확정판결에 의한 부과제척기간이 만료된 종합소득세의 경정청구를 할 수 있는지

청구인은 충청북도 ○○시 ○○구 ○○로 2가 ○○번지에서 청구외 ○○○, 청구외

○○○ (청구인을 포함하여 이하 “청구인 등”이라 한다)과 동업으로

○○ 관(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호의 성인나이트클럽을 운영한 사업자로서 처분청은 쟁점사업장에 대한 세무조사 결과 청구인 등이 2000년 제1기 과세기간 및 2000년 제2기 과세기간 동안 주류 등 판매수입 1,336,949천원을 매출누락 하였음을 확인하고 2003.3.11. 청구인 등에게 2000년 제1기 부가가치세 121,898,930원, 2000년 제2기 부가가치세 84,007,910원, 2000.1월부터 2000.12월까지의 특별소비세 325,991,230원 및 청구인에게 2000년 과세연도 종합소득세 132,123,820원을 경정․고지하였다. 청구인 등은 부가가치세 및 특별소비세(이하 “부가가치세 등”이라 한다) 부과처분에 불복하여 국세심판 청구를 거쳐 행정소송을 제기한 결과 대전 고등법원은 2006.5.4. 2000년 제1기 부가가치세 8,834,170원, 2000년 제2기 부가가치세 9,507,032원 및 2000.1월부터 2000.10월까지의 특별소비세 24,090,230원을 제외한 부과처분을 취소하라는 판결을 하였으며 대법원은 2006.9.8. 처분청의 상고를 기각하는 판결을 하였다. 처분청은 이에 따라 2000년 제1기 부가가치세 107,685,840원, 2000년 제2기 부가가치세 70,869,458원 및 2000.1월부터 2000.10월까지의 특별소비세 293,591,121원을 감액결정 하였으나 청구인이 확정판결을 근거로 2000년 과세연도 종합소득세 110,939,170원의 부과처분을 취소하여달라는 경정청구에 대하여는 그 처리기한인 2006.11.28.까지 아무런 통지를 하지 아니하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.12.28. 이건 심사청구를 하였다.

• 가. 처분청이 쟁점사업장에 대한 부가가치세 등의 과세표준으로 삼은 수입액(매출액)이 대전고등법원 및 대법원의 판결확정으로 인하여 대폭 감액되었다.
• 나. 청구인에 대한 종합소득세는 모두 쟁점사업장의 수입액(매출액)을 기준으로 과세표준을 산정하여 부과하는 세금으로서 그 수입액(매출액)이 판결에 의하여 대폭 감경된 이상 처분청은 청구인에 대한 소득세도 경정하여야 마땅하다.

• 가. 국세기본법 제45조 의 2 제2항 후발적사유에 의한 경정청구는 국세부과제척 기간내에 청구하여야 하는 것으로 2000년 귀속 종합소득세는 국세부과제척 기간이 경과하여 경정청구를 할 수 없다.
• 나. 부가가치세 등 부과처분에 대하여만 쟁송이 제기되고 종합소득세 부과 처분에 대하여는 쟁송이 제기되지 아니하여 부가가치세 등 부과처분에 대한 일부 취소판결이 확정된 경우 그 부가가치세 매출누락과 관련한 종합소득세 부과처분에 대한 경정결정은 국세기본법 제26조 의 2 제2항에 의하여 그 판결이 확정된 날부터 1년이 경과되기 전까지 할 수 있는 필요한 처분에 해당하지 않는다. 따라서 청구인이 주장하는 2000년 귀속 종합소득세 경정청구는 받아들일 수 없는 것이다.

• 가. 쟁점 매출누락에 대한 부가가치세 부과처분이 확정판결에 따라 감액결정된 경우에 있어 국세부과제척기간이 만료된 매출누락관련 종합소득세 부과처분에 대하여 경정청구 및 경정을 할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제26조 의 2 【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에관한법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다. (2006.12.30. 단서 개정 전의 것)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5연간

4. 상속세·증여세는 제1호 내지 제3호의 규정에 불구하고 이를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 경우에는 이를 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

• 가. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 상속세·증여세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우
• 나. 상속세 및 증여세법 제67조 및 제68조의 규정에 의하여 신고서를 제출하지 아니한 경우 (2006.12.30. 개정 전의 것)
• 다. 상속세 및 증여세법 제67조 및 제68조의 규정에 의하여 신고서를 제출한 자가 대통령령이 정하는 허위신고 또는 누락신고를 한 경우(그 허위신고 또는 누락신고를 한 부분에 한한다) (2006.12.30. 개정 전의 것)

② 다음 각호의 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제1호의 규정에 의한 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호의 규정에 의한 상호합의가 종결된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정·판결 또는 상호합의에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장의 규정에 의한 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 (2006.12.30. 개정 전의 것)

2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우에 그 조치가 있음을 안 날부터 3년이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 의한 상호합의의 신청이 있는 것으로서 그에 대한 상호합의가 있는 경우

③ (생략)

④ 제1항 각호의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. 2) 국세기본법 제45조 의 2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세 기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

④ ～⑤ (생략)

• 다. 사실관계

1. 처분청은 쟁점사업장에 대한 세무조사를 실시하여 탈세제보시 제출된 쟁점사업장의 일자별 수입․지출내역 및 판매일지 사본에 의하여 2000년 제1기 및 2000년 제2기 실제 매출금액을 산정하여 매출누락 금액 1,336,949천원에 대한 부가가치세 등과 종합소득세를 청구인에게 과세한 사실을 알 수 있다.

2. 청구인은 부가가치세 등 부과처분에 대하여만 불복하여 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기한 결과 대전고등법원은 이 사건 판매일지 중 2000.8.15. 이전분에 대하여는 원고 ○○○가 직접 작성하였다는 것임에도 위 판매일지가

○○○ 에 의하여 작성된 것이 아닌 점, 판매일지의 작성 형태나 필체가 다양 하여 여러 사람에 의하여 작성된 점, 탈세제보자가 판매일지를 건네 준 제보자로 부터 위 판매일지가 임의로 과대기장 되었다고 들었으며 위 판매일지가 실제로 작성된 장부를 그대로 복사한 것인지 알지 못한다고 진술한 점 등에 비추어 보면 이 사건 판매일지가 상세하게 기재되어 있고 원고들이 이 사건 판매일지 외에는 실제로 작성하였을 장부를 제시하지 못하고 있는 사정을 감안하더라도 제보자가 제출한 판매일지 사본이 그와 동일한 원본이 존재하고 그 원본이 진정하게 성립되었음을 인정하기에 부족하여 형식적 증거력조차 인정하기 어렵다는 취지로 부가가치세 등에 대한 부과처분 중 일부를 제외한 부과처분을 취소하라는 판결(2004누2651 부가가치세등부과처분취소)을 하였고 대법원은 처분청의 상고(2006두9016 부가가치세등부과처분취소)를 기각함에 따라 처분청은 2000년 제1기 부가가치세 107,685,840원, 2000년 제2기 부가가치세 70,869,458원 및 2000.1월부터 2000.10월까지의 특별소비세 293,591,121원을 감액결정한 사실이 판결문 및 국세통합 전산망에 의하여 확인된다.

3. 청구인은 부가가치세 등이 감액결정됨에 따라 그 부가가치세 과세처분과 관련한 종합소득세를 감액결정 하여 줄 것을 2006.9.29. 처분청에 경정청구 하였으나 처분청은 처리기한인 2006.11.28.까지 아무런 처분도 하지 아니함 으로써 청구인의 경정청구를 거부하였다.

4. 처분청은 2006.9.26. 이 건 경정청구에 있어 국세부과제척기간이 경과한 후 경정청구를 할 수 있는지 여부와는 별도로 국세기본법 제26조 의 2 제2항에 의하여 처분청이 부가가치세를 경정함에 있어 부가가치세 경정과 관련된 종합소득세에 대하여도 처분청이 경정하는 것인지 여부에 대하여 국세청장에게 질의한 바 국세청장은 2006.9.29. 부가가치세 등 부과처분에 대하여만 쟁송이 제기되고 종합소득세 부과처분에 대하여는 쟁송이 제기되지 아니하여, 부가가치세 등 부과처분의 일부취소판결이 확정된 경우, 그 부가가치세 매출누락과 관련한 종합소득세 부과처분에 대한 경정결정은 국세기본법 제26조 의 2 제2항에 의하여 그 판결이 확정된 날부터 1년이 경과되기 전까지 할 수 있는 필요한 처분에 해당하지 않는다고 회신한 사실이 관련공문에 의하여 확인된다.

• 라. 판단

1. 이 건 경정청구가 국세기본법 제45조 의 2에 의한 경정청구 대상인지에 대하여 살펴보면 국세기본법 제45조 의 2 제2항에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결 등 후발적사유에 의하여 다른 것으로 확정된 때 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 경정청구를 할 수 있는 것으로 규정하였다. 국세부과제척기간은 조세법률관계를 조속히 확정 시키려는 규정으로서 국세징수권의 소멸시효와는 달리 중단이나 정지가 없어 그 기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸하게 되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 경정도 할 수 없는 것이라 하였고(국심2003서2558 2003.10.21, 국심2006서2743 2006.10.20 외 다수 같은 뜻임), 재정경제부 예규(조세정책과-340, 2005.3.23)에서도 국세부과의 제척기간은 증액 경정이나 직권 감액경정시 모두 적용하는 것으로 부과제척기간이 만료된 후에는 어떠한 처분(새로운 결정․증액경정․감액경정)도 할 수 없는 것이라고 하였다. 국세부과제척기간이 경과한 후라도 납세자가 후발적사유에 의한 경정청구를 할 수 있다고 한다면 과세관청도 당해 쟁송 건이 아닌 경우에 있어서도 국세부과제척기간이 경과한 후 후발적사유에 의한 또 다른 과세처분이 가능해지게 되는 것이며, 이러한 경우 납세자와 과세관청 모두 법적 안정성을 심각하게 침해받게 되는 것이다. 이 건의 경우 경정청구의 대상인 2000년 사업연도 종합소득세의 부과제척기간은 2006.5.31.까지이므로 청구인은 국세부과제척기간이 만료된 이후에 경정청구한 사실을 알 수 있다. 따라서 청구인의 경정청구는 적법한 경정청구에 해당하지 아니한다.

2. 확정판결에 의하여 처분청이 부가가치세를 감액결정함에 따라 관련 종합소득세 부과처분에 대하여도 국세기본법 제26조 의 2에 의하여 경정결정할 수 있는지 여부에 대하여 살펴보면 국세기본법 제26조 의 2 제2항에서 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 판결이 확정된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 판결에 따라 경정결정 또는 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하였다. 이 규정은 일반적인 국세부과제척기간의 적용과는 다르게 쟁송이 제기된 부과처분에 대하여 판결이 확정된 후 1년이 경과하기 전까지는 과세관청이 부과권을 행사할 수 있도록 한 예외규정에 해당한다. 국세부과제척기간이 권리관계를 조속히 확정 하려는 규정이며, 과세관청이 경정결정 또는 기타 필요한 처분을 할 수 있는 경우로서 “행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우”로 규정하여 국세기본법 제45조 의 2 제2항 제1호에서 “과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때”와 그 의미를 각각 다르게 규정한 점을 감안하더라도 이 규정은 쟁송이 제기된 당해 부과처분에 한하여 적용하여야 하는 것이다. 이 건의 경우 부가가치세 등 부과처분에 대하여만 쟁송이 제기되어 부가가치세 등 처분의 일부취소 판결이 확정되었으나 그 부가가치세 매출 누락과 관련한 종합소득세 부과처분에 대하여는 청구인이 쟁송을 제기하지 아니하였으므로 이는 국세 기본법에 의하여 판결이 확정된 날부터 1년이 경과되기 전까지 경정결정 할 수 있는 처분에 해당하지 아니한다. 위 관련법령과 사실관계를 종합하여 보면 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 것은 적법하며 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 에 의거 주문과 같이 결정한다.