추계조사 결정후 증빙자료 제출시 실지조사방법에 의한 결정 가능 여부

1. ◯◯세무서장이 2006.9.6. 청구인에게 경정고지한 2004년 과세연도 종합소득세 135,246,910원의 부과처분은 ◯◯세무서장이 청구외법인의 2004년 사업연도 각사업연도소득에 대한 과세표준과 세액을 장부 기타 증빙서류에 의하여 실지조사한 결과에 따라 경정하고,

2. 나머지 청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 기각합니다.

◯◯세무서장(이하 “조사관서”라 한다)이 ◯◯광역시 ◯구 ◯◯동 42-1 소재 ◯◯◯◯(주)(이하 “청구외법인”이라 한다)에 대한 2004.1.1～2004.12.31. 사업연도(이하 “2004 사업연도”라 한다) 법인세 무신고자에 대한 부분조사를 실시하고, 법인세법 제66조 제3항 단서 규정에 따라 추계 조사방법으로 법인세를 결정하였으며, 청구인이 청구외법인의 등기부상 대표이사로 재직한 기간(2004.6.30～2004.12.31)에 해당되는 동 추계소득금액 321,450천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 청구인에 대한 상여로 처분하고 2006.1.5. 청구인의 주소지 관할세무서장인 ◯◯세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 과세자료 통지하였다. 처분청은 통보된 과세자료에 따라 2006.9.6. 청구인에 대하여 2004년 과세연도 종합소득세 135,246,917원을 결정․고지하였으며, 청구인은 이에 불복하여 2006.12.4. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인은 청구외법인의 실질적인 경영주였던 이◯◯의 사망(2004.6.12.)으로 2004.6.22.부터 2005.1.24.까지 공부상 청구외법인의 대표이사로 등재된 것은 사실이나, 실질적으로는 대주주인 청구외 감사 권◯◯(이하 “권◯◯”이라 한다)이 청구외법인의 모든 경영권을 행사하였으며, 청구인은 대표이사로서의 권한을 전혀 행사하지 못한 채 2004.10.23. 사실상 대표이사직을 인계하고 2005.1.24. 법인등기부등본상 대표이사직을 사임한 것으로 변경되었는바, 청구인은 청구외법인의 법인등기상 대표이사 취임일 이후 사임일까지 대표이사로서의 권한을 행사한 사실이 전혀 없는 명의상의 대표이사에 불과함에도 청구인이 법인등기부상의 대표이사라는 이유로 청구인에 대하여 소득처분함은 부당하다.
• 나. 2004사업연도 법인세과세표준 및 세액신고를 법정신고기한 내에 신고하지는 못하였으나, 본건 법인세 무신고에 대한 결정일 이후 부가가치세 신고자료 및 원천세 신고자료 및 기타 증빙자료를 발견하여 이를 토대로 장부를 기장하였으므로 2004사업연도 법인세 과세표준 및 세액계산은 장부 기타 증빙서류에 의하여 경정되어야 한다.

• 가. 청구인이 단지 청구외법인의 법인등기부상으로만 대표이사로 등재되어 있을 뿐 실질적으로 대표이사직을 맡아 경영권을 행사한 자는 권◯◯이라고 주장 하고 있으나, 공금횡령 및 어음위조 등의 혐의로 고발(사건번호 2005형 제95663)된 권◯◯에 대한 서울지방검찰청의 “피의자신문조서”에 2004년 10월중순 경 청구인이 대표이사직을 사직하고자 하였다는 내용은 기재되어 있으나 법인등기부등본상 권◯◯으로 대표이사가 변경된 사실이 없으며, 권◯◯이 청구외법인의 업무에 많이 관여한 것이 사실일 수는 있으나 단지 경영에 관여 및 행사를 한 사실만을 가지고 실질적으로 대표이사가 변경되었다고 볼 수는 없는 것이다. 따라서 법인세법시행규칙 제54조 의 규정에 의하여 법인등기부상 대표이사인 청구인에 대하여 청구외법인의 2004사업연도 추계소득금액을 재직기간의 일수 에 따라 구분 계산하여 인정상여로 소득처분한 것은 정당하며, 조사관서의 소득금 액 변동통지에 따라 청구인에게 결정고지한 이 건 종합소득세 부과처분은 정당하
• 다. 나. 청구인은 2005.2.17. 청구외법인이 부도처리되어 소명에 대한 안내 등을 받을 수 없었다고 주장하나, 법인세 무신고조사 시점인 2005.11.7. 당초 사업장 소재지인 ◯◯광역시 ◯구 ◯◯동 42-1 번지에서 사업을 영위하고 있었고(당시 대표이사 이◯◯), 2006.2.13. ◯◯◯세무서에 폐업신고를 할 때까지 계속사업자임이 확인되며, 청구외법인이 세무조사사전통지서 및 세무조사결과통지서, 고지서 등을 정 상적으로 수령하였으므로 청구인의 주장은 이유 없으며, 법인세 결정고지 이후 에 작성된 장부는 신빙성이 희박하고 이에 대한 구체적이고 객관적인 증빙자료의 제시가 없으므로 장부에 의하여 재경정되어야 한다는 청구주장 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점1: 청구인이 청구외법인의 실질적인 대표자인지 여부와 쟁점2: 과세표준과 세액을 추계조사 결정하였으나, 장부 및 증빙자료가 있 는 것으로 보아 실지조사결정할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 등 1) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (1998. 12. 28 개정)

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다. 2) 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조 의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (1998. 12. 28 개정) 3) 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. (1998. 12. 31 개정)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 (1998. 12. 31 개정)
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 4) 법인세법 시행규칙 제54조 【대표자 상여처분방법】 영 제106조 제1항 제1호 단서의 규정을 적용함에 있어서 사업연도중에 대표자가 변경된 경우 대표자 각인에게 귀속된 것이 분명한 금액은 이를 대표자 각인에게 구분하여 처분하고 귀속이 분명하지 아니한 경우에는 재직기간의 일수에 따라 구분계산하여 이를 대표자 각인에게 상여로 처분한다. 5) 소득세법 제80조 【결정과 경정】 (중간생략)

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. 6) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다. (1998. 12. 28. 개정) (중간생략)

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다. (1998. 12. 28. 개정)

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. (1998. 12. 28. 개정)

• 다. 사실관계 1) 조사관서는 청구외법인의 2004 사업연도 법인세 무신고에 대한 부분 조사 를 실시한 결과, 장부 및 관련 증빙자료의 제시가 없다는 사유 등으로 법인세법 제66조 제3항 단서 규정에 따라 추계조사방법으로 법인세를 결정하였으며, 청구인이 청구외법인의 등기부등본상 대표이사로 재직한 기간(2004.6.30～2004. 12.31.)에 해당되는 추계소득금액 321,450천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 청구인에 대한 상여로 처분하여 2006년 1월 청구인의 주소지 관할세무서장인 ◯◯ 세무서장에게 과세자료 통지하였고, 처분청은 2006.9.6. 청구인에게 2004년 과세연도 종합소득세 135,246천원을 경정․고지하였음이 경정결의서 및 조사관련 서류에 의하여 확인된다. 2) 청구인은 2004.6.22.부터 2005.1.24.까지 청구외법인의 등기부등본상에 대표이사로 등재되어 있었던 것으로 확인된다. 3) 조사관서는 2005.11.7～같은 해 12.2. 기간 위 조사를 실시하면서 청구외법인에게 장부 및 증빙자료 제출을 요구하였으나(2005.11.2) 제출하지 아니하여 청구외법인의 2004 사업연도 소득금액을 기준경비율에 의하여 결정하였음이 조사관서의 조사서(2005년 12월)에 의하여 확인된다. 4) 청구인은 법인등기상으로만 대표이사로 등재되어 있었을 뿐이고 권 ◯◯ 이 실질적으로 청구외법인의 모든 경영권을 행사하였으며, 2004년 10월경 권 ◯◯ 에게 대표이사직을 인계한다는 서한을 통보한 후 대표이사직을 그만 두었으므로 실질적인 대표이사가 아니라고 주장하고 있고, 처분청의 과세전적부심사청구에 대한 결정문(2006.8.29)의 사실관계를 보면, 청구인은 그에 대한 입증자료로 다음 서류를 제출한 사실이 있으며,
• 가) 의정부지방법원 고양지원 약식명령의 공소사실(2006.6.23)
• 나) 권◯◯의 검찰신문조서(유가증권위조 및 사기 등 혐의, 2005.11.30.)
• 다) 임시주주총회 관련서류 청구인의 위와 같은 주장에 대하여 처분청이 권◯◯에게 확인한 결과, 권 ◯◯ 은 대표이사 승계 사실을 부인하며, 청구인이 직접 결재․사인한 지출결의서 4매(11월 2매, 12월 2매)를 제출하였다고 사실관계에 기록되어 있다. 5) 청구인은 청구외법인의 과세표준과 세액을 실지조사하여 재경정하여야 한다고 주장하면서 제출한 2004 사업연도 손익계산서, 2004년 기별 부가가치세 신고서 사본 4매, 2004년 과세연도 원천징수이행상황 신고서, 2004년 과세연도 소득자료 제출집계표 3매 및 계정별 원장을 살펴보면,
• 가) 청구인이 제출한 2004년 기분별 부가가치세 신고서 사본 4매의 매출과 매입은 부가가치세 신고상황 및 세금계산서 집계표상의 금액과 일치하고, 소득자료 제출집계표의 내용은 전산조회에 의하여 그 내용이 확인되며, 매입금액 3,810백만원과 급여지급액 409백만원의 합계 4,219백만원은 연간 매출액 5,511백만원 대비 76.57%이다.
• 나) 매입매출장의 연간 매출액 5,511백만원은 부가가치세 신고상황 및 세금계산서 집계표상의 매출합계와 일치하고, 매입매출장의 연간 매입합계 3,812백만원은 신고상황 분석표상의 합계 3,810백만원과 거의 일치하고 있다.
• 다) 세무대리인은 청구외법인의 부가가치세와 근로소득세는 신고해 주었으나, 2004년 9월 이후로는 증빙을 건네주지 않고 연도말의 재고자산을 알려주지 않아 그때까지의 증빙을 근거로하여 손익계산서를 작성하였으며, 제조원가명세서는 재고자산이 파악되지 않아 작성하지 못했다고 하고 있는바, 손익계산서에 나타난 판매비와 일반관리비는 90백만원으로 매출액 대비 1.63%이다.
• 라) 청구외법인의 2004 사업연도에 대한 기한 후 신고여부를 조사한 결과 심리일 현재 무신고한 상태에 있고, 동 손익계산서상의 당기순이익은 1,188백만원(추계결정 소득금액 637백만원)이며, 2007.2.13. 세무대리인에게 전화한 결과, 전 대표이사의 사 망 이후 경영진의 혼선 등으로 2004 사업연도 법 인세를 신고하지 못하였으나 위 손익계산서와 관련된 증빙은 보관하고 있고, 청구 외법인과 상의하여 기한 후 신고를 할 것인지 여부를 결정할 것이라는 답변이
• 다. 6) 청구외법인은 전대표이사 사망 이후 경영상 심각한 위기와 실질적 경영자인 권 ◯◯ 의 공금횡령, 어음위조 및 채권자들의 변제 청구로 장부관리와 세무업무를 정지한 상태였고, 청구인은 2004.6.12～2005.1.24. 기간 대표자로 등기되었으나 권한 행사를 하지 못했으며, 2005년 12월에 있었던 부분조사와 이에 대한 안내 및 기타 소명 요구를 받지 못하였다고 주장하면서 2007.2.16. 다음 서류를 추가로 제출하였다.
• 가) 임시 주주총회 결과 통보문
• 나) 2004년 사업연도 매입매출장
• 다) 계정별원장(임원급여, 상여금, 일용직 급여, 복리후생비, 임차료, 접대비, 광고선전비, 차량유지비, 수선비, 여비교통비, 운반비, 외주가공비, 통신비, 수도광열비, 소모품비, 지급수수료, 사무용품비 등)
• 라. 판단 먼저 청구인이 청구외법인이 실질적인 대표이사가 아니라는 주장에 대하여 살펴보면, 의정부지방법원 고양지원 약식명령의 공소사실 및 권◯◯의 검찰신문조서의 내용은 근로기준법위반 및 유가증권위조 및 사기 등의 혐의에 관한 내용으로서 청구인이 실질적인 대표자인지 여부에 대한 직접적인 증빙이 될 수 없다 할 것이고, 권◯◯이 검찰 신문조서에서 진술한 내용 즉, “어음발행 등 자금관리는 제가하였지만 2004년 10월 중순경부터는 청구인이 거의 회사 일에 신경을 쓰지 않고 관여하지 않았기 때문에 제가 더한층 관여할 수 밖에 없었다.”는 진술은 권◯◯이 대표이사직을 승계 하였다는 내용이 아니므로 권 ◯◯ 을 실질적인 대표자로 인정할 수 없다. 또한, 청구인은 2004.10.23. “임시주주총회 결과 통보문”을 가지고 대표이사를 사임하였다고 주장하고 있으나, 임시주주총회의 필수서류인 의사록 및 주주참석명부를 작성하지 아니하였고, 권◯◯은 “‘임시주주총회 결과 통보문’를 청구인 개인이 작성한 서류라고 확인하면서 청구인이 2004년 11월～ 12월 기간 중 직접 서명한 지출결의서를 제출하고 있어, 청구인이 2004.10.22. 이후 대표이사로서의 권한을 행사하지 않았다는 청구주장은 신빙성이 희박하다. 다음, 청구외법인의 2004 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 장부 기타 증빙서류에 의하여 실지조사 결정할 수 있는지에 대하여 살펴보면, 조사관서가 추계결정 방법에 의하여 과세표준과 세액을 결정한 이유를 청구외법인의 장부 및 증빙자료 미제시를 이유로 하고 있는데 반하여 청구인은 이 건 심사청구시 아직 신고는 이행하지 않았지만 2004 사업연도 손익계산서, 2005.2.10.자로 신고한 원천징수 이행상황 신고서 및 소득자료제출 집계표 3매, 2004년 기별 부가가치세 신고서 사본을 제출하였고, 매입매출장, 계정별원장을 추가로 제출하였다. 살피건대, 법인세법 제66조 【결정 및 경정】제3항은 법인의 각사업연도 소득에 대한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 하고, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다고 규정하고 있다. 따라서 추계조사방법에 의하여 과세표준과 세액을 결정하기 위해서는 청구외법인의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고, 조사관청이 달리 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한한다 할 것인바, 비록 청구외법인이 조사 당시에 실지조사할 수 있는 장부 및 증빙서류를 제시하지 못했다 할지라도 심사청구시 제출한 부가가치세신고서, 원천징수이행상황신고서 및 매입매출장 등의 내용은 기왕에 신고한 내용과 일치하고, 부가가치세 신고서상의 매입금액과 급여 지급액의 합계액은 매출총액의 76.57%를 점유하고 있으며, 2004년 9월까지의 계정별원장에 대한 증빙을 세무대리인이 보관하고 있고, 그러한 증빙들을 근거로 하여 작성한 계정별원장과 손익계산서의 내용은 신빙성이 있어 보이므로 청구외법인의 2004 사업연도 과세표준과 세액은 실지조사방법에 의하여 결정할 수 있을 것이다. 따라서 이 건 부과처분은 조사관서가 법인세법 제66조 【결정 및 경정】제3항이 규정하는 바에 따라 청구외법인이 제시하는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여 각사업연도 소득에 대한 과세표준과 세액을 결정하고 그 결과에 따라 청구인의 소득금액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.