319천원이며, 과소신고한 사업소득금액 17,319천원은 수정신고한 사업소득금액 489,848천원 대비 3.5%로 10% 이상이 되지 않아 쟁점세액을 그대로 공제받았다.

3. 처분청의 2014.7.1.자 경정내역 처분청이 제출한 2014.7.1.자 청구인에 대한 2012년 과세연도 종합소득세 경정결의서에 의하면, 청구인의 쟁점사업장에 대한 수입금액은 1,329,082천원, 경정사업소득금액은 531,733천원인바, 청구인이 당초 신고한 사업소득금액보다 과소신고한 사업소득금액은 처분청이 필요경비불산입한 업무무관 및 가사사용 경비 등 41,885천원, 청구인이 2013.10.31. 수정신고한 소득금액 17,319천원, 합계 59,204천원이고 과소신고한 사업소득금액 59,204천원은 수정신고를 포함한 총경정소득금액 531,733천원 대비 11.1%로 10% 이상이 되었으나, 처분청은 청구인이 공제한 쟁점세액을 공제세액에서 배제하지 않았다.

4. 감사원 감사지적사항과 처분청의 재경정내역 처분청이 제출한 감사원 감사지적사항에 의하면, 청구인의 과소신고 사업소득금액 59,204천원은 경정사업소득금액 531,733천원 대비 11.1%로 10% 이상인 것이 확인되어 처분청이 ‘성실신고확인 의무사항을 이행하지 않은 청구인에 대해 세액공제의 혜택을 부당하게 제공’한 것으로 감사지적되었고, 처분청은 감사지적에 따라 쟁점세액을 추징하면서 납부불성실가산세를 더하여 이 건 처분하였다.

5. 처분청의 직권시정내역 처분청이 제출한 이 건 처분후 직권으로 납부불성실가산세를 감액경정한 2015.5.11.자 청구인에 대한 2012년 과세연도 종합소득세 경정결의서에 의하면, 당초 청구인의 2012년 과세연도 종합소득세 신고․납부기한을 2013.5.31.로 보아 납부불성실가산세를 산정하였으나, 청구인의 이 건 종합소득세 신고․납부기한이 2013.6.30.임을 확인하고 과다부과한 가산세 9,000원을 감액경정하였다.

6. 청구인의 신고내역과 경정내역 요약 이상 청구인의 2012년 과세연도 종합소득세에 대한 신고내용 및 경정내역을 종합하면 아래표와 같다. (단위: 천원) 구분 (신고․경정일자) 당초 신고내용 (2013.6.27) 수정신고 (2013.10.31) 세무조사에 따른 1차 경정 (2014.7.1) 감사원 지적에 따른 2차 경정 (2015.4.1). 가산세 직권 시정 3차경정 (2015.5.11) 총수입금액 1,329,082 1,329,082 1,329,082 1,329,082 1,329,082 (경정)종합 소득금액 (과소신고금액) 472,529 489,848 (+17,319) 531,733 (+41,885) 531,733 (+0) 531,733 (+0) 경정소득금액 대비 과소신고소득금액 비율

• 3.5% 11.1% 11.1% 11.1% 과세표준 451,457 468,776 510,662 510,661 510,661 산출세액 147,653 154,235 170,151 170,151 170,151 쟁점세액공제 △1,000 △1,000 △1,000 0 0 결정세액 146,653 153,235 169,151 170,151 171,151 가산세 0 572 7,716 7,917 7,908 총결정세액 146,653 153,807 (+7,154) 176,867 (+23,060) 178,068 (+1,201) 178,059 (△9) 추가납부 (고지)세액

• 7,154 23,060 1,201 △9

• 라. 판단 살피건대,국세기본법제47조의4는 ‘납부불성실가산세’에 대해 규정하고 있고, 같은 법 제48조제1항은 “정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다”라고 규정하고 있다. 또한, “가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 것으로 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 무지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며(대법원 2002.11.13. 선고 2001두1918, 참조),국세기본법제47조의4의 납부불성실가산세 부과규정의 취지는 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만 법정납부기한부터 납부일까지의 기간에 대한 이자율에 해당하는 금액을 부과함으로써 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있다”라고 할 것이다(조심2014서0377, 2014.04.01., 참조). 이 건의 경우, 처분청이 제출한 감사원 감사지적사항에 의하면, 청구인이 과소신고한 사업소득금액 59,204천원은 경정사업소득금액 531,733천원 대비 11.1%로 10% 이상인 바, 청구인이 과소신고한 사업소득금액 59,204천원은 청구인이 수정신고한 복리후생비와 보험료 계정과목 등에 포함시킨 가사 관련 경비 17,319천원, 처분청이 경정시 확인한 업무무관 및 가사사용 경비 등 41,885천원의 합계액으로서 쟁점세액의 공제배제는 처분청의 귀책사유라기보다는 청구인이 당초 사업소득금액 신고시 사업소득금액을 잘못 신고한 것에 기인하는 것이고, 처분청이 이 건 당초 종합소득세 경정시 쟁점세액을 공제배제하지 않았다가 감사원의 감사지적으로 이를 배제하여 경정한 사정만으로는 가산세 감면의 정당한 이유가 있다거나 당초 경정시 쟁점세액 1,000,000원의 세액공제를 인정한다는 공적인 견해표명을 하였다고 보기 어렵다고 보여지므로 처분청의 이 건 납부불성실가산세 부과처분이 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 수 없어 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 다만, 처분청이 이 건 처분후 직권으로 납부불성실가산세를 감액경정한 2015.5.11.자 청구인에 대한 2012년 과세연도 종합소득세 경정결의서에 의하면, 당초 청구인의 2012년 과세연도 종합소득세 신고․납부기한을 2013.5.31.로 보아 납부불성실가산세를 산정하였으나, 청구인의 이 건 종합소득세 신고․납부기한이 2013.6.30.임을 확인하고 과다부과한 가산세 9,000원을 감액경정하였던바, 그 감액된 9,000원은 불복청구의 대상이 된 처분이 존재하지 않아 불복청구의 대상인 처분이 없는 부적법한 청구로 판단된다.

이 건 심사청구 중 처분청이 직권시정한 납부불성실가산세 9,000원은 청구대상이 없는 부적법한 청구이고, 나머지 청구는 청구주장을 받아들일 수 없어국세기본법제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.