청구인이 장부상 계상한 감가상각비의 적정 여부

청구인은 1999.2.1. 도 시 구 동에서 **의원을 개원하여 영업을 하다가 2000.12.11. 폐업하였고, 2002.8.20. 도 시 구 &&동에서 다시 개원한 후 사업을 계속 영위하던 중 2012.6.18. 폐업하였다. **지방국세청(이하 “조사관서”라 함)은 2012. 9월 청구인에 대한 개인통합조사를 실시하여 실제 존재하지 않는 의료장비에 대한 감가상각비 계상 및 비보험 의료 수입금액 과소계상 사실을 확인하고 종합소득세 결의내용을 처분청에 통보하였다. 이를 통보받은 처분청은 2013.2.5. 청구인에게 종합소득세 327,812,850원(2007년 과세연도 83,312,930원, 2008년 과세연도 126,549,490원, 2009년 과세연도 43,830,280원, 2010년 과세연도 55,815,040원, 2011년 과세연도 18,305,110원)을 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2013.3.26. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 절차상 중대한 하자에 따른 무효처분 국세기본법에서는 납세자의 장부 서류의 보관을 원칙적으로 금지하고 있음에도 납세자의 동의 없이 장부서류 등을 임의로 압수하였는바, 이는 대한민국 헌법 제12조에서 규정하고 있는 『체포․구속․압수 또는 수색을 할 때에는 적법한 절차에 따라 검사의 신청에 의하여 법관이 발부한 영장을 제시하여야 한다.』라는 규정과, 형법 제321조 『사람의 신체, 주거, 관리하는 건조물, 자동차, 선박이나 항공기 또는 점유하는 방실을 수색한 자는 3년 이하의 징역에 처한다.』라는 중요한 법규를 정면으로 위배한 것으로, 과세처분에 위법사유가 존재하고 그 절차상의 하자가 중대하고 객관적으로 명백한 무효처분인바 처분청의 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 사업용 고정자산의 감가상각비 필요경비 산입 조사관서는 MRI장비의 설치나 보유는 관할보건소의 통제하에 매 1년마다 서류검사, 매 3년마다 관리원의 검사(특수의료장비의설치및운영에관한규칙 제5조)를 받아야 하고, 장비의 양도나 폐기시에는 변경사유 발생 30일 이내에 관련서식에 따라 특수의료장비 등록필증 원본을 첨부하여 도에 보고하여야 하며, **보건소에 의료장비 보유현황을 조회한바 청구인의 MRI장비는 2005.8.17일 등록한 사의 장비이외의 장비가 없어 나머지 MRI장비를 가공자산으로 감가상각비를 부인하였다고 주장하고 있다. 2002.12.5. 취득한 MRI장비 300백만원은 MRI장비를 구입한 것이 아니라 종전 동 사업장의 MRI장비를 &&동 사업장으로 이전하면서 이전설치에 따른 설치비용만을 고정자산으로 계상한 것으로, 붙임 세금계산서와 같이 텍으로부터 MRI장비 이동설치대금을 지급한 것이 확인되는바 조사관서가 필요경비 부인한 감가상각비 26백만원을 필요경비에 산입하여야 한다. MRI장비의 정기검사와 관련하여, 특수의료장비의설치및운영에 관한규칙은 의료법의 위임을 받은 법규로 의료법에서는 의료기관 의 개설자 또는 관리자는 특수의료장비를 설치한 경우 시·도지사에게 등록하여야 하며, 보건복지부장관에게 정기적인 품질검사를 받아야 한다고 규정하고 있다. 이 규정은 2007.4.11. 법률 제8366호로 전 부 개정 되면서 종전 진단용방사선 발생장치의 신고 및 검사규정외에 특수의료장비 설치 운영에 관한 조문이 제정된 것으로 시행 당시 의료업계의 현실은 정기검사 등이 관행적으로 지켜지지 않 고 있었으며, 청구인의 경우에도 2002.8.20. 사업장 이전 개업시 98년 12월부터 구 동에서 사용하던 장비를 계속하여 사용하다가 2003.2.12. 붙임 계약서와 같이 텍으로 부터 &&&&사 의 System을 도입하였으나, 도 입된 일 제 MRI장비가 잦은 고장을 일으키고 있어 장비 에 대한 정 기검사를 받는 것이 특별한 의미가 없었는바 검사를 받지 아니하였다. 조사관서의 논리대로라면 청구인은 구 보건소에서 회신한 내용에 의하여 2005.5.17.설치된 MRI장비 이외에 타 MRI장비가 없다는 결론이므로 2002.8.20. 개업 이후 2005.5.16 까지 아무런 MRI장비 없이 진단방사선과 영업을 하였다는 결론이 나온다. 그러나 청구인은 붙임 **화재보험사에서 발행한 사업소득 영수내역과 같이 교통사고 환자 등에 대하여 MRI장비를 사용하여 진료한 후 화재보험사 등 보험사로 부터 진료비를 지급받은 사실이 있는바, 2005.8.17.까지 등록된 MRI장비가 없었다는 것과 그 이전에 MRI장비를 사용한 진료사실이 있다는 것은 모순이 있다. 조사관서에서도 확인한바 있는 『한 대의 MRI장비에 대하여 신장비 도입에 따라 메디텍 창고에 보관하였다가 폐기하였다는 확인서를 제출한 바 있다』는 주장과도 상반되고, 조사관서에서 확인하였다는 메디텍 창고에 보관되었다는 MRI장비와 관련하여서는 2003.2.12. 텍과의 계약에 따라 도입된 신장비가 잦은 고장을 일으키어 2004.8.19. 메디칼로부터 동일한 MRI장비를 도입하게 되었고(붙임 세금계산서 및 카드주식회사와의 매매계약서 참조) 이때 텍으로부터 구입한 고장이 잦은 MRI장비를 텍 창고에 보관하게 되었으며, 이를 조사관서에서 조사시 청구인이 확인하여 준 것이다. 조사관서에서는 청구인이 다른 MRI장비를 사용하였다면 검사결과통지서를 제시하는 등 MRI장비가 사용되었다는 증빙을 제시하라고 주장하고 있으나, 의료법에 따른 검사를 받지 않아 검사결과통지서는 제시할 수 없고, 의료관계법령의 위반에 따른 벌칙은 별론으로 하더라도 청구인은 2005.8.17. 이전에 MRI장비를 사용하여 진료를 한 사실이 붙임 화재보험사에서 발행한 사업소득 영수내역과 같이 확인되고, 사업소득 영수내역 증빙을 살펴보면, 교통사고 환자들을 진료하고 보험사로부터 수령한 28만원과 10만원대의 진료비 금액이 혼재하는데 28만원대의 진료비는 MRI장비를 사용한 금액이고 10만원대의 금액은 CT장비를 사용하여 진료한 것으로, 조사관서에서 보건소에서 확인한 “청구인의 의료장비는 2005.8.17. 등록한 사의 장비 밖에 없으므로 다른 장비는 가공장비라는 주장”은 위의 진료내역으로 볼 때 납득할 수 없고, 2004.8.19. 취득한 MRI장비는 붙임 세금계산서와 카드사와의 매매계약서와 같이 System을 카드주식회사와 리스계약을 체결하여 취득한 것이고, 그 대금도 **기금의 보증으로 은행으로부터 대출을 받아 지급하였을 뿐 아니라, 이 MRI장비는 ****기금에서 보증서를 발행할 때 담보를 설정하여 청구인 임의대로 처분할 수도 없었던 장비이고, 폐업시 까지도 대출이자를 지급하였음을 입증하였음에도 의료법을 위반하였다고 가공자산이라고 주장하는 것은 부당하다.
• 다. 이자비용 필요경비 산입 청구인은 동에서 &&동으로 사업장을 이전하면서 사무실 임대보증금과 MRI장비 등 고가의 의료기기 구입을 위해 은행 등에서 금전을 차입하였고 이에 따른 지급이자가 매년 발생하였으나 이자비용의 신고가 일부 누락되었는바, 은행(김) 차입금 250,000,000원은 텍과 MRI장비 납품계약을 한 후 붙임 세금계산서와 같이 선불로 250,000,000원을 지급하는데 있어 자금부족으로 동업자인 김이 은행으로부터 자금을 차입한 후 청구인에게 대여한 것으로, 청구인이 지급이자를 매월 납부한 것이 확인되고 청구인이 2억원이 넘는 자금으로 의원사업 용도 외에 개인적으로 사용할 어떠한 용처도 없으며, 당시 청구인이 부동산 등 고가의 자산을 취득한 바도 없는 점과 세금계산서 등의 증빙자료로 미루어 볼 때 MRI장비 구입자금으로 사용한 것이 확인되는바 동 차입금의 이자비용은 필요경비로서 산입되는 것이 타당하다. 은행 차입금 600,000,000원은 1-1.5T MRI장비 구입에 따른 차입금으로 **기금의 보증으로 은행으로 부터 차입된 부채이고, 소득세법 제27조 에서는 『사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로써 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제55조에서는『사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.』라고 규정하면서 제13호에서『총수입금액을 얻기 위하여 직접 사용된 부채에 대한 지급이자』라고 규정하고 있는바 청구인이 총수입금액을 얻기 위해 은행으로부터 차입한 후 직접 의료장비 구입에 사용된 부채에 대한 지급이자는 고정자산의 사용여부나 처분여부와 무관하게 당연히 필요경비에 산입되어야 한다.

• 가. 적법하지 아니한 세무조사로 부과처분이 무효인지 여부 청구인에 대한 세무조사는 세무조사사전통지를 하는 경우 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없는 것으로 인정되는 경우에 해당하여 사전통지를 생략하고 조사에 착수한 후 조사통지서를 교부한 건으로 적법하며, 설령 세무조사 사전통지에 절차의 위반이나 하자가 있다 해도 그에 기초한 처분이 무효나 취소사유에 해당되는 것은 아니라고 결정함(조심2010중3476, 2011.4.19.) 한편, 청구인은 자신의 동의 없이 장부 등을 임의로 압수하였다고 주장하나, 붙임의 “장부·서류 등 일시보관 동의서”와 같이 청구인의 동의를 받아 조사관서 사무실에 일시보관 하다가 조사종결 후 “반환 확인서”를 받고 반환하였다. 또한, 청구인의 사업장은 조사 착수일 현재 이미 폐원한 상태로 청구인의 사무실 등에서 조사업무를 수행할 수 없는 상황이므로, 사전통지서 교부와 일시보관동의를 받은 후 청구인의 위임을 받은 종전 직원의 안내로 일시보관이 진행된 것으로 절차상 하자가 있다는 청구인의 주장은 이유없다.
• 나. 청구인이 장부상 계상한 감가상각비의 적정여부 MRI장비의 설치나 보유는 관할보건소의 통제하에 매 1년마다 서류검사, 매 3년마다 품질관리원의 검사(특수의료장비의 설치 및 운영에 관한 규칙제5조)를 받아야 하고, 장비의 양도나 폐기시에는 변경사유 발생 30일 이내에 관련 서식에 따라 특수의료장비 등록필증 원본을 첨부하여 지방자치단체에 보고(’07.11.12.부터 보건소)하고 있다. 그러나, **보건소에 의료장비 보유 현황을 조회(기간 2002년∼2009년)한 바 MRI장비는 2005.8.17. 등록한 사의 장비를 폐업 무렵인 2012.6.25. 양도한 이력 외에 양수 또는 양도 이력이 확인되지 않으며, 청구인의 폐쇄된 사업장 등에서 확보한 관련 아래 서류에는 조사관서가 인정한 MRI장비외의 다른 장비에 대한 관리 내용은 확인되지 않는다. 특수의료장비관리카드, 특수의료장비 등록필증, 특수의료장비 등록사항 변경수리 통보서, 검사결과 통지서, 특수의료장비 인력등록사항 변경통보서, 특수의료장비 품질관리검사필증, 시설대여(리스) 계약서 또한, 청구인도 조사시에 감가상각비가 부인된 MRI장비에 대하여 존재하지 않음을 구두로 인정하였고, 한 대의 MRI장비에 대하여는 신규 장비의 도입에 따라 2005년 8월에 **텍의 창고에 보관하다가 2010년초에 폐기하였다는 확인서를 제출한 바 있다. (동 사의 MRI장비는 2005.10.6. 이후 리스료를 지급이나 유지 보수비용의 지출 사실이 없음) 따라서 조사관서가 청구인이 장부에 계상한 사업용자산 중 MRI(02.8.24), MRI(02.12.5), MRI (04.8.19), MRI(08.1.1)에 대한 감가상각비를 실제 존재하지 아니하거나, 사업에 사용되지 아니한 가공자산 또는 무수익자산(유휴설비에 해당되지 않음)에 대한 것으로 보아 필요경비로 인정하지 않은 것은 정당하며, 사업장에서 조사관서가 인정한 MRI장비와 다른 MRI장비가 있었고, 이를 사업에 사용한 것이라면, 특수의료장비 등록필증과 *품질관리원에서 받은 검사결과통지서 등 다른 MRI장비가 사업에 사용되고 있었다는 증빙을 제시하여야할 것임에도 청구인은 제시하지 못하고 있다.
• 다. 부외 채무, 부외 지급이자의 존재여부, 사업과 관계 여부 당초 장비를 구입하기 위하여 차입했을 개연성도 있으나, 위 감가상각비 필요불산입 사유와 같이 청구인은 MRI장비 중 조사관서가 인정한 장비 외의 장비는 보유하지 않고 있었거나 사업과 관계하여 사업장에 설치된 자산이 아니며, 은행에서 대출받은 과목이 “기업시설일반자금대출”이고 청구외 김 명의로 차입하였다는 자금의 사용처도 불분명할 뿐 아니라, 청구인은 당초 장부상 필요경비로 동 지급이자를 계상한 사실도 없다. 당초 신고하지 아니한 부외비용에 대한 입증책임은 전적으로 청구인에게 있음에도 부외 채무와 지급이자가 사업과 관계된 것임을 객관적으로 입증하지 못하고 있다.(대법원91누4935, 1991.11.22., 서울행정법원2011구합19598, 2011.11.4. 외 다수) 또한, 청구인이 신고한 종합소득세 신고서 첨부서류인 2007년∼2010년의 대차대조표를 보면 자본금이 △449백만원∼△811백만원으로 초과인출금이 발생하였고, 이로 인하여 청구인 스스로 2008년과 2010년 종합소득세 신고시 초과인출금에 대한 지급이자 각 4백만원과 41백만원을 필요경비에서 제외한 사실이 있으므로 청구인의 주장은 이유없다.

• 가. 쟁점

① 세무조사사전통지 생략 등의 적법 여부

② 청구인이 장부상 계상한 감가상각비의 적정 여부

③ 부외 채무에 대한 부외 지급이자의 필요경비 인정 여부

• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제81조의7 【세무조사의 사전통지와 연기신청】 2) 국세기본법 제81조의10 【장부․서류 보관금지】 3) 소득세법 제27조 【사업소득의 필요경비의 계산】 4) 소득세법 시행령 제55조 【사업소득의 필요경비의 계산】 5) 소득세법 시행령 제70조 【유휴설비의 감가상각】 6) 의료법 제38조 【특수의료장비의 설치․운영】

7. 특수의료장비의 설치 및 운영에 관한 규칙 제5조【품질관리검사】 [제정 2004.11.26. 보건복지부령 제299호] 8) 특수의료장비의 설치 및 운영에 관한 규칙 제7조【검사결과의 통보 등】 [제정 2004.11.26. 보건복지부령 제299호]

• 다. 사실관계 1) 조사관서는 청구인에 대하여 개인통합조사를 실시하여 청구인이 실제 존재하지 않거나 사용하지 않은 의료장비에 대한 감가상각비를 과다계상 하였고, 비보험 의료 수입금액을 과소계상한 사실 등을 확인하여 종합소득세를 과세하였음이 개인사업자 조사종결보고서에 의하여 확인된다. 과 목 금액 처분 적출내용 감가상각비 607 인출 의료장비에 대한 감각상각비 과다계상 매출 15 인출 비보험 수입 과소계상 이자비용 8 인출 초과인출금 관련 이자비용 리스료 △20

• 비계상 리스료 등 추인 계 630(△20) 2) 청구인은 2007년 과세연도부터 2009년 과세연도까지의 종합소득세 확정신고시 계속 외부조정에 의하여 종합소득세 확정신고를 하였고, 결산서상 2007년 25,139,230원, 2008년 42,345,175원, 2009년 20,034,797원의 이자비용을 계상하였음이 종합소득세 신고자료에 의하여 확인된다. (청구인의 종합소득세 신고내역)

3. 세무조사 사전통지 생략의 적법 여부 관련 가) 청구인은 국세기본법에서는 납세자의 장부 서류의 보관을 원칙적으로 금지하고 있음에도 납세자의 동의 없이 장부서류 등을 인의로 압수한 것은 과세처분에 위법사유가 존재하고 그 절차상의 하자가 중대하고 객관적으로 명백한 무효처분이라고 주장하고 있다. 나) 조사관서는 2012. 9월 청구인에 대한 개인통합조사 당시 장부․서류 등을 청구인의 동의를 받아 조사관서 사무실에 일시보관 하다가 조사종결 후 반환하였다고 주장하면서,장부․서류 등 일시보관 동의서(2012.9.26. 청구인 및 조사공무원 날인) 일시보관증(2012.9.26. 조사공무원 날인), 장부․서류 등 반환 확인서 (2012.10.30. 청구인 및 조사공무원 날인)를 제출하였다.

4. 사업용 고정자산의 감가상각비 필요경비 불산입 관련 가) 조사관서에서 세무조사와 관련하여 2012.10.12. **보건소장에게 2002년～2009년까지의 의료장비 보유 현황조회 의뢰를 하였고, 보건소장은 다음과 같이 회신하였다. 나) 조사관서는 보건소의 회신과 청구인의 폐쇄된 사업장 등에서 확보한 서류에 의하여 2005.8.17. 신규 MRI 장비를 도입하면서 2005.8.17. 이전 사용하던 MRI 장비 1대를 텍에 보관하다가 2010년 초에 폐기하였다고 주장하면서 ①텍의 폐기확인서, ②특수의료장비관리카드, ③특수의료장비 등록필증, ④특수의료장비 등록사항 변경수리 통보서, ⑤검사결과 통지서, ⑥특수의료장비 인력등록사항 변경통보서, ⑦특수의료장비 품질관리 검사필증, ⑧시설대여(리스)계약서를 제출하였다. 다) 청구인도 조사관서가 제출한 보건소의 회신내용과 폐쇄된 사업장에서 확보한 서류에 의하여 2005.8.17. 이전 사용하던 MRI 장비 1대를 **텍에 보관하다가 2010년 초에 폐기하였고, 2005.8.17. 등록한 MRI장비 1대를 폐업 무렵인 2012.6.25. 양도한 사실을 인정하고 있다. 라) 조사관서는 청구인이 MRI장비와 관련하여 계상한 감가상각비에 대하여 다음과 같이 부인하였다. (표 생략)

(1) ①, ④의 감가상각 부인에 대하여는 청구인도 인정하고 있다.

(2) ②의 감가상각부인에 대하여 청구인은 2002.12.5. 취득가액 300백만원은 MRI장비 구입비가 아니고, MRI장비를 구 동에서 구 &&동으로 이전 설치한 비용으로 아래와 같이 텍의 매입세금계산서로 확인되므로 감가상각 대상자산이라고 주장하고 있다. (생략) 조사관서는 매출처인 텍의 2002년 2기 부가가치세 신고내용과 2002년 귀속 종합소득세 신고내용을 확인한 바 의료장비(MRI 추정)를 매출한 것으로 신고(254백만원에 매입한 장비를 272백만원에 매출-공급가액 기준)되어 청구인의 주장은 사실과 다르다는 주장이다. 상기 텍의 매입세금계산서와 관련하여 국세통합시스템 확인한바 텍의 2002. 2기 부가가치세 신고 및 2002년 과세연도 종합소득세 신고서에 의하면 (주)*약으로부터 의료장비를 구입한 사실은 있으나 그 장비를 청구인에게 판매하였는지에 대하여는 명확하게 확인되지 않는다.

(3) ③의 감가상각 부인에 대하여, 청구인은 2004.8.19. 취득가액 610백만원의 MRI장비는 기존 MRI장비의 노후화로 메디컬과 계약을 체결하고 새로운 장비를 도입한 것으로 아래와 같이 세금계산서, 매매계약서, 견적서 및 리스(시설대여)계약서로 확인되므로 감가상각 대상자산이라고 주장하고 있다. (매매계약서 리스 계약서 등 생략) (4) 조사관서는 장비의 특성상(고액의 유지관리비, 독립된 설치장소 필요 등) 동일 사업장에 1대 이상을 두고 사업을 영위하는 경우는 없으며, 기존에 취득한 장비는 각각 새로운 MRI장비의 취득시점에 처분 또는 폐기하고 있고, 청구인의 경우 2004.8.19일 취득한 MRI장비(*사 제품)의 경우 청구인이 2005.5.17. 새로운 MRI(조사관서에서 전액 감가상각비를 인정한 &&&사 제품)을 취득한 후 2005. 8월 **텍의 창고에 보관하다가 처분한 것으로 감가상각대상자산인 유휴설비로 볼 수 없다는 주장이다. 상기 컬의 매입세금계산서와 관련하여 국세통합시스템 확인한 바 **컬의 2004. 2기 매출로 신고되어 있지 않고 청구인 또한 세금계산서 합계표를 제출한 사실이 확인되지 않는다.

5. 부외채무에 대한 부외 지급이자 필요경비 산입 관련

• 가) 청구인이 주장하는 연도별 이자비용은 다음과 같다.
• 나) 청구인은 장부에 계상하지 못한 이자비용을 추가로 인정해 달라며 다음과 같이 주장하고 있다. 청구인은 2003.8.4. 은행(김)의 차입금 250,000,000원은 2003.2.12. **텍과 H사의 MR Imaging System을 도입하는 계약을 체결하였고, 2003.8.4. **텍 에 선급 금으로 250백만원을 지급하여야 하나 자금부족으로 동업자인 김 이 은행으로부터 250백만원을 차입하여 청구인에게 대 여하여 주었고, 청구인은 김의 은행 차입금의 이자를 계속 지급 하였다고 주장하며, 아래와 같이 계약서(3쪽), 견적서(2쪽), 텍 세금계산서(1쪽), 예금거래실적 명세서(4쪽)를 제시하였다. 청구인이 제출한 시장 관인이 찍혀있는 의료기관 개설신고필증의 변경이력을 보면 아래와 같이 김이 2002.12.24.부터 청구인이 운영하는 방사선과의원에서 근무하였음이 확인된다. 청구인은 2004.9.20. 은행의 “기업시설일반자금대출” 차입금 600,000,000원은 2004.8.19. MRI장비 도 입에 따른 대금 지급용으로 **&*보험의 보증으로 은행 에서 차입되었음이 확인되므로 필요경비에 산입되어야 한다고 주장하며, 아래와 같이 2004.9.21.자 은행 지점의 양도담보계약서(4쪽), **기금 지점의 신용보증서, 지점의 금융거래확인서, 이자비용명세, 은행의 거래내역(9쪽)을 제시하였다. 은행의 거래내역을 보면 2004.9.20. 600,000,000원의 대출이 실행되어 2007.9.14. 60,000,000원, 2007.9.11. 27,000,000원, 2010.9.10. 10,000,000원, 2011.9.11. 8,000,000원, 2012.11.23. 420,750,000원, 2012.12.5.14, 250,000원, 2012.12.5. 60,000,000원을 상환하여 완납 되었음이 확인된다. 다) 조사관서는 부외채무에 대한 부외 이자비용을 추가로 인정해 달라는 청구인의 주장에 대하여 2003.8.4. 은행에서 김 명의로 차입하였다는 250,000,000원은 2003..2.12. 텍과 H사의 1.5T MRI장비(계약서상 금액 610백만원)를 도입하면서 대출받았다고 주장하고 있으나, 텍에서 부가가치세 신고한 내역(매출세금계산서 제출내역 없음)이 없어, MRI장비를 구입한 사실이 확인되지 않으며, 대출금이 청구인의 사업과 관련하여 사용되었다는 증거자료가 없으며, 2004.9.20. 은행에서 MRI장비 구입과 관계하여 차입하였다는 600백만원은 청구인과 거래상대방(**컬) 모두 MRI장비에 대한 매입세금계산서를 제출한 것이 확인되지 않으므로 정상적인 매입거래인지 여부(금융기관으로부터 대출을 받기 위한 허위 계약여부)가 명확하지 않고, 차입금이 당초 장부에 반영되었거나 관계된 지급이자가 필요경비로 계상된 사실이 없을 뿐 아니라, 사업과 관계하여 차입금이 사용된 것이 객관적으로 입증되지 않는다. 또한, 청구인이 신고한 종합소득세 신고서 첨부서류인 2007년∼2010년의 대차대조표를 보면 자본금이 △449백만원∼△811백만원으로 잠식되어 초과인출금이 발생하였고, 이로 인하여 청구인 스스로 2008년과 2010년 종합소득세 신고시 초과인출금에 대한 지급이자 각 4백만원과 41백만원을 필요경비에서 제외한 사실이 있고, 이는 청구인도 인정하고 있다. 라) 국세통합시스템에 의하여 확인한바 텍의 2003. 2기 부가가치세 신고내역에 청구인에게 매출한 2003.8.4. 매출세금계산서에 대한 매출신 고내 역이 없으며, 청구인도 세금계산서 합계표를 제출한 내역이 확인되지 않으며, 또한 ** 컬의 2004. 2기 부가가치세 신고내역에 청구인에게 매출한 2004.8.19. 매출세금계산서에 대한 매출신 고내 역이 없으며, 청구인도 세금계산서 합계표를 제출한 내역이 확인되지 않는다.
• 라. 판단 1) 먼저, 납세자의 장부 서류의 보관을 원칙적으로 금지하고 있음에도 납세자의 동의 없이 장부서류 등을 임의로 압수하였고, 사전통지 생략 등 과세처분에 위법사유가 존재하고 그 절차상의 하자가 중대하고 객관적으로 명백한 무효처분이라는 청구인의 주장에 대하여 살펴본다. 국세기본법 제81조의10 에 의하면 납세자의 동의가 있는 경우 세무조사 기간동안 일시 보관할 수 있다고 명시되어 있고, 조사관서에서 “장부․서류 등 일시보관 동의서”에 의하여 청구인의 동의를 받아 조사관서 사무실에 일시 보관하다가 조사종결 후 “반환확인서”를 받고 청구인에게 반환한 사실이 확인되며, 세무조사의 사전통지절차의 위반이 있었다 하더라도, 조세법은 강행규정이므로 세법이 정한 과세요건을 충족하면 과세관청은 세법이 정하는 바에 의하여 징수하여야 하고, 조세의 탈루사실이 확인되는데도 이를 과세하지 않는다면 세법에 규정된 과세소득에 대하여 임의로 과세하지 아니하는 결과가 초래되어 이는 합법성의 원칙을 저해하고 공평과세의 원칙을 위반하는 결과가 되는 것이므로, 세무조사 사전통지의 절차위반 등을 이유로 그에 기초한 처분이 무효가 되거나 당해 처분을 취소하기는 어려운 것으로 판단(조심 2010중3476, 2010.10.25.)된다. 2) 다음으로 청구인이 장부에 계상한 감가상각비의 적정성 여부를 살펴보면 소득세법 기본통칙 33-70…1【유휴설비의 범위】에서 ‘사업에 공하던 기계설비 등을 철거하여 사업에 공하지 아니하거나 매입하여 보관만을 하고 있는 기계장치 등은 영 제70조의 규정에 의한 감가상각 대상자산이 되는 유휴설비로 보지 아니한다.’고 규정하고 있고, 2002.12.5. 300,000,000원과 2004.8.19. 취득가액 610,000,000원의 MRI장비는 카드(주)와의 리스(시설대여)계약서 등에 의하여 실제 구매한 것은 사실로 보이나, MRI장비의 특성상(고액의 유지관리비, 독립된 설치장소 필요 등) 동일 사업장에 1대 이상을 두고 사업을 영위하였다고 보기 어렵고, 시청 및 **보건소의 공문내용, 텍의 폐기확인서 등에 의하여 2005.8월 신규 MRI장비 구입 후 구 MRI장비는 텍의 확인서에 의하여 텍에 보관하였다가 2010년 초에 파기되거나, 또는 그 이전에 폐기, 양도된 것으로 보이므로 청구인이 주장하는 MRI장비는 2005. 8월 이후 사업에 공하지 않은 것으로 보아 감가상각 대상자산인 유휴설비로 보지 않은 조사관서의 당초처분은 정당하다고 판단된다. 3) 다음으로 사업과 관련된 부외채무와 부외지급이자의 존재 여부에 대하여 살펴본다. 청구인은 2003.8.4. 은행 지점에서 김 명의로 대출받은 250,000,000원을 **텍의 의료장비 구입비로 사용하였다고 주장하고 있으나, 텍과의 구체적인 계약내용이 확인되지 않으며, 청구인의 의료 장비 매입 내용이 장부상 자산에 계상되어 있지 않고, 거래상대방인 텍의 부가가치세 신고 내용이 확인되지 않는 점 등으로 보아 의료 장비를 취득하기 위하여 차입하였다는 청구인의 주장을 받아들일 수 없다. 또한 청 구인은 2004.9.20. 은행으로부터 받은 “기업시설일반자금대출” 600,000,000원을 2004.8.19일 H*사의 MRI장비 도입에 따른 대금 지급용으로 차입되었다고 주장하고 있으나, 청구인이 대출받은 사실은 인정되나 청구인이 구입하였다고 주장하는 MRI장비에 대한 매입세금계산서를 2004년 사업연도 종합소득세 신고시 제출한 사실이 확인되지 않고, 거래상대방인 **컬도 2004.2기 부가가치세 신고시 매출세금계산서를 신고 및 제출한 사실이 확인되지 않는 등, 정상적인 매입거래인지 여부가 불분명한 점, 차입금이 당초 장부에 반영되었거나 관계된 지급이자가 필요경비로 계상된 사실이 없을 뿐 아니라, 차입금이 장비구입과 관련하여 사용된 것이 객관적으로 입증되지 않는 점, 청구인이 신고한 종합소득세 신고시 2007년∼2010년의 대차대조표상 자본금이 △449백만원∼△811백만원으로 잠식되어 초과인출금이 발생하였고, 이로 인하여 청구인 스스로 2008년과 2010년 종합소득세 신고시 초과인출금에 대한 지급이자 각 4백만원과 41백만원을 필요경비에서 제외한 사실이 있는 점 등으로 보아 사업과 관련된 채무와 지급이자를 인정해 달라는 청구인의 주장은 받아들이기 힘들다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.