쟁점세금계산서 금액이 기말재고액에 포함된 것으로 볼 수 있는지

청구인은 1980.3.19. 개업하여 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 00-6번지에서 ○○약국을 운영하는 사업자로 2004년에 매입세금계산서(공급가액 30,679,400원, 부가가치세 3,067,937원, 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 중복 입력하고 이를 매출원가로 하여 종합소득세를 신고․납부하였다. 처분청은 2004년 귀속 매입세금계산서 불부합자료에 의하여 위와 같은 사실을 확인하고 30,679,000원을 매출원가에서 차감하여 2010.5.12. 2004년 과세연도 종합소득세 18,058,841원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2010.7.12. 이의신청을 거쳐 2010.9.14. 이 건 심사청구를 하였다.

1) 약국의 수입구조는 일반의약품 판매와 전문의약품 판매로 분류할 수 있는바, 일반의약품은 의사의 처방전 없이 판매가 가능한 의약품을 말하고 전문의약품은 의사의 처방전 없이는 판매할 수 없는 의약품을 말한다. 2) 쟁점매입세금계산서는 청구인의 실수로 부가가치세 신고 시 매입가액 및 매입세액이 과다하게 공제되었음을 인정하나, 쟁점매입세금계산서는 전문의약품을 매입한 것으로, 전문의약품은 조제․판매 후 국민건강보험공단에 청구하여 판매대금을 수령한다. 3) 전문의약품 조제수입은 본인부담금과 공단청구액으로 구분되고, 이는 조제료(수가) 및 약가청구액과 같은 금액이므로 조제료(수가)가 전문의약품의 판매 매출총이익과 같다. 4) 청구인은 전문의약품의 매출원가를 계상할 때 국민건강보험공단에 청구하는 자료에 의하여 조제료(수가)수입, 조제약가 등을 고려하여 매출원가를 산정하고 있으므로 쟁점매입세금계산서가 이중으로 입력되었다 하여 매출원가에 포함될 수 없으며, 소득세법 시행령 제184조 약제비에 대한 원천징수대상 수입금액 범위조정에서 원천징수대상 수입금액은 실제 이익이 발생하는 조제료 부분으로 개정된 점을 볼 때 전문의약품의 매출총이익은 조제료 수입과 일치한다고 볼 수 있다. 5) 전문의약품은 의사의 처방전 없이는 판매가 불가능하며, 결산 시 매출원가 계상은 국민건강보험공단에 청구한 자료에 의하여 청구한 약가만을 매출원가로 계상하고 있는바, 단지 전문의약품의 매입세금계산서가 부가가치세 신고서에 이중으로 기재되었다는 이유만으로 이를 매출원가 과다계상으로 하여 한 이 건 처분은 부당하다.

청구인은 과다계상된 매입분이 기말재고액에도 계상되어 매출원가는 동일하다고 주장하고 있으나, 기말재고액 관련 증빙서류가 없는 상태에서 청구인이 제출한 증빙서류만으로는 과다매입분이 기말재고액에 포함되어 있는지 여부가 불분명하고, 만약 청구주장을 인용한다면 2005년 과세연도부터 종합소득세 신고서에 기재된 기초재고액과 기말재고액을 모두 수정하여야 하고 연차적으로 각 손익계산서도 수정하여 관련 종합소득세를 경정하여야 하는 무리가 따르게 될 뿐만 아니라 쟁점매입세금계산서 금액이 2004년 과세연도 손익계산서상 기말재고액에 포함되었는지 여부도 확인되지 않는다 할 것(조심2008광2743, 2008.10.27.)이므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서 금액이 기말재고액에 포함되어 있는 것으로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 등 1) 소득세법 제80조 【결정과 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조ㆍ제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조ㆍ제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 한 자(괄호 생략)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때 (이하 각호 생략)

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사 결정할 수 있다. 2) 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】

① 부동산임대소득금액․사업소득금액․일시재산소득금액․기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다. (이하 생략)

• 다. 사실관계 1) 청구인이 쟁점매입세금계산서 금액을 이중으로 계상한 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다. 2) 처분청의 이의신청결정서에 기재된 주요내용은 다음과 같다.
• 가) ○○지방국세청장은 의약품 도매업자인 청구외 (주)○○약국을 조사하면서 청구인이 쟁점매입세금계산서를 이중으로 계상한 사실을 확인하고 2010.4.27. 처분청에 파생자료를 통보하였다.
• 나) 청구인은 2004년 과세연도 손익계산서에 총수입금액 1,405백만원을 상품매출 195백만원, 조제매출 1,210백만원으로 구분 계상한 사실이 확인된다.
• 다) 조제매출 1,210백만원은 국민건강보험공단에서 통보한 1,056백만원(공단부담금 775백만원, 본인부담금 281백만원)과 생활보호대상자 91백만원(공단부담금 90백만원, 본인부담금 1백만원) 및 비보험전문의약품 판매(피부, 성형 등) 63백만원을 합산한 금액이다.
• 라) 청구인이 중복 신고한 쟁점매입세금계산서 금액은 전문의약품이다.
• 마) 청구인은 국민건강보험공단에 청구한 수입금액에서 조제료(당시 보건복지부 고시)를 차감한 금액이 전문의약품 약가이고, 전문의약품 약가에 일반약가(원장에 의함)를 합한 금액이 매출원가이므로 중복 계상된 쟁점매입세금계산서 금액은 당연히 기말재고액에 포함된다고 주장하고 있다.
• 바) 청구인의 총수입금액 대비 기말재고액은 다음과 같다. (단위: 백만원) 과세연도 총수입금액 기초재고액 매입액 기말재고액 비율 2005 1,318 72 879 80 6.1% 2004 1,405 15 981 72 5.1% 2003 1,472 18 900 15 1.0% 2002 1,454 13 858 18 1.2% ※ 비율은 총수입금액 대비 기말재고액임
• 사) 청구인은 2004년 과세연도 결산서상 기말재고액 57백만원이 늘어난 것으로 확인된다고 주장하나 관련 증빙은 제출하지 않았다. 3) 청구인의 매출액․매출원가․매입액․매출총이익 등은 다음과 같다. (단위: 원) 과세연도 매출액 매출원가 당기매입 신고매입 매출총이익 비율(%) 2007 1,315,911,731 860,913,053 885,198,633 832,197,274 454,998,678 34.58 2006 1,367,768,126 910,927,180 980,766,831 920,077,601 456,840,946 33.40 2005 1,318,313,798 870,530,838 879,086,506 842,872,154 447,782,960 33.97 2004 1,404,755,664 923,853,247 980,948,375 913,891,389 480,902,417 34.23 2003 1,472,421,281 903,437,385 900,448,187 846,302,677 568,983,896 38.64 2002 1,454,824,437 853,365,733 858,332,074 801,269,428 601,458,704 41.34 2001 1,377,401,020 856,083,189 817,546,422 674,857,902 521,317,831 37.85 ※ 비율은 매출액 대비 매출총이익율, 당기매입은 소득세 신고서 금액, 신고매입은 부가가치세 신고서상 매입금액임 4) 청구법인이 제출한 2004년 조제매출 등의 내역은 다음과 같다. (단위: 원) 공단청구분 본인부담분 조제매출 조제료 조제약가 비고 839,372,580 370,359,810 1,209,732,390 444,474,030 765,258,360 ※ 조제매출 = 공단청구분 + 본인부담분, 조제약가 = 조제매출

• 조제료

• 라. 판 단 청구인은 중복 입력된 쟁점매입세금계산서 금액이 기말재고에 이중으로 계상되어 2004년 과세연도 매출원가가 과대(이중) 계상되지 않았다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 쟁점세금계산서 금액이 이중으로 계상되었다는 사실을 청구인도 인정하고 있는바, 청구인은 국민건강보험공단에 청구한 수입금액에서 조제료를 차감한 금액을 매출원가로 계상하고 기말재고액을 매입금액에서 매출원가를 차감한 금액으로 역산하였다고 주장만 할 뿐 이를 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제출하지 않았다. 따라서 쟁점세금계산서 금액을 매출원가에 포함된 가공원가로 보아 필요경비에서 차감하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.