설계용역비 등을 사업관련 경비로 보아 타사업장 소득금액과 통산할 수 있는지

청구인은 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 1080-9번지에서 “○○개발공사”라는 상호로 상가신축판매업을 ○○○외 5인 공동 명의로 영위하는 사업자로, 이와는 별도로 2004.4.21. ○○ 시

○○ 구

○○ 동 981-2에서

○○ 산업개발(이하 “쟁점사업장” 이라 한다)이라는 상호로 부동산임대 및 상가신축판매업을 영위하기 위하여 사업자등록을 하고 2003년부터 2006년까지 용지구입 및 설계용역비, 환경영향평가비용, 감정평가수수료등 1,294백만원(이하 “쟁점비용” 이라 한다)을 지출한 사실이 있는바, 청구인은 2004년, 2005년, 2006년 과세연도의 종합소득세 확정신고시에는 쟁점사업장에 대한 소득세신고를 누락하여 쟁점비용을 필요경비로 인정받지 못 하였으나 쟁점비용이 사업과 관련된 필요경비에 해당되므 로, “○○개발공사”와 관련한 상가신축판매업에 대한 소득금액 계산시 쟁점사업장의 결손금을 통산하여 2004〜2006년 과세연도 종합소득세 140,598,266원의 감액결정을 요구하는 경정청구를 2008.3.12. 하였다. 이에 대해 처분청은 청구인이 제출한 증빙이 사업개시전에 지출된 사업과 무관한 비용이므로 이를 필요경비로 인정할 수 없다 하여 2008.4.3. 거부통지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.6.30. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인은 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 1080-9번지에서 “○○개발공사”라는 상호로 상가신축판매업을 2001.10.10 개업하여 ○○○외 5인 공동 명의로 청구일 현재까지 영위하고 있다.
• 나. 청구인은 스포츠센타를 신축하여 분양할 목적(이하 “쟁점사업”이라 한다)으로 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 981-2 대지 12,823.9㎡(이하 “쟁점토지” 라 한다)를 청구인 외3인 명의로 2003.08.18. 토지개발공사와 용지매매 계약(계약보증금:1,277,260,000원)을 체결하였는바, 2004.2.17. ○○○외 2인이 공동사업을 탈퇴하여 청구인이 쟁점토지 전체의 권리의무를 단독으로 승계하였다.
• 다. 청구인은 쟁점사업장에 대하여 2004.4.21. “○○산업개발”이라는 상호로 상가신축판매 및 부동산임대를 업종으로 사업자등록(*-35-***)을 하였고, 2004〜2006년 과세연도 종합소득세신고시에는 아래 <표1>과 같은 쟁점비용을 신고누락하였다가, 2008.3.12일 쟁점비용에 대하여 아래 <표 2>와 같이 소득금액을 구분하여 경정청구를 하였다. <표 1> 필요경비 명세서 및 지출증빙 구 분 일 자 금 액 증빙 서류 비 고 계약보증금 03.08.18 1,277,260,000 용지매매계약서 06.7.20.계약해지 설계용역비 04.04.13 20,000,000 세금계산서 (기간비용) 소득통칙39-33 교통영양평가 04.09.17 45,000,000 감정수수료 04.10.29 11,492,000 미수금에 대한 이자및연체료 04.12.28 500,000,000 납부영수증 (기간비용) 서면1팀-1387 2005.11.15 미수금에 대한 이자및연체료 05.09.28 300,000,000 계약해지로인한 연체료및환급이자 06.09.28 -858,767,120 농협통장 서면1팀-495: 08.04.08 차가감계 1,294,984,880 <표 2> 쟁점사업장에 대한 연도별 소득세 경정청구 내용 구 분 2004 2005년 2006년 합 계 총수입금액 필요경비 576,492,000 300,000,000 418,492,880 1,294,984,880 소득금액 -576,492,000 -300,000000 -418,492,880 -1,294,984,880
• 라. 청구인의 권리의무승계 이후 별첨 ○○시장의 공고(05.07.21) 내용과 같이 건물용적율이 400%에서 200%로 감소하고 층고가 제한 (4층이하)됨에 따라 수익성이 낮아짐으로 인하여 자금조달이 어렵게 되어 중도금을 계속 불입하지 못하였고 이에 따라 한국토지개발공사와의 계약이 해지(06.7.20일) 되었는바, 청구인의 계약불이행에 대한 위약금조로 계약보증금 1,277,260,000원은 회수하지 못하고, 연체료 8억원과 환급이자 58,767,120원의 합계 858,767,120원만 수령하였다.
• 마. 청구인은 위 <표 2>와 같이 2008.3.12. 경정청구 하였으나 2008.4.3. 경정청구 거부통지를 받았으며, 이에 불복하여 2008.4.18. 이의신청하였으나 2008.5.16. ○○세무서로부터 기각통지를 받았다.
• 바. 처분청은 사업개시 전 지출된 사업과 무관경비로 보아 청구인의 경정 청구를 거부 통지하였으나,

1. 청구인은 스포츠센타를 신축하여 분양할 목적으로 2003.8.18. 한국토지개발공사와 용지매매계약을 체결하여 쟁점토지를 취득하고, 2004.4.21. 사업자등록을 하였으며,

2. 쟁점사업장에서 발생한 비용은 쟁점사업과 관련된 기간비용으로서 2004.4.13. 부터 발생하였으므로 사업개시 전 발생한 비용이 아니며 상가신축판매업의 업종 특성상 사업장별로 구분기장 되어야 하고 이에 따라 쟁점토지를 상가신축부지로 취득하여 쟁점사업을 영위하고자 하였으므로 업무무관경비로 보는 것은 부당하다.

• 사. 청구인의 경정청구가 정당하다는 사유를 관련 법령에서 살펴보면, 1) 부가가치세법 제5조 제1항 은 사업자는 사업장별로 “사업자등록 하여야한다” 라고 규정하고 있으며, 2) 소득세법 제24조 제1항 은 “거주자의 각 소득에 대한 총수입금액 계산은 당해 연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다.”라고 규정하고 있어 총수입금액이나 수익에 대응하는 필요경비는 거주자별로 계산하는 것이라 사료된다. 3) 국세기본법 제14조 제2항 은 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득. 수익. 재산. 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.”라고 규정하고 있고, 4) 국세기본법 제18조 제1항 은 “세법의 해석. 적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야한다.”라고 규정하고 있어 거주자의 소득도 실질소득으로 파악하여야 하며,

5. 청구인의 쟁점비용은 한국토지공사의 과세소득이 되므로 청구인의 필요경비를 부인한다면 동일소득에 대하여 이중과세가 되어 청구인의 재산권을 부당하게 침해하게 되는 결과를 초래하므로 처분청의 경정청구 거부는 부당하다고 사료된다.

• 아. 위 내용과 같이 기존 상가신축 판매업을 계속하고자 쟁점토지를 매입하고자 하였으나 ○○시장의 공고내용과 같이 건물용적율이 400%에서 200%로 급감하고 층고가 제한(4층이하) 됨에 따라 사업의 수익성이 낮아짐으로 인하여 자금조달(수익성 악화로 은행권 대출한도가 낮아 짐)이 원만하지 아니하여 사업을 중단하게 되었으므로 쟁점토지 계약해지는 청구인의 중대한 과실이 아니며, 자. 또한 기존사업과 연계하여 계속사업을 영위하고자 쟁점토지를 취득하였으므로 사업개시 전 비용이 아니며, 또한 별첨 세금계산서 내용과 같이 교통영향평가와 감정수수료, 설계용역비등을 지출하여 사업 목적(상가신축판매업)이 뚜렷하므로 쟁점토지의 취득은 토지매매 차익을 얻기 위한 것이 아니다.
• 차. 따라서 청구인이 2003년～2006년까지 한국토지공사에 납부한 계약보증금, 연체료, 기타부대비용 등은 소득세법 제39조 【총수입금액과 필요경비의 귀속년도등】에 의거 청구인이 제출한 세금계산서 및 납부영수증에 의하여 각 사업연도 귀속 필요경비로 인정됨이 마땅하고 처분청이 사업개시전 지출된 사업무관 비용으로 보아 경정청구 거부통지 한 것은 부당하다.

• 가. 청구인은 2004.4.21. 쟁점사업장에 대한 사업자등록신청(부동산/임대, 상가신축판매)을 하였으나 실제 토지 분양은 2003.8.18. 이루어졌으며 사업개시전에 폐업하여 청구인이 쟁점토지를 분양받 은 목적이 부동산 임대용인지 상가신축판매용인지가 명확하지 않으나 청구인이 부가가치세 신고시 첨부서류로 제출한 “건물 등 감각상각자산 취득 명세서”로 보아 단순토지 취득(고정자산)으로 보여지므로, 계약금(위약금) 지급액은 양도소득세 취득가액 계산시 필요경비에 포함할 것인지 여부를 판단할 사항이라 보여지고,
• 나. 또한 사업용 고정자산의 처분에 따른 차손익은 부동산임대소득, 사업소득 등의 계산에 있어서 총수입금액이나 필요경비에 산입하지 아니하는 것이 타당하므로,
• 다. 이 건의 경우 청구인의 계약불이행으로 토지매매계약이 해지되었고 청구인이 매매계약후 8개월이나 경과한 시점에 사업자등록을 한 사실 만으로도 사업을 영위하였다고 보기 어려우므로 청구인이 제출한 지출증빙을 사업개시전에 지출된 사업과 무관한 비용으로 보아 필요경비 인정하지 아니한 처분청의 경정청구 거부통지는 정당하다고 판단된다.

• 가. 쟁점 쟁점비용을 사업과 관련된 비용으로 보아 청구인의 타 사업장 소득금액에 이를 통산할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제45조 의2【경정 등의 청구 】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청·심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한경과후에 발생한 때

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정은 소득세법 제73조제1항제1호 부터 제8호까지에 해당하는 소득이 있는 자, 소득세법 제119조제4호 부터 제8호까지, 제11호 및 제12호에 해당하는 소득이 있는 자 또는 법인세법 제93조제4호 부터 제6호까지, 제9호 및 제10호에 해당하는 국내원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 "원천징수대상자"라 한다)에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 "과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자"는 "연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 소득세법 제164조·제164조의2 및 법인세법 제120조·제120조의2의 규정에 따라 지급명세서를 제출기한 내에 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자"로, 제1항 각호외의 부분중 "법정신고기한경과후"는 "연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한경과후"로, 제1항제1호중 "과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액"으로, 제1항제2호중 "과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액"은 "원천징수영수증에 기재된 환급세액"으로 본다.

소득세법 제137조·제138조·제143조의4·제144조의2의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 동법 제164조 또는 제164조의2의 규정에 따라 지급명세서를 제출기한내에 제출한 경우

소득세법 제146조 및 제156조의 규정에 따라 원천징수한 소득세를 납부하고 동법 제164조 또는 제164조의2의 규정에 따라 지급명세서를 제출기한내에 제출한 경우

법인세법 제98조 의 규정에 따라 원천징수한 법인세를 납부하고 같은 법 제120조 또는 제120조의2의 규정에 따라 지급명세서를 제출기한 내에 제출한 경우

⑤ 결정 또는 경정의 청구 및 통지절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 소득세법 제45조 【결손금 및 이월결손금의 공제】

① 사업소득이 있는 거주자가 비치·기장한 장부에 의하여 당해년도의 사업소득금액을 계산함에 있어서 발생하는 결손금(당해연도에 속하는 필요경비가 당해연도에 속하는 총수입금액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 말한다. 이하 같다)은 당해년도의 종합소득과세표준의 계산에 있어서 부동산임대소득금액·근로소득금액·연금소득금액·기타소득금액·이자소득금액·배당소득금액에서 순차로 공제한다. 3) 소득세법 제24조 【총수입금액의 계산】

① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해년도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다.

② 제1항의 경우 금전외의 것을 수입하는 때에는 그 수입금액을 그 거래당시의 가액에 의하여 계산한다.

③ 총수입금액의 계산에 있어서 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산 또는 확정시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 소득세법 기본통칙 24-9 【 사업용 고정자산의 처분에 따른 차손익 등의 처리 】

① 사업용 고정자산을 양도함으로써 발생하는 차손익은 부동산임대소득·사업 소득·산림소득의 계산에 있어서 총수입금액이나 필요경비에 산입하지 아니 한다.

② 사업용 고정자산을 내용연수의 경과로 폐기 처분하는 경우 잔존가액과 처분가액과의 차손익은 부동산임대소득·사업소득·산림소득의 계산에 있어서 총수입금액이나 필요경비에 산입하지 아니한다. 5) 소득세법 제39조 【총수입금액과 필요경비의 귀속년도등】

① 거주자의 각 년도의 총수입금액과 필요경비의 귀속년도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 년도로 한다.

② 거주자가 매입·제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다.

③ 거주자가 각 과세기간의 소득금액을 계산함에 있어서 총수입금액과 필요경비의 귀속년도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

④ 제1항의 총수입금액과 필요경비의 귀속년도, 제2항의 취득가액의 계산이나 기타 자산·부채등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 6) 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】

① 부동산임대소득금액·사업소득금액 또는 기타소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해년도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 당해년도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해년도에 확정된 것에 대하여는 당해년도전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해년도의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인은 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 1080-9번지에서 “○○개발공사”라는 상호로 상가신축판매업을 2001.10.10 개업하여 ○○○외 5인 공동 명의로 청구일 현재까지 영위하고 있으며 수입금액은 아래 <표 3>과 같다. 구분 지분 2004년 2005년 2006년 사업 임대 사업 임대 사업 임대

○○○ 1/6 292,206 39,326 673,333 49,883 102,833 28,694

○○○ 1/6 292,206 39,326 673,333 49,883 102,833 28,694

○○○ 1/6 292,206 39,329 673,335 49,884 102,835 28,694

○○○ 1/6 292,206 39,326 673,333 49,883 102,833 28,694

○○○ 1/6 292,206 39,326 673,333 49,883 102,833 28,694

○○○ 1/6 292,206 39,326 673,333 49,883 102,833 28,694 합 계 1,753,236 235,959 4,040,000 299,299 617,000 172,164 <표 3> (단위:천원)

2. 청구인은 이와는 별도로 위 사업장에서 상가를 분양받아 부동산 임대업(사업자등록번호:*-01-***)을 2003.8.23. 개업하여 현재까지 영위하고 있으며, 수입금액내역은 아래 <표4>와 같다. 구 분 2004년 귀속 2005년 귀속 2006년 귀속 수 입 금 액 25,067,101 53,129,039 73,600,000 소 득 금 액 18,900,595 40,059,296 21,757,499 <표4> (단위:원)

3. 청구인은 체육시설용지인 쟁점토지에 대하여 2003.8.18. 계약보증금 1,277,260,000원을 지급하고 매수인을 청구인 외 3명으로 하여 한국토지공사와 용지매매계약을 체결하였음이 용지매매계약서에 의하여 확인되고, 2004.2.17. 청구외 ○○○외 2인으로부터 청구인이 쟁점토지 매매계약서상의 일체의 권리의무를 승계 받은 사실이 권리의무승계계약서에 의하여 확인된다.

4. 청구인은 쟁점토지에 대한 권리의무를 승계 받은 후 2004.4.21. ○○산업개발이라는 상호로 부동산임대 및 상가신축판매업 사업자등록을 신청하였음이 국세통합전산망에 확인된다.

5. 쟁점사업장 관할세무서인 ○○○세무서장은 2007.10.8. 사업미개시를 이유로 폐업일을 2006.12.31.로 소급하여 쟁점사업장을 직권폐업하였음이 국세통합전산망에 확인된다.

6. 청구인은 2004년～2006년 과세기간의 종합소득세 확정신고시 쟁점사업장에 대한 신고를 누락하여 2008.3.12. 경정청구를 하였고 그 신고내용은 청구주장의 <표 2〉와 같다.

7. 청구인은 필요경비라 주장하며 2003년～2006년까지 한국토지공사에 납부한 계약보증금, 연체료, 기타부대비용 등을 증빙으로 제시하였고 그 내용은 청구주장의 <표 1〉과 같으며 세금계산서 수취분은 해당 과세기간에 부가가치세 신고를 하였다.

8. 청구인은 2003.8.20. ○○토지신탁과 스포츠센타 분양을 위해 신탁보수를 1,200백만원으로 하는 자금관리대리사무계약을 체결하였음이 ○○토지신탁의 공문서에 의해 확인된다. 9) 청구인이 권리의무승계 후 쟁점토지의 중도금을 지불하지 않아 2006.7.20. 한국토지공사로부터 계약해지 되어 2004년과 2005년에 지급한 연체료 등 800,000,000원과 환급이자 58,767,120원을 2006.9.28. 돌려받았으나, 2003.8.18.에 지급한 계약보증금 1,277,260,000원은 위약금조로 한국토지공사에 귀속되었음이 한국토지공사가 청구인에게 발송한 ‘연체대금 납부촉구 및 계약해제 최고’ 공문과 권리의무승계계약서에 의하여 확인된다.

10. 처분청은 청구인이 제출한 지출증빙이 사업개시전에 지출된 사업과 무관한 비용으로 필요경비로 인정할 수 없다하여 2008.4.3. 거부통지를 하였음이 경정청구 처리결과 통지서에 의하여 확인된다.

• 라. 판 단
• 가. 처분청은 청구인의 쟁점토지 취득행위를 단순토지 취득(고정자산)으로 보고 계약금(위약금) 지급액은 양도소득세 취득가액에 가산할 것인지 여부를 판단할 사항이라 주장하고 있으나, 청구인이 쟁점토지를 취득한 후 한국토지신탁과 상가분양을 위한 자금관리대리사무계약을 체결하였고, 쟁점토지의 소재지에 사업자등록을 하고 설계용역비, 교통영향평가 수수료등을 지급한 것으로 보아 쟁점토지 취득행위는 상가신축판매를 위한 것으로 보아야 하며,
• 나. 청구인이 취득한 쟁점토지는 재고자산으로 분류되어 차후 상가를 신축하여 분양하는 시점에 분양수입금액에 대응하는 필요경비로 인정받아야 하나, 쟁점사업이 해당 지방자치단체의 건축규제에 따라 사업의 수익성이 낮아짐에 따라 원활한 자금조달이 어려워져 청구인이 부득이하게 사업을 포기함에 따라 회수하지 못한 용지매매계약금은 용지매매계약을 해지한 과세연도에 청구인의 소득금액 계산시 필요경비로 산입함이 타당하다고 판단된다.
• 다. 또한 청구인이 쟁점사업과 관련하여 지출한 설계용역비, 교통영향평가 용역비, 감정평가수수료와 토지매각대금연체이자 등도 사업과 관련된 비용이므로 지출한 과세연도의 필요경비로 산입함이 타당하다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으 므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.