추계과세의 당부

○○세무서장이 2005.10.14. 청구인에게 한 2000년 과세연도 종합소득세 10,126, 550원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구인은 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌라 ○○호에서 ○○○○이라는 상호로 해상운송주선업(이하 “쟁점사업”라 한다)을 운영하다 2006. 2.24. 폐업한 개인사업자로서, 2000년 과세연도 수입금액을 운송의뢰인으로부터 수령한 총수입금액 116,167,226원에서 이에 대응되는 지급운송료 94,238,237원을 차감한 21, 928,989원(이하 “수입금액”이라 한다)으로 하고 필요경비 16,841,469원, 소득금액 5,087,520원으로 기장한 간편장부에 의하여 종합소득세를 신고․납부 하였으나, 처분청은 청구인이 2000년 과세기간에 신고한 매출세금계산서 발행 금액 102,392, 315원(이하 “쟁점수입금액”이라 한다)을 총수입금액으로 보아 표준 소득률에 의한 소득금액 35,530,132원으로 추계결정하여 2005.10. 4. 청구인에게 2000년 과세연도 종합소득세 10,126,550원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 1.16. 이의신청을 거쳐 2006. 4. 7. 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인이 2000년 과세연도 종합소득세를 신고한 수입금액 21,928,989원은 청구인이 운송의뢰인으로부터 수령한 총괄운송수입금액에서 이에 대응되는 지급운송료를 차감한 금액이며, 청구인이 비치․기장한 장부와 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산하여 종합소득세를 정당하게 신고․납부하였음에도 불구하고, 처분청이 부가가치세 과세표준인 매출세금계산서 발행금액을 총수입금액으로 보아 소득금액을 추계하여 종합소득세 과세표준 및 세액을 결정한 것은 부당하다.
• 나. 또한, 처분청은 소득금액을 추계결정하면서 쟁점사업의 표준소득률을 화물중개 및 대리(코드번호 630902, 표준소득률 34.7%)업종의 소득률을 적용하였으나, 서비스/화물운송대행(코드번호 630901, 표준소득률 25.3%)업종의 소득률을 적용하는 것이 타당하므로 과세표준 및 세액을 재경정하여야 한다.(예비적 청구)

• 가. 청구인은 운송주선수수료 21,928,989원에 대하여만 세금계산서를 발행하지 아니하고, 운송운임 및 운송주선수수료 전액 102,392,315원에 대하여 세금계산서를 발행하였으며, 지급운송료 전액에 대하여 세금계산서를 교부받았으므로 쟁점수입금액을 총수입금액으로 보아 소득금액을 추계 결정한 당초 처분은 정당하다.
• 나. 또한, 쟁점사업에 대한 표준소득률 적용코드는 청구인이 사업개시부터 폐업 시까지 부가가치세 및 종합소득세 신고 시 운송주선업에 대한 업종코드번호(630902)를 사용하여 왔으며, 청구인에게 불리하다 하여 임의로 표준소득률의 업종코드를 변경할 수 없는 것이므로 운송주선업에 대한 표준소득률을 적용하여 소득금액을 추계 결정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 운임 및 알선수수료를 화주로부터 받아 화물을 운송하게 하고 운임을 지불하는 운송알선업자의 총수입금액을 운임을 포함한 금액으로 할 것인지 용역의 대가인 알선수수료만으로 할 것인지 여부와

2. 예비적 청구로 쟁점사업에 대한 소득금액 추계결정시 표준소득률 적용이 잘못되었는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. (1993.12.31. 개정)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

④ 대통령령이 정하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니할 수 있다. (1994. 12.22. 개정)

⑤ 제1항 및 제3항외에 세금계산서의 작성ㆍ교부에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994.12.22. 개정)

○ 부가가치세법 시행령 제53조 【세금계산서】

① 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의하여 세금계산서에 기재할 사항은 다음 각호와 같다.

2. 공급받는 자의 상호ㆍ성명ㆍ주소 2의 2. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목 (1982.12.31. 신설)

5. 공급연월일 (2000.12.29. 개정)

○ 부가가치세법 시행령 제58조 【위탁판매 등의 경우의 세금계산서의 교부】

① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도하는 때에는 수탁자 또는 대리인이 세금계산서를 교부하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 교부할 수 있다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다. (1983.12.29. 개정)

② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부한다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다.

⑦ 용역의 공급에 대한 주선ㆍ중개의 경우에는 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다. (2001.12.31. 항번개정)

○ 부가가치세법 기본통칙 16-58-6 【화물운송주선의 경우 세금계산서 교부】 운송주선용역을 공급하는 사업자가 불특정다수인의 화주와 운송위탁계약을 체결하여 화주로부터 화물ㆍ운임 및 주선수수료를 받아 운수업자로 하여금 화물을 운송하게 하고 그 운임을 지불하는 경우 세금계산서의 교부는 다음 각호와 같이 한다. (1998. 8. 1. 개정)

1. 운송주선사업자는 운송주선용역을 공급받는 자(화주 또는 운송업자)에게 운송주선용역의 대가인 수수료에 대하여 세금계산서를 교부하고 화물운송계약이 확정될 때에 운송업자의 명의로 화주에게 화물운송용역에 대한 세금계산서를 교부한다. 이 경우 화물운송주선업자의 등록번호를 비고란에 부기한다. (1998. 8. 1. 개정)

2. 화물운송업자는 화물운송주선업자가 화물운송업자의 명의로 세금계산서를 교부하지 아니한 경우에 한하여 화주에게 세금계산서를 교부한다. (1998. 8. 1. 개정)

○ 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】

① 부동산임대소득금액․사업소득금액․일시재산소득금액․기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

○ 소득세법 시행령 제55조 【부동산임대소득 등의 필요경비의 계산】

① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각호의 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용 외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다. (1998.12.31. 개정)

27. 제1호 내지 제26호의 경비와 유사한 성질의 것으로서 당해 총수입금액에 대응하는 경비.

○ 소득세법 제80조 【결정과 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때 8) 소득세법 제80조 및 같은 법 시행령 제143조, 제145조의 규정에 의하여 2000년 과세연도에 적용할 여행알선 및 운수관련 서비스업종의 표준소득율은 아래 <표>와 같다. <표> 2000년 과세연도 업종별 표준소득율 코드번호 종 목 적용범위 및 기준 일반율 세분류 세세분류 630901 기타운수 관련대리 서비스업 화물운송 대 행 직접 운수사업체를 갖지 않고 수수료 또는 계약에 의해 화물운송에 관한 책임을 지고 탁송자로부터 수령자에게 화물운송을 대행하는 업 25.3% 630902 화물중개 및 대리 ․수수료 또는 계약에 의하여 화물운송에 관련 된 중개 및 대리 서비스를 제공하는 업 ․통관 및 관세중개, 화물증서 작성 및 결산 ․화물운임 정보서비스 34.7%

○ 부가46015-4784, 2000.12.19.; 재소비46015-84, 1995.04.15. 운송주선업을 영위하는 사업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하여 자기명의로 항공화물운송장등을 발급하고 자기책임 하에 타인의 운송수단을 이용하여 출발지에서 도착지까지 운송용역을 하나의 용역으로 연결하여 국제간의 화물을 운송하여주고 화주로부터 화물운송용역에 대한 대가를 받는 경우 당해 운송주선업을 영위하는 사업자는 화주에게 부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의하여 운송용역의 대가에 대하여 세금계산서를 교부(공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인인 경우 제외)하여야 하는 것임.

○ 부가46015-1795, 1994.09.03. 운송주선업자의 세금계산서 교부는 원칙적으로 부가가치세법 기본통칙 5-2-16-16 (현 16-58-6)과 같이 하는 것이나, 운송주선업자가 상법 제116조 의 규정에 따라 주선업자의 책임 하에 타인의 화물을 직접운송할 것을 약정하고 동 화물을 운수업자에게 의뢰하여 운송하는 경우 화주에게는 화주로부터 받은 운임전액에 대하여 주선업자의 명의로 세금계산서를 교부하고 동 운임 전액을 주선업자의 부가가치세 과세표준으로 계상하며, 운수업자로부터는 주선업자의 명의로 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제받을 수 있는 것임.

○ 소득22601-2885, 1988.10.10. 운송위탁계약에 의하여 화주로부터 화물운임 및 알선수수료를 받아 운송사업자로 하여금 화물을 운송하게 하고 그 운임을 지불하는 운송알선사업을 영위하는 사업자는 부가가치세법 기본통칙 5-2-16(현16-58-6)에 규정하는 바에 따라 세금계산서를 교부하여야 하는 것이며, 이 경우 운송알선사업자는 용역 대가인 수수료만을 총수입금액으로 계상하는 것임.

○ 상법 제116조 【개입권】

① 운송주선인은 다른 약정이 없으면 직접 운송할 수 있다. 이 경우에는 운송주선인은 운송인과 동일한 권리의무가 있다.

② 운송주선인이 위탁자의 청구에 의하여 화물상환증을 작성한 때에는 직접 운송하는 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계

• 가) 청구인은 2000년 과세연도 종합소득세를 간편장부에 의하여 총수입금액 21, 928,989원, 필요경비 16,841,469원, 소득금액 5,087,520원으로 산정하여 신고한 사실이 종합소득세신고서 전산조회결과 및 간편장부 소득금액계산서에 의하여 확인된다.
• 나) 청구인의 2000년 과세연도 종합소득세 신고 및 부가가치세 신고상황은 전산조회결과 아래 <표1>과 같이 확인되고 있다. <표1> 종합소득세 및 부가가치세 신고상황 (단위: 천원) 구 분 종 합 소 득 세 부가가치세 신고유형 업종코드 총수입금액 필요경비 소득금액 매 출 매 입 2000년 간편장부 630902 21,928 16,841 5,087 102,392 94,946
• 다) 위와 같이 청구인의 종합소득세 및 부가가치세 신고상황을 보면 청구인은 화주로부터 받은 운임 및 알선수수료 전액에 대하여 청구인 명의로 화주에게 세금계산서를 교부하고, 운임에 대하여 운수업자로부터 청구인 명의로 세금계산서를 교부받아 부가가치세를 신고하였으며, 종합소득세 총수입금액은 청구인의 용역대가인 수수료만을 총수입금액으로 계상한 간편장부에 의하여 소득금액을 산정하여 종합 소득세를 신고한 것으로 확인된다.
• 라) 청구인이 쟁점사업에 대하여 운송료를 포함한 총수입금액에 의하여 합계잔액시산표 및 손익계산서를 작성하여 추가로 제시한 2000년 과세연도 소득금액은 아래 <표2>와 같다. <표2> 운송료 포함한 총수입금액 및 소득금액 (단위: 천원) 구 분 소 득 금 액 매 출 액 운송원가 매출총이익 판 관 비 당기순이익 2000년 116,167 94,238 21,929 16,841 5,087
• 마) 처분청은 서비스/해상운송주선업을 운영한 청구인에 대한 “2000년 귀속 소득합산 2표”에 대한 과세자료 처리과정에서 청구인이 신고한 2000년 과세기간 부가가치세 과세표준을 소득세법상 총수입금액으로 보아 표준소득률(업종코드번호 630902, 소득률 34.7%)을 적용하여 추계로 소득금액을 결정한 사실이 “종합소득세결정결의서”에 의하여 확인되고 있으며, 청구인은 부가가치세 신고 시 매출세금계산서 발행금액 전체를 서비스/화물중개및대리업의 수입금액으로 신고한 사실이 부가가치세신고서 전산조회결과 확인되고 있다.
• 바) 이 건 쟁점사업에 대한 표준소득률 적용 적정 여부에 대한 예비적 청구는 청구인은 2000년 과세연도 종합소득세를 비치․기장한 장부에 의하여 소득금액을 계산하여 신고한 것으로 확인되므로 심리제외 한다.

○ 판단 운송주선용역을 공급하는 사업자가 불특정다수인의 화주와 운송위탁계약을 체결하여 화주로부터 화물운임 및 주선수수료를 받아 운수업자로 하여금 화물을 운송하게 하고 그 운임을 지불하는 경우 세금계산서의 교부는 “운송주선사업자는 운송주선용역을 공급받는 자(화주 또는 운송업자)에게 운송주선용역의 대가인 수수료에 대하여 세금계산서를 교부하고 화물운송계약이 확정될 때에 운송업자의 명의로 화주에게 화물운송용역에 대한 세금계산서를 교부하는 것이나,(부가가치세법 기본통칙 16-58-16, 화물운송 주선의 경우 세금계산서 교부) 운송주선업자가 상법 제116조 의 규정에 따라 주선업자의 책임 하에 타인의 화물을 직접 운송할 것을 약정하고 동 화물을 운수업자에게 의뢰하여 운송하는 경우 화주에게는 화주로부터 받은 운임전액에 대하여 주선업자의 명의로 세금 계산서를 교부하고 동 운임 전액을 주선업자의 부가가치세 과세표준으로 계상 하며, 운수업자로부터 주선업자의 명의로 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제받을 수 있는 것이며,(부가46015-1795, 1994.09.03. 같은 뜻) 이 경우 운송알선업자는 용역대가인 수수료만을 총수입금액으로 계상하는 것이므로(소득22601-2885, 1988.10.10. 같은 뜻) 청구인이 용역대가만을 총수입금액으로 하여 2000년 과세연도 종합소득세를 신고한 것은 정당함에도 처분청은 청구인에 대한 “2000년 귀속 소득합산2표”를 처리하는 과정에서 청구인이 간편장부에 의하여 종합소득세를 신고한 사실이 전산조회결과 확인 되고, 2000년 과세연도 종합소득세 총수입금액과 부가가치세 과세표준이 일치하지 아니한 사실이 신고상황에 의하여 확인되고 있음에도 불구하고, 청구인이 화주로부터 받은 화물운송용역에 대한 대가가 총수입금액에 포함되어 있는지 여부를 확인하지 아니하고 청구인이 신고한 부가가치세 과세표준을 총수입금액으로 보아 표준소득률에 의하여 소득금액을 추계하여 종합소득세 과세표준과 세액을 결정하였다. 따라서 청구인이 신고한 부가가치세 과세표준 102,392천원과 종합소득세 총수입금액 21,928천원의 차이가 적정한지 여부에 대하여 확인하는 것은 별론으로 하더라도, 처분청이 청구인의 2000년 과세연도 종합소득세 과세표준과 세액을 부가가치세 과세표준에 의하여 소득금액을 추계 결정한 것은 사실관계 및 법리를 오인한 잘못된 처분으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.