종합소득세에 대한 경정청구를 처분청이 거부 처분한 것에 대한 당부

이 건 심사청구는 기각합니다.

가. 청구인은 건물을 공동으로 임대하는 자로서 동 임대사업장에 대한 과세표준을 과소 신고한 사실이 있어, 2011.2.28. 과소신고 과세표준에 대하여 2004년 1기부터 2009년 1기까지 부가 가치세 및 2004년~2009년 과세연도 종합소득세를 수정신고 납부하였는데, 부가가치세 과세표준 신고에 있어 착오로 2005.2기부터 2007.2기까지는 일반 과세자임에도 공급대가로, 종합소득세는 공급대가를 총수입금액으로 신고하였다. 나. ㅇㅇ세무서장(이하 “사업장관할세무서장”이라 한다)은 2011.8.4. 청구인의 부가가치세 현지확인조사를 실시하여, 청구인이 부가가치세 과세표준 수정 신고시 누락한 임대료가 있다고 보아 2004년 1기부터 2009년 1기 부가가치세를 부과처분하면서, 2005년 2기부터 2007년 2기까지 청구인이 기왕에 간이과세자로 잘못 신고한 것을 바로잡아 일반과세자로 부과처분하였다. 다. 청구인은 사업장관할세무서장의 부가가치세 부과처분에 대하여 조세심 판원에 심판청구를 제기하였고, 사업장관할세무서장은 동 심판청구에서 패소함에 따라 2012.3.14. 위 부과처분액 전액을 취소하는 결정을 하면서, 2005년 2기부터 2007.2기까지 청구인이 수정신고하면서 착오로 적용한 과세표준인 공급대가를 공급가액으로 결정하였다. 라. 위와 같은 오류결정에 대하여 사업장관할세무서장은 2012.9월 2005년 2기부터 2007년 2기까지의 매출부가가치세를 부가가치세 과세표준에서 차감하는 경정감 결정을 하였다. 마. 청구인은 2012.9월 사업장관할세무서장의 오류감 경정에 따라 청구인이 당초 수정신고 납부한 2006년 과세연도 종합소득세에 대하여도 총수입금액에서 매출부가가치세를 차감해줄 것을 경정청구 하였으나, 2012.11.27. 분당세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 경정청구를 거부하였고, 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2013.2.20. 이 건 심사청구를 제기하였다.

가. 이 건 불복청구는 청구대상이다. 1) 국세기본법 제55조 제1항 에는, “이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정의 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.”라고 규정되어 있다.

2. 처분청은 사업장관할세무서장으로부터 과세자료를 수보하여 처리하면서, 2007년은 처리하여 환급결정 하였으나, 2006년은 5년의 부과제척기간을 적용하여 처리제외 하였다.

3. 설사 청구인의 경정청구가 국세기본법 45조의2 에 따른 청구기간을 도과하여 청구인의 경정청구는 본안 심리대상이 아니라고 하더라고, 처분청이 과세자료를 수보하여 처리하면서 2006년 귀속 종합소득세는 경정하지 않은 바, 청구인은 필요한 처분을 받지 못한 경우에 해당되어 이익이 침해된 경우로서 불복의 대상이 되는 것이다(국기, 징세01254-1360, 1991.03.13 각 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 국세기본법 제55조 의 규정에 의한 불복청구를 할 수 있는 것임) 나. 2006년 귀속 종합소득세의 부과제척기간은 경과하지 않았다.

1. 청구인의 임대수익 누락이 이중계약서 작성에 의하여 누락되었고, 2006년의 경우 누락비율로 69.7%(당초 신고과표 46,199천원, 최종 경정과표 152,316천원)에 상당하여 청구인 스스로 사기 기타 부정한 방법에 해당한다고 판단하여 10년의 부과제척기간을 적용하여 2004년 귀속부터 부가가치세 및 종합소득세를 수정신고 하였으며, 처분청도 청구인의 종합소득세 수정신고서를 수리하고 납부액을 수령하였다.

2. 한편 사업장관할세무서장도 10년의 부과제척기간을 적용하여 2004년 1기부터 2009년 1기까지 부과처분하였다가 조세심판원의 결정에 따라 부과처분을 취소하였으며, 또한 2012.9월 오류감 결정시에도 2005년 2기부터 경정감하였는바, 처분청도 사업장관할세무서장이 부가가치세 부과처분 및 조세심판원의 결정에 따른 취소결정시 당연히 종합소득세를 부과처분 하였다가 취소결정하여어야 할 것이며, 처분청이 종합소득세 부과처분 및 취소처분을 하지 않은 것은 내부업무형편에 따라 하지 않은 것뿐이지, 당초부터 처분청이 5년의 부과제척기간을 적용하여 부과처분 및 취소처분을 하지 않은 것은 아니다.

3. 즉, 처분청의 부과처분이 지연되고 있던 중 사업장관할세무서장의 부가가치세 부과처분이 취소됨으로서 종합소득세 부과 및 취소절차가 생략되었을 뿐, 조세심판원 결정이 지연되었다든가, 기각되었다면 사업장관할세무서장은 종합소득세를 당연히 부과처분하였을 것이며, 따라서 처분청이 종합소득세를 부과처분한 사실이 없다고 하여, 부과제척기간 5년을 적용하는 것은 사실관계를 오인하여 잘못 적용한 것이다.

4. 결국 청구인은 10년의 부과제척기간을 적용하여 수정신고 납부하였고, 사업장관할세무서장도 10년의 부과제척기간을 적용하여 처분하여 왔으나, 처분청만 5년의 부과제척기간을 적용한 것이며, 동일한 신고납부 방식을 취하고 있는 부가가치세 및 종합소득세에 있어, 동일한 거래에 대하여 사업장관할세무서장은 10년을 분당세무서장은 5년의 부과제척기간을 적용하는 것은 모순인바, 부과제척기간이 경과하지 않은 본 건은 마땅히 환급하여야 할 것이다.

청구인의 경정청구는『국세기본법』제45조의 2 제2항 및 동법 시행령 제25조의 2 경정청구 후발적 사유에 해당하지 아니하고, 법정신고 기한이 경과한 경정청구라 2012.11.22 경정청구를 거부하였음은 정당한바, 청구인은 2012.3.14. 조세심판원의 조세심판 결정통지서에 의하여 임대사업장관련 부가가치세 감액경정 되었으나, 2011.2.28. 수정신고 한 종합소득세 경정청구에 관련된 결정이 아니므로 이는『국세기본법』제45조의 2항 및 동법 시행령 제25조의 2항에서 규정하고 있는 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관련되는 판결로 보기 어려우며 경정청구의 후발적 사유에 해당하지 아니한다. 아울러 청구인의 경정청구가 후발적 사유에 해당하지 않는 경우『국세기본법』제45조의 2 제1항의 규정에 의하여 경정청구 기간(법정신고기한 경과 후 3년)이 경과하여 경정청구 청구 대상에 해당하지 아니하므로(조심 2011중2104) 처분청에서 당초 2006년 귀속 종합소득세 경정청구 거부 및 이의신청을 각하한 것은 정당하다고 판단된다.

• 가. 쟁점 청구인이 수정 신고한 2006년 귀속 종합소득세에 대한 경정청구를 처분청이 거부 처분한 것에 대한 당부
• 나. 관련법령 등 1) 국세기본법 제55조 【불복】

① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 2) 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여법인세법제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다. 3) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 4) 국세기본법 기본통칙 55-0…3【 필요한 처분을 받지 못한 경우 】 법 제55조 제1항에서 필요한 처분을 받지 못한 경우라 함은 처분청이 다음 각 호의 사항을 명시적 또는 묵시적으로 거부하는 것을 말한다.

3. 사업자등록신청에 대한 등록증 교부

6. 법 제45조의 2의 청구에 대한 결정 또는 경정(1995.08.14 신설)

• 다. 사실관계 이 사건 관련 청구인에 대한 처분청의경정청구 결정통지서(소득세과-5398, 2012.11.22)에 따르면 “해당과세기간에 대해 과세관청의 결정 또는 경정이 없으므로 후발적 사유로 인한 경정청구 대상에 해당되지 않아 기각됨을 알려드립니다“라고 되어 있다.
• 라. 판단 국세기본법제45조의2 제2항의 후발적 경정청구는 과세표준 및 세액의 계산근거가 다르게 확정되어 경정청구기한내 경정청구를 할 수 없는 불합리한 이유를 해소하여 기간연장의 이익을 부여하고자 하는 취지의 규정(조심2011중2104, 2011.11.28, 같은 뜻)인데, 청구인이 제기한 경정청구는 당초 착오로 신고한 종합소득세 수정신고(2011.2.28)분을 환급해 달라는 것으로, 이는국세기본법제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2에서 규정하고 있는 경정청구의 후발적 사유에 해당하지 아니한 것으로 보이며, 또한 청구인의 이 건 경정청구는국세기본법제45조의2 제1항에서 규정하고 있는 경정청구 기간(법정신고기한 경과 후 3년)도 도과되었으므로 경정청구 대상에 해당하지 아니하는바, 처분청이 당초 청구인이 착오로 수정신고한 종합소득세를 부과제척기간이 도과하지 않은 것으로 보아 총수입금액을 감액결정해 주는 것에 대한 타당성 여부는 별론으로 하더라도, 처분청에서 당초 2006년 귀속 종합소득세 경정청구를 거부한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.