실질 대표자로 보아 인정상여 처분이 타당한지 및 단순경비율 추계방법의 적정여부

청구인은 ○○시 ○구 ○○동 20-33번지에서 주식회사E사(구법인명 주식회사P사에서 주식회사F사로 다시 변경함, 이하 “쟁점법인”이라 한다)라는 상호로 도매 무역․수출입업을 영위하는 법인으로서 2005년 8월 쟁점법인의 관할 ○○세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 쟁점법인의 2002.1.1.～12.31. 사업연도와 2003.1.1.～12.31. 사업연도(이하 “2002사업연도와 2003사업연도”라 한다)에 대해서 조세범칙 조사를 실시하였는바, 조사관서는 2002사업연도의 매입금액 297,130천원 및 2003사업연도의 매입금액 2,034,465천원, 합계 2,331,595천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 쟁점법인이 매출원가로 처리한 금액에 대하여 이를 가공매입으로 확정한 후 손금불산입 하여 쟁점법인에게 법인세를 경정․고지하고, 쟁점법인의 등기부상 대표이사인 청구외 김○○(이하 “김○○”이라 한다)에게 같은 금액을 상여처분 하였다. 이에 김○○은 등기부상 대표이사로 등재는 되어 있었으나 실제 대표이사가 아님을 사유로 2007.1.12. 조사관서에 고충청구를 하였고, 조사관서는 이를 인정하여 김○○의 인정상여에 대한 소득금액 변동통지를 취소하고 쟁점법인의 이사로 재직하였던 청구인을 쟁점법인의 실제 대표자로 보아 다시 인정상여 처분한 후 2007.1.25. 쟁점금액의 소득금액 변동통지서를 처분청에 통보하였다. 이에 과세자료를 수보한 처분청은 2007.9.1. 청구인에게 2002년 과세연도 종합소득세 106,403,621원과 2003년 과세연도 종합소득세 846,744,335원, 합계 953,147,956원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.12.6. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인은 쟁점법인의 이사로 근무하였고, 청구외 김□□(이하 “김□□”이라 한다)은 쟁점법인의 인감도장 및 법인 인감카드 등도 직접 관리하였으며, 쟁점법인의 경리책임자도 김□□의 친누나 김◇◇(이하 “김◇◇”이라 한다)로 하는 등 쟁점회사의 핵심 업무를 모두 장악한 실질적인 대표자로서 쟁점법인을 경영하였음에도 쟁점금액을 청구인에게 상여처분하고 종합소득세를 부과한 것은 부당하다.
• 나. 또한, 청구인은 쟁점법인이 2002사업연도와 2003사업연도에는 필요한 장부 또는 증빙서류가 없어 그 중요한 부분이 미비 또는 허위에 해당될 뿐만 아니라 조사관서가 가공매입금액을 손금부인 함으로써 총 매출원가의 65%가 부인되므로 실지조사 경정함은 부당하고, 2004사업연도에 대해서 조사관서는 단순경비율에 의해 추계조사 경정을 하였으므로 2002사업연도와 2003사업연도에 대해서도 단순경비율에 의한 추계조사 경정을 하여야 한다.

• 가. 쟁점법인에 대한 자료상혐의자 범칙조사 시 청구인은 2002년 7월부터 2004년 6월까지 쟁점법인의 모든 업무를 수행하고, 김○○은 명의만 대표이사로 등재되었음을 청구인도 이를 인정하고 있으며, 쟁점법인의 주식 보유현황을 보면 청구인의 처 이◇◇(이하 “이◇◇”이라 한다)이 30%를 소유하고 있고, ○○지방검찰청의 불기소 이유통지서를 보더라도 김○○은 쟁점법인의 실사업자가 아니며 실질적인 운영은 청구인이 운영함에 따라 김○○은 불기소 처분된 것이 확인되므로 청구인에게 쟁점금액을 상여처분하고 종합소득세를 부과한 처분은 정당하다.
• 나. 조사관서는 청구법인이 2002사업연도와 2003사업연도에 자료상 자료를 수취하였으므로 실지조사를 실시하고 가공 매입금액을 손금불산입 하였을 뿐만 아니라 조세포탈범으로 고발까지 하였는바, 실지 조사한 결과에 따라 청구인에게 쟁점금액을 인정상여 처분하고 종합소득세를 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 2002사업연도와 2003사업연도에 대해 실지조사 경정을 한 후 청구인을 쟁점법인의 실질적인 대표자로 보아 인정상여 처분하고 종합소득세를 과세한 것이 타당한지 여부와

2. 2004사업연도의 소득금액을 단순경비율에 의해 추계 경정하였으므로 2002사업연도와 2003사업연도에 대해서도 단순경비율을 적용하여 추계 경정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.(이하 생략) 2) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① ～② (중략)

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.(이하 생략) 3) 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.(중략) 4) 법인세법 시행령 제104조 【추계결정 및 경정】

① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재․상품․제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량․전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 1의 방법에 의한다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

• 가. 매입비용(사업용 고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이조에서 같다)과 사업용 고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 사업수입금액에 소득세법 시행령제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 “기준경비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 금액(중략) 3.조세특례제한법제7조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 소기업이 폐업한 때에는 소득세법 시행령제143조 제3항 제1호의2 규정을 준용하는 방법 등 합리적인 방법으로 인정되어 국세청장이 정하는 방법(이하 생략) 5) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다.)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여(중략)

② 제104조 제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세 상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 본다(단서 생략, 이하 생략) 6) 법인세법 시행규칙 제54조 【대표자의 상여처분 방법】 영 제106조 제1항 제1호 단서의 규정을 적용함에 있어서 사업연도 중에 대표자가 변경된 경우 대표자 각인에게 귀속된 것이 분명한 금액은 이를 대표자 각인에게 구분하여 처분하고 귀속이 분명하지 아니한 경우에는 재직기간의 일수에 따라 구분 계산하여 이를 대표자 각인에게 상여로 처분한다. 7) 소득세법 시행령 제143조 【추계결정 및 경정】

① ～② (중략)

③ 법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 방법에 의한다. 다만, 제1호의 2의 규정은 단순경비율 적용대상자에 한하여 적용한다.

1. (중략) 1의 2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법 8) 법인세법 시행령 부칙 제14조【추계결정방법의 적용례】(2003.12.30.대통령령 제18174호로 개정된 것) 제104조 제2항의 개정규정은 이 영 시행(2004.1.1.)후 추계결정 및 경정하는 분부터 적용한다. 9) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

1. (중략)

• 가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 “도매업 등”이라 한다)을 영위하는 사업장: 100분의 10 (이하 생략) 10) 조세특례제한법 시행령 제6조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 소기업”이라 함은 중소기업 중 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원수가 다음 각호의 요건을 충족하는 기업을 말한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 광업ㆍ건설업ㆍ물류산업 또는 운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

• 다. 사실관계

1. 조사관서는 쟁점법인이 여러 차례의 자료상 자료를 수취한 것에 대해 경정․고지하였는바, 그 내용은 <표1>과 같음이 국세통합전산망 자료에 의해 확인된다. 고지일자 자료상 매입금액 2002연도 2003연도 2004연도 경정방법 2005.5.1. 2,596,362 270,119 1,632,649 실지조사 경정 2005.8.1. 216,865 216,865 693,594 실지조사 경정 2007.1.3. 37,620 37,620 실지조사 경정 2007.1.3. 1,549,693 1,549,693 추계조사 경정 <표 1> (단위: 천원)

2. 2006.9.8. 조사관서는 청구인에게 ‘장부제시 및 출서요구’ 공문을 발송하면서, 이미 상여 처분된 쟁점금액이외에 쟁점법인이 다른 자료상으로부터 수취 한 매입세금계산서 1,587,313천원(2003년 제1기 37,620천원, 2004년 제1기 1,549,693천원)을 다시 수취함에 따라 당해 매입세금계산서를 수취한 경위와 거래관련 장부 및 대금수수관련 증빙서류, 법인통장을 지참하고 2006.9.18.까지 내방하기를 요청하였다.

3. 이에 따라 청구인은 2006.9.14. 확인서를 제출하면서,

• 가) ‘쟁점법인의 2002.7.10～2004.6.15. 기간 동안 김○○이 대표이사로 등재되어 있었으나, 김○○은 1997년 교통사고로 장애인이 되어 거동이 불편한 사람으로 사업을 할 수 있는 자가 못됩니다. 그 당시 청구인과 김○○의 매제인 김□□이 2002.7.10. 주식회사F사란 상호로 당해 법인을 인수하여 모든 업무를 수행하였습니다. 김○○은 명의만 대표이사로 되어 있을 뿐 이 법인의 사업과 전혀 관련 없는 자입니다.’라고 확인하고 있고,
• 나) ‘원래는 본인이 대표이사로 등재되어 있어야 했지만 본인이 1992년에 ○○실업이란 사업을 하다가 부도를 내는 바람에 제 명의로 사업자를 운영할 수가 없었으며, 대신 제 아내 이◇◇이 이사로 등록되었습니다. 그리고, 당해 업체의 사업과 관련된 장부 등 관련서류는 이 법인을 2004년 6월에 양도하면서 다 넘겨주었기 때문에 지금 보관하고 있는 서류가 없습니다.’라고 구체적으로 확인하고 있다.

4. 위와 관련하여 조사관서의 2006년 9월 자료상 혐의자 조사 종결보고서를 보면,

• 가) 쟁점법인 대표자들의 변경이력은 ‘2001.7.1～2002.7.9. 기간 동안은 이○○, 2002.7.10.～2004.6.14. 기간 동안은 김○○, 2004.6.15.～2004.11.15. 기간 동안은 ○○, 2004.11.16.～2005.2.28. 기간 동안은 김▣▣’이 대표이사이었다고 조사되어 있고,
• 나) 실사업자에 대한 조사내용 중 2002～2004 사업연도 당해 법인의 주주현황을 검토한 내용은,

(1) ‘대표자 김○○이 300,000주로 지분율 50%, 실사업자로 주장하는 청구인의 처 이◇◇의 보유주식수가 180,000주로 30%임’이라고 조사 되어 있다가,

(2) ‘청구인이 법인세과세표준 신고 시 제출한 2003사업연도 주식 등 변동 상황명세서에는 이◇◇은 2002.12.31. 현재 주식 보유비율이 30%이었다가 김○○으로부터 2003.1.1. 쟁점법인의 주식 10,000주를 취득하여 주식 보유비율이 31.67%로 변경된 사실이 확인된다.’라고 조사 되어 있으며,

• 다) ‘청구인은 2006.3.24. ○○경찰서에 전부 자료상으로 고발 조치된 D사의 실행위자로 확인됨’이라고 조사 되어 있고, ‘대표자로 등재되어 있는 김○○은 1997년에 교통사고로 장애인이 되어 거동이 불편한 자로 당해 법인을 운영하였다고 보기 힘들며, 당해 법인의 주식 보유현황 및 청구인의 진술내용, 청구인이 당해 업체의 거래처였던 D사의 자료상 실행위자로 고발 조치된 점 등 여러 가지 정황 등으로 볼 때, 청구인이 조사대상 기간 동안 당해 법인의 실제 대표자로 판단됨’이라고 조사 복명되어 있다.
• 라) 또한, 쟁점법인의 매입처를 조사한 내용에는 ‘당해 업체의 실사업자로 판단되는 청구인은 상기 자료상으로부터의 매입을 실거래라고 주장하나 상기 업체들의 관할세무서장은 자료상혐의자 조사 시에 당해 업체와의 거래 모두를 가공거래로 확정하여 조사관서에 통보하였으며, 실지거래로 인정할 수 있는 장부 및 증빙서류가 없으므로 가공매입으로 판단됨’이라고 조사 복명한 사실이 확인된다.
• 마) 위와 같이 조사한 결과에 따라 작성한 조사복명서의 조사자 의견에는,

(1) ‘당해 업체는 2002～2004 사업연도 중 소득금액 총 3,063백만원을 포탈한 혐의로 2005.1.13～2005.4.21. 기간 동안 조세 범칙조사를 실시하여 2005. 7.29. ○○지방검찰청에 기 고발 조치된바 있음’이라 조사하고 있고,

(2) ‘당해 업체는 2004년 제1기 가공매입금액이 1,549,693천원으로서 가공 확정금액이 5억원(연간 10억원) 이상자에 해당하므로 쟁점법인과 명의상 대표자 김○○ 및 실제 사업을 운영하였던 청구인을 관계기관에 고발 조치함이 타당함’이라고 조사복명 하고 있으며, ‘2004사업연도의 소득금액을 계산하면서 조사관서는 아래와 같이 2004사업연도의 법인세 과세표준을 단순경비율에 의해 추계 경정함이 타당하고 또한, 관련 추계소득 금액에 대해서는 실질대표자 청구인에게 상여 처분함’이라고 조사복명하고 있다. <아 래> 구분 신고금액 당초경정 재경정시 단순경비율 수입금액 2,830,908 2,830,908 2,830,908 2,830,908 소득금액 △382,132 311,461 1,861,154 147,207 소득율

• 11.0% 65.7% 5.2% (단위: 천원)

• 바) 한편, 조사관서는 청구인을 ○○지방검찰청에 조세범처벌법 위반으로 고발하였는바, 2007.5.25. ○○지방검찰청은 피의사건 처분결과 통지서(사건번호 0000년 제000호)에 ‘증거불충분 혐의 없음’이라고 회신하고 있음이 확인된다.

5. 다음으로 2006.11.6 ○○지방검찰청의 김○○에 대한 불기소이유 통지(사건번호 000 형제000호)를 살펴보면,

• 가) 피의자 김○○은 2002.7.1경부터 2004.6.30.경 사이에 ○○시 ○○구 ○○동 1490-45호 소재 주식회사J사외 8개 업체로부터 재화나 용역의 공급받은 사실이 없는 사업자로부터 허위 세금계산서 67매 금 2,964,254,000원을 교부받은 것에 대해서 수사한 내용에는,

(1) ‘2002.7.2.부터 2004.6.15.까지 쟁점법인 상호의 무역회사 대표로 등재되어 있었으며 실제 운영은 같은 회사 이사인 이◇◇의 남편 청구인(이▣▣)이 하였는데 피의자는 뺑소니 교통사고를 당하여 하반신 마비 등으로 인하여 행동이 자유롭지 못하여 평소 도와주던 처남 김□□이 회사를 인수하려고 하는데 처남 명의로 다른 회사를 운영하고 있으니 피의자 명의로 인수하자고 하여 피의자도 이를 수락하고 회사 인수에 필요한 인감증명과 인감도장 등을 처남에게 건네주어 회사를 인수받게 된 것이며’라고 하고 있고,

(2) ‘실질적인 운영은 청구인(이▣▣)이 하였기 때문에 정확한 거래내역 등에 대하여는 청구인(이▣▣)이가 잘 알고 있다며 자신의 혐의사실을 부인하였다.’라고 하고 있으며,

• 나) 참고인 이▣▣은 ○○세무서로부터 세무조사에 관한 어떤 언급이나 증거서류 제출 등의 연락을 받은 사실이 없음에도 임의로 고발조치 당하여 위 고발 건에 대하여 ○○세무서에 이의신청도 하였지만 ○○지방검찰청에 출석하여 조사를 받겠노라고 하므로 참고인 이▣▣을 출석케 하여 고발한 내용 등을 수사한 기록에는,

(1) ‘이미 제출한 진술서와 같이 쟁점법인은 섬유 수출업체를 운영하면서 피고발인 김○○을 등재하여 놓은 것은 사실이지만 2004.4.22.경 위 업체를 사건외 최○○에게 양도하였으며 조세에 관련되는 증빙서류를 전부 넘겨주었다’라고 하고,

(2) ‘참고인 이▣▣은 쟁점법인의 대표이사로 김○○을 등재하고 실질적으로는 자신과 김○○의 처남인 김□□이와 동업으로 운영하였지만 국내에서 덤핑의류를 구매하여 이를 일본에 전량 수출하였고 정상적으로 물품을 구매하였지만 물건을 공급한 업자들이 제대로 세금을 납부하지 않다보니 세무서에서 정상적인 조사 없이 고발함으로 인하여 오히려 피해를 당한 것’이라고 진술한 사실이 확인된다.

6. 또한, 2007.1.25. 김○○이 조사관서에 제출한 고충처리 자료전에는, 조사관서가 쟁점법인의 2002～2004사업연도에 대한 조세범칙 조사를 실시하여 자료상자료 수취금액 3,063,829천원을 가공매입으로 판단 관련 제세를 경정하고 명의상 대표자인 김○○에게 상여처분 및 소득금액 변동통지를 한 것에 대해 청구인(김○○)은 거동이 불편하여 쟁점법인의 사업을 할 수 있는 자가 못되므로 실질대표자 이▣▣에게 이를 변경하여 달라는 내용의 고충처리를 하였는바,

• 가) 조사관서의 검토 내용에는 ‘청구인(김○○)이 제출한 ○○경찰서의 교통사고 처리대장 및 ○○병원의 의무기록을 검토한바, 김○○은 1997. 12.29. 오토바이를 타고 가다 트레일러와 추돌사고가 발생하여 여러 차례의 수술을 받았음이 확인됨’이라 하고 있고,
• 나) ‘○○지방검찰청의 불기소 이유통지서상에 김○○이 쟁점법인의 실질적인 운영은 이▣▣이 하였다고 진술한 것이 확인됨’이라 하고 있으며,
• 다) ‘2006.6.19.～9.30. 기간 동안 쟁점법인의 2004년 제1기 과세기간에 대한 자료상 혐의 조사 시 이▣▣이 동 법인의 모든 운영을 하였던 실질대표자 이었음을 진술함에 따라 동 법인의 2004년 제1기 가공 매입금액 1,549,693천원에 대해서 이▣▣에게 상여처분 및 소득금액 변동통지를 하였음’이라고 하면서, ‘2002～2003사업연도에 대한 법인세 경정 시 명의자인 김○○에게 소득금액 변동통지를 한 것에 대해서도 실질대표자인 이▣▣에게 변경하는 것이 타당하다’고 하며 김○○의 고충처리를 인용한 사실이 확인된다.

7. 이와 관련하여 2007.8.30. 종합소득세에 대해 청구인이 처분청에 청구한 과세전적부심사결정서의 내용을 보면,

• 가) 청구인이 쟁점법인의 실제대표자임을 입증할 구체적인 내용을 사실관계에서 적시하고 있는바,

(1) ‘청구인은 쟁점법인에 대한 자료상혐의자 조사 시 청구인과 김□□이 모든 업무를 수행하였으며 청구인이 대표이사로 되어야 하나 부도로 인하여 이◇◇을 이사로 등록하였다고 확인하고 있다.’라고 하고

(2) ‘과세전적부심사청구에서 청구인은 2002년부터 2004.6.30.까지 쟁점법인의 실사업자임을 청구서에 적시하고 있다.’라고 하고 있으며,

(3) ‘○○지방검찰청의 김○○의 불기소 이유통지서에 의하면 청구인은 쟁점법인의 실질적인 운영자임을 참고인으로서 진술한 사실이 있다.’라고 하고,

(4) ‘청구인은 쟁점법인의 이사로서 실질적인 대표자인 청구외 김□□으로부터 업무지시를 받고 이행을 한 근로소득자이며, 청구인의 개인사정으로 쟁점법인의 등기부에 이사로 등재할 수 없어 처 이◇◇을 이사로 등재하여 31.67%의 주식지분을 소유하고 있다고 주장하며 근로소득원천징수영수증 및 주식변동상황명세서를 제출하고 있다.’라고 하고,

(5) ‘쟁점법인의 실제대표자라고 주장하는 김□□은 명의상 대표자인 김○○과 친인척관계 외에는 실제대표자로 인정할 증빙의 제시가 없다.’라고 사실관계에 기록하고 있다.

• 나) 이에 따라 청구인이 쟁점법인의 실제대표자임을 판단한 내용에는, “2003년 귀속 근로소득원천징수영수증에 청구인이 27,000천원의 급여를 지급받은 것으로 표시되어 있기는 하나, 청구인이 쟁점법인의 실질적인 대표자임을 자발적으로 의사 표시한 사실과 당초 김○○의 상여처분에 대하여 김○○의 고충처리결과 청구인이 실지사업자로 확인되고, 청구인이 실제대표자라고 주장하는 김□□을 쟁점법인의 실제 대표자로 인정할 증빙의 제시가 없으므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.”라고 하면서 청구인의 과세적적부심사청구를 불채택 결정한 사실이 확인된다.

8. 한편, 청구인은 2002.7.10.～2004.6.14. 기간 동안 쟁점법인의 감사로 재직한 청구외 김○○이 2007.12.3. 작성한 확인서를 제출하였는바, “쟁점법인의 경영자는 김□□이었고 이▣▣은 이사로 재직하였을 뿐 회사운영에 관한 모든 결정은 김□□이 하였기에 이를 확인하고 서명날인 합니다.”라고 앞의 여러 사실관계와는 다르게 확인하고 있다.

9. 또한, 청구인은 쟁점법인의 직원으로 재직하였던 김□□의 친누나 김◇◇이 2008.1.14. 작성한 확인서를 당심에 제출하였는바, 그 내용은 “쟁점법인의 명의상 대표는 김○○으로 등재되어 있으나 실제 사업자는 김□□ 이었고, 김○○ 명의의 주식도 실제 소유자는 김□□ 이었음을 확인 합니다.”라는 확인서를 제출하였다.

10. 그리고, 청구인은 2003.11.17. 27,617,080원, 2003.12.15. 48,719,000원을 김□□에게 송금하면서 쟁점법인을 송금인의 명의로 하고 김□□이 대표자로 되어 있는 청구외 H사(이하 “H사”라 한다)에 송금한 사실이 있다고 당심에 H사의 예금통장 사본을 추가로 제출하였다.

11. 또한, 쟁점법인을 인수한 대표자 청구외 김▣▣은 2002사업연도와 2003사업연도의 “장부목록”에서 쟁점법인의 장부 및 수출면장, B/L철, 수불부, 작업지시서, 결산서, 전표철 등 주요 증빙서류 등을 2004.7.20. 인수하였다고 확인하고 있다.

12. 쟁점법인의 2004사업연도의 원천징수 내역을 보면, 종업원수가 월별로 9인에서 16인으로 신고한 내용이 국세통합전산망자료에 의해 확인된다.

13. 쟁점법인은 2005.2.28. 폐업한 법인이고, 청구인과 김□□은 많은 금액의 국세가 체납되어 있었던 사실과, 쟁점법인과 청구인 및 김□□ 모두는 무재산으로 결손 처분된 사실이 있음이 국세통합전산망자료에 의해 확인된다.

• 라. 판단 ≪쟁점1≫ 2002사업연도와 2003사업연도에 대해 실지조사 경정을 한 후 청구인을 쟁점법인의 실질적인 대표자로 보아 인정상여 처분하고 종합소득세를 과세한 것이 타당한지 여부에 대해서 살펴본다. 청구인은 조사관서가 쟁점법인의 등기부상 대표이사인 김○○에게 당초 인정상여 처분한 것을 취소하고 청구인이 실지대표자라 하여 청구인에게 인정상여 처분한 금액은 김□□이 실지 사업을 운영하였으므로 이에 대한 종합소득세를 취소할 것을 주장하고 있으나, 청구인은 쟁점법인에 대한 조사 시 청구인과 김□□이 모든 업무를 수행하였다고 하고 있고 또한, 청구인이 대표이사로 되어야 하나 부도로 인하여 이◇◇을 이사로 등록하였다고 확인하고 있고, 2002년부터 2004.6.30.까지 청구인은 쟁점법인의 실사업자이었음을 처분청의 과세전적부심사청구 시에도 이를 인정하고 있으며, 청구인은 2003년 귀속 근로소득원천징수영수증에 27,000천원의 급여를 쟁점법인으로부터 지급받은 사실이 있기는 하나 청구인은 청구인이 쟁점법인의 대표자임을 자발적으로 확인서 등에 의해 그 의사를 표시한 사실이 있는 점과 청구외 김○○과 김◇◇의 확인서 이외에는 김□□이 실질적인 대표이사를 하였다는 거래관계 및 금융자료 등의 객관적이고 구체적인 증빙서류를 제출하지 못하고 있는 점을 비추어 보고, 또한, 쟁점법인과 거래관계가 없는 H사에 청구인이 자금을 송금한 사실로 보아 청구인과 김□□은 법인사업체를 각각 따로 맡아 운영한 것으로 보이고, 조사관서의 김○○의 상여처분에 대한 고충처리 결과에서도 청구인을 실지사업자로 확인하여 쟁점금액을 김○○에서 이를 변경하고 청구인에게 상여 처분한 사실이 있는 점 등을 종합적으로 비추어 볼 때, 청구인은 쟁점법인을 실제로 운영한 대표자로 판단되므로 처분청이 청구인에게 인정상여 금액에 대해 종합소득세를 부과한 당초 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다. ≪쟁점2≫ 2004사업연도의 소득금액을 단순경비율에 의해 추계 경정하였으므로 2002사업연도와 2003사업연도에 대해서도 단순경비율을 적용하여 추계 경정할 수 있는지 여부에 대해서 살펴본다. 청구인은 조사관서가 2004사업연도의 법인세 과세표준을 단순경비율에 의해 추계경정 과세한 것에 대해 그 취소 등 청구는 하지 않았지만, 2004사업연도에는 단순경비율로 추계 경정하였으므로 이미 실지조사 경정한 2002사업연도와 2003사업연도에 대해서도 단순경비율로 추계 경정하여 달라는 청구주장의 타당성을 보건데, 쟁점법인은 2002사업연도부터 2004사업연도까지 법인세과세표준 신고를 정상적으로 신고하였고, 조사관서는 쟁점법인이 자료상으로부터 가공 매입세금계산서를 여러 차례에 걸쳐 수취한 것에 대해 당해 과세자료 부분에 대해서 조사하여 경정․고지한 사실과 여러 차례에 걸쳐 조세범으로 고발된 내용이 법인세 경정결의서 등에 의해 확인되는 한편, 쟁점법인은 상시 종업원수가 9～16인으로서 조세특례제한법 규정상 폐업한 소기업(종업원수 10인 이하)에 해당하지 아니하므로 2004사업연도의 소득금액에 대해서는 단순경비율에 의한 추계 경정이 가능한 사유가 없었음에도 조사관서가 단순경비율에 의해 추계 경정한 것은 잘못이 있다 할 것이며, 조사관서는 쟁점법인이 자료상으로부터 가공 매입세금계산서 1,549,693천원을 재차 수취한 것에 대해 2006년 9월 조사를 실시하였으므로 이를 경정하는 경우에는 장부 및 그 주요 증빙서류를 기초로 실지조사 후 경정․고지하는 것이 적정하다 할 것이나, 만약, 2004사업연도의 소득금액에 대해서 다시 실지조사로 경정 한다면 청구인이 부담할 종합소득세액 등은 542백만원 이상 추가로 증가할 것인바, 불이익 처분 변경 금지에 의해 그 심리를 제외하는 것이 타당하다 할 것이므로 청구인이 주장한 것과 같이 2002사업연도와 2003사업연도의 소득금액을 단순경비율에 의해 추계 경정할 수는 없다고 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.