연말정산시 환급받지 못한 세액을 확정신고시 환급받은 것이 이중환급에 해당하는지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 2002년도에 주식회사○○(이하 “청구외법인”이라 한다)에 직원으로 근무하였으나, 2003. 3월 청구외법인의 부도로 인해 2002년 근로소득 연말정산 환급세액 635,681원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 청구외법인으로부터 지급받지 못하였다. 하여, 2003. 5월 2002년 과세연도 종합소득세 확정신고를 하여 쟁점금액을 환급받았고, 처분청에서는 청구외법인이 정상적으로 연말정산 신고를 하였으며 이에 따라 청구외법인에게 환급세액을 지급하였음에도, 청구인이 종합소득세 확정신고에 이해 쟁점금액을 환급받은 것은 이중환급이라 하여 2005. 4.1. 청구인에게 2002년 과세연도 종합소득세 763,260원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005. 6. 3. 이 건 심사청구하였다.

청구인은 청구외법인이 2003. 3. 4. 부도 처리되어 2002년도 근로소득 연말 정산분에 대한 환급금을 지급받지 못하였고, 따라서 2003. 5월 종합소득세 확정 신고를 하여 정당하게 쟁점금액을 환급받은 것임에도 처분청에서 이를 이중환급이라 하여 과세한 처분은 부당하다.

청구외법인이 청구인을 포함한 근로자들의 2002년 과세연도 근로소득에 대하여 연말정산을 하였음이 국세청 전산조회 결과 확인됨에도, 청구외법인이 연말정산을 통하여 환급받은 세액을 근로자들에게 지급하지 않았다고 하여 쟁점금액을 종합소득세 확정신고에 의해 환급받은 것은 이중 환급에 해당하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 종합소득세 확정신고에 이해 연말정산 환급세액을 환급받은 것이 이중환급에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제137조 【근로소득세액의 연말정산】

① 주된 근무지의 원천징수의무자가 당해연도의 다음 연도 1월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급하는 때에는 이를 받는 자의당해연도의 근로소득금액 또는 퇴직하는 달까지의 당해연도의 근로소득금액에서 그 근로소득자가 제140조의 규정에 의하여 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세표준으로 하여 종합소득산출세액을 계산하고 제134조제4항 각호의 세액공제를 한 후 당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다.

② 제1항의 경우에 당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세가 당해 종합소득산출세액에서 제134조 제4항 각호의 세액공제를 한 금액을 초과하는 때에는 그 초과액은 당해 근로 소득자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 환급하여야 한다. (이 하 생 략) 2) 소득세법 제201조 【근로소득세액의 연말정산시의 환급】

① 근로소득세액에 대한 연말정산을 하는 경우에 원천징수의무자가 이미 원천징수하여 납부한 소득세에 과오납이 있어 근로소득자에게 환급하는 때에는 그 환급액은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다.

② 제1항의 경우에 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세가 없는 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 환급한다. 3) 소득세법 시행규칙 제93조 【우너천징수세액의 환급】

① 영 제201조 제1항의 규ㅜ정을 적용함에 있어서 원천징수의무자가 환급할 소득세가 연말정산하는 달에 원천징수하여 납부할 소득세를 초과하는 경우에는 다음달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다. 다만, 당해 원천징수의무자의 환급신청이 있는 경우에는 원천징수 관할세무서장이 그 초과액을 환급한다.

② 제1항 단서의 규정에 의하여 소득세의 환급을 받고자 하는 자는 원천징수세액환급신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인이 2002년 과세연도 종합소득세 확정신고에 의해 쟁점금액을 환급받은 사실과 처분청에서 쟁점금액을 이중환급이라 하여 이 건 과세한 사실이 종합소득세 신고서 및 경정결의서에 의해 확인된다

2. 청구외법인은 2003. 2월 관할세무서인 ○○세무서에 2002년 근로소득 연말정산 신고서를 제출하였고, 환급세액 12,714,590원이 발생하였으며, 동 환급세액은 소득세법 시행령 제201조 제1항 의 규정에 의해 2003. 2월 및 3월에 납부하여야 할 근로소득세에서 조정되어 환급되었음이 국세청 전산조회 결과 확인된다.

3. 그렇다면, 과세관청으로서는 이미 원천징수의무자인 청구외법인에게 환급세액의 지급을 이행하였고, 청구외법인은 청구인에게 환급세액을 지급하여야 할 의무가 발생하였는바, 비록 청구인이 청구외법인으로부터 쟁점금액을 환급받지 못하였다 하더라도 이는 청구외법인에 대한 채권으로서 사인간의 채권ㆍ채무에 해당하므로, 청구인이 쟁점금액을 종합소득세 확정신고에 의해 환급받은 것은 과세관청으로서는 이중환급에 해당한다 할 것이다.

4. 따라서, 청구인은 연말정산 환급세액을 원천징수의무자인 청구외법인으로부터 받아야 하는 것이지 주소지 관할세무서장인 처분청을 상대로 동 환급세액을 받을 수는 없다 할 것이므로 처분청의 당초 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (국심2003서2285, 2003.10.23. 같은 뜻)

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.