본사에서 지급한 판매장려금의 일부를 대리점의 사업소득으로 본 사례

○○세무서장이 2005.07.01. 청구인에게 경정·고지한 2003년 귀속 종합소득세 44,381,780원의 부과처분은 사업소득금액에서 100,487,950원을 차감하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

내용 청구인은 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 개업일인 1989.05.06. 이후 빙과류 도매업체인 ○○특약점을 운영하는 사업자이다. 처분청은 서울특별시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지의 빙과류 제조업체인 (주)○○(이하 “본사”라 한다)이 청구인에 대한 판매장려금으로 계상한 154,551,750원을 손금에 산입하여 2003년 사업연도 법인세 신고를 하였는데, 청구인이 동(同)금액 중 109,691,750원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 사업소득 총수입금액에 산입하지 않고 2003년 귀속 종합소득세 신고를 한 사실을 발견하고, 쟁점금액에 대한 2003년 귀속 종합소득세 44,381,780원을 2005.07.01.에 청구인에게 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.08.03.에 이 건 심사청구를 하였다.

본사, 대리점을 운영하는 청구인 및 청구외 ○○○(71**-1****)이 ○○광역시시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 운영한 ○○편의점을 포함한 20개의 소매점들(이하 “쟁점소매점들”이라 한다)의 3자는 사전에 거래약정을 체결하고, 쟁점소매점들이 본사가 대리점을 통하여 공급하는 제품을 약정기간 동안 개별적으로 정한 계약목표 이상 판매하는 경우에는 본사가 직접 쟁점소매점들에 장려금(이하 “본사지급장려금”이라 한다)을 지급하고, 청구인도 본사로부터 면제받은 매입채무 중 일부를 다시 쟁점소매점들에 장려금(이하 “대리점지급장려금”이라 한다)으로 지급하기로 하였다. 쟁점금액 중 (i) 59,350,000원(이하 “쟁점금액①”이라 한다)은 본사지급장려금이고 (ii) 47,550,000원(이하 “쟁점금액②”라 한다)은 대리점지급장려금이고 (iii) 2,598,750원(이하 “쟁점금액③”이라 한다; 쟁점금액①～쟁점금액③의 합은 109,498,750원으로 쟁점금액과 일치하지는 않음)은 판매활동에 사용하기 위해 본사로부터 지급받은 주유상품권의 가액인데, 쟁점금액①～쟁점금액③은 청구인의 총수입금액에 해당하지 않고, 청구인이 총수입금액에 대응하는 필요경비도 계상하지 않았으므로, 청구인이 쟁점금액①～쟁점금액③을 사업소득금액에서 누락한 것으로 본 이 건 과세처분은 부당하다.

본사와 청구인이 쟁점금액①과 쟁점금액②를 쟁점소매점들에 지급한 객관적인 증빙을 확인할 수 없으므로, 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 본사에서 판매장려금으로 계상한 쟁점금액을 청구인의 사업소득 총수입금액에 포함하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

○ 소득세법 제24조 【총수입금액의 계산】

① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다.

③ 총수입금액의 계산에 있어서 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법시행령 제51조 【총수입금액의 계산】

③ 사업소득에 대한 총수입금액의 계산은 다음 각호에 의한다.

2. 거래상대방으로부터 받는 장려금 기타 이와 유사한 성질의 금액은 총수입금액에 이를 산입한다.

○ 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】

① … 사업소득금액 …의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

○ 소득세법시행령 제55조 【부동산임대소득 등의 필요경비의 계산】

① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각호의 것으로 한다.

17. 거래수량 또는 거래금액에 따라 상대편에게 지급하는 장려금 기타 이와 유사한 성질의 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 주장하는 본사지급장려금과 대리점지급장려금의 지급내역은 아래의 (표1)과 같다. (표1) 청구인이 주장하는 쟁점소매점들에 대한 판매장려금 지급내역 연번 상호(쟁점소매점들) 사업자등록번호 계약시작일 계약매출 지급일 본사지급장려금 대리점지급장려금 1

○○편의점 122-08-00000 2003.01.01. 25,000,000 2003.03.04. 3,000,000 2.000,000 2

○○수봉점 121-08-00000 2003.01.01. 15,000,000 2003.03.03. 1,800,000 1,200,000 3

○○슈퍼 121-05-00000 2003.01.01. 20,000,000 2003.03.03. 1,800,000 1,200,000 4

○○슈퍼 139-02-00000 2003.01.01. 40,000,000 2003.05.13. 2,400,000 1,600,000 5

○○마트 121-10-00000 2003.01.18. 25,000,000 2003.05.13. 4,800,000 3,200,000 6

○○마트 131-05-00000 2003.04.01. 20,000,000 2003.05.13. 2,400,000 1,600,000 7

○○마트 121-10-00000 2003.04.10. 60,000,000 2003.05.28. 7,200,000 4,800,000 8

○○슈퍼 131-16-00000 2003.04.01. 20,000,000 2003.05.27. 2,400,000 1,600,000 9

○○마트 136-01-00000 2003.06.01. 40,000,000 2003.08.19. 3,000,000 3,000,000 10

○○마트 131-07-00000 2003.06.01. 30,000,000 2003.08.27. 2,000,000 2,000,000 11

○○마트 137-11-00000 2003.06.01. 20,000,000 2003.08.20. 1,500,000 1,500,000 12

○○유통 121-09-00000 2003.06.01. 30,000,000 2003.08.27. 1,500,000 1,500,000 13

○○슈퍼 137-04-00000 2003.06.01. 40,000,000 2003.08.20. 1,500,000 1,500,000 14

○○매점 580805-0000000(cf1) 2003.06.01. 30,000,000 2003.09.08. 1,500,000 1,500,000 15

○○유통 137-02-00000 2003.08.01. 40,000,000 2003.10.01. 2,000,000 2,000,000 16

○○마트 121-10-00000 2003.09.01. 50,000,000 2003.10.07. 2,450,000 2,450,000 17

○○유통 121-10-00000 2003.07.01. 60,000,000 2003.10.15. 7,200,000 4,800,000 18

○○유통 121-06-00000 2003.11.01. 50,000,000 2003.12.23. 2,500,000 2,500,000 19

○○유통 121-11-00000 2003.10.01.(cf2) 50,000,000 2003.12.23. 2,400,000 1,600,000 20

○○마트(cf3) 121-09-00000 2003.11.01.(cf4) 120,000,000 2003.12.23. 6,000,000 6,000,000 계 59,350,000 47,550,000 (cf1) 청구외 ○○○(58**-1****)이 사업자등록을 하지 않고 운영함. (cf2) 계약기간: 2003.10.01.～2006.03.31. (2년 6개월) (cf3) 2005.04.04.에 사업장을 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 현재의 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지로 이전하면서 상호를 “○○마트”(약정서 및 확인서상의 상호)에서 “○○마트”로 변경하였음 (cf4) 계약기간: 2003.11.01.～2005.12.31. (2년 2개월)

(2) 청구인이 제출한, 본사와 청구인 및 ○○편의점을 폐업일인 2003.04.08.까지 운영한 ○○○이 2003.01.01.에 작성한 거래약정서의 주요한 내용은 아래와 같다. 청구인이 제출한, 본사와 청구인이 다른 쟁점소매점들과 작성한 거래약정서도 표준양식을 사용하여 할인비율, 계약매출금액, 본사지급장려금, 대리점지급장려금 및 약정기간 등을 제외하면 그 내용은 같다.

① “을”(○○편의점)은 “병”(청구인)을 통하여 “갑”(본사)이 생산하는 제품(빙과류)만을 진열 판매하여야 한다. (제2조 제1항)

② “갑”은 “병”을 통하여 “을”에게 “갑”의 소매점에 공급하는 기준가격(75원)의 D/C(6.7)%로 제품을 공급하며 “을”은 “병”의 공급제품 대금을 당일 단위로 현금으로 결재하여야 한다. (제2조 제2항)

③ “을”은 “갑”이 “병”을 통하여 공급하는 제품을 약정기간 동안 25,000,000원(부가가치세 제외) 이상 판매하여야 한다. (이하 “계약목표”라 한다) (제2조 제3항)

④ “갑”은 “을”이 제2조 각항을 성실히 이행하는 조건으로 장려금(3,000,000원)을 지급한다. (제3조 제1항)

⑤ “병”은 “을”이 제2조 각항을 성실히 이행하는 조건으로 장려금(2,000,000원)을 지급한다. (제3조 제2항)

⑥ 다음의 각항이 정하는 바에 따라 “을”은 “갑”과 “병”에게 각각 제3조의 장려금을 반환하여야 하며 만약 “을”이 반환 못할시 “병”은 “갑”에게 제3조 제1항 장려금을 반환하여야 한다. (제4조 본문)

• 약정 만료전 “을”의 부득이한 사정으로 사업장을 폐쇄하여 더 이상 거래할 수 없는 경우, 지급당시의 장려금 중 계약목표 달성율에 해당하는 금액을 제외한 금액. (제4조 제1항)

⑦ 본 약정의 유효기간은 2003년 1월 1일부터 2004년 12월 31일까지로 한다. (제9조 제1항)

⑧ 약정기간 동안 제2조 제3항의 계약목표 미달성시에는 계약목표 달성시까지 약정기간이 자동 연장되는 것으로 한다. (제9조 제2항)

(3) 심리과정에서 통화한 바에 의하면 본사는 각각의 거래약정서를 청구인이 제시한 내용과 같이 작성하였다고 하며, 각각의 쟁점소매점들에게 청구인이 주장하는 본사지급장려금(그 합계는 59,350,000원(쟁점금액①)임)을 무통장입금하였다고 ((표1)의 지급일이 각각의 무통장입금일임) 하면서 증빙으로 각각의 본사지급장려금이 기재된 쟁점소매점들에 대한 무통장입금증 20매를 제출하였다.

(4) 역시 심리과정에서 통화한 바에 의하면 본사는 2003년 사업연도에 청구인의 매입채무 47,743,000원(=109,691,750원(쟁점금액) - 59,350,000원(쟁점금액①) -2,598,750원(쟁점금액③))을 면제하면서 비용인 판매장려금으로 계상하였으며, 월별 계상내역은 아래의 표와 같다고 한다. 1월 888,000원 5월 2,473,000원 9월 2.676.000원 2월 1,123,000원 6월 6,159,000원 10월 5,321,000원 3월 1,578,000원 7월 6,425,000원 11월 1,079,000원 4월 2,179,000원 8월 8,173,000원 12월 9,669,000원

(5) 국세통합전산망에 의하면 20명의 쟁점소매점들 중에서 ((표1)에서 연번과 상호에 음영으로 표시한) 5명의 사업자는 이미 폐업한 것으로 확인된다. 청구인은 쟁점소매점들 중에서 4명의 폐업자를 제외한 16명으로부터 확인서를 받아서 제출하였는데 (폐업자 중에서도 ○○슈퍼를 운영한 청구외 ○○○(68**-2 ****)은 확인서를 제출함) 동(同)확인서들에는 각각의 소매점 운영자들이 본사와 청구인으로부터 청구인이 주장하는 본사지급장려금과 대리점지급장려금을 지급받은 것으로 기재되어 있다.

(6) 청구인은 본사로부터 면제받은 매입채무 47,743,000원 중 47,550,000원(쟁점금액②)을 개별적인 거래약정서의 내용에 따라 각각의 쟁점소매점들에게 현금으로 지급하였다고 한다. 심리과정에서 20명의 쟁점소매점들과 각각 통화한 바에 의하면, 대부분 (표1)의 내용과 같이 2003년에 본사지급장려금과 함께 청구인이 주장하는 대리점지급장려금을 지급받았다고 하지만 (i) 2005.04.28.까지 ○○마트((표1)의 연번 7)를 운영한 청구외 ○○○(67**-1**)은 대리점지급장려금으로 청구인이 주장하는 4,800,000원이 아닌 2,800,000원을 지급받았다고 하고 (ii) 2004.10.10.까지 ○○슈퍼((표1)의 연번 8)를 운영한 청구외 ○○○(77-2**)은 연락이 되지 않았고 (가족들과 통화한 바에 의하면 사기사건에 연루되어 현재 도피중이라고 함) (iii) ○○마트((표1)의 연번 10)을 운영하는 청구외 ○○○(62-1**)은 대리점지급장려금으로 현금 2,000,000원이 아닌 현물(빙과류) 1,000,000원을 지급받았다고 하고 (iv) ○○유통((표1)의 연번 12)을 운영하는 청구외 ○○○(66-2**)은 별도의 대리점지급장려금은 지급받지 않았다고 하고 (v) 2003.11.01.까지 ○○유통((표1)의 연번 15)을 운영한 청구외 ○○○(56-1****)은 연락이 되지 않았다. 즉, 청구인이 주장하는 현금으로 지급한 대리점지급장려금(47,550,000원(쟁점금액②)) 중 거래상대방인 쟁점소매점들에서 지급사실을 부인하고 있는 금액은 4,500,000원{=(4,800,000-2,800,000원)+(2,000,000원-1,000,000원)+1,500,000원}이며, 지급사실을 확인할 수 없는 금액은 3,600,000원(=1,600,000+2,000,000원)이므로, 지급사실을 확인할 수 있는 금액은 39,450,000원(=47,550,000원-4,500,000원-3,600,000원; 이하 “쟁점금액②-ⓐ”라 한다)이다.

(7) 심리과정에서 통화한 바에 의하면 본사는 2003년 사업연도에 청구인에게 부정기적으로 1매당 4,950원의 주유상품권을 지급하였다고 하면서 증빙으로 7매의 인수증과 비망기록을 제출하였는데, 그 내용은 다음 쪽의 표와 같다. 지급일 지급 매수 주유상품권 총액 2003.01.30. 28매 138,600원(cf1) 2003.03.24. 55매 272,250원 (cf1) 2003.05.19. 35매 173,250원 (cf1) 2003.09.04. 101매 499,950원(cf2) 2003.10.28. 39매 193,050원 (cf1) 2003.12.16. 184매 910,800원 (cf1) 2004.03.12. 22매 108,900원(cf3) 계 341매 2,296,800원(cf4) (cf1) 인수증에는 “2003년 1월 판촉의 상품권 지급”이라고 기재되어 있음. (cf2) 청구인은 162매(801,900원)라고 주장하고 801,900원일 경우 전체 금액의 합계가 쟁점금액③과 같은 2,598,750원이지만, 본사에서 제출한 인수증과 비망기록으로 지급 사실이 확인되는 것은 101매임 (cf3) 인수증에는 “2003년 12월 판촉의 상품권 지급”이라고 기재되어 있음. (cf4) 이하 “쟁점금액③-ⓐ”라고 함.

(8) 청구인이 제출한 2003년도 손익계산서에 계상한 비용 항목은 아래의 (표2)와 같으며, 국세통합전산망에 의하면 청구인은 세무대리인의 외부조정을 거친 후 2003년 귀속 종합소득세를 신고한 것으로 확인된다. (표2) 청구인이 계상한 비용 항목 매출원가 692,928,337원 보험료 178,910원 급료와 임금 30,600,000원 통신비 578,930원 복리후생비 3,842,674원 수도광열비 2,600,260원 접대비 20,000원 소모품비 645,450원 세금과 공과 624,050원 지급수수료 1,700,000원 차량유지비 813,501원 도서인쇄비 132,800원 수선비 251,650원 잡손실 103,000원 전력비 1,427,180원

(9) 국세통합전산망에 의하면 청구외 ○○○(76**-1**), 청구외 ○○○(61-1**) 및 청구외 ○○○(61-1****)는 2003년에 청구인으로부터 각각 10,200,000원의 급여를 지급받은 것으로 확인되며, 동(同)금액의 합계(30,600,000원)가 (표2)의 “급료와 임금”과 같다.

(10) 청구인은 (표2)의 “복리후생비”의 증빙으로 계정별 원장과 함께 식대, 간식비, 의복비 등의 영수증 128매를 제출하였는데, 동(同)영수증들의 구매금액의 합계는 (표2)의 “복리후생비”와 같다.

(11) 청구인은 (표2)의 “차량유지비”의 증빙으로 계정별 원장과 함께 통행료, 주유대, 차량수리대금 등의 영수증 21매를 제출하였는데, 동(同)영수증들의 구매금액의 합계는 (표2)의 “차량유지비”와 같다. 청구인은 손익계산서의 차량유지비는 본인이 소유한 자동차 2대를 사업의 목적으로 사용하면서 발생한 비용이라고 하면서, 동(同)자동차의 자동차등록증을 제출하였는데 그 내용은 아래의 표와 같다. 차명(및 차종) 연식 용도 차량소유자 포터(소형화물) 1994 자가용

○○○(청구인) SM520(중형승용) 2002 자가용

○○○(cf) (cf) 청구인의 처

(12) ○○○, ○○○ 및 ○○○는 ○○삼강의 판매직원으로 2003년도에 각각 562,650원, 합계 1,687,950원(이하 “쟁점금액③-ⓑ”라 한다)의 주유상품권을 받았다는 내용의 확인서와 함께 자동차등록증을 제출하였는데 그 내용은 아래의 표와 같다. 확인서 작성자 차명(및 차종) 연식 용도 차량소유자

○○○ 포터초장축슈퍼캡(소형화물) 2001 자가용

○○○(cf1)

○○○ 上同 2000 上同

○○○(cf2)

○○○ 라보(경형화물) 1993 上同

○○○ (cf1) 주민등록번호: 71**-2**; ○○○과 통화한 바에 의하면 본인과 교제 중인 청구외 ○○○(77-2****)의 언니라고 함 (cf2) ○○○의 처

(13) 청구인은 (표2)의 “접대비”의 증빙으로 계정별 원장과 함께 선물구입비의 영수증 1매를 제출하였는데, 동(同)영수증의 구매금액의 합계는 (표2)의 “접대비”와 같다.

(14) 청구인은 (표2)의 “세금과 공과”의 증빙으로 계정별 원장과 함께 적십자회비, 자동차세, 주민세의 영수증 5매를 제출하였는데, 동(同)영수증들의 구매금액의 합계는 (표2)의 “세금과 공과”와 같다.

(15) 청구인은 (표2)의 “수선비”의 증빙으로 계정별 원장과 함께 A/S비용 등의 영수증 6매를 제출하였는데, 동(同)영수증들의 구매금액의 합계는 (표2)의 “수선비”와 같다.

(16) 청구인은 (표2)의 “전력비”의 증빙으로 계정별 원장과 함께 전기요금의 영수증 12매를 제출하였는데, 동(同)영수증들의 구매금액의 합계는 (표2)의 “전력비”와 같다.

(17) 청구인은 (표2)의 “보험료”의 증빙으로 계정별 원장과 함께 건강보험료의 영수증 1매를 제출하였는데, 동(同)영수증들의 구매금액의 합계는 (표2)의 “보험료”와 같다.

(18) 청구인은 (표2)의 “통신비”의 증빙으로 계정별 원장과 함께 전화요금, 유선방송비 등의 영수증 22매를 제출하였는데, 동(同)영수증들의 구매금액의 합계는 (표2)의 “통신비”와 같다.

(19) 청구인은 (표2)의 “수도광열비”의 증빙으로 계정별 원장과 함께 상하수도요금, 실내등유 구입 등의 영수증 25매를 제출하였는데, 동(同)영수증들의 구매금액의 합계는 (표2)의 “수도광열비”와 같다.

(20) 청구인은 (표2)의 “소모품비”의 증빙으로 계정별 원장과 함께 공유기, 세제 구입 등의 영수증 20매를 제출하였는데, 동(同)영수증들의 구매금액의 합계는 (표2)의 “소모품비”와 같다.

(21) 청구인은 (표2)의 “지급수수료”의 증빙으로 계정별 원장과 함께 기장료의 영수증 8매를 제출하였는데, 동(同)영수증들의 구매금액의 합계는 (표2)의 “지급수수료”와 같다.

(22) 청구인은 (표2)의 “도서인쇄비”의 증빙으로 계정별 원장과 함께 신문구독료, 도서 구입의 영수증 11매를 제출하였는데, 동(同)영수증들의 구매금액의 합계는 (표2)의 “도서인쇄비”와 같다.

(23) 청구인은 (표2)의 “잡손실”의 증빙으로 계정별 원장과 함께 과태료의 영수증 2매를 제출하였는데, 동(同)영수증들의 구매금액의 합계는 (표2)의 “잡손실”와 같다.

(24) 청구인이 제출한 2003년 손익계산서에는 (표2)의 매출원가가 아래의 표와 같이 계산된 것으로 기재되어 있다. 기초상품재고(ⓐ) 당기매입액(ⓑ) 기말상품재고(ⓒ) 매출원가(ⓐ+ⓑ-ⓒ) 30,520,000원 701,945,574원 39,536,937원 692,928,337원

(25) 국세통합전산망에 의하면 청구인이 2003년 사업연도에 본사로부터 공급받은 재화의 공급가액은 700,330천원(322,255천원(2003년 제1기분)+378,075천원(2003년 제2기분))인 것으로 확인된다.

(26) 이상의 사실관계를 종합하여 청구인이 쟁점금액①～쟁점금액③을 사업소득금액에서 누락하였는지 여부를 판단하면, 청구인이 동(同)금액들을 사업소득의 총수입금액으로 계상하지 않았다고 주장하고 있으므로, (i) 청구인이 동(同)금액들을 사업소득의 필요경비로 계상하지 않았는지 여부와 (ii) 총수입금액과 필요경비를 계상하지 않았더라도 실제로는 사업소득금액이 발생하지 않았는지 여부를 검토하기로 한다.

(27) 본사와 쟁점소매점들이 쟁점금액①은 본사지급장려금이라는 청구인의 주장을 모두 인정하고, 본사가 증빙으로 무통장입금증을 제출하였으므로, 동(同)주장은 사실인 것으로 보인다. 또한, (표2)의 비용 항목들을 개별적으로 검토한 바에 의하면 청구인이 쟁점금액①에 해당하는 비용을 다른 명칭의 비용으로 계상하지도 않은 것으로 보이므로, 쟁점금액①을 청구인의 사업소득금액에서 차감하는 것이 타당할 것으로 판단된다.

(28) 청구인이 본사로부터 47,743,000원의 매입채무를 면제받았다는 주장은 본사의 확인을 통하여 사실인 것으로 보인다. 그러나, 그 중 47,550,000원(쟁점금액②)를 대리점지급장려금으로 지급하였다는 주장은 (표2)의 비용 항목들을 개별적으로 검토한 바에 의하면 청구인이 쟁점금액②에 해당하는 비용을 다른 명칭의 비용으로 계상하지도 않은 것으로 보이지만, 쟁점소매점들과의 개별적인 통화로 지급사실을 확인할 수 있는 금액은 39,450,000원(쟁점금액②-ⓐ)이므로, 쟁점금액②가 아닌 쟁점금액 ②-ⓐ를 청구인의 사업소득금액에서 차감하는 것이 타당할 것으로 판단된다.

(29) 판매활동에 사용하기 위해 쟁점금액③(2,598,750원)에 해당하는 주유상품권을 지급받았다는 청구인의 주장은 동(同)금액보다 본사가 제출한 증빙으로 확인되는 쟁점금액③-ⓐ(2,296,800원) 및 판매직원들이 지급받았다고 확인한 쟁점금액③-ⓑ(1,687,950원)이 작기 때문에 쟁점금액③, 쟁점금액③-ⓐ 및 쟁점금액③-ⓑ 중에서 가장 작은 쟁점금액③-ⓑ를 청구인의 사업소득금액에서 차감하는 것이 타당할 것으로 판단된다.

(30) (표2)의 다른 비용 항목들과 달리 매출원가는 계상한 금액의 증빙을 확인할 수 없고 기초 및 기말상품재고의 사실 확인도 할 수 없지만 (i) 당기매입액이 본사로부터 공급받은 재화의 공급가액과 거의 일치하며 (ii) 기초상품재고에 비해 기말상품재고가 증가한 점에 근거할 때 쟁점금액①～쟁점금액③을 매출원가에 허위로 계상하여 매출원가(=기초상품재고+당기매입액-기말상품재고)를 과다계상하기 위해 기초 또는 기말상품재고를 조작한 가능성도 낮은 것으로 보이며 (iii) 청구인은 세무대리인의 외부조정을 거친 후 2003년 귀속 종합소득세를 신고하였으므로, 청구인이 (표2)의 내용과 같이 손익계산서에 비용으로 계상한 금액들은 사실인 것으로 보이고, 따라서 문단 (27)～(29)의 내용과 같이 청구인이 쟁점금액①～쟁점금액③을 다른 명칭의 비용 항목으로 계상하지 않았으므로 실제 발생한 것으로 보이는 금액의 합계인 100,487,950원(=59,350,000원(쟁점금액①)+39,450,000원(쟁점금액②-ⓐ)+1,687,950원(쟁점금액③-ⓑ))은 청구인의 사업소득금액에서 차감하는 것이 타당할 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.