당해연도 신규사업자에 대한 수입금액 증가 등에 대한 세액공제 가능여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 2003. 1. 3.부터 ○○치과의원이라는 상호로 치과 의료업을 영위하는 사업자로, 2003년 과세연도 종합소득세 신고 시 조세특례제한법 제122조 에 의한 수입금액 증가 등에 대한 세액공제(이하 “수입금액증가 세액공제”라 한다)를 신청하면서 같은법 동조 제2항 제2호를(이하 “제2호 규정”이라 한다) 적용하여 계산한 공제세액 2,235,521원을 신고․납부한 후, 같은법 동조 동항 제1호(이하 “제1호 규정”이라 한다)를 적용하여 계산한 공제세액 11,177,607원을 2005. 6.23. 경정청구 하였다. 처분청은 당해 사업연도에 신규로 사업을 개시한 사업자가 제2호 규정을 적용하여 계산한 금액으로 수입금액증가 세액 공제한 당초 신고는 적법한 것이므로 경정이유가 없다는 뜻을 청구인에게 통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.11. 4. 이의신청을 거쳐 2006. 3. 7. 이 건 심사청구를 제기하였다.

당해 사업연도 신규사업자인 경우에도 수입금액 증가세액 공제 시 조세제한특례법 제122조 제3항의 규정에 의거 동조 제1호 규정 및 제2호 규정에 의하여 계산한 공제 금액 중 사업자가 선택하여 공제가 가능한 것으로 보아야 함에도 제2호 규정만 적용되는 것으로 해석하여 경정의 이유 없다는 통지를 한 처분은 부당하다.

당해 사업연도 신규사업자에 대한 수입금액 증가세액 공제는 신용카드에 의한 수입금액이 있는 경우, 조세특례제한법 제122조 의 제3항의 규정에 의하여 그 중 사업자가 선택한 하나의 수입금액에 대하여 제2호 규정을 적용하는 것이므로(서일46 011-10693, 2002. 5.22.) 당초 경정의 이유가 없음을 통지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 당해 사업연도 신규사업자에 대하여 제1호 규정을 적용하여 계산한 공제금액으로 수입금액 증가 등에 대한 세액공제를 받을 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제122조 (2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 【수입금액의증가 등에 대한 세액공제】

① 삭 제 (2001.12.29.)

② 여신전문금융업법에 의한 신용카드가맹점인 사업자 또는 판매시점정보관리시스템설비를 도입한 사업자중 부동산임대소득 또는 사업소득(이하 이 조에서 “사업소득등”이라 한다)이 있는 거주자(이하 이 조에서 “사업자”라 한다)로서 대통령령이 정하는 자 또는 전자거래기본법에 의한 사이버몰을 통하여 대통령령이 정하는 전자적 방법으로 재화와 용역을 거래(이하 “전자상거래”라 한다)하는 자로서 대통령령이 정하는 자가 2003년 12월 31일까지 신용카드(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 의한 수입금액, 판매시점정보관리시스템설비에 의한 수입금액 또는 전자상거래에 의한 수입금액(이하 이 항에서 “전자상거래 등 수입금액”이라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 1의 방법에 의하여 계산한 금액 중 하나를 선택하여 그 금액을 당해 과세연도의 소득세에서 공제받을 수 있다. (2002.12.11. 개정)

1. 종합소득과세표준확정신고시 신고한 사업장별 전자상거래 등 수입금액이 직전 과세연도의 전자상거래 등 수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액(사업장별 총수입금액의 증가분을 한도로 한다)의 100분의 50에 상당하는 금액이 당해 사업장의 총수입금액에서 차지하는 비율을 당해 사업장의 사업소득 등에 대한 종합소득산출세액에 곱하여 계산한 금액 (2000. 12. 29 개정)

2. 종합소득과세표준확정신고시 신고한 사업장별 전자상거래 등 수입금액의 100분의 10에 상당하는 금액이 당해 사업장의 총수입금액에서 차지하는 비율을 당해 사업장의 사업소득 등에 대한 종합소득산출세액에 곱하여 계산한 금액 (2002.12.11. 개정)

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 동일한 사업장에서 신용카드에 의한 수입금액, 판매시점정보관리시스템설비에 의한 수입금액 및 전자상거래에 의한 수입금액 중 둘 이상의 수입금액이 있는 경우에는 그 중 사업자가 선택한 하나의 수입금액에 대하여만 동항 제1호 또는 동항 제2호의 규정을 적용한다. (2001. 8.14. 개정)

○ 조세특례제한법 시행령 제117조 (2005. 2.19. 대통령령 제18704호로 개정되기 전의 것) 【수입금액의 증가등에 대한 세액공제】

① 법 제122조 제2항 제1호의 규정은 동 세액공제를 받고자 하는 과세연도의 직전과세연도종료일부터 소급하여 1년 이상 계속하여 당해 사업을 영위한 자에 한하여 적용할 수 있다. (2003.12.30. 신설)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인은 2003. 1. 3. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○마트 ○○점 2층에서 치과 의료업을 개업한 계속사업자임이 국세전산통합망에 의하여 확인된다.

2. 청구인은 2003년 사업연도 종합소득세 신고 시 종합소득세 산출세액에서 수입금액증가 세액공제를 하면서 조세특례제한법 제122조 제2항 제2호 규정을 적용하여 계산한 금액(2,235,521원)으로 신고․납부한 후 2005. 6.23. 동조 동항 제1호 규정을 적용하여 재계산한 금액(11,177,607원)으로 경정청구한 사실이 종합소득세신고서, 수입증가 등 세액공제신청서, 경정청구서에 의해 아래 【표1】과 같이 확인된다. 【표1】 2003년 사업연도 종합소득세 신고현황 (단위: 천원) 구 분 수입금액 과세표준 산출세액 증가소득 세액공제 납부할 세액 당초신고 469,635 127,815 34,313 2,236 29,362 경정청구 469,635 127,815 34,313 11,177 20,420 ※ 수입금액 중 신용카드 수입금액은 305,968천원 임.

3. 청구인은 2003년 사업연도에 신규로 개업한 사업자의 경우 조세특례제한법 시행령 제117조 제1항 의 신설조항(신용카드가맹점사업자의 1년 이상 계속사업자 요건)이 2004. 1. 1. 이후 개시되는 사업연도 소득분부터 적용되는 것이므로 2003년 사업연도 소득분은 당해 연도 신규개업자라 할지라도 같은법 제122조 제3항의 규정에 의거 제1호 규정과 제2호 규정을 선택하여 적용할 수 있는 것으로 주장하나, 제1호 규정을 살펴보면 ‘종합소득세과세표준 확정신고 시 신고한 사업장별 전자상거래 등 수입금액이 직전 과세연도의 전자상거래 등 수입금액을 초과하는 경우’라고 명시되어 있어 당해 사업연도에 신규로 사업을 개시한 사업자는 적용대상에서 배제되는 것(같은 뜻 서면1팀-1141, 2005. 9.27. 외)으로, 수입금액증가 세액공제 제도는 직전 과세기간의 수입금액에 비해 당해 과세연도의 수입금액이 현저히 증가한 경우 납세자에게 세부담의 증가를 완화하기 위해 도입된 규정임을 감안하여 볼 때 직전 사업연도에 수입금액이 영(零)인 것과 사업을 영위하지 아니하여 수입금액 자체가 없는 것을 동일하게 보아 공제세액을 계산하는 것은 적정하지 아니한 것으로 봄이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.