주택조합업무대행 수수료의 과세시기 도래 여부

○○세무서장이 청구법인에게 2004. 2. 1. 경정ㆍ고지한 2002. 1. ~ 12. 사업연도 법인세 334,578,980원은 익금산입 금액 1,227,272,727원을 545,454,545원으로 하고, 또 2004. 2. 6. 경정ㆍ고지한 2002년 과세연도 근로소득세 444,704,000원은 인정상여처분 금액 13억5천만원을 6억원으로 하여 각 과세표준 금액과 세액을 경정하며, 나머지 청구는 기각합니다.

청구법인이 1999. 6. 4. 청구외 ○○연합주택조합(이하 “○○주택조합”이라 함)과 공급대가 16억원(이하 “쟁점계약”이라 함)의 주택조합업무대행 용역계약을 체결하며 1999. 12. ~ 2002. 12.기간 1,350백만원(이하 “쟁점금액”이라 함)을 수령하고도 부가가치세 등 제세를 신고하지 않은 사실에 대하여, 처분청은 1999년 1기외 4건 부가가치세 222,263,300원(1999. 1기 19,327,270원, 1999. 2기 83,208,900원, 2000. 1기 35,327,230원, 2002. 1기 57,381,750원, 2002. 2기 27,018,150원)과 2002. 1 ~ 2002. 12. 사업연도(이하 “2002년 사업연도”라 함) 법인세 334,578,980원 합계 556,842,280원을 2004. 2. 1. 경정ㆍ고지하고, 이어 2004. 2. 6. 에는 쟁점금액의 인정상여에 따른 2002년 과세연도 근로소득세 444,704,000원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복, 2004. 4. 16. 심사청구 하였다.

• 가. 부가가치세 청구법인은 주택조합아파트 건설과 관련된 용지매수부터 인ㆍ허가와 조합원관리 및 준공, 입주와 주택조합의 청산에 이르는 제반업무를 일관되게 제공하는 용역대행회사로 1999. 6. 4. 청구외 ○○주택조합과 공급대가 16억원에 주택조합업무대행 용역계약을 체결하고 1999. 12.-2002. 12.기간 1,350백만원을 수령하였으나, 2003. 12. 현재 상가분양ㆍ공사비정산과 각종소송 지원, 조합원부담금 정산, 그리고 주택조합의 해산과 청산 업무 등을 진행 중에 있어 잔금 250백만원도 받지 못하였고, 아울러 최종공급가액도 확정되지 않았으므로 아직 과세시기가 도래하지 않았다. 따라서 조합의 해산ㆍ청산시점을 쟁점금액의 공급시기로 하여 부가가치세를 신고할 예정이다.
• 나. 법인세 주택조합은 조합원들의 합유금전을 토대로 사업을 추진, 최종정산을 마쳐야 그 부담이 확정되는 것이므로 쟁점금액도 주택조합의 해산ㆍ청산시점을 손익귀속시기로 하여 당해 법인세를 신고할 예정이었는바, 아직 250백만원의 잔금이 남아 있는 상태에서 역무제공 중이고, 더욱이 최종공급가액도 확정되자 않았으므로 쟁점금액은 과세시기 미도래 상태다. 따라서 쟁점금액을 신고누락으로 본 당초처분은 부당하다.

• 가. 부가가치세 청구외 ○○주택조합이 해산ㆍ청산되지 않은 상태이므로 과세시기 미 도래라 주장하나, 청구법인과 위 주택조합이 체결한 쟁점계약서를 보면 쟁점금액의 공급은 부가가치세법 제9조 제2항 및 동 시행령 제22조 제2호의 규정에 의한 중간지급 조건부이므로 대가의 각 부분을 받기로 한때를 용역의 공급시기로 본 당초처분은 정당하고.
• 나. 법인세 청구법인은 청구외 ○○주택조합과 1999. 6. 7. 최초 계약 시부터 주요업무가 완성될 때마다 업무대행비를 수수하였고, 2002. 6. 29. 에는 아파트가 준공되어 입주가 시작되었으며, 동일현재 잔금 250백만원은 위 주택조합의 해산과 함께 수수하도록 예정되어 있는바, 그렇다면 쟁점계약의 대가수수는 관련역무의 제공 실적에 따라 지급되는 성과급이라 할 것이다. 따라서 쟁점금액 1,350백만원은 위 삼군조합주택아파트가 준공되어 입주가 시작된 2002년도에 그 손익이 귀속된 것으로 본 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 수령한 주택조합업무대행 수수료의 과세시기 도래 여부
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】

① 생략.

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. (1978. 12. 30 개정)

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때 (1993. 12. 31 개정)

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 (1977. 12. 30 신설) 4.제49조의 2 제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 (2001. 12. 31 개정)

○ 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. (1998. 12. 28 개정)

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정)

○ 법인세법 시행령 제69조 【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】

① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다. (1998. 12. 31 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수 일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다. (1998. 12. 31 개정)

③ 제2항의 규정은 건설 등의 계약기간이 1년 미만인 경우로서 법인이 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 작업진행률을 기준으로 하여 수익과 비용을 계상한 경우의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 이를 준용한다. (1998. 12. 31 개정)

• 다. 사실관계 및 판단

○ 제1차 계약; 1999. 6. 14. 주택조합업무대행 용역계약 체결

• 총 공급대가; 14억원

• 대행용역의 범위; 주택조합설립부터 용지매수, 조합원 안내ㆍ관리 및 입주, 주택조합의 해산과 청산 등에 이르는 일체의 주택조합 업무.

• 업무수행과 대가 지급; 각 단위업무 성과를 서면으로 작성, 주택조합에 제출하면 검토 승인 후 시공사에 매월 20일까지 통보→ 시공사에서 대가 지급 ㆍ계약과 동시에 계약금 3억원을 지급하되, 나머지는 1999. 7. - 1999. 11.기간은 매월 20일에 5천만원을, 그 이후로는 32개월 동안 균등분할 지급하는 것으로 약정되어 있고,

○ 1999. 7. 1. 제2차 계약(1차 계약갱신)

• 계약금 3억원을 2억원으로 1억원을 감액하고 분할 대가도 1999. 8. -1999. 11. 기간은 매월 20일에 5천만원을, 나머지는 주택조합 해산 시까지 매월 균등분할 지급하는 것으로 계약변경 하였으며,

○ 2002. 2. 17. 제3차 계약(2차 계약갱신)

• 총 공급대가를 16억원으로 2억원 증액하되, 2002. 2. 17. 현재 미지급금 8억5천만원(7억5천만원은 기지급)은 2002. 3. 23. 시공사(○○개발)와 2차 도급공사변경계약 체결 후 관리처분신탁서류 인계즉시 4억원을, 아파트 준공시 2억원을, 나머지 2억5천만원은 주택조합 해산시 각 지급하는 것으로 계약변경 하였고,

○ 2002. 6. 21. 제4차계약(3차 계약갱신)

• 총 공급대가 『업무대행비 16억원』을 『업무대행비는 사업종료 결과 및 그 실적에 의하여 가감 정산하기로 한다.』로 당초 계약금액을 다시 변경하였으며,

○ 조사담당공무원과 청구법인의 대표 간에 작성(2003. 11. 28)된 전말서에『일단 업무대행비를 수령하기 위해서는 단위업무 성과를 내고, 그 성과를 서면으로 작성, 청구외 ○○주택조합 및 시공사인 청구외 ○○개발(주)에 제출하여 조합장과 위 ○○개발(주)의 결재를 받아 용역비를 수령했다.』고 되어 있고,

○ 각 사업연도별, 즉 1999. 1.-1999. 12.기간은 550백만원, 2000. 1.-2000. 12.기간은 2억원, 2002. 1.-2002. 12.기간은 6억원, 합계 13억5천만원을 수령하고도 부가가치세 등 제세를 신고하지 아니한 사실에 대하여, 처분청은 조사일 현재(2003. 12.) 쟁점금액의 과세시기가 도래된 것으로 보아 부가가치세ㆍ법인세 등 제세를 전시 처분요지와 같이 부과하고 있음을 관계기록으로 알 수 있다. 청구주장과 처분청의견을 정리하면, 『업무대행비는 사업종료 결과 및 그 실적에 의하여 가감 정산하기로 한다.』로 계약변경 하였고, 아직 잔여역무가 제공 중이므로 공급가액이 확정되지 않아 과세시기 미도래 라는 청구주장에 대해 처분청은 부가가치세는 각 대가를 수수한 시점, 법인세는 이건 주택조합아파트를 준공한 2002년 사업연도에 각 과세시기가 도래하였으므로 당초처분이 정당하다는 의견이다. 위 사실관계와 처분청의 조사기록을 살펴 판단컨대, 위 제4차 변경계약은 당초조사 시(2003. 12) 전혀 언급이 없었던 사항이고, 또한 1ㆍ2ㆍ3차 변경계약서와 그 글꼴이나 편집 등 문서작성 방법이 다르며, 더욱이 그 내용도 쟁점금액의 과세시기와 관련된 사항인 것으로 보아 이건심사청구와 관련하여 작성, 제출된 것으로 판단되므로 과세시기 미도래 라는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 다만, 법인세 과세표준과 세액의 경정결정과 관련하여 쟁점계약내용을 살펴보면, 계약대상이 주택조합업무의 대행 즉, 위임계약에 의한 사무의 위ㆍ수탁(委ㆍ受託)이고, 관련대가도 해당수탁 업무의 역무제공 완료시점에 수수한 것으로 확인되므로 이건용역의 손익귀속 시기는 쟁점금액의 각 수령시점으로 판단된다. 따라서 손익귀속 사업연도의 변경으로 인한 과세문제는 별론으로 하더라도, 처분청이 쟁점금액 전액을 청구법인의 2002년 사업연도 소득으로 과세한 당초처분은 사실관계 확인을 소홀히 한 잘못이 있으므로 이를 경정하되, 나머지 청구는 기각하여 주문과 같이 결정한다.

이건 심사청구는 국세기본법 제63조 제1항 제2, 제3호의 규정에 의하여 일부 이유 있는 부분을 인용하여 경정하되, 나머지 청구는 기각하여 주문과 같이 결정한다.