가공매입관련 결정소득률이 높다는 이유만으로 소득금액 추계결정 할 수 없음

청구인은 ○○시 ○○면 ○○리 ***번지에서 ○○○이라는 상호로 방전가공기 제조업을 영위하는 사업자로서, 2002년～2004년 과세연도 중 청구외 ○○기계로부터 공급가액 221,364천원(2002년 51,183천원, 2003년 105,571천원, 2004년 64,610천원) 상당의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후 관련 매입금액을 필요경비에 산입하여 종합소득세를 신고하였다.

○○세무서장은 △△세무서장으로부터 쟁점세금계산서가 실물거래 없는 가공세금계산서에 해당한다는 조사결과를 통보받은 후, 청구인이 비치․기장한 장부의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하는 것으로 보아 2007.7.1. 청구인에게 2002년～2004년 과세연도 종합소득세를 추계로 경정․고지하였다.

○○지방국세청장은 ○○세무서에 대한 정기종합감사시 ○○세무서장의 위 종합소득세 추계결정을 배제하고 실지조사방법에 의하여 청구인의 종합소득세를 결정하도록 처분지시 하였으며, 이를 수보한 처분청은 2009.2.19. 청구인에게 2002년～2004년 과세연도 종합소득세 68,443,810원(2002년 과세연도 12,961,700원, 2003년 과세연도 36,849,070원, 2004년 과세연도 18,633,040원)을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.4.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 복식부기의무자로서 장부기장에 의하여 종합소득세를 신고한 사업자로서, 쟁점세금계산서를 가공매입으로 보아 관련매입금액을 필요경비에 불산입 할 경우, 가공매입비율이 재료비 매입대비 2002년 24.4%, 2003년 36.1%, 2004년 41%이고, 결정소득률이 2002년 21.4%, 2003년 28.1%, 2004년 24.1%가 되어 2002년부터 2004년까지의 표준소득률이 9.2%인 점에 비추어 볼 때 청구인의 기장내용은 허위임이 명백하며, 소득세법 시행령 제142조 제1항 제1호 의 ‘과세표준을 계산함에 있어 장부의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’에 해당되거나 같은 항 제2호의 ‘기장의 내용이 …원자재․상품 또는 제품의 시가…등에 비추어 허위임이 명백한 경우’에 해당되는 것이므로 이 건 종합소득세를 추계로 경정하여야 한다.
• 나. 청구인은 종합소득세가 걱정이 되어 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액 공제 및 필요경비에 산입하고 허위로 소득금액을 산출하여 종합소득세를 신고한 것이므로 ○○세무서장이 이를 바로잡아 추계결정 하였으나, ○○지방국세청장이 업무감사와 관련하여 다시 실지조사 방법에 의하여 이 건 종합소득세를 과세하도록 한 것은 실질과세의 원칙 및 세법적용의 기본원리에 위배되는 사항이므로 이 건 종합소득세 부과처분은 취소하여야 한다.

• 가. 종합소득세 등의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법을 통해 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이며, 소득세법 제80조 제3항, 동법 시행령 제143조 1항에서 추계결정은 납세자가 비치․기장한 장부 및 서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로 납세자가 비치 기장한 장부나 증빙서류 중 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지부분이 사실이라면 이를 근거로 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야 하는 것이다.
• 나. 청구인은 가공매입비율이 총 매입액의 24.4%(2003년 귀속 36.1%, 2004년귀속 41%)이고 가공매입 전액을 필요경비 불산입하여 소득금액을 결정할 경우 결정소득률이 21.4%(2003년 귀속 28.1%, 2004년 귀속 24.1%)가 되어 현실적으로 발생 할 수 없는 소득이 되는 것인바, 장부의 중요한 부분이 허위에 해당되어 소득금액을 추계과세 하여야 한다고 주장하고 있으나 실지조사 방법에 따라 밝혀진 실액에 의하여 결정된 소득금액이 추계소득금액에 비해 불리하다는 사유만으로 추계 조사방법으로 결정할 수 없으며,
• 다. 또한, 청구인은 세무대리인의 외부조정을 거쳐 종합소득세를 신고 납부한 복식부기의무자로서 소득세법 제80조 제3항 및 동법 시행령 제143조 제1항에 의한 추계결정 사유에 해당되지 않으며 납세자가 비치․기장한 장부와 증빙서류 중 일부가 허위기재 또는 누락된 부분이 있는 경우에도 그 부분을 제외한 나머지 부분을 신뢰 할 수 있다면 이를 근거로 과세표준과 세액을 실지조사방법에 의하여 결정하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청의 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 가공매입금액을 필요경비에 불산입할 경우 결정소득률이 높다는 이유만으로 장부의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하는 것으로 보아 소득금액을 추계로 결정할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】

① 부동산임대소득금액·사업소득금액 또는 기타소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다. (이하 생략) 2) 소득세법 제80조 【결정과 경정】

① (중 략)

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 한 자(괄호 생략)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때 1의2～3. (중 략)

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사 결정할 수 있다. (이하 생략) 3) 소득세법 시행령 제142조 【과세표준과 세액의 결정 및 경정】

① 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준 확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다. (이 하 생략) 4) 소득세법 시행령 제143조 【추계결정 및 경정】

① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 (이하 생략)

• 다. 사실관계

1. 청구인은 복식부기의무자로서 2002년～2004년 과세연도 중 ○○기계로부터 쟁점세금계산서를 수취한 후 관련 매입금액을 필요경비에 산입하는 것으로 하여 외부조정에 의하여 종합소득세를 신고․납부하였음이 국세통합전산망 등에 의하여 확인된다.

2. ○○세무서장은 △△세무서장으로부터 쟁점세금계산서가 가공세금계산서에 해당한다는 과세자료를 통보받고, 청구인이 비치․기장한 장부의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하는 것으로 보아 2007.7.1. 청구인에게 2002년～2004년 과세연도 종합소득세를 추계로 경정․고지하였으며, ○○지방국세청장은 ○○세무서에 대한 정기종합감사와 관련하여 위 종합소득세 추계결정을 배제하고 실지조사방법에 의하여 청구인의 종합소득세를 경정하도록 처분지시 하였으며, 이를 수보한 처분청은 2009.2.19. 청구인에게 이 건 종합소득세를 경정․고지하였음이 심리자료 등에 의하여 확인된다.

3. 청구인은 가공매입비율 및 결정소득률이 높게 나타나고 있으므로 장부의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당한다고 주장하고 있는바, 청구인의 2002년～2004년 과세연도 종합소득세 신고내용 및 경정현황을 보면 다음과 같다. (단위: 원) 구 분 2002년 2003년 2004년 총수입금액 303,929,091 450,750,006 425,150,000 신고소득금액 13,720,177 21,139,875 19,133,975 신고소득률 4.50% 4.90% 4.50% 경정소득금액 64,903,177 126,710,875 98,743,975 경정소득률 21.40% 28.10% 23.22% 매출원가 282,796,624 421,210,961 379,955,415 재료비 209,510,976 292,183,020 157,443,586 가공매입금액 51,183,000 105,571,000 64,610,000 재료비대비 24.40% 36.10% 41.03%

• 라. 판 단 관련법령과 위의 사실관계 등을 종합하여 살펴보면, 청구인이 주장하는 추계과세는 과세표준과 세액결정의 근거가 되는 납세자의 장부와 증빙서류 등이 없거나 그 내용이 미비 또는 허위여서 근거과세의 방법으로 사용할 수 없는 경우에 예외적으로 인정되는 것이며, 설사 납세자가 비치․기장한 장부와 증빙서류 중 일부에 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다 하더라도 나머지 부분을 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 당해 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야 하고 추계조사방법에 의하여 할 것은 아니라고 할 것이고, 경정소득률이 당초 신고소득률보다 높게 산출되거나 경정으로 인한 결정세액이 당초 신고세액보다 현저하게 증가된다는 이유 등으로 실지조사에 의한 부과처분이 결과적으로 추계과세에 의한 부과처분보다 불리하다거나 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사결정을 원하고 있다는 사유만으로는 추계조사의 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없다(대법원95누2241, 1995.8.22. 및 국심2006서2085, 2006.10.16. 외 다수 같은 뜻임) 할 것이다. 청구인의 경우 쟁점세금계산서에 해당하는 관련매입금액이 필요경비에 불산입 되었다 하더라도 복식부기의무자로서 외부조정을 거쳐 종합소득세 과세표준 및 세액을 신고한 이상 장부나 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있는 것으로 보이고, 쟁점세금계산서의 과세자료 처리 결과 매입원가 일부가 부인 되어 경정소득금액이 추계소득금액보다 높게 되었다 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분이 사실과 부합되어 이를 근거로 소득금액을 계산할 수 있다면 그에 의하여야 하는 것이지 추계조사방법에 의할 것은 아니라 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서에 해당하는 관련매입금액을 필요경비 불산입하여 청구인에게 종합소득세를 과세한 이건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호에 의거 주문과 같이 결정한다.