최소한의 매출원가를 필요경비에 산입하여 과세표준과 세액을 결정함은 타당

○○세무서장이 2004. 7. 13. 청구인에게 결정고지한 2001년 과세연도 종합소득세 142,182,210원의 부과처분은, 추계에 의한 과세 대신, 매출원가 1,690,476,290원을 필요경비에 산입하여 그 과세표준과 세액을 결정합니다.

• 가. 청구인은 1994년 7월 청구외 정○○(이하 “정○○”이라 한다) 및 심○○과 각 1/3지분으로 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 상가를 신축․분양할 목적으로 사업자등록(등록번호 000-00-00000)을 한 뒤 1995년 7월 청구외 심○○이 탈퇴함에 따라 청구인 1/3지분, 정○○ 2/3지분으로 하여 1995년 12월 동 상가(상가명: ○○프라자)를 준공한 다음,
• 나. 1996년 2월 당시 미분양상가에 대하여 각자의 지분대로 분할등기하고, 청구인 명의로 등기된 B101호 등 23호에 대하여 1996. 2. 1. 별도의 사업자등록(등록번호 000-00-00000, 이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 하여 2001. 6. 18.까지 부동산 매매 및 임대업을 운영한 자로서, 2001년 과세연도 종합소득세를 신고하지 아니하였는데,
• 다. 2001연도에 위 23호의 상가 중 일부(B102․601․602․603․604․605․606호이고, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)가 865,486,000원(부가가치세 제외금액이고, 이하 “쟁점금액”이라 한다)에 경락되자, 처분청은 쟁점금액에 대하여 표준소득률에 의한 추계로 소득금액을 산정하여, 2004. 7. 13. 청구인에게 2001년 과세연도 종합소득세 142,182,210원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004. 10. 5. 심사청구하였다.

• 가. 청구인은 쟁점사업장과 청구외 ○○건설(주)를 함께 운영하는 과정에서 IMF사태를 맞이하였고, 이로 인하여 부동산가격이 폭락함에 따라 상기 신축건물은 공사원가의 절반가격에도 분양이 되지 않고 건축경기가 올스톱 되어 끝내 1997연도말 청구외 ○○건설(주)가 부도나고 청구인은 부정수표단속법 위반으로 기소되고 주민등록이 직권말소 되었으며,
• 나. 그 후 최종 복권되기까지의 기간 중에 쟁점사업장 상가는 건설원가의 약 1/3가격으로 일부분씩 경락되어 은행 등에서 가져감으로써 청구인은 동 경락과 관련하여 수입이 전혀 없었고, 부도, 기소, 주민등록말소, 복권 후 재기 등 일련의 기간동안 경황이 없는 관계로 경락된 상가에 대하여 제세 신고를 할 여력이 없었는바,
• 다. 무신고자의 종합소득세를 결정함에 있어 장부 등에 의한 소득금액의 결정이 가능한지를 검토한 후 그 방법에 의한 결정이 불가능할 경우에만 추계의 방법을 적용하여야 할 것으로서, 이 건의 경우 기 신고되어 있는 부가가치세신고서와 매입세금계산서 및 계산서 등을 검토하면 공사원가에도 미달하는 가격으로 경락되어 상당한 손실이 발생하였음을 충분히 알 수 있음에도, 처분청이 이를 확인하지 않고 추계에 의하여 종합소득세를 과세한 것은 소득이 없는 곳에 과세한 것으로서 근거과세 위반이므로 취소되어야 한다.

청구인은 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무제표와 세무조정계산서 등을 첨부하여 법정신고기한내에 2001년 과세연도 종합소득세를 신고하였어야 함에도 신고하지 아니하였고, 청구인이 이 건 심사청구시 제출한 증빙은, 1999연도에 쟁점사업장 상가 중 일부(쟁점부동산 아님)가 경락됨에 따라 처분청이 2001년 5월 종합소득세를 추계결정하여 과세한 데 대하여 청구인이 2003. 11. 19. 고충청구를 하면서 기 제출하였던 것으로서, 동 고충은 처분청 고충위원회 심의결과 받아들여지지 아니하였으므로, 추계로 소득금액을 산정하여 이 건 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액에 대하여 추계로 소득금액을 산정하여 종합소득세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제80조 【결정과 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다.』라고 규정하고 있고, 동 제3항은『납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

○ 소득세법 시행령 제142조 【과세표준과 세액의 결정 및 경정】

① 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.

○ 소득세법 시행령 제143조 【추계결정 및 경정】

① 법 제80조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모․종업원수․원자재․상품 또는 제품의 시가․각종 요금등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량․전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

• 다. 사실관계 및 판단

1. 거주자의 각 과세연도의 소득에 대한 종합소득세의 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 장부 및 증빙서류를 근거로 하여야 하는 것이 원칙이고, 그 방법에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에 한하여 추계하는 것이다.

2. 청구인과 정○○은 1996. 2. 1. 당시 미분양상가 64호에 대하여 공유물분할 등기를 하면서, 미분양상가 64호의 건설원가 10,898,523,084원을 면적비율로 안분하여 각 호수별 건설원가를 산정하였는바, 그 중 쟁점사업장 상가(쟁점부동산 포함) 관련 건설원가는 아래와 같다. 구 분 건설원가 (토지비+건축비) 청구인 지분 (1/3) 정○○ 지분 (2/3) 쟁점부동산 B102 194,391,429 64,797,143 129,594,286 601 353,168,795 117,722,932 235,445,863 602 90,311,714 30,103,905 60,207,809 603 233,650,743 77,883,581 155,767,162 604 179,614,433 59,871,478 119,742,955 605 239,115,156 79,705,052 159,410,104 606 534,582,422 178,194,141 356,388,281 소계 1,824,834,692 608,278,232 1,216,556,460 기 타 분 1,875,636,979 625,212,329 1,250,424,650 총 계 3,700,471,671 1,233,490,561 2,466,981,110

3. 청구인과 정○○은 청구인이 소유하기로 한 지하 101호 등 23호의 상가(쟁점사업장 상가)에 대한 정○○의 지분(2/3) 양도분 2,466,981,110원에 대하여 1996. 2. 1. 이를 재화의 공급으로 보아 청구인과 정○○ 공동명의의 사업자등록번호(000-00-00000)로 청구인에게 아래와 같이 공급가액 1,781,236,969원의 세금계산서(건물분)와 685,744,141원의 계산서(토지분)를 교부하였음을 공유물분할 관련자료에 의하여 알 수 있다. 구 분 건 물 분 토 지 분 합 계 쟁점부동산 B102 95,026,603 34,567,683 129,594,286 601 167,937,498 67,508,365 235,445,863 602 42,942,181 17,265,628 60,207,809 603 111,109,650 44,657,512 155,767,162 604 85,405,966 34,336,989 119,742,955 605 113,708,398 45,701,706 159,410,104 606 254,202,956 102,185,325 356,388,281 소계 870,333,252 346,223,208 1,216,556,460 기 타 분 910,903,717 339,520,933 1,250,424,650 총 계 1,781,236,969 685,744,141 2,466,981,110

4. 쟁점사업장 관할 ○○세무서장은 공동사업자인 청구인과 정○○이 1995년 제1기~제2기 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제하여 신고한 ○○프라자 상가 신축 관련 매입세액을 정당한 것으로 인정하여 환급신청세액 517,506,204원 전액을 환급하였고, 공유물 분할과 관련된 1996년 제1기 부가가치세 신고내용에 대하여도 이를 부인하여 경정한 사실이 없음이 국세통합전산망(TIS)과 부가가치세 세적관리카드 등에 의하여 확인된다.

5. ○○프라자 상가 토지는 1996. 1. 16. ○○공사로부터 3,080,835,230원에 불하받은 것이고, 동 상가는 위 토지위에 청구외 ○○건설(주)가 도급금액 8,700백만원(부가가치세 별도)에 신축한 것임을 토지매매계약서와 공사도급계약서 사본에 의하여 알 수 있다.

6. 청구인은 쟁점사업장 상가에 대하여 1995년 과세연도에 감가상각비를 계상하지 아니하였고, 1996～1997년 과세연도에는 각 67,179,201원씩 합계 134,358,402원의 감가상각비를 계상하였으며, 1998~2001년 과세연도 종합소득세는 이를 신고하지 아니하였음이 국세통합전산망(TIS)에 의하여 확인된다.

7. 정○○은 1995년 과세연도 및 1996년 과세연도 종합소득세 신고시 쟁점사업장 상가에 대하여 감가상각비를 계상하지 아니하였음을 국세통합전산망(TIS)에 의하여 알 수 있다.

8. 1999연도에 쟁점사업장 상가 중 일부(쟁점부동산 아님)가 경락됨에 따라 처분청이 2001년 5월 종합소득세를 추계결정하여 과세하자, 청구인은 2003. 11. 19. 처분청에 실지조사결정해달라며 고충을 제기하였는바, 동 고충에 대한 처분청 고충처리결정서에서 확인되는 사실관계 및 그 불채택 이유는 다음과 같다.

• 가) 청구인과 정○○간의 ○○프라자 공유물 분할계약은 부동산 매매 후 남은 64호의 상가를 10,898,523천원으로 평가하여 청구인에게 지분등기된 지하 101호 등 23개 상가에 대하여 정○○이 총 2,466,980천원(건물분 1,781,236천원, 토지분 685,744천원)의 세금계산서 및 계산서를 발행하였다.
• 나) 위 공유물분할계약 내역에 1999년 경락된 14호의 상가 1,168,715천원(건물분 872,780천원, 토지분 295,935천원)이 포함되어 있다.
• 다) 정○○이 청구인에게 발행한 세금계산서(건물분 공급가액 1,781,236천원) 내역은 정○○이 신고한 1996년 제1기 부가가치세 예정신고서의 매출처별세금계산서합계표에 표기되어 있다.
• 라) 청구인이 제시한 세금계산서에는 1999년 경락된 14호의 상가가 포함되어 있다.
• 마) 청구인은 대사업자로서 1997년 귀속분까지 세무대리인을 통해 종합소득세를 신고하는 등 일시적인 부도여파로 인해 납세의무를 게을리 할 수 있는 처지라고 판단하기 어렵고, 더구나 청구인의 고충신청은 고충청구의 취지를 벗어난 청원으로써 당초 과세관청의 부과처분이 위법성이 없는 정당한 행정행위로 판단되는바 고충처리위원회의 의결을 거쳐 불채택 결정한다.

9. 살피건대, 이 건의 경우 매출액(수입금액)은 경락금액 865,486,000원(쟁점금액)임을 심리자료에 의하여 알 수 있고, 감가상각 전의 매출원가(공사원가)는 1,824,834,692원임이 매입세금계산서 등에 의하여 객관적으로 확인된다고 할 것으로서, 청구인이 1996~1997년 과세연도에 쟁점사업장 상가에 대하여 감가상각비로 계상한 총 134,358,402원이 모두 쟁점부동산에 대한 감가상각비라고 가정한다 하더라도, 청구인의 2001년 귀속 실제 소득금액은 △824,990,290원{865,486,000원- (1,824,834,692원-134,358,402원)}에 불과한 점으로 미루어, IMF라는 특수한 상황에서 건축경기가 올스톱 되고 부동산가격이 폭락함에 따라 공사원가에도 미달하는 가격으로 쟁점부동산이 경락되어 상당한 손실이 발생하였다는 청구주장이 신빙성이 있다고 보여지는 바, 추계에 의한 과세 대신, 최소한의 매출원가 1,690,476,290원(1,824,834,692원-134,358,402원)을 필요경비에 산입하여 그 과세표준과 세액을 결정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.