라식수술 전문 안과의원에 대한 비보험 해당 수입금액 산정의 당부

〇〇 세무서장이 2005. 5.10. 청구인에게 경정․고지한 2000년 과세연도 종합소득세 419,239,890원과 2001년 과세연도 종합소득세 227,495,140원의 부과처분은,

1. 수술서약서, 입원확인서, 2000년 수입금액 노트, 우편조사 회신결과 등을 근거로 2000년 및 2001년 과세연도 비보험 수입금액을 재조사하여, 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 받아들일 수 없어 이를 기각합니다.

• 가. 청구인은 1999. 8.15.부터 2002.11.30.까지 〇〇시 〇〇구 〇〇동 〇〇번지에서 청구 외 최〇〇, 송〇〇, 박〇〇, (주)〇〇과 함께 라식수술 등을 전문으로 하는 〇〇안과의원(이하 ‘쟁점의원’이라 한다)을 한 사람이다.
• 나. 〇〇지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 쟁점의원에 대한 비보험 해당 수입금액을 수술서약서와 입원확인서(이하 “수술 및 입원학인서”라 한다) 건수에 라식수술단가인 290만원을 곱하여 계산하고, 다른 계정과목을 시ㆍ부인한 후, 2000년 과세연도 수입금액은 1,568,922,000원, 소득금액은 1,390,083,106원, 그리고 2001년 과세연도 수입금액은 670,644,000원, 소득금액은 574,644,000원을 적출하고, 이를 공동사업자 지분율에 따라 수입금액과 소득금액을 배분하여, 2005. 5.10. 각 공동사업자의 주소지관할세무서에 과세자료로 통보하였다.
• 다. 이에 따라, 처분청은 2005. 5.10. 청구인에게 2000년 과세연도 종합소득세 419,239,890원과 2001년 과세연도 종합소득세 227,495,140원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2005. 7.25. 심사청구를 하였다.

• 가. 수술 및 입원확인서를 근거로 비보험 해당 수입금액을 산정하는 것은 부당하다.

1. 조사청은 비보험 해당 수입금액을, 2000년 수술 및 입원확인서 710건과 2001년 수술 및 입원확인서 372건 총 1,082건에 라식수술단가 290만원을 곱하여 비 보험수입금액을 계산하였다.

2. 그러나, 수술서약서는 수술 취소율을 줄이고 수술 당일의 번잡을 피하기 위하여 받아놓은 예약서에 불과하여 수입금액 산정의 기초자료로 삼을 수 없고, 입원확인서에는 수술환자 및 의료보험환자가 포함되어 있으므로 의료보험환자의 것은 차감해야 한다.

3. 설령, 수술 및 입원확인서에 의해 비보험 해당 수입금액을 산정하더라도 아래 60건은 과세대상에서 제외하여야 한다.

① 재수술 42건(’99년 최초수술자 중 ’00년 재수술 38명, ’01년 재수술 4명),

② 쟁점 의원에서 수술서약서를 작성하였으나 다른 의원(〇〇시 〇〇안과)에서 수술한 1건,

③ 무료 수술 4건,

④ 수술 취소 9건, ⑤ 입원확인서와 수술서약서 중복 4건

4. 또한, 조사청은 재수술률을 5%로 보았으나, ‘04. 9.21. 대한안과학회의 회신문과 국내 외 발표된 재수술관련 논문에 의하면, 학회는 14.3%, 국내 외 논문은 18 %, 15.5%, 16%로 되어 있으므로 재수술률을 최소 14.3%로 하여야 한다.

5. 그리고, 조사청은 과세예고통지 이후 입원확인서 작성자 282명에게 안내문을 발송하였고 이 중 87명으로부터 회신이 왔는데, 그 가운데 백내장 환자 4명, 재수술자 3명, 무료 1명이 있음을 확인하고도 이를 수입금액 산정 시 제외하지 아니 하였다.

6. 한편, 수술 가운데는 수술 수가가 상이한 엑시머레이저(160만원), 백내장(40만원)이 혼재되어 있음에도, 조사청은 가장 비싼 라식수술단가인 290만원을 획일적으로 적용한 잘못이 있다.

• 나. 비보험 수입금액은 수술용 칼의 사용 개수를 기준으로 산정하는 것이 합리적이다. 라식수술을 할 때 사용되는 수술용 칼은 1명당 2개가 사용되고 있음이 동종업종의 안과에서 확인되고 있으므로 수술용 칼의 사용량을 기준으로 수술 건수를 계산함이 합리적이다. 2000년에 수술용 칼 690개를 구입하여 600개(300명)를 사용하였고, 2001년에는 470개를 구입하여 500개(250명)를 사용하였다.
• 다. 소득금액은 추계로 결정하여야 한다. 2000년 과세연도의 결정수입금액 2,625백만원은 신고수입금액 954백만원 대비 275%에 달하고, 2001년 과세연도 결정수입금액 1,700백만원은 신고수입금액 964백만원 대비 176.3%에 달하며, 필요경비 298백만원을 기장 누락하는 등 청구인의 장부는 사실과 다르게 허위기장 되었으므로 신고누락 수입금액 부분은 추계로 소득금액을 결정하여야 한다.

• 가. 수술 및 입원확인서를 근거자료로 하여 이에 건당 290만원(단안수술은 145만원)을 곱하여 비보험 해당 수입금액을 산정한 것은 정당하다.

1. 청구인은, 수입금액 산정의 기초가 되는 진료차트가 화재로 소실되었다면서 239건만을 제출하였기에, 부득이 수술 및 입원확인서를 과세근거자료로 삼았다.

2. 청구인은, 수술서약서는 수술 취소율을 줄이기 위해 작성하는 예약서에 불과하여 과세근거 자료가 될 수 없다고 주장하나, 다음과 같은 이유로 그 주장은 타당하지 않다.

① 예약은 예약노트(수입금액 노트에 예약일 기재)에 기재하고 있으며, 라식수술은 1차 방문 후 수술이 가능한지 여부를 검사한 후에야 수술예약을 할 수 있으므로 예약 시에 수술서약서를 받았다는 주장은 신빙성이 없다.

② 청구인의 수입금액 노트(청구인 제시)에 기재된 수술일자와 수술서약서의 서약일자를 대사한 결과, 그 중 94.3%(122건 중 115건)가 수술 당일에 수술서약서가 작성되었음이 확인되고, 그 내용도 수술환자를 대상으로 작성하였음을 알 수 있다.

③ 2000년 수입금액노트에 기록된 라식수술환자 173명 중 126명(72.8%)에 대한 수술서약서가 있고, 진료차트 200건(총 239건 중 수술서약서가 없는 ‘01년 8월 이후 37건과 백내장으로 추정되는 2건 제외)중 160건(80%)이 수술서약서와 일치하여 환자의 주민등록번호 등 인적사항을 파악할 수 있는 바, 수술서약서는 의료분쟁에 대비하기 위해 작성․보관하는 대단히 중요한 서류(○○지법 79가합463, 1980. 10.28.판결 참조)이다.

④ 당초 확보한 수술 및 입원확인서는 1,242건 이었으나, 이 중 재수술 등 과세 제외할 것은 아래와 같이 적극적으로 제외하였다. 2000년 과세연도 귀속분으로 99건(날짜미기재 41건, 재수술 38건, 무료시술 20건)과 2001년 과세연도 귀속분으로 61건(날짜미기재 14건, 재수술 21건, 무료시술 12건, 백내장 14건 계 61건)이다. 무료시술 32건의 근거는, 수입금액 기재노트에 시술자 177명 중 무료시술자 5명이 확인되었기에 그 비율을 감안하여 정하였다. 재수술의 59건의 근거는, 안과전문의 및 인터넷에서 수집한 자료에 의하면 라식수술 부작용 비율이 5%정도로 되어 있고, 쟁점의원과 관련된 홈페이지에 대개 수술 받은 분들 중 3～4%(이는 본원통계임)가 재수술을 받게 됩니다」라고 되어 있고, 의과대학 논문자료에 의한 수치에 1,026안 중 29안(3%해당)을 재수술한 것으로 나타났기에, 이들 통계를 종합하여 재수술 비율을 5%로 결정하여 산정하였다.

3. 수술 및 입원확인서 건수에 라식수술단가 290만원을 곱하여 비보험 수입금액을 산정한 것은 정당하다.

① 수술종류 중 290만원보다 적은 수술은 백내장과 엑시머레이져 뿐인 데 그에 관한 수술서약서는 라식 수술서약서와는 다른 양식이기에 이건 비보험수입금액 산정 시 이미 제외하였고, 입원확인서 중에서 백내장 환자로 확인된 14명은 수입금액에서 제외하였으며, 엑시머레이져 수술건은 2000년 1건, 2001년 2건에 불과하고, 입원확인서를 근거로 우편조사 결과에서도 대부분 라식수술 환자로 확인되었기에, 수술서약서 등의 건수에 라식수술 단가를 적용한 것은 정당하다.

• 나. 청구인은 수술용 칼의 사용량에 의거 수입금액을 결정하는 것이 가장 합리적이라고 주장하나, 수술용 칼의 수불부를 비치하지 아니하여 정확한 사용량을 확인할 수 없을 뿐 아니라, 세금계산서 없이 실물만 유통되는 경우도 있고, 개인병원에서는 수술용 칼 1개로 양안을 수술하는 경우도 있어, 수술용 칼의 사용량으로 수입금액을 산정하는 것은 타당하지 않다.
• 다. 청구인은 소득금액을 추계로 결정하여야 한다고 주장하나, 표준소득률이란 일반적으로 모든 업체를 대상으로 평균적인 지수를 산출하여 소득률을 정한 것이어서 실질적인 소득률은 표준소득률보다 높을 수 있는 것이며, 청구인은 장부와 증빙을 갖추어 기장 신고하였으므로 추계경정사유에 해당되지 않는다. 또한, 부외경비로 확인된 인건비 211백만 원과 의료소모품 87백만 원을 필요경비로 추가 인정해 주었다.

• 가. 쟁점

1. 비보험 해당 수입금액을 수술 및 입원확인서 건수에 290만원을 곱하여 산정한 것이 정당한지 여부 및

2. 비보험 해당 수입금액 부분을 추계결정 할 수 있는지를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 〇 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자류에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사ㆍ결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다. 〇 소득세법 제80조 【결정과 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준 확정 신고를 한 자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. 〇 소득세법새행령 제142조 【과세표준과 세액의 결정 및 경정】

① 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다. 〇 소득세법시행령 제143조 【추계결정 및 경정】

① 법 제80조제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품의 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우 〇 소득세법시행령 제144조 【추계결정·경정시의 수입금액의 계산】

① 사업자의 수입금액을 장부 기타 증빙서류에 의하여 계산할 수 없는 경우 그 수입금액은 다음 각호의 1의 방법에 의하여 계산한 금액으로 한다.

1. 기장이 정당하다고 인정되어 기장에 의하여 조사결정한 동일업황의 다른 사업자의 수입금액을 참작하여 계산하는 방법

2. 국세청장이 사업의 종류, 지역 등을 감안하여 사업과 관련된 인적·물적 시설(종업원·객실·사업장·차량·수도·전기 등)의 수량 또는 가액과 매출액의 관계를 정한 영업효율이 있는 때에는 이를 적용하여 계산하는 방법

3. 국세청장이 업종별로 투입원재료에 대하여 조사한 생산수율을 적용하여 계산한 생산량에 당해 과세기간중에 매출한 수량의 시가를 적용하여 계산하는 방법

4. 국세청장이 사업의 종류별·지역별로 정한 다음 각목의 1에 해당하는 기준에 의하여 계산하는 방법

• 가. 생산에 투입되는 원·부재료중에서 일부 또는 전체의 수량과 생산량과의 관계를 정한 원단위투입량
• 나. 인건비·임차료·재료비·수도광열비 기타 영업비용중에서 일부 또는 전체의 비용과 매출액의 관계를 정한 비용관계비율
• 다. 일정기간동안의 평균재고금액과 매출액 또는 매출원가와의 관계를 정한 상품회전율
• 라. 일정기간동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률
• 마. 일정기간동안의 매출액과 부가가치액의 비율을 정한 부가가치율

5. 추계결정·경정대상사업자에 대하여 제2호 내지 제4호의 비율을 산정할 수 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법

6. 주로 최종소비자를 대상으로 거래하는 업종에 대하여는 국세청장이 정하는 입회조사기준에 의하여 계산하는 방법

• 다. 사실관계 및 판단 〇 사실관계
• 가) 처분청은 청구인의 비보험 수입금액을 아래와 같이 결정하였음을 조사서 등 관련서류에 의해 알 수 있다.

① 청구인은 수입금액 산정의 기초자료인 진료차트 239건만 제출하고 나머지는 2002. 3.31. 화재로 인해 소실되었다며 〇〇소방서장이 2002. 4.24. 발급한 화재증명원을 제시하였기에, 부득이 수술 및 입원확인서를 수입금액 산정의 근거자료로 삼았다.

② 당초에 처분청이 확보한 수술 및 입원확인서는 총 1,242건이었다. 이 1,242건을 종류별로 보면 수술서약서는 960건(‘00. 1. 2.부터 ‘01. 3.29.까지 작성됨, ‘00년 귀속분 809건, ‘01년 귀속 151건)이고, 입원확인서는 282건(‘01. 4. 2.부터 ‘01. 8.27.까지 작성됨) 이었다.

③ 이중에서 날짜 미기재분 55건과 재수술 59건과 무료수술 32건(수입금액 노트에 시술자 177명 중 무료시술자 5명에 의해 환산 비율에 의거 산정)과 백내장 및 단순외래환자 14건을 합한 160건을 제외한 나머지 1,082건을 과세근거자료로 삼았다.

④ 위 1,082건에 라식수술단가 290만원(단안수술은 145만원)을 곱하여 총 비보험 해당 수입금액을 산정하였다.

⑤ 한편, 조사청은 입원확인서 282건에 대해 “세무조사 관련 확인 요청 안내문”을 발송하였는데, 이 중 30.8%에 해당하는 87건이 회신 왔고, 그 회신 중 백내장 4건, 재수술 3건, 무료수술이 1건이 있는 것으로 되어 있다.

⑥ 처분청은 위 비보험 수입금액 누락액 이외에 렌즈 및 검안수입금액 누락액 183,177,000원(‘00년 141,372,000원, ‘01년 42,177,000원)을 적출하였고, 부외 필요경비로 298,802,000원(‘00년 의료소모품 87,802,000원, 고용의사 급료 115,000, 000원, ‘01년 고용의사 급료 96,000,000원)을 인정해 주었는데, 이 부분에 대하여 청구인은 다투지 아니한다.

• 나) 청구인은, 수술서약서는 수술 취소율을 줄이기 위해 받아 놓은 예약서에 불과하여 이를 과세근거로 삼을 수 없고, 과세근거로 삼더라도 추가적으로 재수술, 무료수술 등이 있으니 이를 과세제외(청구주장 3) 해야 하고, 재수술비율도 더 높여야 하며(청구주장 4), 입원확인서 중에도 무료수술 등이 있으니 이를 과세제외(청구주장 5) 해야 하고, 수술단가도 여러 종류인데 가장 비싼 라식수술단가를 획일적으로 적용한 것은 잘못(청구주장 6)이므로 수술용 칼의 사용량을 기준으로 비보험 해당 수입금액을 산정하여야 한다는 취지의 주장을 한다. 아울러, 처분청이 결정한 수입금액에 의한 소득률은 표준소득률과 대비해 볼 때 현저한 차이가 나니 수입누락 부분에 대한 소득금액은 추계결정 해야 한다고 주장한다. 〇 판단
• 가) 수술 및 입원확인서를 수입금액 산정의 기초자료로 삼은 것이 정당한지를 살펴본다. 수입금액의 산정의 기초 자료인 진료차트가 화재로 소실되어 극히 일부만 있는 상황임을 알 수 있고, 그렇다면 다른 합리적인 과세 근거를 찾을 수밖에 없다 할 것이다. 청구인은, 수술서약서는 수술 취소율을 줄이기 위해 받아 놓은 예약서에 불과하므로 이를 수입금액산정의 근거자료로 삼을 수 없고 수술용 칼의 사용량으로 해야 한다고 주장한다. 그러나, 조사청의 조사서에 따르면 청구인의 수입금액노트에 기재된 수술일자와 수술서약서의 일자를 비교해 볼 때 수술 당일 수술서약서가 작성되고 수술 환자의 인적사항은 진료차트에 의해 확인이 가능한 것으로 볼 때, 수술서약서는 단순한 예약서가 아니라 후일 있을 지도 모를 의료분쟁에 대비하여 작성 보관하고 있는 것이라는 조사청의 주장이 신빙성이 있는 것으로 판단되고, 따라서 수술용 칼의 사용량 보다는 보다 객관적이고 확실한 수술 근거인 수술 및 입원확인서를 수입금액 산정의 근거자료 삼은 데는 달리 잘못이 없다고 판단된다.
• 나) 수술 및 입원확인서 건수에 라식수술단가 2,900,000원을 곱하여 비보험 해당 수입금액을 산정한 것이 정당한지와 이 건 부과 처분할 당시에 수입금액 산정에서 제외한 수술 및 입원확인서 외에 추가적으로 제외할 것이 더 있는지를 살펴본다.

① 조사청은, 수술종류 중 290만원보다 적은 수술은 백내장과 엑시머레이져 뿐인데, 엑시머레이져 수술건은 2000년 1건, 2001년 2건에 불과하고, 입원확인서를 근거로 우편조사 결과에서도 대부분 라식수술 환자로 확인되었으며, 조사 당시부터 과세 제외할 것은 최대한 확인하여 제외하였기 때문에 수술건수에 라식수술단가를 적용한 것은 정당하다는 취지의 의견이다.

② 앞서 관계법령에서 살펴 본 바와 같이, 과세를 함에 있어서는 확실한 근거에 의하여야 하고, 소액이라 하여 달리 적용되는 것은 아니라 할 것이다. 그런데, 조사청은 과세예고통지 이후 입원확인서 작성자 282명에게 “세무조사관련 확인요청 안내문”을 발송하였는데 그 중 회신하여 온 것은 30.85%에 불과한 87명이고, 그 내용을 보면, 비보험 수입금액 산정에서 제외 대상인, 백내장 환자 4명(점유비 5.06%), 재수술자 3명(점유비 3.8%), 무료 1명(점유비 1.26%)이 있음을 알 수 있고, 수술금액도 213,500,000원으로 평균 수술단가 2,846,666원인 바 이는 조사청이 적용한 단가 2,900,000원과는 차이가 있음을 알 수 있다. 이를 보면, 나머지 회신하지 않은 환자들 가운데도 상당수 비보험 해당이 아닌 환자가 더 있을 것으로 보이며, 처분청이 적용한 단가도 꼭 맞는 것이라고 단정하기도 어렵다고 판단된다.

③ 그렇다면, 수술 및 입원확인서 작성자에 대해 수술종류가 무엇인지, 수술단가는 얼마인지, 청구인 주장처럼 추가로 과세 제외할 대상이 있는지(청구주장 3의 60건)를 다시 조사한 후, 그 결과에 따라 비보험 해당 수입금액을 산정하는 것이 근거과세 원칙에 부합할 것으로 판단된다.

• 다) 수입금액 누락부분에 대한 소득금액을 추계결정 할 수 있는지를 살펴본다.

① 청구인은 결정수입금액이 신고수입금액 대비 ‘00년도의 경우 275%, ’01년도의 경우 176.3%에 이르고, 주요 장부인 의약용품 수불부를 비치하지 아니하는 등 기장 내용이 사실과 다르게 일부 허위로 기장 되었으므로 수입누락 부분에 대한 소득금액을 추계결정 해달라고 주장한다.

② 그러나, 과세관청이 과세표준과 세액을 결정함에 있어서는 장부와 증빙서류에 의한 실지조사를 원칙으로 하는 것이고, 추계결정은 장부와 증빙서류가 없거나 있더라도 허위임이 명백한 경우에 예외적으로 적용하는 것이다. 그런데, 청구인은 장부와 증빙서류에 의해 종합소득세 확정신고를 하였고, 조사청의 경정도 청구인의 장부와 증빙을 기초로 하여 일부 사실과 다른 부분에 대해 실지 조사하였는 바 이는 정당하고, 더욱이 1 과세기간의 소득금액을 산정함에 있어 일부는 실지조사 방법으로, 일부는 추계결정 방법으로 할 수는 없다 할 것이므로 이 부분의 청구주장은 받아들일 수 없다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.