법인이 이자소득을 지급하면서 원천징수하고 신고・납부하지 않은 경우 이를 납세자의 기납부세액으로 공제할 수 있는지 여부

○○세무서장이 2009.5.12. 청구인에게 한 2003년 과세연도 종합소득세 719,916,020원의 부과처분은,

1. 청구외법인이 원천징수한 316,920,548원을 기납부세액으로 공제하고,

2. 청구인이 송○○․박○○와 함께 공동으로 투자하였는지를 재조사하여 그 조사 결과에 따라 세액을 경정하며,

3. 청구인의 나머지 청구는 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 000번지 ○○프라자 502호에서 경영자문 및 일반건축공사업을 영위하던 청구외 주식회사

○○ 컨설팅(2000.6.15. 개업, 2005.12.28. 폐업, 이하 “청구외법인”이라 한다)과 투자 약정을 체결하고 10억원을 투자(이하 “쟁점투자”라 한다)한 후 소송을 통하여 투자금에 대한 이자로 1,152,438,356원(이하 “쟁점이자소득”이라 한다)을 받기로 하였다.

○○ 세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 청구외법인에 대한 세무조사를 실시하고 2004.7.27. 청구외법인이 청구인에게 지급한 쟁점이자소득은 이자소득으로 판단되나 정확한 사실관계는 주소지 관할세무서에서 소명 후 처리하여야 할 사안이라고 하여 처분청에 과세자료를 통보하였다. 처분청은 통보받은 과세자료에 의하여 청구인이 쟁점이자소득을 수령하고 종합소득세를 신고하지 않았다 하여 2009.5.12. 청구인에게 2003년 과세연도 종합소득세 719,916,020원을 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.5.19. 이의신청을 거쳐 2009.7.28. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구외법인은 청구인에게 쟁점이자소득을 지급하면서 이자소득 원천징수세액으로 316,920,548원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 차감한 금액인 835,517,808원을 지급하였으므로 쟁점금액은 이 건 부과처분에서 기납부세액으로 공제되어야 한다.
• 나. 청구인은 청구외 송○○(이하 “송○○”이라 한다), 박○○(이하 “박○○”라 한다)와 함께 공동으로 쟁점투자를 하였으며, 청구외법인이 쟁점이자소득에서 쟁점금액을 차감하고 지급한 835,517,808원을 3인이 분배하였는바, 송○○ 및 박○○에게 귀속된 소득금액은 청구인의 소득금액이 아니므로 청구인의 소득금액에서 공제되어야 한다.
• 다. 청구인은 청구외법인에 투자한 금액 750백만원 중 350백만원을 회수하지 못하였으므로 미회수된 350백만원은 쟁점이자소득에서 공제되어야 한다.

• 가. 쟁점금액은 청구외법인이 원천징수 신고․납부를 하지 않았으며, 원천징수영수증도 교부하지 않아 청구외법인이 이 건과 다른 명목의 대금으로 쟁점금액을 청구인에게 지급하지 않았을 가능성도 배제할 수 없으므로 쟁점금액을 기납부세액으로 공제할 수 없다.
• 나. 청구인이 송○○․박○○와 공동으로 투자하였다고 볼 객관적이고 구체적인 증빙이 없고, 청구인은 청구외법인에 투자할 당시 청구인 명의로만 투자약정을 체결하고 쟁점소득금액과 관련한 투자이익금 반환청구의 소도 청구인 단독으로 제기하였으므로 청구인 단독으로 투자하였다고 보아야 한다.
• 다. 청구인이 청구외법인에 추가로 투자하였다는 사실을 입증할 구체적인 증빙자료가 없어 추가투자를 인정할 수 없다.

• 가. 쟁점

1. 쟁점금액을 원천징수세액으로 보아 기납부세액으로 공제할 수 있는지,

2. 투자금 10억원을 공동으로 투자한 것으로 볼 수 있는지,

3. 청구인이 청구외법인에 추가로 투자하였다고 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 1) 소득세법 제16조 (2002.12.30. 법률 제6852호로 개정된 것) 【이자소득】

① 이자소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. ～ 11. (생략)

13. 제1호 내지 제12호의 소득과 유사한 소득으로서 금전의 사용에 따른 대가의 성격이 있는 것

② 이자소득금액은 당해연도의 총수입금액으로 한다.

③ 제1항 각호의 규정에 의한 이자소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 소득세법 기본통칙 16-4【비영업대금의 이익의 총수입금액 계산】

① 법 제16조 제1항 제12호에 규정한 비영업대금의 이익에 대한 총수입금액의 계산은 대금으로 인하여 지급받았거나 지급받기로 한 이자와 할인액상당액으로 한다. 이 경우 원금의 반제 및 이자지급의 기한경과 등의 사유로 지급받는 추가금액도 비영업대금의 이익에 포함한다. 3) 소득세법 시행령 제45조 (2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정된 것) 【이자소득의 수입시기】 이자소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각호에 규정하는 날로 한다.

1. ～ 9. (생략) 9의2. 비영업대금의 이익 약정에 의한 이자지급일. 다만, 이자지급일의 약정이 없거나 약정에 의한 이자지급일전에 이자를 지급 받는 경우 또는 제51조 제7항의 규정에 의하여 총수입금액 계산에서 제외하였던 이자를 지급 받는 경우에는 그 이자지급일로 한다. (이하 생략) 4) 소득세법 제80조 (2002.12.30. 법률 제6852호로 개정된 것) 【결정과 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때 (이하 생략) 5) 소득세법 제85조 (2002.12.30. 법률 제6852호로 개정된 것) 【징수와 환급】

① ～ ② (생략)

③ 납세지 관할세무서장은 원천징수의무자 또는 제156조의 규정에 의하여 원천징수하여야 할 자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한내에 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 때에는 당해 원천징수의무자로부터 그 징수하여야 할 세액에 제158조 제1항에 규정하는 가산세액을 가산한 금액을 그 세액으로 하여 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 제158조제1항의 규정에 의한 가산세액만을 징수한다.

1. 납세의무자가 신고·납부한 과세표준금액에 그 원천징수하지 아니한 원천징수대상소득금액이 이미 산입된 때

2. 원천징수하지 아니한 원천징수대상소득금액에 대하여 납세의무자의 관할세무서장이 제80조의 규정에 의하여 당해 납세의무자에게 직접 소득세를 부과·징수하는 때

④ (생략) 6) 소득세법 제127조 (2002.12.30. 법률 제6852호로 개정된 것) 【원천징수의무】

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각호의 1의 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자는 이 절의 규정에 의하여 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

(각호 생략)

② ～ ④ (생략)

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 원천징수를 하여야 할 자를 "원천징수의무자"라 한다. (이하 생략) 7) 소득세법 (2002.12.30. 법률 제6852호로 개정된 것) 제130조【이자소득 등에 대한 원천징수의 방법】 원천징수의무자가 이자소득 또는 배당소득을 지급하는 때에는 그 소득금액(제46조제2항 및 제3항의 규정에 의하여 원천징수되거나 원천징수되는 것으로 보는 채권 등의 보유기간의 이자소득금액을 포함한다. 이하 같다)에 원천징수세율을 적용하여 계산한 소득세를 원천징수한다. 8) 소득세법 제131조 (2002.12.30. 법률 제6852호로 개정된 것) 【이자소득 지급시기의 의제】

① 금융기관이 정기예금의 이자를 실제로 지급하지 아니하고 납입할 부금에 대체하는 정기예금연결정기적금에 가입한 경우에 당해 정기예금의 이자는 그 정기예금 또는 정기적금이 해약되거나 정기적금의 저축기간이 만료되는 때에 지급한 것으로 본다.

② 제1항외의 이자 및 할인액에 대한 지급시기는 대통령령이 정하는 날로 한다. 9) 소득세법 시행령 제190조 (2002.12.30. 법률 제6852호로 개정된 것) 【이자소득 지급시기의 의제】 법 제131조 제2항에서 "대통령령이 정하는 날"이라 함은 다음 각호에 규정하는 날을 말한다.

1. ～ 1의2. (생략)

2. 제1호 및 제1호의2외의 이자소득 제45조 제1호 내지 제10호에 규정된 날 10) 소득세법 제133조 (2002.12.30. 법률 제6852호로 개정된 것) 【이자소득 등에 대한 원천징수영수증의 교부】

① 국내에서 이자소득 또는 배당소득을 지급하는 원천징수의무자는 이를 지급하는 때에 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 이자소득 또는 배당소득 기타 필요한 사항을 기재한 원천징수영수증을 그 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 지급한 날이 속하는 연도의 다음 연도 3월말까지 이자소득 또는 배당소득을 받는 자에게 그 이자소득 또는 배당소득 기타 필요한 사항을 대통령령이 정하는 바에 의하여 통지를 하는 경우에는 당해 원천징수영수증을 교부한 것으로 본다.

② (생략) 11) 법인세법 제87조 (2002.12.30. 법률 제6852호로 개정된 것 【징수 및 환급】

① ～ ② (생략)

③ 납세지 관할세무서장은 제73조에 규정하는 원천징수의무자가 그 징수하여야 할 세액을 징수하지 아니하였거나 징수한 세액을 기한내에 납부하지 아니한 때에는 지체없이 원천징수의무자로부터 그 원천징수의무자가 원천징수하여 납부하여야 할 세액에 상당하는 금액에 제76조 제2항에 규정하는 가산세액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우 납세의무자가 신고납부한 과세표준에 그 원천징수대상금액이 이미 산입되어 있는 때에는 제76조 제2항에 규정하는 가산세만을 징수한다.

④ (생략)

• 다. 사실관계 1) 쟁점이자소득 발생경위 및 대금지급 등의 내용은 다음과 같다. 일자 내용 증빙 2002.09.10 o 청구인과 청구외법인 투자약정 체결(원금 10억원)

• 투자이익금은 조건에 따라 5억원 또는 6억원 약정서 2002.12.18 o 원금 10억원 상환(약정기한내) 원장 2003.10.01 o 청구외법인 대표자 김○진이 청구인에게 1억원 상환 입금증 2004.03.11 o 청구인은 청구외법인을 상대로 투자이익금(11억원) 청구의 소를 제기(○○지방법원 2004가합00000) 소장 2004.05.21 o 청구인 승소(투자이익금 11억원 및 이에 대한 이자 지급) 판결문 2004.06.01 o 청구외법인이 청구인에게 3억원 지급 통장사본 2004.06.28 o 승소판결에 따른 채권압류 및 추심명령

• 투자이익금 1,152,438,356원 결정문 2004.07.27 o 청구외법인은 청구인에게 이자 1,152,438,356원 중 316,920,548 원을 제외한 835,517,808원 지급 통장사본 2)

○○시 ○○구 ○○섬유부지 APT 신축사업과 관련하여 청구인과 청구외법인이 2002.9.10. 체결한 투자약정서의 기재내용은 다음과 같다.

• 가) 투자약정대상 물건: ○○시 ○○구 ○○섬유부지 APT 신축사업
• 나) 투자금 및 이익금에 대한 회수(최우선 변제) (단위: 백만원) 항목 지급시기 금액 비고 원금상환 2002년 12월 20일 1,000 투자이익배분 (1차) 2002년 11월 분양시 일반분양 1차 중도금 입금시 250 2003년 3월 분양시 300 투자이익배분 (2차) 2002년 11월 분양시 일반분양 1차 중도금 입금시 250 2003년 3월 분양시 300 3) 청구인은 2004.3.11. 청구외법인의 대표자 김○진으로부터 수령한 1억원과 2004.6.1. 청구외법인으로부터 수령한 3억원은 ○○상가개발 투자금으로 투자한 750백만원 중 일부를 회수한 것이라고 주장하고 있다. 4) 청구인은 청구외법인을 상대로 ○○지방법원에 ‘2002.9.10. 아파트 신축사업에 투자한 원금 10억원에 대한 투자이익금 11억원을 지급하라’는 소를 제기하고 2004.5.21. 같은 내용으로 판결이 이루어진 것이 소장 및 판결문에 의하여 확인된다. 5) 위 승소판결에 따라 ○○지방법원에서 2004.6.28. 청구외법인에 대한 쟁점이자소득의 채권압류 및 추심명령을 결정하였으며, 2004.7.27. 청구외법인의 농협중앙회 계좌에서 1,152,438,356원이 인출되었으며, 같은 날 청구외법인의 ○○은행 계좌에 316,920,548원이 입금된 사실이 통장사본에 의하여 확인된다. 6) 청구인은 공동으로 쟁점투자를 하였고, 청구인 278,523,372원, 송○○ 278,495,436원, 박○○ 278,500,000원을 수령하였으므로 송○○․박○○의 수령금액은 쟁점이자소득에서 차감하여야 한다고 주장하고 있으며, 다음과 같은 은행 거래사실(총 835,486,308원)이 확인된다. 일자 성명 계좌번호 입금(원) 출금(원) 송금자 2004.7.27 송○○

○○ 은행 651-13-0000000 278,495,436 송○○ 2004.7.27 청구인 ◈◈은행 801-02-000000 556,990,872 송○○ 2004.7.28 청구인 ◈◈은행 801-02-000000 278,500,000 2004.7.28 박○○

○○ 증권 017-01-000000 278,500,000 청구인 7) 송○○․박○○가 2009년 6월 작성하여 세무공무원에게 제출한 확인서에는 ‘쟁점투자는 청구인․송○○․박○○ 3인이 10억원을 공동 출자하여 청구외법인과의 계약자 명의는 청구인을 대표로 하여 계약하였으며, 2004.7.27. 대구 농협에서 금 835,518,808원을 송○○이 직접 수령한 후 송○○ 278,495,436원, 박○○ 278,500,000원, 청구인 278,523,372원으로 분배하였다’고 인감증명을 첨부하여 기재되어 있으며, 835,537,808원은 청구인의 대리인에게 지급하였다는 청구외법인의 전 대표 김영훈의 진술과 송○○이 2004.7.27. 자신의 계좌에 278,495,436원을, 청구인의 계좌에 556.990.872원을 입금한 후 청구인이 2004.7.28. 박○○에게 278,500,000원을 송금한 사실이 확인된다. 8) 처분청이 2009.6.9. 청구외법인의 전 대표자 김○훈과 전 지원팀장 정○찬을 상대로 작성한 문답서의 주요내용은 다음과 같다. 가) 청구인에게 2002.9.10. 차입한 10억원은 2002.12.18. 상환하고 장부에 차입금 변제로 계상하였으며, 투자이익금은 2002년 11월 지급시 5억원, 2003년 3월 지급시 6억원으로 약정하였으나 자금 사정상 지급이 지연되었다. 나) 청구인이 제기한 투자이익금 청구의 소 판결에 따라 확정된 쟁점이자소득을 2004.7.27. 청구외법인 농협중앙회 계좌에서 인출하여 이자소득 원천징수세액 316,920,548원을 원천징수한 후 동 금액을 청구외법인의 ○○은행 계좌에 입금하였으며, 잔액 835,537,808원은 청구인의 대리인에게 지급하였다.

• 다) 청구인으로부터 2004.7.27. 원천징수한 316,920,548원은 청구외법인의 자금사정이 어려워 원천징수 신고 및 납부를 하지 않고 회사 운영자금으로 사용하였으며, 동 원천징수와 관련하여 청구인에게 이자소득 원천징수영수증을 교부하지 않았다.
• 라) 1,152,438,356원의 회계처리는 <차변> 이자비용 1,152,438,356원, <대변> 현금 1,152,438,356원으로 기재하고, 316,920,548원의 회계처리는 <차변> 선급금 300,000,000원, 대표이사 가수금 16,920,548원, <대변> 이자비용 316,920,548원으로 기재하였다.
• 마) 2004.6.1. 청구인 명의의

○○ 은행 계좌에 청구외법인이 3억원을 송금한 것은 청구외법인의 전 대표자 김○진의 개인적인 채무변제를 위한 것이었고, 동 금액은 대표이사 가수금으로 반제한 것인데 여직원이 선급금(토지 계약금)으로 장부에 계상하는 오류를 범하였다. 9) 청구외법인 전 대표이사 김○훈이 2009.5.29. 작성하여 세무공무원에게 제출한 확인서에는 ‘쟁점이자소득을 지급하면서 배당금의 27.5%(비영업대금 이자 원천세 25%, 주민세 2.5%)인 316,920,548원을 청구인으로부터 원천세로 징수하여 청구외법인 계좌에 입금하였다’고 기재되어 있다.

• 라. 판단 1) 청구인은 청구외법인이 쟁점이자소득을 지급하면서 이자소득 원천징수를 하였으므로 동 금액을 기납부세액으로 공제하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 원천징수의무자가 원천징수한 세액은 가사 원천징수의무자가 관할세무관서에 이를 납부하지 아니하였다 하더라도 그 원천징수한 세액의 범위내에서는 납세의무자는 면책되는 것(대법원83누540, 1984.4.10. 같은 뜻)인데, 청구외법인이 쟁점이자소득을 지급할 때 지급액의 27.5%(이자소득세 원천징수 25%, 주민세 2.5%)를 원천징수하고 나머지 금액을 청구인을 대리한 송○○에게 지급한 것으로 확인되는바, 이미 원천징수된 세액을 원천징수의무자가 신고․납부하지 않았다고 하여 납세의무자에게 부과처분 할 수는 없으므로 청구외법인이 원천징수한 세액은 청구인의 기납부세액으로 공제되어야 한다고 판단된다. 2) 청구인은 청구외법인에 10억원을 투자할 때 송○○․박○○와 공동으로 투자하였으므로 청구인의 이자소득금액에서 송○○․박○○에게 귀속된 소득금액을 공제하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 청구인․송○○․박○○가 청구외법인에 투자를 하면서 청구인이 투자자 대표 자격으로 청구인 명의로 청구외법인과 계약을 하였다고 송○○․박○○가 확인하고 있고, 송○○이 쟁점이자소득을 청구외법인으로부터 수령하여 청구인․송○○․박○○가 동일한 금액으로 배분한 것이 관련 금융증빙으로 확인되고 있으나, 송○○․박○○가 실지로 청구인과 공동으로 투자를 한 것인지 여부를 투자금액의 금융증빙 등을 통하여 재조사하여 그 실질에 따라 과세를 하여야 할 것으로 판단된다. 3) 청구인은 청구외법인에 별도로 투자한 금액 750백만원 중 350백만원을 회수하지 못하였으므로 이를 청구인의 이자소득금액에서 공제하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 청구인이 주장하는 투자금액 및 회수금액은 실지로 투자하고 회수하지 못한 것인지가 불명확하고, 만약 청구인이 투자한 것이 사실이라 하더라도 청구외법인과의 투자약정서 등이 없고 단지 김○진의 각서만 있는 것으로 보아 이는 청구외법인에 투자한 것이 아니고 청구외법인의 전 대표이사 김○진에게 투자한 것으로 보이므로 청구주장은 이유 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.