위탁받아 수행하는 연구활동 비용은 세액공제 대상이 아님

청구인은 1995. 4. 3. 개업하여 00도 00시 00구 00로88에서 ‘@@기연’이라는 상호로 사무기기 제조업을 영위하는 개인사업자로서, 2009〜2013년 과세연도 종합소득세 신고시 ㈜#(이하 “거래처”라 한다)와 체결한 계약에 따라 개발용역을 수행하면서 발생한 비용을 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 연구‧인력개발비로 보아 합계 90백만원에 대한 세액공제를 신청하였다. 처분청은 00세무서장(이하 “조사청”이라 한다)의 2014. 9. 25.〜10. 14. 개인통합조사 결과에 따라, 청구인이 수행한 개발용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)이 거래처로부터 수탁받은 용역으로서 연구‧인력개발비 세액공제 대상이 아니라고 보아 2014.

12.

8. 청구인에게 2009〜2013년 과세연도 종합소득세 합계 116백만원을 경정‧고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2015. 3. 9. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인과 거래처는 특정제품(사무기기 및 전자기기 등) 개발과 관련하여 위탁계약을 체결한 후 제품개발을 해오고 있으나 실질적으로는 청구인이 자체적으로 연구개발한 기능 등의 결과물을 공동 개발하는 제품에 적용시키는 것으로 턴키방식(일괄수주)이 아닌, 협업방식(공동개발)을 통한 공동연구개발로 보아야 하는바, 조특법상 공제 가능한 연구‧인력개발비 중 공동연구개발 비용에 해당되므로 거래처와 청구인에게 각각 세액공제를 적용하여야 한다.

청구인이 거래처와 위탁계약을 체결하였고, 계약서상 개발용역의 결과물 일체가 거래처에 귀속되며 공동연구개발에 대한 일체의 언급이 없는 점, 기타 공동연구개발 용역임을 증명할 만한 입증자료를 제시하지 못하고 있는 점 등으로 보아 쟁점용역은 거래처로부터 위탁받은 연구개발용역으로서 세액공제 대상이 아니다.

• 가. 쟁점 쟁점용역을 공동기술개발로 보아 조특법상 연구‧인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제9조 【연구・인력개발준비금의 손금산입】

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구・인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구・인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다. 2) 조세특례제한법 제10조 【연구・인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구・인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구・인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구・인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구・인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구・인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구・인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구・인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 조세특례제한법 시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 [별표 6]의 비용을 말한다.

② 제1항의 연구개발활동에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사・분석하는 활동

5. 특허권의 신청・보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사・탐사하는 활동

구분 비용

• 가. 자체연구개발 (생략)
• 나. 위탁 및 공동연구개발

① 다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 ㉮ 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯ 국・공립연구기관 ㉰ 정부출연연구기관 ㉱ 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉳ 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합 ㉴ 산업디자인진흥법에 의한 한국디자인진흥원 ㉵ 국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법에 의한 연구개발서비스업을 영위하는 기업 ㉶ 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 의한 산학협력단 ㉷ 한국표준산업분류표상 기술시험・검사 및 분석업을 영위하는 기업 (생략)

4. [별표6] 연구・인력개발비세액공제를 적용받는 비용(조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 관련) 5) 기술개발촉진법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “기술개발”이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료ㆍ제품ㆍ장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다.

• 다. 사실관계

1. 대내포털(국세통합전산망)에서 확인되는 사실은 다음과 같다.

• 가) 청구인은 1995. 4. 3. 개업하여 00도 00시 00구 00로 99에서 사무기기 제조업을 영위하고 있는 것으로 나타난다.
• 나) 청구인이 2009～2013년 과세연도 종합소득세 신고시 조특법에 의해 공제받은 세액과 처분청의 경정‧결의 내역은 다음과 같다. 과세연도 대상세액 공제세액 고지세액 2009 41,147,577 8,192,232 12,214,780 2010 89,099,029 16,285,209 22,538,720 2011 78,908,311 48,067,666 60,786,370 2012 37,228,360 17,341,654 20,036,540 2013

• 644,092 679,250 합계 246,383,277 90,530,853 116,255,660

2. 청구인이 거래처와 체결한 개발용역계약서에 의하면, 거래처는 청구인에게 매월 개발비를 지급하며, 개발결과물은 거래처 소유로서 계약 수행으로 발생되는 지적재산권 일체가 거래처에게 귀속된다고 규정되어 있다.

3. 청구인이 제출한 (사)한국산업기술진흥협회장의 기업부설연구소인정서에 의하면, 청구인이 운영하는 @@기연의 부설연구소가 기술개발촉진법 제16조 및 동법 시행령 제15조 제1항 규정에 의한 기업부설연구소로 인정된 사실이 확인된다.

4. 청구인은 거래처 제품의 특성상 난이도가 높아 각종 품질테스트나 신뢰성 확보를 위해서는 외주 단독진행이 어려워서 외주엔지니어를 개발에 참여시키는 방법을 선택한 것이고, 개발기간이 짧은 경우나 숙련된 외주엔지니어의 참여, 급한 과제의 경우 공동개발이 이루어지지 않으면 과제진행에 차질이 발생되기 때문에 거래처의 사무실이나, 거래처가 제공한 개발실에서 개발을 진행하여 왔다고 주장하면서, 위탁 개발 계약서 및 부속서류, 견적서, 각 파트별 개발리스트, 위탁비용 청구서 등을 제출하였다. 상기 계약서에 의하면, 청구인이 선임한 현장대리인이 직원 근태관리, 계약 업무에 대한 거래처와의 연락 등의 업무를 이행하게 되어 있고, 거래처가 임차료를 제공하는 사무실에서 개발업무를 수행하도록 계약된 사실이 확인된다.

• 라. 판단 조특법상 연구‧인력개발비 세액공제의 기본 취지는 여타의 세액공제가 대부분 일정 조건에 대한 설비투자액에 대한 공제인 점과 달리 이는 비용에 대한 세액공제로서, 동일한 기술개발투자에 있어서도 설비투자는 자산의 대체성, 잔존가액의 존재 등의 특성이 있는 반면 기술개발비용은 지출과 동시에 사외로 완전히 유출된다는 점에서 오히려 설비투자보다 위험내재요인이 더욱 많을 수 있어 기술개발이 위축되지 않도록 하기 위하여 동 제도를 도입하여 시행하는 것이고(대법원2000두3115, 2002.01.22., 조심2011서4789, 2012.7.12. 등 다수 참조), 세액공제 제외대상으로 규정하고 있는 조특법 시행령 제8조 제2항 제7호 ‘위탁받아 수행하는 연구활동’인지 여부는 계약의 형식보다 실질 내용에 따라 보아야 한다(조심2013서3062, 2014.1.22. 등 다수 참조). 살피건대, 청구인과 거래처가 체결한 각 과제별 개발용역계약서의 계약조건상 연구개발의 효익인 개발결과물에 대한 재산권이 거래처에게 일체 귀속되는 점, 기술개발에 따른 원가 부담 등에 대한 약정이 없고 오히려 청구인은 거래처로부터 개발용역의 대가로 매월 개발비를 지급받고 있어 연구개발에 대한 위험요소가 청구인에게 있다고 보기 어려운 점, 거래처와 같이 용역을 수행하고 있다는 사실만으로 기술개발에 따른 위험과 효익을 공유한다고 볼 수 없으므로 쟁점용역을 공동기술개발이라고 보기 어려운 점, 기술개발이 위축되지 않도록 개발비용에 대해 세액공제를 적용하고자 한 입법취지에 비추어 볼 때 개발용역을 위탁한 거래처가 청구인에게 지급한 개발비용에 대해 조특법상 공제를 받고 있으므로 청구인에게 이중 공제를 허용하는 것이 불합리해 보이는 점 등을 고려할 때 처분청이 청구인에 대해 조특법상 연구‧인력 개발비 세액공제를 부인한 처분은 타당해 보인다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.