조세심판원 심사청구 법인세

비영리법인의 토지양도관련 과세대상 여부와 소득처분

사건번호 심사소득2005-0085 선고일 2005.10.27

비영리법인(조합)이 토지를 양도하고 법인세 신고를 누락하였다면 법인세를 과세하고 조합의 대표자에게 상여처분하는 것이 정당함

주문

00세무서장이 2004. 9. 2. 청구인에게 결정․고지한 2001년 과세연도 종합소득세 95,869,576원은,

1. 토지양도가액 200,100,000원을 익금산입하여 상여처분함에 있어서 청구외 ○○○이 인수한 채무가액 93,500,000원을 상여처분대상에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

1. 처분내용

청구인은 1997. 8. 21. 개업하여 2003. 12. 31. 폐업된 경기도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 ○○협동조합(이하 󰡒청구외조합󰡓이라 한다)의 대표자(조합장)로 재직한 자로, 청구외조합은 경기도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○○-○○번지 전(2002. 5. 20. 공장용지로 지목변경됨) 1,819㎡(이하 󰡒쟁점토지󰡓라 한다)를 2001. 10. 9. 청구외 ○○○(이하 “○○○”이라 한다)에게 소유권이전 등기를 하였으나 법인세 신고시 신고누락 하였다. 처분청은 검인계약서에 기재된 양도가액 200,100,000원(이하 󰡒쟁점금액󰡓이라 한다)이 사외유출된 것으로 보아, 법인의 익금에 가산하고 쟁점조합의 대표자인 청구인에게 상여처분하여 2004. 9. 2. 청구인에게 2001년 과세연도 종합소득세 95,869,576원을 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004. 11. 26. 이의신청을 거쳐, 2005. 3. 22. 이 건 심사청구를 하였다.

2. 당사자 주장
  • 가. 청구주장

1. 청구외조합은 중소기업협동조합법에 의거 설립된 비영리조합법인으로서, 매수인 ○○○은 쟁점조합 설립시에는 조합원이 아니었으나 2000. 6. 28. 대출금을 승계하는 조건으로 쟁점토지의 명의이전하는 형식을 취한 것은 조합원간의 협동화사업을 목적으로 설립된 청구외조합과 조합원인 ○○○간의 위임업무에 불과한 것이므로 소득이 발생할 여지가 없는 것이므로, 거래금액이 얼마인지를 다툴 이유가 없을 뿐만 아니라 사외유출된 금액 역시 없는 것으로, 쟁점금액을 청구인에게 상여처분하여 과세한 처분은 부당하므로 과세처분을 취소하여야 한다.

2. 청구인은 청구외조합의 대표자로서 사용수익한 실질대상이 없음에도 불구하고 정책자금으로 취득한 토지에 대한 명의이전을 위한 허가절차상의 검인계약금액 전체를 확인절차도 거치지 아니하고 인정상여로 과세한 것은 국세기본법 제15조 (신의성실), 동법 제16조(근거과세) 및 제19조(세무공무원의 재량의 한계)를 위반한 과세이므로 취소하여야 한다.

3. 청구외조합이 구입한 총토지는 68,883㎡이고 ○○○의 해당면적은 1,819㎡(2.64%)으로, ○○○의 지분금액은 취득가액 기준으로는 96,292,815원이고 대출금총액 4,094,000천원 기준으로는 108,080천원이며, 대출금 잔액인 3,824,000천원 기준으로는 100,950천원이나 IMF의 특수상황으로 93,500천원만을 ○○○의 지분금액으로 정한 것이며, ○○○의 지분에 해당하는 지급이자는 청구외법인이 적정하게 영수하여 해당 은행에 불입한 것이므로, ○○○은 청구외조합의 조합원으로 보는 것이 타당하다.

  • 나. 처분청 의견

1. 청구인은 청구외조합의 사업진행기간이 IMF때였으므로 차입금 40억원에 대한 높은 이자의 부담을 줄이고자 조합원 5인(청구외 ○○○외 4인)을 추가시켰으며 조합원 증가에 대한 이사회 결의나 주주명부 등재 등의 요식행위는 없었으나, ○○○ 등이 청구외조합의 운영자금을 관리하던 통장에 조합운영비 및 이자부담액을 입금한 사실이 확인되는 것만으로 ○○○이 청구외조합의 실질적 조합원이었음을 주장하고 있으나,

• 청구외조합의 정관 제10조(조합원의 가입)에 의하면, ‘조합원의 자격을 가진 자로서 본 조합에 가입하고자 하는 자는 소정의 서식을 갖추어 가입신청서를 제출하면 이사회의 결정으로 가부를 서면으로 통지’하도록 되어 있고, 정관 제13조(출자금액과 그 납입방법)에 의해 조합원은 1좌 이상의 출자를 하여야 한다고 되어 있음에도,

• ○○○이 청구외조합에 대한 조합원 가입신청 내역 및 가입신청에 대한 이사회 의결이 있었는지를 확인할 수 없고, 조합원이라면 정관의 규정에 의해 1좌 이상 반드시 출자해야 하나 청구외조합이 제출한 주식 및 출자지분 변동상황명세서에 의하면 조합원 변동이 없었던 것으로 확인되며 ○○○의 출자금 입금사실도 확인되지 아니한다.

• 또한, 청구외법인의 통장에 ○○○등이 2000. 6. 29.부터 2002. 7. 2.까지 입금한 대금이 이자 및 조합운영비 명목으로 입금한 것이라 하나 관련 대출금에 대한 채권자의 근저당 설정등기가 2002. 6. 26. 해지되었음에도 ○○○이 2002. 7. 2.까지 이자를 지급하였다는 것은 납득할 수 없는 주장이며, 통장사본만으로는 그 대금의 성격이 기타 금전 채권채무에 의한 대금인지 사업상의 매출매입에 의한 대금인지 확인할 수 없으므로 ○○○이 실질적인 조합원이었다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

2. 청구인이 제출한 2000. 6. 28.자 부동산매매계약서에 의하면, ‘상기 금액은 전액 은행대출금으로서 매수인이 매도인의 대출금을 인수하기로 하고 당초 대출금 발생시점부터 발생되는 이자는 매수인이 부담하기로 한다’라고 약정되어 있으나, 계약금․중도금 및 잔금 지급일자도 나타나지 않고 단지 계약서의 작성일자가 2000. 6. 28.로 기재되어 있을 뿐이며, 청구인이 주장하는 쟁점토지의 양도금액은 1997. 6. 23. 취득가액보다 낮으며 2000. 1. 1. 기준 공시지가(200,090천원)의 46.7%에 해당하는 가액(93,500천원)으로 쟁점토지의 지가가 꾸준히 상승한 점을 고려할 때 상당히 낮은 가액이다.

• 또한, 쟁점토지의 등기부등본에 의하면 ○○○이 쟁점토지를 취득한 등기원인일자가 2001. 8. 10.이고 2002. 6. 26. 청구외조합의 은행대출금에 대한 근저당권이 해지되어 ○○○에게 근저당권이 설정된 사실로 보아 ○○○이 청구외조합의 은행대출금을 승계한 것이라고 볼 수 없으며, 쟁점조합이 제시한 매매계약서가 실지계약서라고 볼 수 없으므로 검인계약서상의 매매대금에 의해 법인세를 경정한 당초 처분은 정당하다.

3. 청구인은 쟁점금액을 대표자 개인이 사용수익한 것이 아니므로 청구인에게 인정상여처분함은 부당하다는 주장이나, 청구외조합이 쟁점토지의 매매로 인해 발생한 소득에 대하여 장부나 결산서에 반영한 사실이 없고, 그 소득의 귀속자 또한 밝히지 못하므로 쟁점금액에 대하여 법인세법에 의거 청구외조합의 대표자인 청구인에게 인정상여처분하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 쟁점토지의 양도가액을 조합의 대표자인 청구인에게 상여처분하여 과세한 처분의 적부를 가리는데 있다.
  • 나. 관련법령

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

  • 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여〈이하 생략〉

○ 소득세법 제20조 【근로소득】

① 근로소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 갑 종〈중 략〉

  • 다. 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액 〈이하 생략〉
  • 다. 사실관계 및 판단

1. 쟁점토지(2001. 10. 19. 경기도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 3,920㎡에서 분할되었다)에 대한 매매계약서를 보면, 청구인이 실제 계약서(이하 “쟁점①계약서”라 한다)라고 주장하는 계약서의 계약일자는 2000. 6. 28.이고 양도가액은 93,500,000원이며, 특약사항으로 ‘상기금액은 전액 은행대출금으로서 매수인이 매도인의 대출금을 인수하기로 하고 당초 대출금 발생시점부터 발생되는 이자는 매수인이 부담하기로 한다’라고 기재되어 있으나 계약금 및 중도금․잔금에 대한 내역은 표기되어 있지 아니하며, 처분청에서 과세근거로 삼은 검인용계약서(이하 “쟁점②계약서”라 한다)는 법무사 ○○○이 2001. 9. 11. ○○시장의 검인을 받아 부동산등기용으로 제출한 계약서로 계약일자는 2001. 9. 10.이고 양도가액은 200,100,000원이며 계약금 및 중도금․잔금에 대한 대금지불일자 및 금액이 표기되어 있는 것으로 나타난다.

2. 쟁점토지의 2000년도 및 2001년도 ㎡당 공시지가는 110,000원으로 공시지가에 의한 총가액은 200,090,000원인바, 이 금액은 쟁점②계약서의 양도가액보다 10,000원 적은 금액이나 비슷한 수준임을 알 수 있으며,

  • 가) 쟁점토지의 등기부등본을 보면, 2001. 8. 19. 매매를 등기원인으로 하여 2001. 10. 9. 청구외조합에서 ○○○으로 소유권이 이전되었으며, 1997. 9. 30. 청구외조합과 조합원을 채무자로 하여 공동담보로 채권자인 ○○은행 ○○지점에 근저당권이 설정되었다가, 2002. 6. 26. 근저당권이 해지되고 2002. 6. 27. ○○○을 채무자로 하여 동지번의 건물과 공동담보로 채권최고액 780,000,000원에 채권자인 ○○은행에 근저당권이 설정되었으며,
  • 나) 쟁점토지상의 건물은 2002. 5. 17. 청구외 ○○○이 공장건물을 준공하여 소유권보존등기를 하였으며, ○○○은 2002. 5. 21. 쟁점토지 지번으로 사업장을 이전한 사실이 확인된다.

3. 청구외조합은 중소기업협동조합법에 의거 중소기업 협동화사업 지원을 받기 위하여 가구업자인 청구인 등 10명이 출자하여 설립하였다가 2000년 및 2001년에 2명이 탈퇴하고 1명이 지분을 양도하고 8명이 입회하여 실제 조합원이 16명인 조합으로,

  • 가) 1997. 10. 1. 조합명의로 1,917,000,000원, 조합원 명의로 2,177,000,000원, 합계 4,094,000,000원을 금융 지원받은 자금으로 1997. 6. 23. 청구외 ○○○으로부터 쟁점토지를 포함한 토지 68,883㎡(이하 “조합토지”라 하며, 쟁점토지는 2.64%를 차지하고 있다)을 취득하는 매매계약을 체결한 사실이 나타나며,
  • 나) 청구외조합의주식 등 변동상황명세서에 의하면, 설립시의 조합원 10명이 각각 25,000천원을 출자한 총출자금 250,000천원에 대하여는 2002 사업연도까지 출자자 및 지분의 변동상황이 없었음을 관련서류에 의하여 알 수 있다.

4. 청구외조합이 취득한 조합토지 중 50,039㎡는 조합원이 사용하고 있는 면적으로 2000년 이전에 조합원에게 명의이전되었고, 쟁점토지를 포함한 나머지 18,844㎡는 청구외 ○○○의 사망 및 지목변경 등의 사유로 소유권이전이 지연되어 쟁점조합이 소송을 제기하고 그 판결에 의하여 1997. 5. 23. 매매원인으로 2000. 6. 22. 쟁점법인 명의로 소유권을 이전하였다가 2001년부터 2003년 중 나머지 조합원 명의로 소유권이 이전된 사실이 관련서류에 의하여 확인된다.

5. 청구인이 청구외조합의 이자상환에 대하여 제출한 증빙서류에 의하면, 청구외조합은 조합토지에서 도로 등을 제외한 53,224㎡에 대하여 조합원이 실제 사용하는 면적에 비례하여 조합지분을 포함한 조합원의 대출이자를 각각 징수하여 ○○은행에 불입하였는바, ○○○에 대하여는 사용지분인 3.37%보다 많은 4.6%로 계상하여 이자를 징수하였으며, ○○○이 2000. 6. 29. ~ 2002. 7. 2.까지 이자로 불입한 금액은 22,326,128원으로 나타난다.

6. 먼저, 청구인은 ○○○이 청구외조합의 조합원이므로 쟁점토지의 양도행위가 과세대상이 아니라고 주장하고 있어, 이에 대하여 살펴본다.

  • 가) 청구외조합은 비영리법인인 조합에 해당하며 조합재산은 조합원의 합유에 속하는 것(민법 제704조)이므로, 비영리법인인 조합명의로 자산을 취득하여 실권리자인 조합원에게 지분비율대로 양도하는 형식을 취했다 하더라도 조합원의 위임을 받아 처리한 것에 불과한 경우에는 재화의 공급으로 볼 수 없다 할 것(국심94경657, 1994. 9. 8. ; 감심98-1, 1998. 1. 13. 같은 뜻임)으로, 이는 조합원의 지분비율대로 양도한 경우에만 해당된다고 보아야 할 것이다.
  • 나) 그러나 이 건은, ○○○이 조합원으로 추가로 가입하고 토지를 양도받은 형식을 취한 것으로, 이로 인하여 최초 조합원(10명)의 각자 지분과 은행 채무가 감소하는 효과가 발생한 것이므로 청구외조합이 쟁점토지를 ○○○에게 유상양도하였다고 보는 것이 타당할 것이다.
  • 다) 따라서 청구외 ○○○이 쟁점조합의 조합원인지 여부는 심리를 생략한다.

7. 다음으로, 소유권이전 등기를 위하여 작성한 쟁점②계약서상의 쟁점금액을 양도가액으로 본 처분은 부당하다는 청구주장에 대하여 살펴본다.

  • 가) 청구외조합의 정관을 보면, 조합 부동산의 취득과 처분은 총회의 의결로 하도록 되어 있음에도 청구인은 쟁점토지의 양도에 대한 총회회의록을 심리일 현재까지 제시하지 못하고 있어 쟁점토지를 얼마에 양도하였지에 대한 객관적인 증거서류는 없다 할 것이며, 청구인이 제출한 쟁점①계약서는 중도금 등 대금지급일자가 표기되어 있지 아니하며 그 양도가액(93,500,000원)이 공시지가의 46.7%에 불과하여 양도가액을 실거래가액으로 보기 어려우며, 쟁점②계약서에 날인된 ○○○의 인장과 틀려 쟁점①계약서가 진실된 계약서로 보기에는 어려움이 있다 하겠다.
  • 나) 반면, 처분청에서 과세근거로 삼은 쟁점②계약서는 광주시장의 검인을 받았고 그 양도가액이 공시지가와 유사하다 할 것이므로 처분청이 관인계약서인 쟁점②계약서상의 쟁점금액을 양도가액으로 본 처분은 잘못되었다고 볼 수는 없는 것으로 판단된다.

8. 비영리법인인 청구외조합의 조합장인 청구인에게 쟁점금액을 상여처분하여 과세한 처분은 부당하다는 청구주장에 대하여 살펴본다.

  • 가) 관련법령에 의하면, 법인의 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되어 귀속이 분명한 경우에는 그 귀속자에게 처분하고 귀속이 불분명한 경우에는 대표자 등에게 상여처분하도록 규정되어 있고 비영리법인의 경우에도 똑같이 적용하도록 하고 있는바, 귀속이 불분명한 사외유출금액에 대하여는 청구외조합의 대표자인 청구인에게 상여처분하는 것은 타당하다 할 것이다.
  • 나) 다만, 귀속이 분명한 금액에 대하여는 그 귀속자에 따라 처분을 하여야 하는 것으로, 청구인이 제시한 관련 서류에 의하면, 청구외조합은 2000. 6월부터 2001. 7월까지 조합토지에 근저당권이 설정된 총채무에 대하여 조 ○○의 해당 지분율로 계산한 차입금 이자를 징수하여 은행에 불입하고 있는 사실을 알 수 있는바, 청구인이 제출한 쟁점①계약서상 대출금을 인수한 금액이라고 표기된 93,500,000원이 총차입금에서 상환액을 차감한 금액에서 조합토지에 대한 쟁점토지의 비율인 2.64%로 계산한 금액과 유사하여 ○○○이 부담한 이자에 대한 차입금으로 보는 것이 타당할 것이다.
  • 다) 비록 청구외조합의 은행채무가 ○○○에게 승계된 증빙서류가 미비하다 할지라도 ○○○이 대출금의 일부를 승계하여 차입금이자를 상환한 사실, 조합토지에 대한 근저당권이 해지된 이후에 ○○○ 명의로 근저당권이 설정된 사실, 쟁점토지는 ○○○이 사업장으로 사용한 사실 등으로 보아 ○○○이 이자를 부담한 채무가액 93,500,000원은 청구외조합으로부터 ○○○이 인수하였다고 보아야 할 것으로 귀속이 분명하다 할 것이므로 쟁점금액에서 채무가액을 차감한 금액만을 청구인에게 상여처분하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결 론

이건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)