실물거래 없는 매입세금계산서에 대하여 대표자 상여처분한 처분의 당부

○○세무서장이 2005. 1. 5. 청구인에게 결정고지한 2001년 과세연도 종합소득세 354,332,120원은 이를 최소합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○타워 ○차 ○○호에서 소포트웨어 개발 및 컴퓨터 등을 제조하는 청구 외 (주)○○(이하󰡒청구외법인󰡓이라고 한다)의 대표이사로서, 청구외법인은 청구 외 (주)○○시스템(이하󰡒쟁점①거래처󰡓라 한다)으로부터 2001년 제2기에 공급 가액 500,000,000원의 매입세금계산서(이하󰡒쟁점세금계산서󰡓라 한다) 3매를 교부받아 부가가치세 매입세액공제 및 2001. 1. 1.～12.31. 사업연도 손금에 산입하여 법인세를 신고하였으나, ○○세무서장은 청구외법인이 교부받은 쟁점세금 계산서는 가공세금계산서임을 확인하고, 매입세액불공제 및 가공원가로 보아 손금불산입하여 청구외법인에게 2001년 제2기 부가가치세 88,075,000원, 2001. 1. 1.～12.31. 사업연도 법인세 169,933,550원을 경정고지 및 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 2004. 7.27. 청구인과 처분청에 소득금액변동통지를 하였고, 처분청은 청구인에 대한 소득금액변동통지내용에 따라 2005. 1. 4. 청구인에게 2001년 과세연도 종합소득세 354,332,120원을 경정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005. 2. 1. 이의신청을 거쳐 2005. 7.29. 심사청구를 하였다.

청구인이 대표이사로 재직 중인 청구외법인은 1998년 6월 국내최초로 국제전화 선불카드 시스템을 출시하면서부터 2003년 3월까지 신기술개발 및 솔루션 등을 10여 차례 발표하는 등 관련업계를 선도하여 온 대표적인 벤처기업으로서, 청구 외 (주)○○(이하󰡒쟁점②거래처󰡓라 한다)와GIS엔진을 웹사이트에 적용하기 위한 인터넷 전화장비(VoIP)와 관련된 연동 시스템 공급에 관한 계약을 2000. 5.10. 체결한 바, 이는 동시 2,000명이 통화할 수 있는 용량의 운영시스템 공급을 그 내용으로 하고 있다. 청구외법인은 쟁점②거래처에 계약에 따른 대금결제를 촉구하였으나, 쟁점②거래처의 자금사정이 여의치 아니하여 시스템공급을 늦추다가, 공급가액 1,416백만원의 매출세금계산서 1매를 청구목적으로 2000. 6.20. 발행교부 하였으나, 쟁점②거래처는 대금지급을 위하여 기획하였던 증자가 실패로 돌아가고 추가 자금조달이 되지 않은 바, 결과적으로 동 매출은 가공매출이 되어 늦게라도 취소하여야 할 상황이 되었으나, 청구외법인도 2000. 1. 1.～12.31. 사업연도 결산을 토대로 코스닥 등록심사서류가 이미 제출된 상태이어서 수정세금계산서를 발행할 경우 감점사유에 해당되기 때문에 부득이 적기에 거래를 취소시키지 못하고 말았다. 2001년이 되어 청구외법인은 쟁점②거래처에 대한 장비매출은 결국 불가능 하게 되었고, 장부에 계상된 장기성악성매출채권과 그로 인한 가공이익을 처리하지 않을 수 없는 상황이 된 바, 쟁점②거래처와의 거래금액 중 공급가액 10억원을 취소하기 위하여 5억원은 쟁점②거래처로부터 매입세금계산서를 직접교부 받고, 나머지 5억원은 2001년 10월초 쟁점②거래처의 중개로 쟁점①거래처로부터 공급가액 5억원의 쟁점세금계산서를 교부받아 상계처리 하였다. 이와 같이 청구외법인이 쟁점①거래처로부터 쟁점세금계산서를 수취한 이유는 쟁점②거래처와의 거래를 취소하기 위한 것이었음이 쟁점②거래처의 관할인 ○○세무서장의 조사내용에서도 나타나 있듯이, 이 건은 실물거래 없이 가공매출세금계산서(외상매출금)를 상계처리 하기 위하여 실물거래 없이 수취한 쟁점세금계산서(외상매입금)인 바, 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서와 관련하여 실제 현금유출이 발생하지 아니하였음에도, 처분청이 상여로 처분하여 이 건 과세한 처분은 부당하다.

청구외법인이 쟁점①거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서가 쟁점②거래처에게 2000년 제1기 부가가치세 과세기간에 가공매출한 금액을 취소하기 위한 것인지 여부는 장부상 기입만 하였을 뿐, 구체적인 증빙을 제시하지 아니하여 청구주장을 인정할 수 없을 뿐만 아니라, 2000. 1. 1～12.31. 사업연도 쟁점②거래처에 대한 외상매출금(자산)을 2001. 1. 1.～12.31. 사업연도 쟁점①거래처의 외상매입금(부채)과 상계처리 할 사항이 아니므로, 쟁점세금계산서의 금액의 실지 귀속자가 불분명한 것으로 보아 청구외법인의 대표자인 청구인에게 상여로 처분하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서의 금액을 청구인에 대한 인정상여로 소득처분하여 종합소득세를 과세한 처분이 맞는 지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (1998.12.28. 개정)

○ 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. (1998.12.31. 개정)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다. (1998.12.31. 개정) (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구외법인의 관할세무서인 ○○세무서장은 청구외법인에 대한 세무조사 시 쟁점세금계산서 이외의 거래분에 대하여는 위장가공 거래혐의가 없는 정상거래분으로 보아 조사종결 하였음을 알 수 있고, 청구외법인이 자료상으로 고발된 쟁점①거래처로부터 2001. 1. 1.～12.31. 사업연도에 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수취한 사실에 대하여는 당사간에 다툼은 없다. 따라서 ○○세무서장은 청구외법인에 대한 세무조사결과 쟁점세금계산서의 매입세액불공제 및 가공원가로 보아 손금불산입하는 한편, 청구인에 대한 인정상여로 소득처분하여 2004. 7.27. 처분청 및 청구인에게 소득금액변동통지를 하였고, 처분청은 ○○세무서장이 통보한 소득금액변동통지내용에 따라 쟁점 세금계산서금액을 2001년 과세연도 청구인의 종합소득금액에 합산하여, 이 건 종합소득세를 경정․고지하였음을 처분청이 제출한 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구외법인은 1993. 3.20. 설립되어 현재까지 소포트웨어 개발 및 컴퓨터 제조업을 영위하고 있는 법인으로서, 산업자원부 기술표준원장으로부터 2000. 5.16. 신기술인증(VoIP 기술적용 전화 교환 시스템)을 받았고, 국무총리로부터 신기술실용화를 통하여 국가산업발전에 기여한 공으로 2000년 11월 표창장을 받았고, 산업자원부장관으로부터 2002. 4.18. 세계인류상품인증서를 받는 등 우리나라의 대표적인 벤처기업이었음을 알 수 있다.

(3) 상기와 같은 신기술을 토대로 쟁점②거래처와 계약한 구매계약서의 내용을 살펴보면, 쟁점②거래처는 청구외법인의 VoIP(Voice over IP의 약자) 전화장비와 청구 외 (주)○○정보기술의 전국지리정보솔루션(GIS)을 이용하여 인터넷상에 나타난 전국지도상의 업소에 무료전화를 걸 수 있도록 하는 소프트웨어를 개발하는 것과 관련하여 청구외법인과 구매 계약한 것을 심리자료에 의하여 알 수 있다. 위와 같은 사업은 그 당시로서는 획기적인 IT산업으로 평가되는 사업이었으나, 쟁점②거래처는 유상증자의 실패로 인하여 자금조달이 어려웠고, 청구외법인은 계약에 따른 대금결제를 촉구하며 시스템공급을 늦추다가 2000. 6.20. 공급가액 1,416, 530천원의 매출세금계산서 1매를 대금청구목적으로 발행교부 하였다는 청구주장이다. 쟁점②거래처가 대금지급을 위하여 기획하였던 유상증자가 실패로 돌아가서 자금의 조달이 되지 않은 바, 결과적으로 동 매출은 가공매출이 되어 늦게라도 취소하여야 할 상황이었으나, 청구외법인도 2000. 1. 1.～12.31. 사업연도 결산을 토대로 코스닥 등록심사서류가 이미 제출된 상태이어서 수정세금계산서를 발행할 경우 감점사유에 해당되기 때문에 부득이 적기에 거래를 취소시키지 못했다는 것이다.

(4) ○○세무서장의 쟁점②거래처에 대한 세금계산서 추적조사 복명서 및 전말서의 내용을 살펴보면, 첫째, 쟁점②거래처는 청구외법인과 계약한 구매계약에 의거 공급가액 1,416,530천원의 세금계산서 1매를 수취하였으나, 유상증자 및 투자유치 실패로 청구외법인의 VoIP전화장비공급이 중단되었고, 결과적으로 실물거래가 없는 가공매입이 되었지만, 청구외법인이 2000. 1. 1.～12.31. 사업연도 결산서를 토대로 코스닥등록심사가 진행 중이어서 부득이하게 수정세금계산서를 발행하지 못한 것으로 ○○세무서장은 판단했고, 둘째, 쟁점②거래처는 청구외법인으로부터의 매입액에 대응하는 매출액을 발생시키기 위하여 2001년 1기 예정부터 2001년 2기 확정 부가가치세 과세기간 중 실물거래 없이 청구외법인에게 직접 발행․교부한 공급가액 5억원을 포함 매출세금계산서 5매 공급가액 합계 1,450,000천원의 가공세금계산서를 교부한 것이 확인 되었으며, 셋째, 위의 조사내용과 같이 쟁점②거래처 대표이사 청구 외 강○○은 2000년 제1기에 청구외법인으로부터 가공매입세금계산서 1,416,530천원의 수취와 관련하여, 그에 대응하는 매출액을 발생시키기 위하여 2001년 1기 예정부터 2001년 2기 확정 부가가치세 과세기간 중 실물거래 없이 매출세금계산서 5매 공급가액 1,450, 000천원을 교부하여 청구외법인 외 2개 업체에 대해 부가가치세 매입세액 145, 000천원을 부당공제 받게 한 것과 관련하여, 대표이사 청구 외 강○○은 실물거래 없는 허위의 세금계산서를 교부한 자로서 조세범처벌법 제11조 의 2 제1항에 해당하여 조세범처벌절차법 제8조 제2호 및 동 법 제9조 제2항, 제3항에 해당되어 통고처분 없이 고발조치하고, 상기 적출내용에 대해 법인세와 부가가치세 경정 및 거래처 관할 세무서에는 자료상과의 거래분 과세자료로 통보하고 조사를 종결한 것이 확인된다.

(5) 청구외법인의 대표이사인 청구인이 쟁점②거래처에 대한 매출채권 550백만원(공급대가)과 쟁점①거래처에 대한 쟁점세금계산서금액 550백만원(공급대가)의 매입채무를 상계처리 하였다고 주장하면서, 그 입증자료로 제출한 청구외법인의 관련 전표 및 거래처원장 사본에 의하면 아래와 같이 확인된다. 일 자 입금전표 출금전표 계정과목 적요 금액(천원) 계정과목 적요 금액(천원) 2001.10.09. 외 상 매출금 외상매출금회수 (주)○○ 100,000 외 상 매입금 개발비지급 (주)○○시스템 100,000 2001.10.24. 〃 〃 100,000 〃 〃 100,000 2001.11.07. 〃 〃 120,000 〃 〃 120,000 2001.11.29. 〃 〃 120,000 〃 〃 120,000 2001.12.05. 〃 〃 110,000 〃 〃 110,000 합 계 550,000 550,000

(6) 판단

○○세무서장의 쟁점②거래처에 대한 세금계산서 추적조사 복명서 등과 청구인이 제출한 청구외법인의 쟁점세금계산서 관련 전표 및 거래처원장 사본 등에 의하면, 쟁점세금계산서는 청구외법인이 쟁점②거래처에 실물거래 없이 발행한 가공매출세금계산서(외상매출금)를 상계처리하기 위하여, 자료상인 쟁점②거래처로부터 실물거래 없이 수취한 가공매입세금계산서(외상매입금)로 확인된 바, 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서와 관련하여 실제 현금유출은 발생하지 아니한 것으로 여겨진다. 따라서 처분청이 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서금액이 사외유출되어 청구인에게 귀속된 것으로 간주하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.