특허출원권 무상양도에 따른 사례금은 필요경비로 80% 인정되지 않는 기타소득에 해당함

• 가. 청구인은 옥○○ 외 5명(이하 “연구원들”이라 한다) 및 사기업인 (주)△△△(이하 “△△△”이라 한다)의 연구원인 김▽▽ 외 2명과 보건복지부로부터 금전적 지원을 받으면서 항암능력이 뛰어나나 부작용이 심했던 ○○테신이라는 천연물질을 개량하여 강한 항암효과가 있으나 부작용이 적은 물질인 C▽▽-6◇◇(이하 “이 사건 물질”이라 한다)를 개발하게 되었다.
• 나. 한편, △△△은 이 사건 물질의 특허(이하 “이 사건 특허”라고 한다)를 국내 및 미국, 일본, 중국, 캐나다 등 해외에 출원하였고, 이 사건 특허는 1998.9.4. 국내 특허청에 등록되었으며, 이 사건 특허에 기초한 외국 특허는 미국 등지에 각 등록되었고, 이후 △△△은 2004년부터 국내에서 이 사건 물질을 이용한 항암제를 판매하였으며, 미국 법인 등에 동 특허를 이용하게 하는 대가로 3,000만 달러를, 제품화 이후부터 매출액의 5%의 로열티를 추가로 지급받기로 하는 내용의 계약을 체결하여 계약금으로 300만 달러를 지급받는 등 이득을 얻게 되었다.
• 다. 이에 청구인은 2005.11.21. △△△을 상대로 특허출원권 양도대금 청구의 소를 제기하였으나 패소(2005가합호)하였고, 이에 불복하여 2008.11.6. 서울고등법원에 항소(2008나호)하여 소송을 진행하던 중 △△△과 합의하여 소송을 종결하면서 2009.6.15. △△△으로부터 224,720,000원(이하 “쟁점소득”이라 한다)을 지급받고 2009년 과세연도 종합소득세 확정신고시 쟁점소득의 80%를 필요경비로 계산하여 신고하였다.
• 라. ○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 청구인의 2009년 과세연도 종합소득세 신고서를 검토하던 중 기타 소득금액이 과소 신고된 것으로 보아 2010.9.29. 청구인이 △△△으로부터 지급받은 쟁점소득을 소득세법 제21조 제1항 제17호 에 의한 사례금으로 판단하고 청구인이 쟁점소득의 필요경비로 공제한 금액을 부인하여 2009년 과세연도 종합소득세 37,573,282원을 부과하겠다는 과세예고통지를 하였고, 청구인은 2010.10.28. 과세전적부심사청구를 하였으며, 2010.11.25. 과세전적부심사 결과 불채택됨에 따라 처분청은 2010.12.1. 종합소득세 37,573,282원을 결정․고지하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2011.2.23. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 쟁점소득은 청구인이 항소를 취하하는데 대한 단순한 합의금이 아니라 당초 확정되지 않았던 특허출원권 양도대금이다.

1. 청구인과 △△△간의 합의서(이하 “쟁점합의서”라 한다)에는 “이 사건(서울고등법원 2008나 특허출원권 양도대금 사건)의 합의금[원고 측의 오랜 기간 동안의 연구결과로 인한 결과물(제조비법, 노하우)] 및 발명특허를 받을 수 있는 기술을 피고에게 제공한데 대한 사례금… ”이라고 기재되어 있다.

2. 명목상 합의금일지라도 쟁점소득의 성격이 특허출원권의 양도대금이라면 소득세법 시행령 제87조 의 규정에 따라 쟁점소득의 80%를 필요경비로 보아야 할 것이다.

3. 청구인은 1심 판결에서 패소하여 청구인이 항소를 하더라도 패소할 확률이 높기 때문에 △△△으로서는 합의를 할 이유가 없었으나 △△△은 특허출원권 양도대금을 지급하라는 청구인의 주장을 인정하여 청구인에게 합의를 요청한 것이며, △△△은 특허출원권 양도대금으로 쟁점소득을 지급한 것이다.

4. 청구인이 1심에서 패소한 이유는 청구인이 특허출원권 양도대금과 관련하여 △△△으로부터 △△△ 의학연구소장 서명이 날인된 협약서를 받았는데, 동 협약서의 효력이 문제되었기 때문이다.

5. 처분청은 △△△의 담당자가 “특허출원권은 무상양도 되었으므로 쟁점소득은 양도대가가 아니다.”라는 답변을 하였다 하여 쟁점소득을 단순 합의금으로 보았으나, 청구인은 특허출원권을 △△△에 양도하면서 양도대금의 지급을 수차례 확인하였고, 양도 당시 특허출원권의 양도에 대하여 양도계약서를 작성한 이유는 미국에 특허를 출원함에 있어 출원인이 발명인이 아닌 경우 발명인들이 특허출원권을 출원인에게 양도하였다는 내용의 서류를 반드시 제출하여야 하기 때문이며, 무상으로 양도한 이유는 당시 구체적인 양도가액을 결정할 수 없어 시장상황 및 개발동향을 참조하여 차후 양도가액을 결정할 것을 지속적으로 약속하였기 때문으로 위 △△△의 담당자의 주장만을 여과 없이 받아들이는 것은 부당하다.

청구인은 △△△으로부터 지급받은 쟁점소득을 특허출원권 양도대금이라고 주장하나, 청구인이 외국에서 특허를 받을 수 있는 권리의 전부를 △△△에게 무상으로 양도한다는 내용의 양도계약서를 작성한 것으로 볼 때 특허출원권의 양도에 대한 대가성을 가진 기타소득으로 볼 수 없다. 또한, 청구인과 △△△이 ‘C▽▽-6◇◇ 개발과 관련한 차후 진행과정 협약건’과 청구인과 △△△의 합의서에 사례금이라고 명시(납세자의 오랜기간 동안의 연구결과로 인한 결과물 및 발명특허를 받을 수 있는 기술을 제공한 데 대한 사례금)되었음을 고려할 때 쟁점소득은 소득세법상 제21조 제1항 제17호의 사례금에 해당한다. 따라서 쟁점소득은 지급받은 금액의 80%를 필요경비로 인정할 수 없는 기타소득에 해당되어 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 △△△으로부터 지급받은 쟁점소득을 특허출원권 양도대금으로 보아 필요경비가 80% 인정되는 기타소득으로 인정할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 2) 소득세법 제21조 【기타소득】

① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권ㆍ어업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(토사석)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품

3) 소득세법 시행령 제87조 【기타소득의 필요경비 계산】 법 제37조제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나를 말한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기타소득에 대해서는 거주자가 받은 금액의 100분의 80에 상당하는 금액을 필요경비로 한다. 다만, 실제 소요된 필요경비가 100분의 80에 상당하는 금액을 초과하면 그 초과하는 금액도 필요경비에 산입한다.

• 가. 법 제21조제1항제1호의 기타소득 중 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률의 적용을 받는 공익법인이 주무관청의 승인을 받아 시상하는 상금 및 부상과 다수가 순위 경쟁하는 대회에서 입상자가 받는 상금 및 부상
• 나. 법 제21조 제1항 제7호ㆍ제9호ㆍ제15호 및 제19호의 기타소득
• 다. 사실관계

1. 국세통합전산망 조회결과, 청구인의 2009년 과세연도 기타소득 내역은 아래 표와 같이 나타나며, 청구인이 △△△으로부터 224,720천원(원천징수된 44,944천원 포함)을 지급받은 사실에 대하여는 처분청과 청구인 사이에 다툼이 없다. <청구인의 기타소득 내역> (단위: 천원, %) 지급연도/귀속연도 원친징수의무자 지급건수 지급총액 필요경비 소득금액 세율 소득세 2009/2009 (주)△△△ 1 224,720 0 224,720 20 44,944

2. 청구인의 2009년 종합소득세 신고내용은 아래 표와 같다. <종합소득세 신고내용> (단위: 천원) 근로소득금액(○○대학교) 84,352 기타소득금액(쟁점소득) 44,944 종합소득금액 129,296 소득공제 계 18,689 과세표준 110,606 세율(%) 35 산출세액 24,572 세액공제 계 500 결정세액 24,072 총결정세액 24,072 기납부세액 55,519 납부(환급)세액 (31,447)

3. 청구인을 제외한 연구원들은 2005.10. 말경 피고에게 이 사건 특허출원권을 양도함으로써 발생하는 △△△에 대한 대금 및 지연손해금 등의 채권을 청구인에게 양도한다는 내용의 계약을 체결하였고, 청구인(원고)은 2005.11.21. △△△(피고)을 상대로 10억원을 지급하라는 특허출원권 양도대금 청구의 소를 제기하였으며, 서울중앙지방법원은 2008.10.8. 원고 패소판결(2005가합)하였고, 이에 불복하여 청구인은 2008.11.6. 서울고등법원에 항소(2008나)하여 소송을 진행하던 중 △△△과 합의하여 2009.6.16. 항소를 취하하였다.

• 가) 원고(청구인), 피고(△△△)사이에 특허출원권 양도대금 청구소송의 1심 판결문(원고 패소)에 다음과 같은 내용이 기재되어 있다.

… 원고 측 연구자들은 1997.5. 내지 6.경 피고에게 피고의 이 사건 특허의 국내출원에 관하여 이의를 제기하지 않기로 하며, 이 출원을 기초 또는 우선권으로 하는 제 외국에서 특허를 받을 수 있는 권리의 전부를 피고에게 무상으로 양도한다는 내용의 각 양도계약서를 작성해 준 점, 한편, 원고가 이 무렵 인 1997.5.22. 원고 측 연구원들을 대표하여 피고의 직원인 김▽▽으로부터 건네받은 협약건에는 ‘이 사건 항암제가 개발되어 발매 및 출시가 이루어 질 경우 피고는 원고 측 연구원들에게 상호 신뢰와 감사의 뜻으로 일시불의 사례비를 지급할 것이며 세부 지급액에 관하여 출시를 맞이하는 시점상의 시장상황 및 개발동향을 참조하여 차후 조정에 들어갈 것이다.…’ 는 내용이 기재되어 있으나, 위 협약건의 문구에 의하더라도 이는 피고가 원고 측 연구원들에게 이 사건 항암제 개발에 대한 사례비를 지급한다고 기재되어 있을 뿐 이 사건 특허출원권에 대한 양도대금을 지급하는 것으로 기재되어 있지 않을 뿐더러 위 협약건에 서명․날인한 자도 피고가 아닌 피고의 의학연구소장 이☆☆일 뿐이어서 가사 원고의 주장대로 원고 측 연구자들이 피고가 위 협약건을 이행할 것을 믿고 위 양도계약서를 각 작성해 준 것이라 하더라도 위 협약건을 근거로 원고측 연구원들이 피고에게 사례비의 지급을 청구할 수 있음은 별론으로 하고, 이 사건 특허출원권의 양도대금의 지급을 청구할 수는 없는 것으로 보이는 점, … 등을 종합해 볼 때, 피고가 원고 측 연구원들에게 양도대금을 지급하기로 하고 이 사건 특허출원권을 양수받은 것이라고 볼 수는 없다.

• 나) 2009.6.2. 청구인이 △△△과 합의한 합의서의 주요내용은 다음과 같다. 피고(△△△)는 2009.6.15. 원고(청구인)에게 이 사건(서울고등법원2008나 특허출원권 양도대금 사건)의 합의금{원고 측의 오랜 기간 동안의 연구결과로 인한 결과물(제조비법, 노하우) 및 발명특허를 받을 수 있는 기술을 피고에게 제공한데 대한 사례금}으로 금 224,720,000원을 지급한다. 단, 피고는 위 금원 중에서 원고 등의 소득세 등 금 49,438,400원을 원천징수하여 세무당국에 납부하고 위 원천징수금액을 제한 나머지 금 175,281,600원만을 원고에게 실지금액으로 지급하되, 원천징수한 위 소득세 등 금액을 세무당국에 납부하고 받은 원천징수영수증을 원고에게 교부한다.

4. 처분청이 제출한 2010.8.26. 작성 ‘기타소득 필요경비 적정여부 검토조서’ 사본에 의하면, 처분청은 청구인이 기타소득으로 지급받은 금액의 80%인 179,776,000원을 쟁점소득의 필요경비로 계산하여 종합소득세 31,447,329원을 환급하여 줄 것을 신고한데 대하여 기타소득 필요경비의 적정여부를 검토한 바, “○○테신 유도체의 신약개발이 성공되어 발매 및 출시가 이루어질 경우 △△△은 상호신뢰와 감사의 뜻으로 일시불의 사례비를 지급할 것이며 세부지급액에 관해서는 출시를 맞이하는 시점상의 시장 상황 및 개발동향을 참조하여 차후 조정에 들어갈 것이다.”라는 내용의 협약건과 법률분쟁을 조식에 종결시키고 화해하기로 결정하여 청구인과 △△△ 사이에 작성된 합의서에 “사례금”이라고 명시되었듯이 쟁점소득은 소득세법 제21조 제1항 제17호 에 의한 사례금에 해당하며, 청구인이 당초 종합소득세 신고시 기타소득으로 받은 금액의 100분의 80에 상당하는 금액을 필요경비로 공제하였으나, 쟁점소득은 동법 시행령 제87조 제1항 제2호에 해당하지 않아 기타소득으로 받은 금액의 100분의 80에 상당하는 금액을 필요경비로 인정할 수 없다는 내용으로 나타난다.

• 라. 판 단 1) 청구인은 쟁점소득이 사례금이 아닌 특허출원권 양도대금이므로 필요경비가 80% 인정되는 기타소득에 해당한다고 주장하는바, 이에 대하여 살펴본다. 소득세법 제21조, 동법 시행령 제87조에 산업재산권, 산업상 비밀 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리의 양도대금은 위 금액에서 80%에 상당하는 금액을 필요경비로 인정받을 수 있는 기타소득이나, 사례금의 경우 위 사례금에서 80%에 상당하는 금액을 필요경비로 인정받을 수 없는 기타소득으로 규정되어 있다. 살피건대, 위 사실관계에 의하면 청구인은 △△△에게 이 사건 물질의 국내특허출원에 대하여 이의를 제기하지 않기로 하고, 외국에서 특허를 받을 수 있는 권리의 전부를 무상으로 양도한 점, ‘C▽▽-6◇◇개발과 관련한 차후 진행과정 협약건’ 및 청구인과 △△△ 사이에 작성된 합의서에 기술제공에 대한 사례금으로 지급한다고 명시된 점, 원천징수의무자인 △△△이 쟁점소득에 대해 필요경비 없이 소득세를 원천징수하여 신고․납부한 점 등을 종합하면, 쟁점소득은 특허출원권 양도에 대한 대가가 아닌 신약개발 연구결과로 인한 결과물 및 발명특허를 받을 수 있는 기술을 제공한데 대한 사례금으로 판단된다. 따라서 청구인이 △△△으로부터 지급받은 쟁점소득은 필요경비로 80%가 인정되는 기타소득에 해당되지 않으므로 청구인이 신고한 필요경비를 부인하면서 2009년 과세연도 종합소득세 37,573,280원을 부과하겠다는 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.