과세자료 소명안내문을 받은 후에 사외유출금액을 회수하여 수정신고한 경우 사내유보로 처분할 것인지

청구인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○-○번지 소재 (명)○○상사(이하 “청구외 법인”이라 한다)의 대표사원으로 2000.9.23. 취임하여 2004.12.17. 퇴사한 자이다. 청구외법인은 2003.6.16. 사업장으로 사용하던 쟁점고정자산을 (재)○○ 재단에 180백만원에 매각하였으나, 기장 누락하고 매각대금 수령액을 대표자 가수금으로 회계처리 하였다. 처분청은 2004.8.17. 청구외법인에게 쟁점고정자산 매각거래에 대한 신고여 부 소명을 요구하는 과세자료 소명안내문을 통지하였으며, 청구외법인은 2004.10.29. 쟁점금액을 쟁점고정자산 대체 및 전기오류수정이익으로 계상하고 대표자 가수금과 상계하는 방법으로 사외유출금액을 회수하고 익금산입하여 2003.1.1～12.31 사업연도(이하 “2003사업연도”라 한다) 법인세 수정신고를 하였다. 처분청은 청구외법인이 2003사업연도 법인세 수정신고시 쟁점고정 자산 매각 대금을 익금산입하여 기타사외유출로 소득처분한 것을 인정하지 아 니하고 2005.2.4. 청구인에 대한 상여로 법인세 경정결정하고, 청구외법인이 사실상 사 업을 영위하지 않아 원천징수가 불가능한 경우로 보아 청구인에게 2005.2.5. 소득금액변동통지를 하였고, 청구인이 추가자진신고납부를 이행하지 않아 2006.9.4. 청구인에게 종합소득세 69,408,770원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.11.30. 이 건 심사청구를 하였다.

청구외법인은 식품원재료 도매업을 영위하던 법인으로 쟁점고정자산을 1983.1.22. 신축하여 20년간 사무실과 창고로 사용하였으나 면적이 협소하여 운영에 어려움이 많아 이전을 검토하던 중 청구인이 2002.12.6. 경락받은 ○○도

○○시 ○○동 *-번지 토지에 건물을 신축하고 청구외법인이 임차하여 사용 하기로 하였다. 청구인은 2002.12.30. 위 경락받은 토지 지상에 건축허가를 받아 건물을 신축 (쟁점외부동산, 토지 1,085㎡ 건물 882㎡)하여 2003.5.2. ○○시로부터 사용승인을 받았으며, 청구외법인은 쟁점외부동산을 2003.5.26. 보증금 200백만원에 청구인과 임대차계약을 체결하였다. 청구외법인은 임차보증금을 쟁점고정자산(청구외법인의 기존 사업장)을 매각 하여 충당하기로 하고 매수자를 물색한 결과 (재)○○재단 에서 매수하겠다는 의사를 밝혀 2003.5.26. 쟁점금액에 양도하기로 매매계약을 체결하고 계약금 30백만원을 수령하였다. 청구외법인은 수령한 쟁점고정자산 매매계약금 30백만원과 보유현금 6백만원을 합하여 2003.5.26. 임차보증금 계약금 36백만원을 청구인의 ○○새마을금고 계좌에 입금시켰으며, 2003.6.16. 수령한 쟁점고정자산 매매잔금 150백만원은 임차보증금 중도금으로 청구인의 ○○은행계좌에, 나머지 임차보증금 잔금 14백만원은 2003.6.23. 청구인의 ○○새마을금고 계좌에 입금하였다. 청구외법인은 쟁점외부동산의 임차시설 중 냉동창고가 추가로 필요하여 청 구인에게 냉동창고의 신축을 요청하였으며, 청구인은 2003.6.18. 냉동창고 건 축허가를 받아 착공하였으나 당초 예정한 신축면적이 부족하여 2003.7.19. 증축허가를 변경하여 냉동창고를 준공하였다. 청구외법인은 냉동창고 신축으로 인하여 당초 예정보다 3개월 정도 지연된 2003년 9월 중순경 쟁점외부동산으로 사무실 및 창고를 이전하였으며, 법인소 재지 이전등기는 2003.9.25. 완료하였다. 청구외법인은 쟁점고정자산의 매매계약금과 잔금 수령시 계약금은 선급금으로, 잔금은 쟁점고정자산과 대체되는 회계처리를 하여야 함에도 불구하고 업무처리 미숙으로 입금된 금액을 가수금 계정으로 회계처리하였으며 결산시에도 본계정 으로 대체를 하지 않고 결산이 이루어졌다. 청구외법인은 2004.10.29. 쟁점고정자산 매각대금을 대표자 가수금 계정과 상계하는 방법으로 회수하고 전기오류수정이익으로 환입계상한 후 2003사업연도 법인세 수정신고시 쟁점금액을 익금산입하고 기타사외유출로 소득처분하여 신 고하였다. 상기와 같이 청구외법인은 신고누락한 쟁점고정자산 매각대금을 가수금 계정 으로 회계처리하여 임차보증금(2003.12.31. 대차대조표에 계상)으로 사용하였으나, 세무조사의 통지를 받기 전에 쟁점고정자산 매각대금을 그 귀속자에게 변제할 의무가 있는 가수금과 상계하는 방법으로 회수하고 세무조정으로 익금에 산입 하여 수정신고하였음에도 쟁점금액을 청구인에게 상여로 처분한 것은 부당하다.

청구인은 청구외법인이 쟁점고정자산 매각대금을 대표이사 가수금으로 처리하였으나, 2004.10.29. 수정신고시 익금산입하여 기타사외유출로 소득처분하였으므로 청구인에게 상여처분하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구외법인은 쟁점고정자산 매각대금을 익금산입하여 수정신고시 기타사외유출로 소득처분하였으므로 청구주장 이유 없고, 또한 처분청은 청구외법인이 수정신고하기 전인 2004.8.17.에 쟁점고정자산매각과 관련한 과세자료 소명안내문을 발송하였는바, 과세자료 소명안내문을 수령하고 수정신고한 것은 청구외법인 스스로 자기 잘못을 시정한 것이 아니고 세무조사를 면하기 위하여 수정신고한 것으로서 세무조사의 통지를 받은 후에 사외유출된 금액을 회수하여 수정신고한 것으로 보아야 할 것이므로 청구외법인이 쟁점고정자산 매각거래를 장부상 계상하지 아니하여 대표이사 가수금으로 회계처리한 쟁점고정자산 매각대금을 사외유출된 것으로 보아 그 귀속자인 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 청구인에게 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구외법인이 과세자료 소명안내문을 받은 후에 사외유출금액을 회수하여 익금산입하고 수정신고한 경우 사내유보로 처분할 것인지 여부
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결 정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․ 배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (1998.12.28. 개정) 2) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정된 것) ⓛ 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. (98.12.31. 개정)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자 에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호생략)에게 귀속된 것으로 본다. (이하 생략)

④ 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경 비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입 하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받은 후에 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2001.12.31 단서개정) 3) 법인세법 시행령 부칙 제17조【소득처분에 관한 적용례】(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정된 것) 제106조 제4항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 수정신고하는 분부터 적 용한다. 4) 국세기본법 제45조 【수정신고】 ⓛ 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. (94.12.22 개정)

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때 (94.12.22 개정) (이하 생략) 5) 국세기본법 제81조 의 6【세무조사의 사전통지와 연기신청】 ⓛ 세무공무원은 국세에 관한 조사를 위하여 당해 장부․서류 기타 물건 등을 조사하는 경우에는 조사를 받을 납세자(괄호 생략)에게 조사개시 7일 전에 조사대상 세목 및 조사사유 기타 대통령령이 정하는 사항을 통지하여야 한다. 다만, 범칙사건에 대한 조사 또는 사전통지의 경우 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다. (96. 12. 30. 신설) 6) 국세기본법 시행령 제63조 의 5【세무조사의 사전통지】 ⓛ 법 제81조의 6 제1항의 규정에 의하여 납세자 또는 납세관리인에게 세무조사에 관한 사전통지를 하는 경우에는 다음 각호의 사항을 기재한 문서로 하여야 한다. (96. 12. 31. 개정)

1. 납세자 또는 납세관리인의 성명과 주소 또는 거소 (96. 12. 31. 개정)

2. 조사기간 (96. 12. 31. 개정)

3. 조사대상 세목 및 조사사유 (96. 12. 31. 개정)

4. 삭 제 (2003. 12. 30.)

5. 기타 필요한 사항 (96. 12. 31. 개정) 7) 국세기본법 시행규칙 제35조 【세무조사의 사전통지】 ⓛ 영 제63조의 5에 규정하는 세무조사에 관한 사전통지는 별지 제54호 서식의 세무조사 사전통지서에 의한다. (97. 4. 4. 개정)

• 다. 사실관계 1) 청구외법인은 2003.5.26. 사업장으로 사용하던 쟁점고정자산을 (재)○○재단에 180백만원에 양도하기로 매매계약을 체결하고 계약당일 계약금 30백만원, 2003.6.16. 잔금 150백만원을 각각 수령하고 양도하였으나, 쟁점고정자산 매각을 기장 누락하고 쟁점고정자산 매각대금을 아래 <표 1>과 같이 대표자 가수금 입금으로 회계처리하여 2003사업연도 법인세 신고하였다. <표 1> 청구외법인의 쟁점고정자산 매각대금 회계처리(입금전표) 일 자 계정과목 적 요 금 액 출금(차변) 입금(대변) 2003.5.26. 가수금 대표자 일시가수 입금 30,000,000원 2003.6.16. 가수금 대표자 일시가수 입금 150,000,000원

2. 청구외법인은 쟁점고정자산 매매계약일과 같은 날인 2003.5.26. 청구인 소 유의 쟁점외부동산을 보증금 200백만원(계약금 36백만원, 2003.6.16. 중도금 150백만원, 2003.6.23. 잔금 14백만원)에 임차하기로 청구인과 임대차계약을 체 결하였으며, 아래 <표 2>와 같이 임차보증금을 지급하고 장부기장하였으며, 2003사업연도 법인세 신고시 제출한 대차대조표에 임차보증금 200백만원을 계상하였다. <표 2> 청구외법인의 임차보증금 지급 회계처리(출금전표) 일 자 계정과목 적 요 금 액 출금(차변) 입금(대변) 2003.5.26. 임차보증금 사무실임차보증금 지급 36,000,000원 2003.6.16. 임차보증금 사무실임차보증금 지급 150,000,000원 2003.6.23. 임차보증금 사무실임차보증금 지급 14,000,000원 3) 청구인이 임대보증금 수령 증빙으로 제시한 청구인의 통장거래내역을 보면, 2003.5.26. ○○새마을금고 예금계좌(000000-00-000000)에 36백만원, 2003.6.16. ○○은행 ○○지점 예금계좌(000000-00-000000)에 150백만원, 2003.6.23. ○○새마을금고 예금계좌(000000-00-000000)에 14백만원이 입금되었다. 4) 청구외법인은 2003.9.29. 쟁점외부동산으로 사업장 이전하였음이 국세통합전 산망의 사업자 세적변경 이력조회 및 법인등기부등본에 의해 확인되며, 청구인은, 청구외법인이 임차시설 중 냉동창고가 추가로 필요하여 2003.6.18. 쟁점외부동산에 창고시설(196㎡)의 건축허가를 받아 신축하다가 건축면적이 부족하여 2003.7.19. 창고시설 면적변경(326.5㎡) 건축허가를 받아 냉동창고를 신축하게 됨에 따라 청구외법인의 사업장 이전이 당초 예정 보다 지연되었다고 주장하며 쟁점외부동산의 창고시설 건축허가서를 제시하고 있는바, 청 구외법인이 2003.9.26. 법인등기부에 농축산물 판매업을 추가하고, 2003.9.29. 사업자등록에 부업종으로 소매/정육 및 소매/식료품을 추가한 점에 비추어 볼 때 냉동창고를 신축하게 됨에 따라 사업장 이전이 지연되었다는 청 구인의 주장은 신빙성이 있어 보인다.

5. 쟁점고정자산양도 과세자료는 2004.6.28. 국세청에서 일괄 전산출력한 “2003년 1～12월 등기분 법인양도자료 과세자료전”으로서 처분청은 2004.8.17. 청구외법인에게 쟁점고정자산양도 과세자료에 대한 신고 여부 소명을 요구하는 “법인세 등 과세자료 소명안내문”을 통지하였다. 6) 청구외법인은 2004.10.29. 아래 <표 3>과 같이 쟁점금액을 쟁점고정자산 대체 및 전기오류수정이익으로 계상하고 대표자 가수금과 상계하는 방법으로 사외유출금액을 회수하고, 2004.10.29. 세무조정으로 쟁점고정자산 매각대금을 익금산입(기타사외유출), 쟁점고정자산 장부가액을 손금산입(△유보)하여 2003사업연도 법인세 수정신고 및 납부하였음 <표 3> 청구외법인의 사외유출금액 회수 회계처리(대체전표) 일 자 차 변 대 변 계정과목 금 액 계정과목 금 액 2004.10.29. 가 수 금 감가상각누계액 180,000,000원 2,498,832원 토 지 건 물 전기오류수정이익 18,949,169원 24,027,238원 139,522,425원

• 라. 판 단 1) 법인세법시행령 제106조 제4항 (2003.12.30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것) 단서에 의하면 내국법인이 세무조사의 통지를 받은 후에 사외유출된 금액을 회수하고 익금에 산입하는 경우 2002.1.1. 이후 수정신고분부터 사내유보로 처분할 수 없도록 규정하고 있다. 2) 그런데, 청구외법인은 처분청으로부터 쟁점고정자산 매각거래에 대한 신 고여부 소명을 요구 하는 과세자료 소명안내문을 받고 수정신고 하였는바, 과세자료 소명안내문은 세무행정 과정에서 발생된 과세자료에 대하여 자 료의 내용대로 과세하기 전에 일정한 기한을 두고 납세자에게 해명의 기회를 부여하는 통지로서 과세자료 소명안내의 통지를 받은 경우는 당해 과세자료의 조세탈루혐의 내 용이 적시되어 있는 통지를 받는다는 점에 비추어 볼 때 전시한 법령에서 소득처분의 특례를 배제하도록 규정하고 있는 세무조사의 통지를 받은 경우보다 조세탈루사항에 대해 더 구체적이고 명확한 통지를 받은 경우에 해당한다 할 것이므로, 청구외법인이 쟁점고정자산 매각거래에 대한 과세자료 소명안내문을 받고 수정신고한 것은 스스로 자기 잘못을 시정한 것이 아니고 조세탈루사항에 대한 상여처분을 면할 목적으로 수정신고 한 것으로서 세무조사의 통지를 받은 후 에 사외유출된 금액을 회수하고 익금산입한 경우와 달리 볼 이유가 없다 할 것이다. 3) 따라서 처분청이 쟁점고정자산 매각대금에 대하여 그 귀속자인 청구인에게 상여처분하여 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 정당하고 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.