면세유류 판매분을 매출누락한 것으로 보아 과세한 처분의 적정여부.

[주문] **세무서장이 2004. 4. 6. 청구인에게 경정. 고지한 2002년 귀속 종합소득세 38,131,180원의 부과처분은,

1. 매출누락액 중 19,265,238원은 수입금액과 소득금액에서 제외하고, 면세유류 매입액 과소계상분 8,055,602원을 필요경비로 인정하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다. [이유]

청구인은 청구외 정종☆과 각각 1/2씩 투자하여 공동으로 2000. 3. 31. 부터 2003. 4. 21.까지 ○○도 ○○시 ○○구 동 번지 소재 ○○주유소(000-00-, 이하 "쟁점사업장" 이라 한다) 등을 영위한 기장사업자로, 쟁점사업장의 총수입금액을 2,243,638,315원, 소득금액을 39,546,887원으로 하여 외부조정에 의하여 2002년 귀속 종합소득세 과세표준 및 세액을 신고. 납부하였다. **세무서장(이하 "조사관서" 라 한다)은 쟁점사업장의 면세유류 판매분에 대한 수입금액 184,224,000원을 과소신고하였다 하여 2004. 2. 16. 청구인의 지분(50%)인 92,112,000원(이하 "쟁점금액" 이라 한다)을 사업장별수입금액결정상황표에 의하여 처분청에 통보하였으며, 처분청은 쟁점금액을 수입금액에 가산하여 2004. 4. 6. 청구인에게 2002년 귀속 종합소득세 38,131,180원을 결정. 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004. 7. 6. 이의신청을 거쳐, 2004. 12. 22. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구주장 청구인은 쟁점사업장의 부가가치세 신고시 면세매출분을 기타란에 포함하여 신고를 하였기에 면세수입금액란에 별도 기재를 하면 이중으로 매출이 계상되므로 기재를 하지 않았던 것이며, 신고서 작성시 신용카드 매출전표 발행금액 등 집계표란에 구분하여 기재하지 못하고 면세분 카드매출 및 현금매출분을 기타란에 포함하여 신고를 하였던 것으로, 비록 신고시 서류상에는 기재착오 등 문제는 있었지만 면세분에 대한 누락이 없었으므로 재검토하여 주식기 바랍니다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점사업장의 2002년 제1기분 면세분 매출액 82,525,400원(신용카드 65,970,000원, 현금 16,555,400원)이 부가가치세 신고서상 기타매출금액에 포함되었음을 주장하나 부가가치세신고서상 계산서 교부금액은 84,936,435원으로 상이하여, 과세와 면세를 겸업하는 사업자는 각각 구분 경리하여 세무신고를 하여야 함에도 부가가치세 신고서에 면세매출에 상당하는 금액이 포함되었다는 구체적인 증빙이 없으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액을 신고누락한 것으로 보아 청구인의 지분 상당액을 총수입금액에 산입하여 종합소득세를 과세한 처분이 적정한지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제24조 [총수입금액의 계산]

① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해 연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다.(1994.12.22 개정)

③ 총수입금액의 계산에 있어서 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산 또는 확정시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(1994.12.22 개정) 2) 소득세법 제80조 [결정과 경정] <중 략>

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.(1994.12.22 개정)

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때 <이하 생략> 3) 소득세법 시행령 제142조 [과세표준과 세액의 결정 및 경정]

① 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다. 4) 조세특례제한법 제106조의2 [] (2002. 12. 11. 개정전의 것)

① 다음 각호의 1에 해당하는 석유류에 대하여는 2007년 6월 30일까지 공급하는 분에 대한 부가가치세와 제조장 또는 보세구역으로부터 반출되는 분에 대한 특별소비세·교통세·교육세 및 주행세를 대통령령이 정하는 바에 따라 면제하고, 2007년 7월 1일부터 2007년 12월 31일까지 공급하는 분에 대한 부가가치세와 제조장 또는 보세구역으로부터 반출되는 분에 대하여는 특별소비세·교통세·교육세 및 주행세의 100분의 75에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 바에 따라 감면한다.(2004.12.31 개정)

1. 대통령령이 정하는 농민, 임업에 종사하는 자 및 어민(이하 이 조에서 "농·어민등"이라 한다)이 농업·임업 또는 어업에 사용하기 위한 석유류로서 대통령령이 정하는 것(2002.12.11 개정) [ 부칙 ]

2. 연안을 운항하는 여객선박에 사용할 목적으로 한국해운조합법에 의하여 설립된 한국해운조합에 직접 공급하는 석유류(2001.12.29 개정)

② 농·어민 등이 제1항 제1호에서 규정하는 석유류를 공급받기 위하여는 농업협동조합법에 의한 조합, 산림조합법에 의한 조합 및 수산업협동조합법에 의한 조합으로부터 대통령령이 정하는 면세유류구입권 또는 출고지시서(이하 이 조에서 "면세유류구입권 등"이라 한다)를 교부받아야 한다.(2004.12.31 개정)

③ 제1항 제1호의 규정에 의한 농민 및 어민이 동항 제1호에서 규정하는 석유류를 농업기계·선박 및 농·어업용 시설에 사용하고자 하는 경우에는 다음 각호의 사항을 준수하여야 한다.(2002.12.11 개정) [ 부칙 ]

1. 대통령령이 정하는 농업기계 및 선박의 경우에는 사용실적 등을 확인할 수 있는 대통령령이 정하는 장치를 부착하고, 사용실적 등을 확인할 수 있는 대통령령이 정하는 서류를 제출할 것(2001.12.29 개정)

2. 대통령령이 정하는 농업기계 및 농·어업용 시설의 경우에는 생산실적 등을 확인할 수 있는 대통령령이 정하는 서류를 제출할 것 <이하 생략>

• 다. 사실관계 및 판단

1. 조사관서는 쟁점사업장의 2002년 귀속 계산서합계표제출일람표에 의거 면세 매출분이 신고누락된 것으로 보아 면세분 매입금액 169,708,000원에 업종 평균부가가치율 7.88%을 적용하여 공동사업수입금액 누락금액을 184,224,000원으로 산정하여 청구인의 지분에 해당(50%)하는 쟁점금액을 사업장별수입금액결정정상황표에 의하여 처분청에 통보하자, 처분청은 동 자료를 근거하여 이 건 종합소득세 38,131,180원을 과세한 사실이 결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

2. 쟁점사업장의 2002년 과세기간의 부가가치세 신고서에 기재된 내역은 아래 표1과 같다. 부가가치세 신고 내역 (단위: 원) ┌──────────────┬───────┬───────┬───────┐ │ 구 분 │ 2002년 제1기 │ 2002년 제2기 │ 2002년 계 │ ├───────┬──────┼───────┼───────┼───────┤ │ │ 세금계산서 │ 849,774,188│ 609,226,128│ 1,459,000,316│ │ ├──────┼───────┼───────┼───────┤ │ 매출과세표준 │ 기 타 │ 1,163,833,349│ 1,859,442,819│ 3,023,276,168│ │ ├──────┼───────┼───────┼───────┤ │ │ 합 계 │ 2,013,607,683│ 2,468,668,947│ 4,482,276,630│ ├───────┼──────┼───────┼───────┼───────┤ │ 매입과세표준 │ 일반매입 │ 1,851,587,107│ 2,265,374,677│ 4,116,961,784│ ├───────┴──────┼───────┼───────┼───────┤ │ 부가가치율 │ 8.05 │ 8.24 │ 8.17 │ ├──────────────┼───────┼───────┼───────┤ │ 면세사업 수입금액 │ 84,936,435│ - │ 84,936,435│ └──────────────┴───────┴───────┴───────┘

3. 쟁점사업장과 관련한 청구인의 2002년 귀속 종합소득세 신고 및 경정결정 내역은 다음 표2와 같다. 종합소득세 신고 및 내역 (단위: 원) ┌───┬───┬──────────────┬──────────────┐ │ │ │ 수입금액 │ 소득금액 │ │ 구분 │지분율├────┬────┬────┼────┬────┬────┤ │ │ │ 신고 │ 경정 │ 증감 │ 신고 │ 경정 │ 증감 │ ├───┼───┼────┼────┼────┼────┼────┼────┤ │ 총계 │ 100% │4,487,27│4,671,50│184,224,│ 79,093,│263,317,│184,224,│ │ │ │ 6,630│ 0,630│ 000│ 775│ 775│ 000│ ├───┼───┼────┼────┼────┼────┼────┼────┤ │청구인│ 50% │2,243,63│2,335,75│ 92,112,│ 39,546,│131,658,│ 92,112,│ │ │ │ 8,315│ 0,315│ 000│ 887│ 887│ 000│ └───┴───┴────┴────┴────┴────┴────┴────┘

4. 면세수입금액을 부가가치세 과세분 기타란에 포함하여 신고하였으므로 이에 대한 재검토를 주장하는 청구주장에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구인은 쟁점사업장에서 ◎◎칼텍스정유(주) 등으로부터 유류를 구입하여 실소비자에게 판매하고 일부는 농협협동조합장이 발급한 면세유류공급확인서에 의하여 면세로 부가가치세를 신고. 납부하였는바, 면세분 매입 169,708,000원 중 계산서 6매 81,335,000원을 제출누락한 사실에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없으며, 조사관서는 사실조사없이 면세분 총매입액 169,708,000원에 평균 부가가치율 7.88%를 적용하여 산정한 금액의 50%인 쟁점금액을 수입금액과 소득금액으로 가산하여 이 건 과세한 사실이 확인된다.
• 나) 청구인이 제시한 자료에 따르면, 청구인은 매월말 재고조사를 실시하여 유종별로 재고수량 및 판매수량을 기록하고 있으며, 유류별 판매단가는 수시로 변하더라도 같은 기간에는 가격차이가 없는 점을 고려할 때 교부한 세금계산서에 의하여 유종별 월별 판매단가를 알 수 있어 그 계산에 의하여 총수입금액을 확인할 수 있고, 면세수입금액은 면세유류 공급확인서 에 의하여 알 수 있다고 보여진다.
• 다) 청구인이 제출한 자료에 의하여 당심에서 확인한바, 세금계산서상 유종별 평균판매단가에 의하여 계산한 과세매출 공급대가는 붙임1과 같이 4,877,407,393원(공급가액으로 환산하면 4,434,006,720원이다)이고 면세유류 공급확인서에 의한 면세유류 판매금액은 붙임2와 같이 193,963,435원으로, 신용카드매출에 대한 세액 공제액 5,000,000원을 합계하면 쟁점사업장의 총수입금액은 4,632,970,155원으로, 청구인의 지분은 2,316,485,077원이 된다 할 수 있을 것이다.
• 라) 비록 청구인이 2002년 제2기분 부가가치세 확정신고시 면세수입금액을 별도로 표기하지 아니하고 부가가치세 과세표준에 면세수입금액이 포함되었는지 여부가 불분명하다 할지라도, 청구인이 영위한 주유소업은 같은 기간의 판매단가가 동일하므로, 처분청은 이러한 사실을 근거로 하여 실지조사에 의하여 과세하여야 함에도 면세매입금액에 업종평균 부가가치율을 적용하여 계산한 수입금액을 누락하였다고 과세한 처분은 근거과세원칙에 위배된 처분이라고 판단된다.
• 마) 따라서 판매수량에 평균판매단가를 적용하여 산출한 매출금액과 면세유류공급확인서에 의한 면세수입금액을 합계한 금액을 쟁점사업장의 총수입금액으로 보는 것이 처분청의 과세방법보다는 설득력이 있다 할 것이고 청구인의 주장과 같이 면세수입금액의 일부가 과세분에 포함되어 신고되었다고 보아야 할 것이므로, 청구인의 지분(50%) 상당액 2,316,485,077원을 총수입금액으로 보아 차액 19,265,238원(2,335,750,315원 - 2,316,485,077원)을 총수입금액과 소득금액에서 차감하는 것으로 하여 재경정하는 것이 타당하다 할 것이다.
• 마) 한편, 처분청은 이 건 종합소득세를 과세하면서 면세매입금액을 169,708,000원으로 계상하였지만, 청구인은 장부상 153,596,796원만 계상하고 있으므로 그 차액인 16,111,204원 중 청구인의 지분(50%) 상당액인 8,055,602원은 필요경비로 추가로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다.

5. 위 내용을 종합하여 볼 때, 과세를 함에 있어 그 입증책임은 과세관청이 부담하는 것으로, 조사관청의 쟁점사업장에 대한 쟁점금액의 계산에는 그 근거가 충분하고 합리적인 방법으로 계산되었다고 보기 어려운 면이 있고 청구주장이 일부 일리가 있다 할 것이므로, 처분청에서 과다계상한 수입금액 19,265,238원과 필요경비 추가인정분 8,055,602원, 합계 27,320,840원을 과세표준에서 차감하여 재경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 소득세법 제24조 / 소득세법 제80조 / 소득세법시행령 제142조 / 조세특례제한법 제106조의2 /