정부출연금의 귀속연도는 그 교부통지를 받은날이 속하는 과세연도임

• 가. 청구인은 ○○북도 ○○시 ○○동 1266 ○○ ♧♧♧ 실용화센터 304호를 사업장 소재지로 하여 2003.5.26. ‘○○텔레콤’이라는 상호로 사업자등록 후 유선통신장치 등의 제조 및 관련 기술개발업을 영위하는 사업자로,
• 나. 2006.8.1. 청구외 ○○평가원장과 기술개발촉진법에 의한 기술협약을 체결하고 2006.8.21. 및 2006.12.8. 양일에 걸쳐 74,000천원의 기술개발자금(이하 “쟁점보조금”이라 한다)을, ○○공단으로부터 2006.12.15. 외 2회에 걸쳐 중기진흥 및 제품구매촉진법에 의한 수출기업화수탁사업비 보조금 총 1,030천원을 수령하여 2006년 과세연도 중 총 75,030천원의 국고보조금을 수령하였다.
• 다. ○○지방국세청장은 청구인의 사업장을 관할하는 ○○세무서장에 대한 업무감사 중 청구인이 2006년 중 수령한 쟁점보조금에 대하여 2006년 과세연도 과세표준확정신고 시 당해연도 수입금액에 산입하여 신고하지 아니하였다고 하여 이를 주소지 관할인 처분청에 통보하였다.
• 라. 처분청은 위와 같은 ○○지방국세청장의 감사결과 통보자료에 따라 쟁점보조금을 2006년 과세연도 총수입금액에 산입하여 과세전적부심사 결정을 거쳐 2011.10.10. 청구인에게 2006년 과세연도 종합소득세 21,406,730원을 부과처분하였다.
• 마. 청구인은 쟁점보조금의 귀속시기는 당해 기술개발사업의 성공여부가 확정되는 날이 속하는 과세연도로 보아야 한다고 주장하며, 2011. 10. 28. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 전자기기 부품 제조 및 기술개발업을 영위하는 영세 벤쳐기술연구업체의 대표로서 정부출연금을 재원으로 하여 기술개발사업을 영위하면서 2004년 첫 번째 협약에 따른 정부출연금 73,100천원을 수령한 이후로 쟁점보조금에 해당하는 3번째 정부출연금을 수령하였으며, 쟁점보조금 관련 기술혁신개발사업 과제의 성공완료 확정일은 2008.3.20.이다.
• 나. 청구인은 2004년 첫 번째 협약에 따른 정부출연금 등의 세무신고와 관련하여 관련 예규 및 질의회신 자료를 확인한 결과

1. 『중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률 제5조의 규정에 따라 중소기업청으로부터 기술개발에 필요한 자금을 지원 받은 법인이 당해 기술혁신개발사업의 성공여부에 따라 지원금의 반환 여부가 결정되는 경우 반환의무가 없는 지원금에 대하여는 그 성공여부의 확정일이 속하는 사업연도의 소득금액 계산시 익금에 산입하는 것임(법인 46012-2377, 2000.12.15)』이라는 예규와

2. 『법인이 산업자원부와 중기거점기술개발산업협약에 의하여 개발사업비를 지원받으면서 당해 기술개발사업이 실패하면 지원금의 반환의무가 없고, 성공하면 지원금 중 일부를 반환하는 조건으로 지원금을 수령한 경우, 그 지원금의 손익 귀속 시기는 반환의무 여부에 불구하고 당해 기술개발사업의 성공여부가 확정되는 날이 속하는 사업연도의 익금으로 하는 것임(서이 46012-11889, 2002.10.16)』이라는 국세청의 질의회신문을 확인하여,

3. 2004년 및 2005년 수령한 정부출연금 중 2006년 1월 및 2월에 성공여부가 확정된 정부출연금 총액 104,732천원을 2006년 과세연도 종합소득세 과세표준확정신고 시 이를 수입금액에 반영하여 정당하게 신고하였다.

• 다. 쟁점보조금과 관련하여 청구인은 2004년 및 2005년에 수령한 정부보조금의 기 소득세 확정신고 내용과 같이 그 성공여부가 확정된 2008년 과세연도 종합소득세 과세표준확정신고시 동 금액을 당해연도의 수입금액에 산입하였어야 함에도 청구인의 실수로 누락하였으나, 앞서 기술한 예규 등에 따라 쟁점보조금의 귀속시기는 해당 기술개발사업의 성공여부가 확정된 2008년 과세연도로 봄이 타당하며,
• 라. 처분청 주장과 같이 쟁점보조금의 수령시점을 수익의 귀속시기로 하여 과세한다면 정부차원에서 역점을 두고 있는 중소기업의 기술개발 지원정책의 취지와도 벗어나므로 쟁점보조금 수령일이 속한 2006년 과세연도를 손익의 귀속 과세연도로 보아 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 부당하다.
• 마. 설령, 쟁점보조금의 귀속시기를 관련 기술개발 사업의 성공여부가 확정된 2008년 과세연도로 보지 아니한다고 하더라도, 그 자금의 집행완료가 되는 2007년 과세연도를 그 귀속시기로 보아야 한다.

• 가. 청구인은 2006년 수령한 쟁점보조금의 귀속시기를 기술개발을 성공한 2008년 또는 쟁점보조금이 관련 기술개발사업을 위한 경비로 집행이 완료된 때인 2007년으로 보아야 한다고 주장하나,
• 나. 사업자가 사업과 관련하여 무상으로 받은 자산의 가액 등은 총수입금액에 산입하는 것이며, 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해 연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의하는 것이고, 총 수입금액 등의 귀속시기는 총수입금액 등이 확정된 날이 속하는 연도로 하는 것인바 처분청이 쟁점보조금의 수령일을 수입금액의 귀속시기로 보아 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 적법하다.
• 다. 한편, 청구인은 법인 46012-2377(2000.12.15.)자 예규 및 국세청 질의회신 자료를 근거로 쟁점보조금의 귀속시기는 관련 기술개발사업의 성공여부 확정일인 2008.3.20.일에 해당하므로 이 건 부과처분이 부당하다고 주장하고 있으나,

1. 위 예규는 법인의 익금 및 손금의 귀속시기와 관련된 것이며,

2. 위 유권해석은 변경되어 2005.9.20.이 속하는 사업연도부터 지원받은 정부 출연금은 그 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도에 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하고, 익금에 산입한 출연금 중 기술개발의 성공으로 출연금 일부를 기술료 명목으로 납부하는 경우 그 납부통지를 받은 날이 속하는 사업연도에 손금에 산입하도록 하였는바 청구인의 주장은 이유없다.

• 라. 또한, 2006.12.30. 신설된 조세특례제한법 제10조의2 【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】규정은 2007.1.1. 시행 후 최초로 출연금 등을 지급받는 분부터 적용되는 것이므로 처분청이 쟁점보조금의 수령일을 수입금액의 귀속시기로 보아 이 건 2006년 과세연도 종합소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 중소기업기술혁신촉진법에 따라 관련 기술개발사업관련 보조금을 수령하고 관련 기술개발의 성공여부에 따라 기술료 등의 명목으로 보조금의 일정액을 반환하기로 한 경우 해당 보조금의 수령일이 속하는 연도를 총수입금액의 귀속연도로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제24조 【총수입금액의 계산】

① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다.

② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입하는 때에는 그 수입금액을 그 거래당시의 가액에 의하여 계산한다.

③ 총수입금액의 계산에 있어서 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산 또는 확정시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 소득세법 제39조 【총수입금액과 필요경비의 귀속연도 등】

① 거주자의 각 연도의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 연도로 한다.

③ 거주자가 각 과세기간의 소득금액을 계산함에 있어서 총수입금액과 필요경비의 귀속연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

④ 제1항의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도, 제2항의 취득가액의 계산이나 기타자산ㆍ부채 등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 소득세법 시행령 제51조 【총수입금액의 계산】

③ 사업소득에 대한 총수입금액의 계산은 다음 각호에 의한다.

4. 사업과 관련하여 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 발생하는 부채의 감소액은 총수입금액에 이를 산입한다. 다만, 법 제26조 제2항의 경우에는 그러하지 아니하다. 4) 조세특례제한법 제10조의2 【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】(법률 8146호, 2006.12.30.)

① 내국인이 2009년 12월 31일까지 연구개발 등을 목적으로기술개발촉진법그밖에 대통령령이 정하는 법률에 따라 출연금 등의 자산(이하 이 조에서 "연구개발출연금 등"이라 한다)을 지급받은 경우로서 대통령령이 정하는 방법에 따라 해당 연구개발출연금 등을 구분경리하는 경우에는 연구개발출연금 등에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액 계산의 경우 익금에 산입하지 아니할 수 있다.

② 제1항의 규정에 따라 익금에 산입하지 아니한 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 익금에 산입하여야 한다.

1. 연구개발출연금 등을 해당 연구개발비로 지출하는 경우: 해당 지출액에 상당하는 금액을 해당 지출일이 속하는 과세연도의 소득금액계산의 경우 익금에 산입하는 방법

2. 연구개발출연금 등으로 해당 연구개발에 사용되는 자산을 취득하는 경우: 대통령령이 정하는 방법에 따라 익금에 산입하는 방법

③ 제1항의 규정에 따라 연구개발출연금 등 상당액을 익금에 산입하지 아니한 내국인이 해당 연구개발출연금 등을 해당 연구개발 목적 외의 용도로 사용하거나 해당 연구개발에 사용하기 전에 폐업 또는 해산하는 경우 그 사용하지 아니한 금액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산의 경우 이를 익금에 산입한다. 다만, 합병 또는 분할하는 경우로서 합병법인 등이 그 금액을 승계한 경우를 제외하며, 그 금액은 합병법인 등이 제1항의 규정에 따라 익금에 산입하지 아니한 것으로 본다.

④ 제3항의 규정에 따라 익금에 산입할 금액에 대하여는 제33조 제3항 후단의 규정을 준용한다.

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용하는 경우 출연금익금불산입명세서의 제출 그밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 5) 조세특례제한법 부칙 제5조【연구개발관련 출연금 등의 과세특례에 관한 적용례】(법률 제8146호, 2006.12.30.) 제10조의 2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출연금 등을 지급받는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인이 제시한 2006.8.1.자 ‘중소기업 기술혁신 개발사업(우선지원과세) 협약서’에 의하면,

• 가) 청구인은 청구외 ○○평가원장과 2006.8.1.부터 2007.7.31.까지 20uA이하의 Leakage Current를 갖는 SMPS 방식의 충전기외 어뎁터 설계기술개발을 목적으로 기술개발협약을 체결하고,
• 나) 총 기술개발사업비 100,000천원 중 74,000천원(쟁점보조금)을 청구외 ○○평가원장이 출연하기로 하면서,
• 다) 동 기술개발사업이 종료하는 때 청구인이 사업종료일로부터 2개월내에 청구외 ○○평가원장이 지정하는 기관에 보고서를 제출하여 기술개발이 성공으로 판정⋅통보되었을 경우 청구인은 쟁점보조금의 30%에 해당하는 금액을 5년간 분할납부하기로 약정한 사실이 확인된다.

2. 과세자료제출법에 따라 국세청에 통보된 인별 국고보조금 수령내역에 의하면, 청구인은 위 협약에 근거하여 청구외 ○○평가원장으로부터 중소기업기술혁신촉진법에 따른 중소기업기술개발사업 교부금 명목으로 2006.8.21. 37,000천원을, 2006.12.8. 37,000천원, 합계 74,000천원을 수령한 것으로 나타난다.

3. 2008.3.20.자 청구외 ○○평가원장의 ‘최종평가위원회 결과통보 및 기술료 납부안내(중기-****)’ 공문에 의하면, 쟁점보조금 수령과 관련된 기술개발사업이 2008년 중 성공한 것으로 나타나고, 이에 따라 청구인이 기술개발사업 성공에 따른 기술료 8,826천원을 2008.3.25. 청구외 ○○평가원에 지급한 사실이 금융거래증빙에 의하여 확인된다.

4. 국세청 전산정보자료에 수록된 청구인의 종합소득세 신고내역을 살펴보면 2006년 과세연도 종합소득세 과세표준 확정신고시 제출한 손익계산서 상에 청구인이 2004년 및 2005년 중 수령한 국고보조금 104,732천원에 대하여만 영업외수익으로 계상한 사실이 확인된다.

• 라. 판단 소득세법 제39조 에서는 거주자의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날로 규정하고 있고, 정부로부터 출연금을 지급받은 경우와 정부에 기술료를 납부하는 경우의 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 각각 정부로부터 출연금의 교부통지 또는 납부통지를 받은 날이 속하는 과세기간으로 하는 것(소득46011-24, 2001.2.27. 외)이며, 법인의 경우에도 법인이 새로운 유권해석(서면2팀-1497, 2005.9.20.)의 시행일이 속하는 사업연도에 지원받는 출연금에 대하여는 추후 기술개발의 성공여부에 따라 출연금 일부에 대한 반환의무 여부에 불구하고 출연금 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도에 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하는 것인바, 청구인이 2006.8.1. 청구외 ○○평가원장과 중소기업 기술혁신개발사업 협약을 체결하고, 기술개발 사업비 중 쟁점보조금에 해당하는 금원을 2006년 중 수령한 이 건의 경우 그 수령일이 속한 2006년 과세연도를 쟁점보조금의 귀속연도로 봄이 타당하고, 조세특례제한법 제10조의2 규정은 2007.1.1. 시행 후 최초로 출연금 등을 지급받은 분부터 적용되는 것이어서 이를 소급적용하기는 어려운바 쟁점보조금의 귀속연도를 2006년 과세연도로 보아 청구인에게 이 건 2006년 과세연도 종합소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장에 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.