조세심판원 심사청구 종합소득세

동일 용역의 계약당사자가 바뀐다하여 계속, 반복적으로 볼 수 있는지 여부

사건번호 심사소득2008-0184 선고일 2009.02.20

하나의 용역으로 용역 성격상 장기간이 소요된 것 일뿐, 동종 행위의 계속, 반복이라는 소득세법상 사업성 요건을 충족하지 못한 일시적인 용역으로 봄이 타당하다 할 것이므로 사업소득으로 판단한 것은 잘못이 있음

1. 처분내용

청구인은 ○○의대 해부학 교수로서 ○○부가 총괄하고 ○○정보연구원이 주관하는 “디지탈 한국인 DB구축사업”의 계약당사자들에게 DB구축을 위한 기초자료 수집 및 가공한 정보를 제공(이하 “쟁점용역”이라 한다)하고 그에 대한 대가를 수령한 소득에 대하여 아래와 같이 기타소득으로 종합소득세를 신고납부하였다. 과세연도 계약당사자 금액(백만) 지급자(원천징수) 청구인 신고 2003년 00데이타(주) 140 사업소득 기타소득 으로 타소득과 함께 종합소득세 신고 2004년 00정보시스템(주) 158 기타소득 2005년 (주) 000 270 사업소득 2006년 00정보기술(주) 150 기타소득 무신고 처분청은 청구인의 쟁점용역에 대한 수입금액을 소득세법 제19조 및 제80조 제2항에 근거하여 사업소득으로 보아 추계결정(개인 인적용역 중 기타 자영업으로 적용, 940600)하고 2008.3.1. 청구인에게 종합소득세 155,993,430원(2003년 21,847,072원, 2004년 46,971,483원, 2005년 49,114,338원, 2006년 38,060,537원)을 경정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.6.2. 이의신청을 거쳐 2008.12.6. 이 건 심사청구를 하였다.

2. 청구주장
  • 가. 청구인이 제공한 쟁점용역은 기타 자영업(분류표 코드 940600)이 아니며, 기준 경비율 및 단순 경비율 분류표에 의할 때 해당업종이 없어 경비율이 결정 되지 아니한 경우에 해당되므로 소득세법 시행령 제143조 제3항 제2호 의 적용 을 받아 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일 업종의 다른 사업자의 소득금액을 참작하여 그 소득금액을 결정 또는 경정하는 방법, 또는 국세청장이 합리적이라고 인정하는 방법을 적용하여 소득금액을 추계 경정, 결정하여야 할 것이다.

1. 청구인이 수행한 쟁점용역은 기타 자영업(940600)이 아니다.

  • 가) 청구인이 수행한 용역 (1) 쟁점용역은 한국인 몸에 대한 3차원적 정보 인프라 구축으로 요약하여 말할 수 있다. 병원으로부터 기증시신을 제공받아 DB구축 대상 자료를 선정하고 DB구축을 위한 자료 가공 및 분석 후 DB를 구축하여 ○○연구원의 슈퍼컴퓨터에 DB를 제공하여 정보이용자가 이용할 수 있도록 하는 것이다.

(2) 즉, “디지털 한국인 DB구축”은 한국인 인체정보에 대한 3차원적 자료를 만드는 과정(원시 데이터 수집과정)과 만들어진 3차원 인체정보 자료를 슈퍼컴퓨터에 DB구축 및 정보 이용자가 이용할 수 있게 하는 프로그램개발로 크게 나눌 수 있으며, 청구인은 인체정보 대한 3차원적 자료를 만드는 것에 국한하여 용역을 제공하였으며, 프로그램개발업무는 수행하지 아니하였다.

(3) 청구인이 2003년부터 2006년까지 수행한 쟁점용역을 요약하면 상기 쟁점용역의 전체구성 표에서 기술한 전체용역 중 3차원 골격계 형상 DB, 미세골격 형상 DB, 골격계 물성정보 DB구축이며 위 수행한 작업을 다시 크게 분류해 보면 인체의 형상정보에 대한 DB구축과 골격의 물리적 성질정보에 대한 DB구축으로 나눌 수 있다.

  • 나) 2003년부터 2006년까지 쟁점용역에 대한 계약 현황 년도 총괄 기관 전담 기관 주관 기관 참여 기관 세부 용역 내용 시스템공급자 (용역 계약 상대방) 프로그램 개발업체 03

○○부

○○전산원

○○연구원 청구인 (○○응용해부연구소) 골격 형상정보 00데이타㈜ 00 바이오㈜ 04 미세 골격 형상정보(피부,치아,손발) 00 정보시스템㈜ 00 바이오㈜ 05 골격 물성정보 (척추,넙다리뼈,엉덩뼈,머리뼈) 00 정보시스템㈜ 000㈜ 06 골격 물성정보 (무릅뼈,종아리뼈,정강뼈) 00정보기술㈜ 예산 편성상 수행 하지 못함

  • 다) 쟁점용역의 작업process

(1) DB구축 대상 선정: 한국인 인체정보에 대한 DB를 구축하기 위해 인체부위별 구축대상을 선정하는 작업

(2) DB구축 대상에 대한 구체적인 표본 제작 단계: 뼈에 대한 물리적 성질정보 DB구축의 경우 시험대상이 되는 해당 뼈를 적출하고 시험 편을 제작하여 표본을 제작하며, 인체의 형상정보 DB구축의 경우에는 DB구축대상이 되는 인체 부위의 1㎜간격의 CT, MR, MICRO-CT SCAN하여 표본 제작

(3) DB구축 대상정보 입수 단계 (가) 뼈에 대한 물리적 성질정보 DB구축의 경우 물리적 성질에 대한정보를 획득하기 위하여 압입시험과 압축시험을 행하며, (나) 압입시험이란 재료의 표면을 바늘과 같은 것으로 찔렀을 때 부서 지지 않고 견딜 수 있는 힘의 크기를 수치로 나타내는 시험으로 1개의 시험 영역당 10곳의 위치에서 시험을 실시하여 시험 결과 하중-깊이 이력 곡선과 탄성계수, 항복강도, 극한 강도에 대한정보를 파일로 저장 (다) 압축시험은 재료에 압축(누르는 힘)을 가했을 때 부서지지 않고 견딜 수 있는 힘의 크기를 수치로 나타내는 시험으로 시험 결과 응력-변형 시험 이력 곡선과 탄성계수, 항복강도, 극한강도에 정보를 파일로 저장함 (라) 인체의 형상정보 DB구축의 경우에는 CT등으로 촬영된 영상 표본을 인체 형상을 나타낼 수 있는 프로그램에 적재하여 각 인체부위별로 구분하고, 구분된 인체부위를 구별이 되도록 색을 칠해 줌(영상 구역화) (마) 이와 같이 수행한 영상은 단면이므로 3차원 공간좌표에 표시하고 부피를 측정하여 3차원 인체 형상을 만든 후(3차원 인체 모델링) 파일로 저장함

2. 청구인이 수행한 용역은 한국인 인체에 대한 3차원정보를 획득하기 위해 직접용역을 수행한 것으로 자문, 감독, 지도료 등 이와 유사한 수입과 교정, 고증, 필경, 타자 또는 음반취입의 대가로 받는 금품이 아니므로 처분청이 기타자영업(940600)에 대한 경비율을 적용하여 추계 경정한 것은 부당하다.

3. 쟁점용역은 국책사업 관련 용역으로 유일무이 하여 기준 경비율 및 단순 경비율 분류표에 의하여 살펴 보건데 해당업종이 없다. 또한, 기타 서비스업으로 분류될 수 있다 할지라도 기타라는 것은 업종이 특정되지 아니한 것으로 경비율이 결정되어 있다 볼 수 없다.

4. 따라서, 소득세법 시행령 제143조 제3항 2호 의 규정에 따라 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일 업종의 다른 사업자의 소득금액을 참작하여 그 소득금액을 결정 또는 경정하는 방법, 또는 국세청장이 합리적이라고 인정하는 방법을 적용하여 소득금액을 추계 경정하여야 할 것으로 사료된다.

5. 동종 업종의 다른 사업자의 소득금액

  • 가) 청구인은 쟁점용역 수입과 관련하여 과세문제와 사업소득으로 구분되었을 경우 증빙구비 및 원천징수 신고의무 등 제반 문제가 발생하는바 “디지털 한국인 DB구축”의 후속 작업인 “2007년 디지털 한국인 DB구축: 3차원 뇌 모델.근육.인대 형상정보, 골격계 물성정보(상지부,갈비부,하지부) DB구축 용역”에 대한 계약을 2007년 5월 31일(계약기간 2007.4.1.~2007.10.31) 00정보기술(주)와 ○○의과대학 산학협력단(이하 “산학협력단”이라 한다)이 체결하게 하여 계약의 주체 및 수익의 주체를 산학협력단으로 하고 청구인은 동 용역을 수행만 하였으며 대학이 수익주체가 됨에 따라 2007년 용역계약의 경비 지출 증빙은 인건비를 포함하여 모두 구비되어 있다.
  • 나) 경비증빙에 의한 2007년 수행한 용역의 경비율은 97.12%이며, 이 중 개별적으로 용역계약을 할 경우 발생하지 아니하는 본부 간접비(계약의 당사자가 대학일 경우 청구인이 대학측에 수수료로 지급하는 금액) 20,850,000원을 제외한 경비율은 82.12% 이다.
  • 다) 2007년 청구인이 수행한 용역

(1) 2007년 청구인이 수행한 용역의 계약 현황 년도 총괄 기관 전담 기관 주관 기관 참여 기관 계약주체 세부 용역 내용 시스템공급자 (용역 계약 상대방) 07 00 통신부 00 전산 원 00 기술 연구원

○○의과 대학응용 해부연구소

○○ 의과대학 산학협력단 뇌,근육,인대 형상정보, 골격 물성정보 (상지부, 갈비부, 하지부) 00정보기술㈜

(2) 2007년 수행한 용역의 작업 process 는 2003-2006년 용역과 동일하다.

(3) 쟁점용역과 2007년 수행한 용역은 동일유형의 용역이다. (가) 쟁점용역 수행 내용 년도 2003년 2004년 2005년 2006 년 용역수행내용 골격 형상정보 미세 골격 형상정보 골격 물성정보 골격 물성정보 (나) 2007년 용역 수행 내용: 뇌,근육,인대 형상정보, 골격 물성정보 (다) 쟁점용역과 2007년 수행용역 작업 process 및 비용구조 비교

① 쟁점용역과 2007년 용역 수행내용을 살펴보면 그 작업내용은 크게 인체 형상정보에 대한 3차원 자료를 만드는 것과 골격 물성정보에 대한 3차원정보를 만드는 것이다.

② 다만, 쟁점용역의 경우에는 각 년도에 인체형상정보 또는 골격물성정보를 만드는 작업 중 어느 하나를 수행한데 반해 2007년 수행한 용역은 인체형상 및 골격 물성정보를 만드는 작업을 모두 수행했다.

③ 따라서, 인체 형상정보 획득을 위한 그 작업 process및 비용구조가 물성정보 획득을 위한 작업 process및 비용구조가 동일․유사하다면 쟁점용역과 2007년 수행한 용역의 작업 process및 비용구조는 동일․유사할 것이다.

④ 인체 형상정보와 골격 물성정보에 대한 작업의 process는 상기 쟁점용역과 2007년 수행한 용역의 작업 process에서 설명한 바와 같다. 인체의 형상정보에 대한 DB구축과 골격 물리적 성질 정보에 대한 DB구축작업의 정보 획득방법이 다름에 따라 작업process 및 그 비용구조도 다른 것처럼 보인다.

⑤ 그러나, 그 작업과정을 면밀히 살펴보면, 두 과정 모두인체에 대한정보획득을 목적으로 하며, 크게 DB구축 대상 선정, DB구축 대상에 대한 표본 제작, DB구축 대상에 대한정보입수의 3단계를 걸쳐 정보를 획득한다는 점에서 동일하며, 그 단계별 작업방법을 구체적으로 비교해 보면

⑥ 표본 제작 과정은 형상정보의 경우 인체의 CT등 사진을 찍어 표본을 추출하던 작업이 물성정보의 경우 인체의 뼈를 적출하는 작업으로 대체 된 것으로 다수의 의학적 전문 인력이 직접 작업을 하여야 하기 때문에 그 경비 중 인건비의 비중이 대부분을 차지하여 비용구성이 동일하거나, 유사하고 인건비의 높고 낮은 수준에 있어서도 두 작업 모두 의학적 전문지식이 있는 자들의 작업을 필요로 한다는 점에서 인건비의 높고 낮은 수준 역시 동일하거나, 유사하다. 즉, 표본 제작과정은 인체 중 뼈 또는 CT등 사진으로 그 표본형식만 다른 것이다.

⑦ 또한, 정보 입수 단계 역시형상정보의 경우 다수의 의학전문 인력이 CT등으로 촬영된 사진 표본을 각 인체부위별로 구분하여 인체부위를 구별이 되도록 색을 칠해 주고, 3차원 공간좌표에 표시하여 부피를 측정하여 3차원 인체형상을 만든 후 파일로 저장하는 작업이 물성정보의 경우 압입, 압축시험을 행하여 이력 곡선과 탄성계수, 항복강도, 극한강도에 정보를 만든 후 파일로 저장하는 작업으로 대체된 것이다.

⑧ 즉, 인체의 형상정보를 획득을 하기 위해 CT등 SCAN을 하고 3차원 형상을 구현하였던 과정이 직접 뼈를 적출하고 물성 시험을 하는 것으로 대체 되었을 뿐 두 작업 모두 대부분의 작업을 사람이 직접 수행하여 그 경비 중 인건비의 비중이 대부분을 차지하여 비용구성이 동일하거나, 유사하고, 인건 비의 높고 낮은 수준에 있어서도 두 작업 모두 의학적 전문지식이 있는 자들의 작업 을 필요로 한다는 점에서 인건비의 높고 낮은 수준 역시 동일 ․ 유사할 것이다.

⑨ 따라서, 두 작업의 비용구조는 동일, 유사하다. 그러나 동일하거나, 유사한 비용구조의 작업이라도 작업량에 따라 전체 비용금액은 달라 질 것이다. 하지만, 정부예산으로 편성되는 본 용역의 특성상 견적을 제출하며, 수입금액은 작업량에 따른 비용금액을 고려하여 결정된다.

⑩ 즉, 작업량에 따라 전체 비용금액은 달라 질 수 있으나, 이는 수입금액으로 조정될 것이므로 전체 수입금액 대비 경비의 비율은 유사하다.

6. 결론적으로

  • 가) 2007년 수행한 용역은 2003년부터 2006년까지 청구인이 수행한 용역내용과 동일하며, 다만 그 인체 부위만(물성정보 DB구축의 경우에는 상지부, 갈비부, 하지부, 형상정보 DB구축의 경우에는 뇌, 근육, 인대) 다른 것이다.
  • 나) 따라서, 2007년 수행된 용역은 쟁점용역의 후속 용역으로서 쟁점 용역과 동일업종에 속 한다 볼 수 있고 산학협력단이 수익 및 비용을 계상 하였으며, 해당 용역에 대한 경비 증빙을 모두 갖추어 기장이 정확 하다고 볼 수 있는바, 소득세법 시행령 제143조 제3항 2호 에 의해 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 사업자의 소득금액으로 인정될 수 있어 이를 적용하여 청구인의 소득금액을 추계 경정함이 타당할 것으로 사료된다.
  • 다) 만일, 2007년 수행한 용역이 동일 업종에 해당되지 아니한다면 2003년부터 2006년까지 수행한 쟁점용역도 동종 행위에 해당되지 아니 할 것이며 따라서 동종행위의 계속, 반복이 아닐 것이므로 사업소득으로 과세 될 수 없을 것이다.
  • 라) 설령, 소득세법 시행령 제143조 제3항 2호 에 해당되지 않는다 할지라도 국세기본법 제14조 제2항 의 실질과세원칙에 의하여 추계의 방법과 내용은 가장 진실에 가까운 수입 금액이나 소득금액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성이 있는 근거에 의하여 결정, 경정 되어야 하는 것이 추계 결정 및 경정의 목적인바, 실질에 의한 과세가 가능하도록 하기 위해 소득세법 시행령 제143조 제3항 3호 에 의해 기타 국세청장이 합리적이라고 인정하는 방법에 따라 경비추계가 가능하도록 규정하고 있다고 보여 지며 동 규정 적용에 기준(단순)경비율 적용이 우선한다는 규정은 없다.
  • 마) 결국, 쟁점용역은 2007년 수행된 디지털 한국인 DB구축 용역과 동일한 용역으로서 쟁점용역의 실제 경비율은 2007년 수행된 용역의 경비율과 동일 또는 유사 할 것이 자명하므로 2007년 수행된 디지털 한국인 DB구축 용역에 대한 경비율을 적용하여 추계 경정 하는 것이 실질에 부합할 것이며, 청구인이 부당하게 과세되지 않도록 하는 것이다.
  • 나. 쟁점용역은 하나의 용역이며, 용역 성격상 장기간이 소요된 것일 뿐이므로, 동종 행위의 계속․반복이라는 소득세법상 사업성 요건을 충족하지 못해 사업소득이 아닌 기타소득으로 과세 되어야 한다.

1. 쟁점용역의 전체 구성 디지털 한국인 DB구축은 한국인 인체 전체에 대한 정보를 제공하기 위해 인체 기관 부분, 부분을 단계적으로 완성함으로써 전체를 완성하는 형태로 장기간 작업을 요하며 그 작업의 전체구성은 다음과 같다. (2005년 한국 과학기술정보연구원 사업계획서: 10페이지~13페이지상 도표, 증 제16호) 용역명 세부용역명 총괄사업 시행기관 전담 기관 총괄 주관기관 참여 기관 시스템 공급자 디지털 한국인 DB구축 (1) 3차원 골격계 형상 DB 00 통신부 00 전산원 00기술 연구원 (키스티) 청구인 (○○ 응용 해부 연구소) 경쟁입찰에 의해 매년 선정 (2) 미세골격 형상 DB (3) 골격계 물성정보 DB

(4) 골격계 물성정보 및 근.골격계 형상 시범 DB (5) 근.골격계 형상 DB (6) 전신인체 형상 DB (7) 순환기 형상 DB (8) 호흡기, 비뇨기 형상 DB

2. 청구인이 2003년부터 2006년까지 수행한 쟁점용역 년도 총괄 기관 전담 기관 주관 기관 참여 기관 세부 용역 내용 시스템공급자 (용역 계약 상대방) 프로그램 개발업체 03

○○부 00전산원

○○연구원 청구인 (○○응용해부연구소) 골격 형상정보 00데이타㈜ 00 바이오㈜ 04 미세 골격 형상정보(피부,치아,손발) 0 00정보시스템㈜ 00 바이오㈜ 05 골격 물성정보 (척추,넙다리뼈,엉덩뼈,머리뼈) 00정보시스템㈜ 000㈜ 06 골격 물성정보 (무릅뼈,종아리뼈,정강뼈) 00정보기술㈜ 예산 편성상 수행 하지 못함

3. 청구인이 매년 다른 시스템 공급자와 계약하게 된 경위

  • 가) 최초 제안부터 용역계약 체결까지 과정

(1) 2002.6.18.: 청구인이 키스티에 한국인 몸에 대한 3차원적 기초정보 DB 구축 연구 예산을 키스티로부터 받기 위해 위탁연구계획서 제출

(2) 2002.6.30.: 청구인 제안용역이 국가적 차원에서 필요한 연구로 채택되어 키스티는 ○○부 예산으로 시행하는 2003년도 지식정보자원관리사업 사업계획서(7개분야 예산48억원)를 ○○부에 제출

(3) 2003.7.30.:○○부 2003년도 지식정보자원 지정결과 통보

(4) 2003.8.2.: 키스티는 ○○부 승인분야 2003년도 지식정보자원관리사업 사업계획서(2개분야 예산13억원) 수정 제출

(5) 2003.8.22.: ○○전산원 2003년도 제2차 지식정보자원관리사업 지정과제 시스템공급자 입찰공고

(6) 2003.10.6.: 청구인은 ○○전산원 입찰공고에 의하여 선정된(○○부 고시에 의한 일정규모 이상 SI업체) 시스템 공급자와 용역계약 체결

  • 나) 청구인이 시스템 공급자와 계약을 체결하게 된 이유

(1) 청구인은 디지털 한국인 DB구축에 대한 제안을 2002.6.18. ○○연구원에 제출하였으며, ○○연구원은 청구인의 제안 용역을 국가적 차원에서 필요한 연구로 채택하여 지식정보자원관리사업 사업계획서에 동 용역을 포함하여 ○○부에 제출 하였다.

(2) ○○부는 동 용역을 포함하여 지식정보자원관리사업 지정과제 시스템공급자를 입찰 공고 하였으며 쟁점 용역의 시스템 공급 주사업자의 경쟁 입찰 참여자격은 국가를당사자로하는계약에관한법률 시행령 제12조 및 동법시행규칙 제14조 규정에 의한 경쟁 입찰 참가자격을 갖춘 자로서 전기통신사업법에 의한 전기통신사업자, 소프트웨어산업 진흥법에 의한 소프트웨어사업자, 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 중소기업협동조합 중 한국전산업협동조합에 가입한 조합원으로 한정하고 있다.

(3) 따라서, 청구인은 제안자임에도 불구하고 쟁점용역의 경쟁 입찰에 의한 시스템공급사업자로 입찰에 참가할 수 없었으며, 경쟁 입찰에 의해 선정된 시스템 공급자와 계약을 체결하여 용역을 수행하게 된 것이다.

  • 다) 매년 다른 시스템 공급자와 계약하게 된 이유

(1) 쟁점용역은 지식정보자원관리사업 지정과제 중 하나로서 매년정부의 예산편성에 따른 예산을 배정 받아 진행되며, 시스템공급자는 매년 경쟁 입찰을 통해 선정하다 보니 동일한 용역의 후행과정이라도 계약의 당사자인 상대방은 매년 달라진다.

(2) 또한 시스템공급자는 프로그램개발업체와 컨소시엄을 구성하여 경쟁 입찰에 참여하는 경우도 있어 시스템 공급자뿐만 아니라 프로그램개발업체도 경우에 따라서는 달라진다.

(3) 그러나 쟁점용역의 제안자인 청구인(○○응용해부연구소)은 시스템공급자가 누가 선정되든 용역을 수행한다.

4. 결론적으로

  • 가) 위에서 기술한 1), 2)에서 살펴본 바와 같이 디지털 한국인 DB구축은 하나의 용역이다. 청구인이 수행한 쟁점용역은 디지털 한국인 DB구축이라는 하나의 용역에 대한 세부 용역을 수행한 것이다.
  • 나) 따라서, 청구인이 세부용역을 모두 수행해 전체 용역을 완성하면 동 용역은 더 이상 발생하지 아니하는 전체 용역 관점에서 일회적이므로 일시적인 용역이다.
  • 다) 가정 하건데, 디지털 한국인 DB 구축 업무가 단기간에 완성되는 용역 이었다면 후속용역은 발생하지 아니 하였을 것이며 장기간 계속, 반복된 것은 동종행위 계속, 반복이 아니라 용역을 완성하기 위해 수반 될 수밖에 없는 것으 로서, 쟁점용역이 장기간 발생하여 계속, 반복되었다 할지라도 이는 소득세법상 동종행위를 계속 반복하여 수행하는 사업행위와 다르게 보아야 할 것이다.
  • 라) 또한 위에서 기술한 3) 에서 살펴 본 바와 같이 매 용역 계약의 상대방이 달라진다 할지라도 이는 정부로부터 발주되는 용역 계약 시스템에 기인해 수반 될 수밖에 없는 문제이며, 매 용역 계약의 실질적인 주체는 국가(○○부, 한국전산원, ○○연구원)로서 바뀌지 아니하므로 쟁점용역은 하나의 용역으로 일시적인 것이므로 기타소득으로 과세되어야 할 것이다.
3. 처분청 의견
  • 가. 청구인의 쟁점용역 대가가 기타소득이라는 주장에 대하여

1. 쟁점용역 대가와 관련하여 각 소득 지급처는 기타소득 또는 사업소득으로 원천징수하여 신고하였으나 / 2003년〜2006년까지 청구인이 제공한 쟁점용역은 청구인이 ○○대학교 의대 교수로서 대학과 상관없이 독립적으로 고용 관계가 없는 영리법인과 계약을 체결하고 그 대가를 수취하여 자기 책임 하에 직접 관리한 것으로 이는 사회서비스업에 해당하는 사업소득이다.

2. 청구인은 ‘디지털한국인DB구축’사업의 제안자로서 시스템공급자와 참여기관인 청구인의 연구소는 종속적인 관계가 아니라 한국전산원이 주관하는 해당 DB구축 사업의 독립적인 용역수행업체라고 주장하나

  • 가) 시스템 공급 사업자는 전담기관 등과 독립적으로 계약을 체결하였지만 청구인은 전담기관 등과 독립적 계약이 아니라 전담기관과 사업적인 계약을 체결한 시스템공급자와 계약을 체결하였고
  • 나) 청구인이 DB구축사업의 제안자라 하더라도 이는 영리법인과의 종속적 계약관계에 의거하여 대학과는 별도로 용역을 제공한 것으로 볼 수 있으므로 사업소득에 해당한다고 할 것이다.

3. 청구인은 용역 계약의 상대방만 바뀔 뿐 주관 기관인 ○○연구원에 용역을 제공하였다고 주장하여 반복성이 없으므로 기타소득이라고 주장하나, 용역제공 계약서에 의하면 청구인은 매년 ○○연구원이 아닌 각기 다른 업체와 직접 계약을 체결하고 동 업체로부터 대가를 직접 수취하였다.

4. 청구인은 매년 입찰 선정사업자가 변경되었을 뿐 사실적으로 “디지털 한국인 DB구축”사업을 주관한 곳은 ○○정연구원이라고 주장하나,

  • 가) 청구인이 제공한 용역의 결과물은 청구인과 시스템공급자와 체결한 계약서에 명시된바와 같이 ○○연구원이 아닌 각 계약 상대방인 영리법인에 귀속되고 있다.
  • 나) 따라서 청구인은 주관기관인 ○○정보연구원에 용역을 제공한 것이 아니라 매년 각기 다른 업체에 동일 용역을 제공한 것이므로 이는 사업소득을 규정하는 반복성의 요건을 충족하고 있다.

5. 청구인은 계약에 의하여 제공한 용역이 자문용역에 해당하지 않는다고 주장하나,

  • 가) 청구인과 계약 상대방이 체결한 계약서상에 해당 용역 계약이 기술자문용역제공으로 명시되어 있으며,
  • 나) 청구인은 ‘디지털 한국인 DB구축’ 사업 중 의학적 지식이 필요한 인체정보에 대한 3차원적 자료를 수집하는 용역 과정에 의학연구인력 지원 및 의학적 지식에 대한 기술자문용역을 제공하였고
  • 다) 청구인이 주된 용역이라고 주장하는 물리계 인체 모델 DB구축과 관 련된 시신 해부와 뼈 적출, 압입 시험, 검수 등의 용역은 해당 청구인의 의학적 지식을 바탕으로 기술자문용역을 제공하는 과정에서 기술자문용역에 부수되어 제공된 용역으로 적출, 압입, 검수 등의 용역이 청구인의 의학적 지식이나 자문용역과는 별개인 독립적으로 제공되었다고 보기는 어렵다고 할 것이다.
  • 나. 설령, 쟁점용역 대가를 사업소득이라 하더라도 기준경비율 상 해당 업종이 없다는 주장에 대하여

1. 청구인이 참여하여 수행한 2007년 산학협력단의 후속용역을 쟁점용역과 동일 업종이므로 해당 산학협력단의 장부 등에서 기장한 82.12%를 인정해 주든지, 만약 2007년 수행한 후속용역을 동일 용역으로 볼 수 없다면 2003년부터 2006년 까지 제공한 쟁점용역 역시 동일한 용역으로 볼 수 없으므로 사업소득이 아닌 필요경비 80% 인정하는 기타소득으로 보는 것이 타당하다고 주장하나

2. 이러한 청구인 주장은 결국 쟁점용역이 기타소득 또는 사업소득 여부에 관계없이 단지 경비율을 80% 인정받기 위한 주장으로 보이지만, 소득세법에서는 기타소득과 사업소득을 구분하여 과세하고 있고 소득종류에 따라 필요경비를 인정하는 바,

3. 청구인이 제공한 쟁점용역은 상기 처분청의 과세근거로 제시한 사유에 의거하여 기술자문용역을 제공한 사업소득으로 보아 경정 결정한 처분청의 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구인의 제안으로 실시되는 국책사업에 대한 계약당사자들에게 동일한 용역을 장기간 공급하여 얻는 소득이 기타소득에 해당되는지 여부
  • 나. 관련법령 등 1) 소득세법 제19조 【사업소득】

① 사업소득은 당해년도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

14. 보건 및 사회복지사업에서 발생하는 소득

15. 오락, 문화 및 운동 관련 서비스업과 기타 공공, 수리 및 개인서비스업에서 발생하는 소득

16. 가사서비스업에서 발생하는 소득 2) 소득세법 제21조 【기타소득】

① 기타소득은 이자소득·배당소득·부동산임대소득·사업소득·근로소득·일시재산소득·연금소득·퇴직소득·양도소득 및 산림소득외의 소득으로 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

19. 다음 각목의 1에 해당하는 인적용역(제15호 내지 제17호의 규정을 적용받는 용역을 제외한다)을 일시적으로 제공하고 지급받는 대가

  • 가. 고용관계 없이 다수인에게 강연을 하고 강연료 등의 대가를 받는 용역
  • 나. 라디오·텔레비전방송 등을 통하여 해설·계몽 또는 연기의 심사 등을 하고 보수 또는 이와 유사한 성질의 대가를 받는 용역
  • 다. 변호사·공인회계사·세무사·건축사·측량사·변리사 기타 전문적 지식 또는 특별한 기능을 가진 자가 당해 지식 또는 기능을 활용하여 보수 또는 기타 대가를 받고 제공하는 용역
  • 라. 가목 내지 다목외의 용역으로서 고용관계 없이 수당 또는 이와 유사한 성질의 대가를 받고 제공하는 용역

② 기타소득금액은 당해년도의 총수입금액에서 이에 소요된 필요경비를 공제한 금액으로 한다. 3) 소득세법 제80조 【결정과 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 한 자(생략)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해년도의 과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해년도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사 결정할 수 있다. 4) 소득세법 시행령 제143조 【추계결정 및 경정】

② 법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 과세표준을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 제3항의 규정에 의하여 산출한 소득금액에서 법 제50조 내지 제52조의 규정에 의한 인적공제와 특별공제를 하여 과세표준을 계산한다.

③ 법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 방법에 의한다. 다만, 제1호의2의 규정은 단순경비율 적용대상자에 한하여 적용한다.

1. 수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 "기준소득금액"이라 한다)으로 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다. 다만, 기준소득금액이 제1호의2의 규정에 따른 소득금액에 국세청장이 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우 2009년 12월 31일까지는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있다.

  • 가. 매입비용(생략)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
  • 나. 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
  • 다. 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액 1의2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법

2. 기준경비율 또는 단순경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 사업자의 소득금액을 참작하여 그 소득금액을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 사업자가 없는 경우로서 과세표준 확정신고후에 장부등이 멸실된 때에는 법 제70조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준 확정신고전에 장부 등이 멸실된 때에는 직전과세기간의 소득률에 의하여 소득금액을 결정 또는 경정한다.

3. 기타 국세청장이 합리적이라고 인정하는 방법 5) 소득세법시행령 제145조 【기준경비율 및 단순경비율】

① 제143조제3항의 규정에 의한 기준경비율·단순경비율 및 배율은 국세청장이 규모와 업황에 있어서 평균적인 기업에 대하여 업종과 기업의 특성에 따라 조사한 평균적인 경비비율을 참작하여 기준경비율심의회의 심의를 거쳐 결정한 경비율 및 배율로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 기준경비율심의회는 국세청에 두되, 그 위원장은 국세청차장이 되고, 위원은 경상계대학·학술연구단체·경제단체·금융기관등으로부터 추천을 받아 국세청장이 위촉하는 자 11인과 재정경제부령이 정하는 공무원으로 구성한다.

③ 국세청장은 당해 과세기간에 적용할 추계방법(2이상의 추계방법을 정하는 경우에는 그 적용에 관한 사항을 포함한다)을 당해 과세기간에 대한 과세표준확정신고기간 개시 1월전까지 기준경비율심의회의 심의를 거쳐 확정하여야 한다.

  • 다. 조사내용 1) 청구인은 쟁점용역의 제공대가로 2003년 140백만원, 2004년 218백만원, 2005년 270백만원을 수령하여 기타소득으로 하여 타 급여소득과 합산하여 종합소득세를 신고한 사실이 국세통합전산망에 의하여 확인된다. 2) 청구인과 계약상대방이 체결한 쟁점용역 계약서에는 쟁점용역을 기술자문계약으로 명시되어 있음이 청구인이 제출한 계약서에 의하여 확인된다. (붙임: 기술자문계약서, 용역계약서, 기술자문 수행 계획서 등 참조) 3) 처분청은 쟁점용역에 대한 소득의 종류에 대하여 지급처인 00데이타(주)에 2006.8월 문의하였으며, 00데이타(주)는 “당사는 청구인에게 지급한 쟁점용역에 대한 용역비를 사업소득으로 보고 원천징수 하였다”라는 답변을 받은 사실이 이 건 전심 결정관련 자료에 의하여 확인된다. 4) 쟁점용역에 대한 구체적인 작업내용은 청구인이 제출한 작업지침서에 의하여 아래와 같이 확인된다. 용역수행년도 용역목적 용역 수행을 위한 구체적인 작업내용 총괄주관 용역회사 2003년 골격계 인체모델 DB구축

1. DB구축대상 자료선정: 한국인 표준 인체자료에 근거하여 2 0-60세 사이 남녀시신 중 DB구축 작업에 적합한 성인남녀 50인

2. CT Scan

3. 자료변환

: 의료영상 표준 포멧을 일반 이미지 소프트 웨어에서 볼 수 있는 포멧으로 변환

4. 영상구역화

: CT사진과 같은 단면사진에서 인체의 기관을 구별하기 쉽도록 색을 칠하는 작업(남녀시신 50인 골격)

5. 인체데이터 평균화 작업

: 영상구역화까지 진행된 데 이터에서 평균화 모델 선정

○○정보연구원 00데이타(주) 2004년 미세골격 DB구축

1. DB구축대상 자료선정: 피부 모델을 위한 성인 남녀각 각 3인 (마른, 보통, 뚱뚱한 체형) 손/발 미세모델을 위한 성인 남녀 각각1인 치아 미세 모델을 위한 성인남녀 각각1인

2. Micro-CT Scan, 3. MR Scan, 4. 자료변환

5. 영상구역화

: 인체를 구성하는 손뼈 54개, 발뼈 52개, 치아 32개를 각각의 기관으로 구분하기 쉽도록 색을 칠하는 것

6. 인체데이터 평균화 작업

: 영상구역화까지 진행된 데 이터에서 평균화 모델 선정 00정보시스템(주) 2005년 골격계 물성정보 DB구축(머리,척추)

1. DB구축대상 자료선정: 한국인 남녀 골격계 물리적 성질 정보 DB 구축을 위해 알맞은 구축대상을 선정하기 위한 작업

2. 시험 대상 뼈 적출 및 보관, 시험 편 제작: 구축 대상으로 선정된 표본에서 시험 대상이 되는 해당 뼈를 적출하고 뼈를 물리적 성질 변화가 없는 환경에서 보관하기 위한 작업

3. 압입 시험

: 재료의 표면을 바늘과 같은 것으로 찔렀을 때 부서 지지 않고 견딜 수 있는 힘의 크기를 수치로 나타내는 시험

4. 압축 시험

: 재료에 압축(누르는 힘)을 가했을 때 부서지지 않고 견딜 수 있는 힘의 크기를 수치로 나타내는 시험

5. 자료변환, 6. 검수 (주) 000 2006년 골격계 물성정보 DB구축(다리)

1. DB구축 대상 자료 선정

2. 시험 대상 뼈 적출 및 보관

: 구축 대상으로 선정된 표본 에서 시험 대상이 되는 해당 뼈를 적출하고 뼈를 물성 변화가 없는 환경에서 보관하기 위한 작업

3. 압입 시험, 4. 자료변환, 5. 검수 oo정보기술(주) 5) 2008.5월 국세청이 발행한 종합소득세 신고서 작성요령 책자에 『대학교수의 연구용역소득에 대한 소득구분』이 아래와 같이 확인된다.

  • 가) 대학교수 등이 독립된 자격으로 연구용역을 제공하고 받는 소득은 연구주체, 연구비의 관리방식 등에 따라 소득을 구분한다.
  • 나) 대학이 연구주체가 되어 연구비(대학이 기업이나, 교육부․학술진흥재단․과학재단 등으로부터)를 직접관리(중앙관리)하는 경우 연구비를 지급받는 교수 등의 소득구분

(1) 교수 등이 고용관계에 따른 근로제공과 관계없이 연구용역을 제공하고 대학으로부터 받는 대가는 연구활동비, 연구수당 등 그 명칭에 관계없이 기타소득

(2) 고용관계 없는 대학생 또는 다른 대학교나 연구소 소속 교수 등이 연구용역을 제공하고 받는 대가는 그 명칭에 관계없이 기타소득

(3) 연구소에서 연구목적 등으로 고용한 연구원 등이 받는 대가는 급여․수당․장학금 등 명칭에 관계없이 근로소득

  • 다) 교수 등이 연구주체가 되어 연구비를 관리(개별관리)하는 경우에는 사업소득에 해당하며, 연구용역에 대한 총수입금액은 계약의 체결과 용역비의 수령 주체에 따라 다음과 같이 계산한다.

(1) 대학이 기업으로부터 연구용역의 대가를 수령하여 그 중 일부를 연구간접비로 공제하고 교수에게 지급하는 경우에는 연구용역에 대한 교수의 사업소득 총수입금액은 교수가 대학으로부터 지급받는 금액으로 한다.

(2) 교수가 연구계약을 체결하고 대가를 직접 수령한 경우에는 교수가 기업으로부터 받은 연구용역비 총액이 사업소득의 총수입금액이 된다.

  • 라) 소득구분별 소득금액 계산

(1) 기타소득에 해당하는 연구용역비의 경우에는 그 80%를 필요경비로 공제하고 20%가 소득금액이 된다. 이를 지급하는 대학은 그 20%의 소득금액에 대하여 소득세(20%)와 주민세(소득세의 10%)를 원천징수하고 지급한다.

(2) 교수 등의 연구용역이 사업소득에 해당하는 경우는 근로소득 등 다른 소득과 합산하여 종합소득세를 신고해야 한다. 사업소득의 소득금액은 총수입 금액에서 인건비, 재료비 등 필요경비를 공제한다. 다만, 장부를 기장하지 아니 하고 기준경비율․단순경비율에 의하여 소득금액을 추계하는 경우는 기준경비율․단순경비율에 의해 계산한 금액을 비용으로 하여 소득금액을 계산한다. 6) 처분청이 청구인의 쟁점용역 수입금액에 대하여 소득세법 제80조 규정에 근거하여 소득세를 추계결정하면서 소득세법시행령 제145조 에 따라 국세청장이 고시한 아래의 기타자영업(940600)의 기준경비율 ․단순경비율을 적용한 사실이 처분청의 결의서 및 심리자료에 의하여 확인된다. 과세 연도 코드 번호 종 목 적용범위 및 기준 단순경비율 기준 경비율 세분류 세세분류 기본율 초과율 2003 ~ 2005 940600 기타 자영업 ․자 문 ․감 독 ․지도료 ․고문료 ․교정료 。자격 있는 자가 개업하지 않고 일시적으로 받는 자문․감독․지도료 등 이와 유사한 수입 。교정, 고증, 필경, 타자 또는 음반취입의 대가로 받는 금품 60.0 44.0 37.4 2006 64.0 49.6 35.5 7) 국세청은 종합소득세 신고와 관련한 『기준경비율․단순경비율』을 종합 소득세법 시행령 제145조 에 근거하여 매년 고시하고 있다.

  • 가) 기준경비율 및 단순경비율은 소득세법 제80조 제3항 단서의 규정에 의한 소득금액 추계결정 또는 경정을 하는 경우에 적용한다.
  • 나) 기타 사업관련 서비스업 중 기타도급에 대한 기준경비율․단순경비율 과세 연도 코드 번호 종 목 적용범위 및 기준 단순경비율 기준 경비율 세분류 세세분류 기본율 초과율 2003 ~ 2006 749609 기타 도급업 기타도급 타인의 의뢰에 의하여 당사자 일방이 어느 일을 완성할 것을 약정하고 그 일의 결과에 따라 대가를 받는 사업 82.4 82.1 24.7 8) 심리자료에 대하여 청구인 및 처분청에 사전열람을 실시한 결과 처분청은 처분청은 보충 및 추가 자료 없으나 청구인은 다음과 같이 보충자료를 제시하였다.
  • 가) 쟁점용역에 대하여 한국표준산업분류 대상인지 여부에 대하여

○○ 청에 질의(2009.1.5)한 결과 쟁점용역은 산업분류의 대상이 되지 아니한다고 회신(통계기준팀-69, 2009.1.12) 하였음. 따라서 현재 국세청 기준경비율은 한국표준산업분류에 근거하여 작성된 것이므로 쟁점용역은 처음부터 산업분류가 되지 아니하여 기준경비율이 없는 것으로 보아야 할 것이다. 나) 동종 업종의 다른 사업자의 소득금액에 대한 경비율(2007년 용역) 단위: 천원 총 계약 수입금액 직접 집행 경비 대학 산학협력단 재정 (간접비) 경비율(%) 간접비 제외 간접비 포함 139,000 114,149 20,850 82.12 97.12

  • 다) 위 간접비는 모든 연구용역에 대하여 대학 산학협력단에 유보하도록 강제하는 경비로써 용역제공을 직접 수행 시 소득이 될 수 있는 부분이다.
  • 라. 판 단 위와 같은 관련법령과 사실관계 조사내용을 종합해 보면, 기타소득에 해당하는지 또는 사업소득에 해당하는지 여부는 당사자 사이에 맺은 거래의 형식·명칭 및 외관에 구애될 것이 아니라 그 실질에 따라 평가한 다음, 그 거래의 한쪽 당사자인 당해 납세자의 직업 활동의 내용, 그 활동 기간, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 활동이 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하며, 그 판단을 함에 있어서도 소득을 올릴 당해 활동에 대한 것뿐 만 아니라 그 전후를 통한 모든 사정을 참작하여 결정하여야 할 것인 바,(대법원200두5203, 2001.4.24. 같을 뜻) 쟁점용역은 청구인이 ‘한국인 몸에 대한 3차원적 기초정보 DB 구축’을 위하여 2002년 6월 최초 제안할 당시부터 총 7억원의 연구사업비를 청구한 단일용역으로, ’03∼’06년까지 청구인이 수행한 용역과 ’07년에 대학이 수행한 용역은 단지 ○○부 예산편성상의 어려움과 청구인의 인력 및 물리적 한계에 따라 용역수행을 분리한 것에 불과하다 할 것이고, 청구인은 쟁점용역을 실제 수행해야하는 참여기관 즉, 처음부터 끝까지 쟁점용역을 반드시 수행해야할 의무와 권리가 있는 자로서 매년 DB구축 시스템 공급업자의 변경에도 불구하고 쟁점용역을 수행할 수밖에 없었고 또한 청구인이 직접 ○○연구원과 계약을 체결하지 못한 사유도 ○○부 예산으로 수행하는 DB 구축 사업의 계약당사자로 한국전산원과 ○○연구원 및 시스템 공급업자만으로 한정해야 하는 특수한 상황과 동 시스템 공급업자는 불공정 거래의 소지를 없애기 위해 매년 공개경쟁 입찰을 통하여 선정한 결과로 바뀐 것에 불과하다 할 것이다. 따라서 쟁점용역은 하나의 용역으로 용역 성격상 장기간이 소요된 것 일뿐, 동종 행위의 계속, 반복이라는 소득세법상 사업성 요건을 충족하지 못한 일시적인 용역으로 봄이 타당하다 할 것이므로 처분청이 사업소득으로 판단한 당초 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
5. 결 론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)