과세자료에 의한 1차 경정 후, 세무조사로 재경정할 경우 중복조사인지 여부

[주문]

○○세무서장이 2004.03.10 청구인에게 한 부가가치세 2001년 1기분 12,488,880원, 2001년 2기분 39,060,170원, 2002년 1기분 51,730,800원, 2002년 2기분 49,660,050원과 종합소득세 2001과세연도 226,066,650원, 2002과세연도 219,062,950원의 부과처분은 1. 청구인이 ☆☆건설기계 지△△으로부터 매입한 장비사용료 114,000,000원(2001년 54,000,000원, 2002년 60,000,000원)과 ◇◇물류 음○○으로부터 2002년 2기분 정제유 매입액 30,979,027원에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하고, 소득금액을 계산함에 있어서 각각 필요경비에 산입하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고 2. 나머지 청구는 이를 기각합니다. [이유]

청구인은 충청남도 태안군 ☆☆면 ☆○리 1606번지에서 ☆☆이라는 상호로 바다모래를 구입하여 세척 및 건조한 후 판매하는 사업자로 2001.01.01∼2002.12.31 기간중 ◇◇운수외 31개업체로부터 공급가액 합계 1,291,196,000원(2001년 1기 256,546,000원, 2001년 2기 333,942,000원 2002년 1기 360,282,000원, 2002년 2기 340,426,000원; 이하 "쟁점금액"이라 한다)의 세금계산서를 수취하여 관련매입세액을 공제하여 부가가치세 과세표준과 세액을 신고하고, 쟁점금액을 필요경비에 산입하여 세무대리인의 세무조정계산서를 첨부하여 2001년∼2002년 귀속 종합소득세를 신고납부하였다. 처분청은 청구인에 대한 세무조사를 실시한 결과청구인이 실물거래없이 쟁점금액의 세금계산서를 수취한 것으로 보아 기과세분 △△중기(주) 매입분 182,030,000원을 제외한 1,109,166,000원에 대한 관련매입세액을 불공제하고, 각 과세연도의 소득금액을 계산함에 있어서 쟁점금액을 필요경비불산입하고, 대급지급사실이 약속어음과 무통장입금증 등에 의하여 객관적으로 확인되는 운송비 456,784,285원(2001년 223,498,925원, 2002년 233,285,360원)을 추가로 필요경비로 인정하여 2004.03.10 청구인에게 아래와 같이 부가가치세 152,939,900원과 종합소득세 445,129,600원을 경정고지하였다. (부가가치세 및 종합소득세 경정내역) (단위:원) ┌─────┬───────┬──────┬──────┬──────┐ │ 기별 │ 쟁점금액 │ 경비추인 │ 부가세고지 │소득세고지액│ ├─────┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ 2001년1기│ 256,546,000 │ 85,243,862│ 12,488,880 │ │ ├─────┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ 2001년2기│ 333,942,000 │ 138,255,063│ 39,060,170 │ │ ├─────┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ 소계 │ 590,488,000 │ 223,498,925│ 51,549,050 │ 226,066,650│ ├─────┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ 2002년1기│ 360,282,000 │ 140,151,398│ 51,730,800 │ │ ├─────┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ 2002년2기│ 340,426,000 │ 93,133,962│ 49,660,050 │ │ ├─────┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ 소계 │ 700,708,000 │ 233,285,360│101,390,850 │ 219,062,950│ ├─────┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ 총계 │4,291,196,000 │ 456,783,000│152,939,900 │ 445,129,600│ └─────┴───────┴──────┴──────┴──────┘ 청구인은 이에 불복하여 2004.05.29 이의신청을 거쳐 2004.09.01 이건 심사청구를 하였다.

(1)청구인이 2001년 1월∼6월 기간중 충청북도 제천시 ☆◎ 831번지 소재 △△중기(주)로부터 교부받은 운송비 공급가액 182,030,000원의 세금계산서(6)매가 자료상 교부한 가공자료로 통보되어 2003년 12월중 세무조사를 받았고 위장매입으로 보아 관련 부가가치세를 불공제하여 2001.12.18 청구인에게 2001년 1기분 부가가치세 23,145,110원을 경정고지하면서 아래와 같이 ◎◎운수외 8개처로부터 180,564,950원의 운송용역을 제공받은 사실을 확인하고 용역제공거래처에 과세자료로 통보하여 과세한 사실이 있는바, 특별한 과세자료 발생없이 다시 2001년 1기를 재조사하는 것은 국세기본법상 세무조사권 남용금지 규정에 위배된다. <위장매입으로 인정한 거래명세> (단위:원) ┌────┬────┬──────┬─────────────┐ │ │ │ 위장매입 │ 재경정 │ │ 상호 │ 성명 │ ├──────┬──────┤ │ │ │ (당초공제) │ 추인금액 │필요경비부인│ ├────┼────┼──────┼──────┼──────┤ │◎◎운수│ 안◎◎ │ 21,158,990 │ 24,033,000│ 0 │ ├────┼────┼──────┼──────┼──────┤ │대○운수│ 김□규 │ 13,355,100 │ 5,865,000│ 7,690,100│ ├────┼────┼──────┼──────┼──────┤ │충○중기│ 유□성 │ 68,105,000 │ 55,347,000│ 12,758,000│ ├────┼────┼──────┼──────┼──────┤ │한○운수│ 박□배 │ 11,151,480 │ - │ 11,151,480│ ├────┼────┼──────┼──────┼──────┤ │경○화물│ 최□의 │ 12,761,600 │ - │ 12,761,600│ ├────┼────┼──────┼──────┼──────┤ │미○기업│ 박□호 │ 15,187,420 │ - │ 15,187,420│ ├────┼────┼──────┼──────┼──────┤ │원○운수│ 박□선 │ 20,500,000 │ - │ 20,500,000│ ├────┼────┼──────┼──────┼──────┤ │경○화물│ 서□아 │ 9,107,000 │ - │ 9,107,000│ ├────┼────┼──────┼──────┼──────┤ │창○운수│ 김□하 │ 9,238,360 │ - │ 9,238,360│ ├────┼────┼──────┼──────┼──────┤ │ 총계 │ 9개처 │180,564,950 │ 85,245,000│ 89,155,600│ └────┴────┴──────┴──────┴──────┘

(2) 청구인은 규사 제조·판매업의특성상 매입시와 매출시에 운반비가 발생되며 덤프트럭 등을 사용하기 위하여 발주할 때 전문성이 떨어지기 때문에 중간에 알선하는 사람을 두고 있으며, 매입시는 유○성과 최○한의 알선을 통하여, 제품 매출시는 김○규, 안◎◎, 박○선 등의 알선자를 통해서 운수업자의 운수용역을 제공받았고, 청구인은 본인이 직접 교부받거나 알선자가 제공하는 매입세금계산서로 제공받고 비용계산하였으며, 관련비용은 알선자에 무통장입금, 어음 또는 현금으로 지급하였는바 용역제공자가 청구인에게 용역을 제공하고 대가를 수령하였다고 ◇◇운수외 26명이 확인하는 545,263,000원(2001년 309,808,00원, 2002년 235,455,000원; 이하 "쟁점운송비"라 한다)에 대하여는 정당거래이므로 매입세액을 공제하고 소득금약을 경정함이 있어서 필요경비로 공제하여야 한다.

(1) 청구인이 2001년 1기에 청구외 △△중기(주)로부터 교부받은 세금계산서에 대한 매입세액불공제하여 과세하면서 사실상 ◎◎운수외 8명ㅇ로부터 180.564,950원의 운송용역을 제공받고 세금계산서는 △△중기(주)로부터 교부받았다는 청구인의 소명자료(거래사실확인서와 인감증명서)를 인정하여 필요경비에 산입하였으나 위장매입으로 보아 원가인정한 부분이 명확하지 아니하다는

○○ 지방국세청장의 감사지적에 따라 청구인은 세무조사대상자로 선정하여 이 건 과세하였는 바 국세기본법 제81조 의 3의 규정에 의하면, 세무공무원은 조세탈루혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있고 법 제81조의3 2항에서 "기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우"라 함은 각종과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의 4 및 법 제81조의 7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우를 말한다고 규정(같은법 시행령 제63조의 2)하고 있는바, 당초 △△중기(주)의 과세자료에 대한 부가가치세 1차경정은 단순한 과세자료처리에 불과하여 국세기본법상 중복조사금지의원칙에 적용되는 세무조사에 해당되지 아니하므로 특별한 과세자료 발생없이 다시 2001년 1기를 재조사하여 과세하는 것은 국세기본법상 세무조사남용금지의 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 청구인은 쟁점금액과 관련된 자료는 보관하지 않다고 진술하고 있고, 쟁점금액 중 실지거래하였다고 주장하는 545,263,000원에 대하여 세금계산서, 상대방의 거래사실확인서, 운송비 계정별원장 등을 제시하고 있으나, 청구인은 쟁점금액이 자료상으로부터 수취한 가공세금계산서이거나 세금계산서상 거래처와 실지거래처가 다르다고 확인하고 있을 뿐만 아니라 청구인의 사업장에서 보관하고 있어야 할 계량증명서, 현장작업일지, 출고증 등 제품을 실지운반하였음을 입증할 수 있는 증빙서류는 전혀 제시하지 못하고 있으므로 거래사실확인서와 인감증명서만으로는 실물거래하였다는 청구주장을 신빙성 있는 것으로 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 (1)2000년 1기 부가가치세를 재경정한 처분이 국세기본법상 세무조사권남용금지에 위배되는지 여부와

(2) 청구인이 쟁점운송비의 운송용역을 공급받았다고 보아 필요한 경비에 산입할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다.

○ 국세기본법 제81조의3 【세무조사권남용금지】(2002.12.18 제목개정)

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위해 조사권을 남용하여서는 아니된다.(2002.12.18 신설)

② 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.(2003.12.30 개정)

○ 국세기본법 시행령 제63조의2 【중복조사의 금지】 법 제81조의 3 제2항에서 "기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.(2002.12.30 개정))

1. 부동산투기·매점매석·무자료거래 등 경제질서교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우(1996.12.31 신설)

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의 4 및 법 제81조의 7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우(1996.12.31 신설)

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액(단서생략)

○ 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.(2003.12.30 개정)

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

○ 소득세법 제19조 【사업소득】

② 사업소득금액은 당해 연도의 총수입금액에서 이에 소요된 필요경비를 공제한 금액으로 한다.(1994.12.22 개정)

③ 사업소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(1994.12.22 개정)

○ 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】

① 부동산임대소득금액·사업소득금액·일시재산소득금액·기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해 연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.(1998.12.28 개정)

② 당해 연도 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해 연도에 확정된 것에 대하여는 당해 연도 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해 연도의 필요경비로 본다.(1994.12.22 개정)

③ 필요경비의 계산에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(1994.12.22 개정)

○ 소득세법 제80조 【결정과 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.(1994.12.22 개정)

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때(1994.12.22 개정)

2. 제163조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 제164조·제164조의 2의 규정에 의한 지급조서의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때(2000.12.29 개정)

3. 제162조의2 및 부가가치세법 제32조의2 의 규정에 의하여 신용카드가맹점가입대상자 또는 현금영수증가맹점가입대상자로 지정받은 사업자가 정당한 사유없이 신용카드가맹점 또는 현금영수증가맹점으로 가입하지 아니한 경우로서 시설규모나 업황으로 보아 신고내용이 불성실하다고 판단되는 때(2004.12.31 개정)

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.(1994.12.22 개정)

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.(1994.12.22 개정)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 쟁점금액에 대한 세금계산서를 실물거래없는 가공거래로 보아 관련매입세액을 불공제 및 필요경비불산입하면서 아래와 같이 약속어음과 무통장입금증에 의하여 대급지급사실이 객관적으로 확인되는 운송비 456,784,285원을 추가로 필요경비에 산입하여 이건 과세하였음이 부가가치세 경정결의서, 소득세 결정결의서, 조사복명서 등에 의하여 확인된다. <운반비 어음결제 및 무통장입금 내역> (단위: 천원) ┌───┬───┬───────┬──────┬──────┬──────┐ │ 기별│운송자│사업자등록번호│ 실공급액 │ 신고금액 │ 추인금액 │ ├───┼───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ │유○성│ 000-01-69764 │ 80,347,272│ 25,000,000│ 55,347,272│ │ ├───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │2001년│박○선│ 000-02-71478 │ 10,454,545│ 15,260,000│ - │ │ 1기 ├───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ │김○규│ 000-01-43570 │ 5,865,409│ - │ 5,865,409│ │ ├───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ │안◎◎│ 000-11-86579 │ 24,033,636│ - │ 24,033,636│ ├───┼───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ 소계 │ │ │ 120,700,862│ 40,260,000│ 85,243,862│ ├───┼───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ │유○성│ 000-01-69764 │ 72,328,027│ - │ 72,328,027│ │2001년├───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ 2기 │김○규│ 000-01-43570 │ 23,275,000│ - │ 23,275,000│ │ ├───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ │안◎◎│ 000-11-86579 │ 42,652,036│ - │ 42,652,036│ ├───┼───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ 소계 │ │ │ 138,255,063│ - │ 138,255,063│ ├───┼───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ │최○열│ 000-13-86307 │ 18,101,363│ - │ 18,101,363│ │ ├───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ │유○성│ 000-01-69764 │ 123,658,181│ 62,630,000│ 61,028,181│ │2002년├───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ 1기 │최○한│ 000-01-30838 │ 47,173,636│ 22,350,000│ 24,823,636│ │ ├───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ │김○규│ 000-01-43570 │ 18,071,218│ 24,114,000│ - │ │ ├───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ │안◎◎│ 000-11-86579 │ 52,601,000│ 16,402,000│ 36,199,000│ ├───┼───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ 소계 │ │ │ 259,605,000│ 16,402,000│ 36,199,000│ ├───┼───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ │유○성│ 000-01-69764 │ 49,340,000│ 49,340,000│ 140,151,398│ │ ├───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │2002년│최○한│ 000-01-30838 │ 70,595,454│ 53,000,000│ 17,595,454│ │ 2기 ├───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ │김○규│ 000-01-43570 │ 35,327,845│ │1 8,708,845│ │ ├───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ │안◎◎│ 000-11-86579 │ 56,829,663│ │ 56,829,663│ ├───┼───┼───────┼──────┼──────┼──────┤ │ 소계 │ │ │ 212,092,962│ 118,959,000│ 93,133,962│ └───┴───┴───────┴──────┴──────┴──────┘

(2) 처분청에서 제시한 청구인의 확인서에 의하면, 청구인은 "① 바다모래매입시 부담하는 운송료는 중기사업자 유○성 및 최○한을 통하여 용역을 제공받아 왔으며, 2001년 귀속 운송료167,942,000원(공급대가)은 유○성으로부터 용역을 제공받고 어음으로 결제하였음 ② 2002년 귀속 운송료중 129,546,000원은 최○한으로부터, 198,298,000원은 유○성으로부터, 19,212,000원은 최○열로부터 용역을 제공받고 어음으로 대금을 결제하였음. 위와 같이 매입시 운송용역을 제공받고 용역제공자인 유○성과 최○한은 최○열이 제시한 세금계산서(대부분의 거래처가 실매입처와 다름)을 교부받아 부가가치세 매입세액 공제 및 제조원가로 계상하여 필요경비공제하였음 ③ 제품매출시에 부담하는 운송료는 화물운송업자인 김○규, 안○갑, 박○선 등을 통하여 운송용역을 제공받았으며, 2001년 김○규에게 23,275,000원, 안◎◎에게 73,354,000원 박○선에게 11,500,000원 ▽▽운수에게 26,378,000원 총 209,228,000원을 무통장입금하였으며, 이중 ▽▽운수로부터 교부받은 세금계산서는 2002년 1기 273,016,000원 2002년 2기 216,089,000원이나 실거래금액은 위와 같이 2002년 1기에 15,300,000원(공급대가), 2002년 2기에는 11,078,000원(공급대가)으로 차액에 대하여는 가공매입금액의 9%에 상당하는 수수료를 현금으로 지급하고 가공세금계산서를 수취하였음. 상기와 같이 매출시 운송용역을 제공하고 용역제공자가 제시한 세금계산서(대부분의 거래처가 실 매입처와 다름)를 수취하여 부가가치세 매입세액공제 및 제조원가로 계상하였음 ④ ○○물류(주)로부터 2001년 1기 △△중기(주)로부터 2001.02기에 운송비 명목으로 교부받은 세금계산서 87,350,000원과 2001년 1기 △△중기(주)로부터 교부받은 세금계산서 182,030,000원은 실물거래없이 가공으로 교부받아 매입세액공제 및 제조원가로 계상한 사실이 있다"고 확인하고 있다.

(3) 청구인은 다음 거래에 대하여 실제로 용역을 제공받고 세금계산서를 교부받았으며, 거래상대방이 이와 같은 사실을 확인하고 있으므로 동금액을 운송비로 인정하여야 한다고 주장하면서 세금계산서, 운수업자의 사실확인서, 인감증명서, 주민등록증사본 또는 운전면허증 사본 등을 제시하고 있다.

(4) 처분청에서 견본으로 제시하고 있는 2004.06.21(월)자 『현장작업일지』에 의하면, 일자별로,근무자의 성명, 출근시간, 작업시간 및 아래와 같이 판매사항에 건조사와 세척사로 구분하여 거래선 상호와 차량번호가 기재되어 있다. <현장 작업일지 기내내용> ┌──┬─────────────┬────────────┐ │ │ 건조사 │ 세척사 │ │구분├───────┬─────┼──────┬─────┤ │ │ 거래선 │ 차량번호 │ 거래선 │ 차량번호│ ├──┼───────┼─────┼──────┼─────┤ │ │ 동일(○장) │ 5153 │ 신○ │ 5155 │ │ ├───────┼─────┼──────┼─────┤ │판매│ 동일(○산) │ 5153 │ 동○ │ 5158 │ │ ├───────┼─────┼──────┼─────┤ │사항│ ○우 │ 8151 │ │ │ │ ├───────┼─────┼──────┼─────┤ │ │ ○광 │ 8097 │ │ │ └──┴───────┴─────┴──────┴─────┘

(5) 처분청에서 견본으로 제시하고 있는 2004.06.02자 『계량증명표』에 의하면, 충청남도 ○○군 ○○읍 ○○리 708번지 소재 공인 ○○표준컴퓨터계량서에서 품명은 안면사87황사15, 차량번호 00아0000 총중량 47,480kg, 실중량 31,880kg을 계량한 것으로 기재되어있다.

(6) 처분청은 2001.11월 청구인에 대한 2001년 1기분 부가가치세 경정조사시 △△중기(주)로부터 교부받은 2001년 1기분 공급가액 182,030,000원의 세금계산서 6매에 대하여 위장매입으로 보아 매입세액을 불공제하고 실매입하였다고 거래사실확인서와 영수증을 첨부하여 2001.11.27 ◎◎운수 안○갑외 8명에게 과세자료로 180,564,950원 통보한 사실이 과세자료통보공문에 의하여 확인된다.

(7) 청구인은 쟁점운송비중에는 운송비가 아닌 장비사용료와 정제유매입분이 포함되어 있다고 주장하면서 쟁점사업장내에서 모래를 차량에 적재하는데 필요한 장비(로우더)를 대여받고 사용료 114,000,000원(2001년 54,000,000원, 2002년 60,000,000원)을 사실상 지급하였다고 주장하면서 건설기계등록증, ☆☆건설기계의 사업자등록증, 중장비임대차계게약서를 제시하고 있는 바, 로우더(등록번호 충남00고0000)가 2000.06.05 청구외 지△△ 명의로 등록되어 있으며, 충청남도 ○○군 ○○읍 ○○리 881-5번지 소재 (주)☆☆건설기계에 지입되어 있으며, 개업일을 2000.03.29로 하여 ☆☆건설기계라는 상호로 2000.07.10 건설기계대여업에 대한 사업자등록(번호 000-04-37402)을 한 사실이 확인되고, 청구인이 지△△과 2000.12.21 약정한 『중장비임대차계약서』에 의하면, 2001.01.01∼2001.12.31 기간동안 로우더 장비사용료로 연간 54,000,000(부가세별도)을 지급하기로 하였으며, 2001.12.15 약정한 『중장비임대차계약서』에 의하면 2002.01.01∼2002.12.31 기간동안 로우더 장비사용료로 연간 60,000,000원(부가세별도)로 지급하기로 약정되어 있다.

(8) 청구인은 바다모래를 세척한 후 열을 가하여 건조하는 과정에 정제유가 소비되므로 2002년 11월∼2002.12월 기간중 경기도 ○○시 ○○읍 ○○리 264-5번지 ◇◇물류 음□□으로부터 정제유 78,066ℓ를 사실상 매입하였다고 주장하면서 『거래명세서 2매』(공급가액 30,979,027원)를 제시하고 있다. 다음으로 청구주장(1)에 대하여 본다. 각종 과세자료 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등은 중복조사금지의 원칙이 적용되는 세무조사의 범위에 포함되지 아니하는바(국세기본법 시행령 제63조 의 2 제2호), 처분청이 2001.12.18 △△중기(주)로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액을 불공제하여 과세한 1차 부가가치세 경정처분은 과세자료처리를 위한 조사로서 위 중복조사금지의 원칙이 적용되지 아니하고 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우에는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사할 수 있는바(국세기본법 §81의 3②), 청구인은 2001년 1기∼2002년 2기 기기나중 바다모래 매입시에는 유○성과 최○한을 통하여, 매출시에는 김○규, 안◎◎, 박○선을 통하여 각각 운송용역을 공급받고 세금계산서는 이들이 가져다주는 타인발행의 세금계산서를 수령하여 부가가치세를 신고한 사실이 확인되는 이 건의 경우, 2이상의 과세기간에 걸쳐 운송비의 일부를 위장매입하거나 가공매입한 잘못이 확인되므로 자료상 자료를 매입세액불공제하여 2001년 1기분 부가가치세를 경정고지한 후 세무조사를 실시하여 2001년 1기분 부가가치세를 재경정한 처분은 국세기본법상 조사권남용금지 규정에 위배된다고 보기 어려운 것으로 판단된다. 쟁점(2)에 대하여 본다. 위 사실관계에서 살펴본 바와 같이 청구인은 바다모래 매입시와 매출시에 유○성 등 5개 거래처를 통하여 운송용역을 공급받았다고 스스로 확인하고 있으며, 이와 같은 사실이 어음기입장이나 무통장입금증에 의한 대급지급과정을 통하여 객관적으로 확인되고 있음에 비추어 청구인은 조사일 이후 심사청구단계에서 쟁점운송비에 대하여 ◇◇운수외 26개 운송업체와 직접거래하였다고 주장하면서 거래상대방의 거래사실 확인서와 인감증명서 등을 제시하고 있으나 처분청에서 약속어음이나 무통장입금증 등에 의하여 대금지급사실이 명확히 확인되어 필요경비로 공제한 730,654,285원 이외의 운송비에 대하여는 대급지급사실 및 운행일지, 검수증 등의 원시증빙자료나 대급지급에 대한 객관적인 증빙을 전혀 제시하지 못하고 있으므로 거래상대방의 거래확인서와 인감증명서만으로 청구인이 쟁점운송비의 운송용역을 ◇◇운수외 26명으로부터 실제 공급받았다고 인정하기는 어려운 것으로 판단된다. 다만, 처분청에서 매입세액불공제 및 필요경비불산입한 쟁점금액 중에는 운송비가 아닌 로우더 장비임차료 114,000,000원(2001년 54,000,000원, 2002년 60,000,000원0와 정제류 매입액(2002년 2기 30,979.027원)이 포함되어 있는바, 처분청에서 과세근거자료료 제시하고 있는 청구인의 학인서는 운송비에 대한 거래 사항만을 확인하고 있고 로우더 장비는 쟁점사업장내에서 모래를 적재하는데 반드시 필요한 장비로서 월 4,500,000원(2002년 월 5,000,000원)의 장비임차용역을 제공받은 사실이 중장비임대차계약서와 세금계산서, 건설기계등록증 등에 의하여 확인되고, 바다모래의 건조과정에서 정제유가 소모되고 거래상대방인 ◇◇물류로부터 세금계산서와 거래명세서를 교부받아 거래쌍방이 정당하게 부가가치세를 신고납부하였음에도 사업자의 확인서나 과세자료 등 명확한 과세근거없이 중장비사용료와 정제유 매입액을 실물거래없는 가공거래로 보아 과세한 처분은 근거과세의 원칙에 위배되는 위법한 처분이므로 관련매입세액을 매출세액에서 공제하고 필요경비로 공제하여 청구인의 2001∼2002년 사업소득금액을 재경정함이 타당한 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점금액 전체를 실물거래없는 가공매입으로 보아 매입세액 불공제 및 필요경비불산입한 처분은 일부 사실조사를 소홀히 한 잘못이 있다 하겠다.

이건 심사청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 국세기본법 제16조 / 국세기본법 제81조의3 / 국세기본법시행령 제63조의2 / 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법 제21조 / 소득세법 제19조 / 소득세법 제27조 / 소득세법 제80조 /