사업의 양도양수로 보아 임시투자세액공제를 인정할 수 있는지 여부

○○세무서장이 2007.4.2. 청구인에게 결정 고지한 2005년 과세연도 종합소득세 34,519,900원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구인은

○○ 군

○○ 리

○○ -8(이하 “쟁점사업장”이라 한다) 1993.4.23.부터 병원을 경영한 자로서, 2004년도에 신규 의료장비를 191,665,320원에 취득하여 종합소득세 신고시 임시투자세액공제를 받고 2005.9.13. 개인사정으로 쟁점사 업장을 청구외 박

○○ 외 1인에게 사업을 양도하고 2005.9.20. 폐업신고를 하였다. 처분청은 청구인의 쟁점사업장 폐업이 사업의 양도에 해당되지 아니하므로 조세특례제한법 제146조 에 의하여 청구인이 공제받은 임시투자세액을 불공제하여 2007.4.2. 2005년 과세연도 종합소득세 34,519,900원을 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.7.2. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인은 쟁점사업장에서 12여년 의료업을 영위하다 개인적인 사정으로 2005.9.20. 폐업하기 이전에 2005.9.13. 쟁점사업장을 박

○○ 에게 별첨의 사업양도양수계약서 내용대로 양도하였다.

• 나. 박○○은 쟁점사업장의 2005년 종합소득세 신고시 청구인의 자산 부채를 양수하였음에도 불구하고 일부 자산․부채를 계상 누락하였으나, 2006.1.1.계정별 원장에는 2005년에 누락된 자산과 부채를 계상하여 감가상각 및 상환 등의 변동상황을 반영하여 기말잔액으로 종합소득세를 신고하였다.
• 다. 따라서 청구인이 쟁점사업장을 사업의 양도양수로 인계하고 폐업하였으므로 임시투자세액공제액을 경정한 처분청의 결정은 취소되어야 한다.
• 라. 첨부서류: 박○○의 2005년 및 2006년 결산서와 계정별원장 사본 등

• 가. 청구인은 2004년 신규 취득한 의료장비에 대한 쟁점임시투자세액을 2004년 과세연도 종합소득세 신고시 공제받았으나 2005.9.20. 쟁점사업장을 폐업한 것은 조세특례제한법 제146조 의 규정에 따라 함에 따라 투자완료 2년이내에 자산을 처분한 경우에 해당되어 감면세액 추징 대상이 된다.
• 나. 청구인으로부터 쟁점사업장을 2005.9.13. 인수한 박○○은 2005년 과세연도 종합소득세 신고시 인수한 자산과 부채를 장부에 계상한 사실이 국세통합전산망에 의하여 확인되지 아니한다.
• 다. 따라서 청구인의 쟁점사업장 폐업은 사업의 양도양수에 의한 것이 아니므로 조세특례제한법시행령 제137조 규정(감면세액 추징대상에서 제외)을 적용받을 수 없어 처분청의 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 사업의 양도양수로 보아 임시투자세액공제를 인정할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제26조 【임시투자세액공제】

① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위 안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 2) 조세특례제한법 제146조 【감면세액의 추징】 제5조, 제11조, 제24조 내지 제26조, 제94조 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 규정에 한한다)의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 동조의 규정에 의하여 투자완료일부터 2년이 경과되기 전에 당해 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 당해 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조 의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. 3) 조세특례제한법시행령 제137조 【감면세액의 추징】

① 법 제146조에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 현물출자, 합병, 분할, 분할합병, 법인세법 제50조 의 적용을 받는 교환, 통합, 사업전환 또는 사업의 승계로 인하여 당해 자산의 소유권이 이전되는 경우

2. 내용연수가 경과된 자산을 처분하는 경우

② 법 제146조의 규정에 의한 이자상당가산액은 공제받은 세액에 제1호의 기간 및 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 공제받은 과세연도의 과세표준신고일의 다음날부터 법 제146조의 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고일까지의 기간

2. 1일 1만분의 3의 율

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인이 쟁점사업장을 운영하면서 2004년에 신규 취득한 의료장비 191,665,320원에 대하여 2004년 과세연도 종합소득세 신고시 임시투자세액 28,749,798원을 공제받았으나, 처분청은 쟁점사업장이 2005.9.20. 폐업함에 따라 투자완료 후 2년 이내 처분한 경우 감면세액을 추징한다는 조세특례제한법 제146조 규정에 의거하여 2007.4.2. 청구인에게 종합소득세 34,519,900원을 경정 고지한 사실이 국세통합전산망에 확인된다.

2. 청구인이 쟁점사업장을 박○○에게 양도하면서 2005.9.13. 작성한 사업양도양수 계약서에 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

• 가) 양도자(갑): 청구인(

○○ 정형외과) 양수자(을): 박○○(

○○ 정형외과)

• 나) 갑이 운영하고 있는

○○ 정형외과(

○○ 군

○○ 리

○○ -8) 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 양수함에 있어 다음과 같이 계약을 체결한다.

• 다) 제1조 목적: 본 계약은 “갑”이 운영하고 있는 “병원”의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 “을”이 양수함으로써 부가가치세법 제6조 6항 의 규정에 의한 사업양도양수 함에 그 목적이 있다.
• 라) 제2조 사업승계: 사업양도, 양수일 현재 “갑”과 거래중인 모든 거래처는 “을”이 인수하여 계속 거래를 보장한다.
• 마) 제3조 양도․양수 자산과 부채 및 기준일: “을”은 2005.9.13.을 양도양수 기준일로 하며 장부상 자산총액 부채총액을 인수하기로 한다. 양도되는 권리 (자산총액) 양도되는 의무 (부채총액) 기계장치 6,558,146 미지급퇴직금 74,908,151 차량운반구 3,207,151 미지급금 97,175,626 공구와기구 127,227,338 비품 36,182,991 소계 173,175,626 소계 172,083,777
• 바) 제4조 양도․양수 가액: 제3조의 자산총액에서 부채총액을 차감한 잔액1,091,849원을 “을”은 “갑”에게 2005.9.13.자로 현금으로 지급하기로 한다.
• 사) 제5조 종업원 인계: “을”은 “갑”이 운영하고 있는

○○ 정형외과의원의 백

○○ 외 22명 종업원을 인수함에 있어 퇴직금 해당금액 74,908,151원을 승계하고 “을”은 “갑”의 전 종업원을 신규채용으로 인수하여 계속 근무하게 함은 물론 직원승계일 이후 2005.9.13.부터 퇴직자가 발생한 경우에는 종전 “갑”의 사업에서 근무하던 근속년수를 통산 인정하여 퇴직금을 지급하기로 한다.

3. 처분청은 박○○의 종합소득세 신고내용이 국세통합전산망에 아래와 같이 확인되어 청구인이 쟁점사업장의 자산 부채를 사업의 양도양수로 인계하지 않은 것으로 판단하였다. (2005.12.31. 현재) 유 형 자 산 유 동 부 채 기계장치 0 미지급퇴직금 0 차량운반구 0 미지급금 74,908,151 공구와기구 10,281,250 비품 1,370,834 소계 11,652,084 소계 74,908,151

4. 청구인은 박○○으로부터 2005년 종합소득세 신고시 사업양수 자산․부채를 장부에 반영하지 못하고 2006년 기초에 반영하였다는 확인서를 받아 아래와 같이 제시하고 있다. (2006년 결산서 및 계정별원장 사본)

• 가) 사업의 양수로 인수받은 자산 부채 중 미지급퇴직금 74,908,151원에 대하여만 2005년 결산(1기)시 장부에 반영하였으나 공구외 기구 등은 당기에 계상하지 못하고 2006.1.1. 일괄적으로 계정별 원장에 계상하였다.
• 나) 계정별 원장에 일괄계상 후 기중변동을 반영한 기말잔액 현황 계정과목 전기이월 ‘06.1.1. 일괄계상 기중변동 기말 2006.12.31 증 감 (상각비 등) 유형 자산 기계장치 0 6,558,146 1,639,535 4,918,611 차량운반구 0 3,207,151 800,787 2,406,364 공구와기구 10,500,000 127,227,338 208,795,000 34,650,575 311,871,763 비품 1,400,000 36,182,991 9,424,407 28,158,584 소계 173,175,626 부채 미지급금 74,908,151 174,265,626 9,747,050 194,017,880 64,902,947

(1) 2006.1.1. 일괄계상 분 자산(173,175,626)․부채(174,265,626) 대차금액이 일치하지 않고 있다. (차이 1,090,000)

(2) 미지급금 일괄계상 분 174,265,626원은 양도양수로 인수한 기계장치 등 97,175,626원과 병원건물 임차보증금 76,000,000원의 합계 금액이다.

• 다) 청구인은 쟁점사업장의 병원 건물 소유주로서 2005.9.13. 박○○과 전세보증금 1억원에 월세 2백만원으로 건물임대차 계약을 맺고 계약금 14백만원을 수령하고 잔금 76백만원은 2006년 2월 말에 수령하기로 한 계약서 사본을 제시하고 있다.

5. 박○○의 위 확인서 내용(2005년 계상누락분을 2006.1.1.계상함)의 기말잔액과 박○○이 신고한 국세통합전산망 표준대차대조표의 기말잔액과 대사한 결과 일치한 것으로 확인되고 있다.

6. 박○○이 청구인으로부터 쟁점사업장을 인수하여 사용하고 있는 의료용 기기 등 및 병원건물에 대한 사진 18매를 제시하고 있다.

7. 위 사실관계 및 관련법령을 종합해 보면 청구인의 쟁점사업장을 개인사정으로 2005년 9월 폐업하면서 박○○에게 사업의 양도양수로 인계하였음에도 불구하고 박○○이 2005년 종합소득세 신고 시 인수한 자산과 부채를 일부만 계상하여 처분청이 사업의 양도양수로 판단하지 아니하였는바, 비록 박○○의 2005년 종합소득세 신고 때 청구인으로부터 인수한 자산과 부채를 일부만 계상하였지만 2005년 계상누락한 자산 부채를 2006.1.1.자로 계정별 원장에 추가 계상하여 기중변동 사항을 반영한 기말잔액으로 기표된 사실이 국세청통합전산망에 의하여 확인되고 있고 또한 박○○이 인수한 병원을 현재 운영하면서 사용하고 있는 의료용 기기 등이 청구인으로부터 인수한 유형자산임이 심리기간 중 처분청의 현지확인을 통하여 확인한 것으로 보아 쟁점사업장을 청구인이 박○○에게 사업의 양도 양수로 인계한 것으로 보이므로 처분청이 청구인의 폐업을 사업의 승계로 인정하지 아니하고 임시투자세액을 추징한 것은 잘못된 처분이라고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.