사업을 폐업한 연도에 감면받은 세액을 추징한 처분이 타당한지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ○○테크라는 상호로 자동차부품 제조업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 영위하다가 1999.06.19. 청구외 (주)○○테크(이하 “(주)○○테크”라고 한다)를 설립한 후 1999.12.31. 쟁점사업을 폐업하였고, 1999년도 쟁점사업의 종합소득세 신고시 조세특례제한법 제7조 의 중소기업에 대한 특별세액감면 1,378,085원(이하 “쟁점감면세액”이라 한다)을 감면 세액으로 하여 1999년 귀속 종합소득세를 신고ㆍ납부하였다. 처분청은 ○○국세청장의 ○○세무서 업무감사에서 청구인이 1999년 귀속 종합소득세 확정신고시에는 이미 쟁점사업을 폐업한 상태이므로 폐업연도의 소득에 대하여는 중소기업 특별세액감면을 부인하여야 한다고 지적함에 따라, 쟁점감면세액을 부인하여 2004.04.29. 청구인에게 1999년 귀속 종합소득세 2,280,730원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.05.07. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 1999.12.31. 쟁점사업에 대한 폐업신고를 하였으나 사실상 (주)○○테크로 법인전환하여 사업을 계속하였으므로 쟁점감면세액을 추징할 수 없음에도 쟁점사업을 1999.12.31. 폐업하였다는 이유만으로 감면세액을 추징한 처분은 부당하다.

청구인은 쟁점사업을 1999.12.31. 폐업하여 쟁점감면세액 상당액을 사업용고정자산의 매입이나 건설을 위한 투자 또는 장기차입금의 상환 등에 사용할 수가 없으므로 쟁점감면세액을 추징함은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점사업을 폐업한 연도에 감면받은 쟁점감면세액을 추징한 처분이 타당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)

① 제조업, 부가통신업, 연구 및 개발업, ~(중략)~또는 물류산업을 영위하는 내국인 중 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.

○ 조세특례제한법 제145조 (기업합리화적립금의 적립)

① 제5조 내지 제7조, 제10조 내지 제12조 ~(중략)~ 규정에 의하여 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제(이하 이 조에서 “감면 등”이라 한다)를 적용받고자 하는 내국법인(괄호 생략)은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 공제받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액(이하 “감면세액상당액”이라 한다)을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.

⑤ 제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 거주자 및 내국법인(괄호 생략)은 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 그 소득금액에 대한 소득세 또는 법인세당당액)에서 공제 받은 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 차입금의 상환에 사용하여야 한다.

○ 조세특례제한법시행령 제137조 (기업합리화적립금의 적립 등)

⑤ 법 제145조 제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 거주자 및 중소법인은 공제받은 세액에 상당하는 금액을 다음의 용도에 사용하여야 한다.

1. 상환기간이 01년 06월 이상인 재정경제부령이 정하는 사채 및 외화차입금과 상속세 및 증여세법시행령 제10조 제2항 의 규정에 의한 금융기관의 차입금의 상환

2. 당해 기업의 고유목적에 직접 사용하는 사업용 자산의 매입이나 건설을 위한 투자

⑥ 제5항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제1홍의 경우에는 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제를 적용받은 날부터 02년 이내에, 동항 제2호의 경우에는 05년 이내에 사용하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제146조 (감면세액의 추징) 제145조 제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 내국인에게 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고서에 그 각 호에 규정하는 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조 의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다.

1. 제145조 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 법인이 동조 제2항 및 제6항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 금액(중략)

4. 제145조 제1항의 감면 등을 받은 거주자 및 내국법인(괄호 생략)이 동조 제5항의 규정에 의하여 사용하여야 할 금액 중 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우(괄호 생략): 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ○○테크라는 상호로 자동차부품 제조업을 영위하다가 1999.12.31. 폐업신고를 하였음에도, 1999년도 소득에 대하여 쟁점감면세액을 공제하여 1999년 귀속 종합소득세를 신고ㆍ납부하였음이 국세통합전산망 등에서 확인된다.

② 처분청은 ○○국세청장의 ○○세무서 업무감사에서 청구인이 1999년 귀속 종합소득세 확정신고시에는 쟁점사업을 폐업한 상태이므로 폐업연도의 소득에 대하여는 쟁점감면세액을 부인하여야 한다고 지적됨에 따라, 이를 부인하여 2004.04.29. 청구인에게 1999년 귀속 종합소득세 2,280,730원을 경정ㆍ고지한 사실이 결의서 등에 의하여 확인된다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 조감법상 중소기업에 대한 특별세액감면 제도는, 중소기업의 육성ㆍ보호를 위하여 필요하다고 인정되는 경우 소득세 또는 법인세를 감면하여 주되, 기술인력개발, 설비투자 등이 원활히 이루어질 수 있도록 하기 위하여 선감면을 허용해 준 뒤 당해 감면세액 상당금액의 용도 및 그 사용절차 등에 대하여 의무를 지우는 제도로서 그에 의하면 거주자의 감면세액 미사용분에 대하여 사업양수도 방법으로 설립된 내국법인이 기업합리화적립금으로 이를 적립하지 아니하거나 부족하게 적립하여 감면세액을 단기간 내에 임의처분한 것과 같게 된 경우 그 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 부분에 대하여는 그 감면 또는 공제 받은 세액을 지체없이 추징하여야 한다 하겠다.(국심 2000서974,2000.10.14. 같은 뜻)

② 이건의 경우, 청구인은 1998.06.16. 쟁점사업을 영위하고 있다가 1999.12.31. 폐업을 하였는 바, 국세통합전산망에서 청구인의 휴폐업사유는 법인전환에 의한 폐업이 아니고 ‘사업부진으로 인한 폐업’으로 되어 있음이 확인된다.

③ 청구인은 쟁점사업을 폐업하고 (주)○○테크로 법인전환을 하였다고 하지만 (주)○○테크는 청구인의 쟁점사업을 폐업하기 전인 1999.06.19. 신규로 설립된 것으로 국세통합전산망에 나타나고 있고, 개업일로부터 1999l.12.31.까지의 사업연도에 대한 법인세 신고를 한 사실이 확인된다.

④ (주)○○테크의 1999.06.19.~1999.12.31.사업연도(제1기)의 대차대조표상에 쟁점사업과 관련된 기업합리화적립금이 적립된 사실이 없은 것으로 나타나고 있다.

⑤ 청구인이 제시한 쟁점사업의 사업양도ㆍ양수계약서를 보면, 청구인 개인이 운영하던 쟁점사업을 (주)○○테크에 양도ㆍ양수(장부상 사업용자산 총액에서 부채총액을 차감한 잔액으로 양도ㆍ양수)하는 것으로 되어 있으나, 그 양도ㆍ양수 일자도 기재되어 있지 아니하고, 이미 1999.06.19. 신규로 사업을 개시한 (주)○○테크에 쟁점사업의 1999.12.31. 현재 대차대조표를 첨부하여 양도ㆍ양수하였다는 사실은 인정하기 어렵다 하겠다.

(3) 그러하다면, 처분청에서 청구인이 1999년 귀속 종합소득세를 신고하기 이전에 쟁점사업을 폐업한 사실이 확인되고, (주)○○테크로 법인전환한 것으로 보기도 어려울 뿐만 아니라 이에 대하 기업합리화적립금의 적립사실도 확인되지 않는 이건의 경우, 쟁점감면세액을 부인하여 청구인에게 종합소득세를 과세한 이건 처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.