특별세액감면상당액을 고정자산에의 투자나 차입금의 상환에 사용하여야 할 의무규정이 폐지된 과세연도의 소득에 대해서는 의무규정을 적용하지 않는 것이므로 비록 사업을 폐업하였다 하더라도 감면세액을 추징할 수 없는 것임
특별세액감면상당액을 고정자산에의 투자나 차입금의 상환에 사용하여야 할 의무규정이 폐지된 과세연도의 소득에 대해서는 의무규정을 적용하지 않는 것이므로 비록 사업을 폐업하였다 하더라도 감면세액을 추징할 수 없는 것임
○○세무서장이 2004.2.5 청구인에게 고지한 2002년 과세연도분 종합소득세 4,154,030원의 부과처분은 이를 취소합니다.
청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 “○○의원” (이하 “쟁점사업장” 이라 한다)이라는 상호로 의료업을 영위하다가 2002.9.30 폐업한 사람으로서, 2002.5월경 과세연도에 대한 종합소득세 신고시 조세특례제한법 제7조 규정의 중소기업에 대한 특별세액감면세액으로 3,866,372원(이하 “쟁점세액” 이라 한다)을 산출세액에서 공제하여 신고하였다.
○○지방국세청장이 처분청에 대한 업무감사시 청구인이 쟁정사업장을 2002.12.10 이전에 폐업함으로써 쟁점세액상당액을 차입금의 상환 등에 사용하지 아니하였다 하여 이를 추징하여야 한다고 지적하자, 처분청은 2002.2.5. 2002년 과세연도분 종합소득세 4,154,030원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.4.6 이 건 심사청구를 제기하였다.
중소기업에 대한 특별세액감면은 조세특례제한법 제7조 에서 2003.12.31일이 종료하는 과세연도까지 적용하도록 하고 있어 청구인은 위 규정에 의하여 쟁점세액을 정상적으로 감면신고를 하였는데도 처분청이 이를 추징한 것은 부당하다.
쟁점사업장이 2002.9.30 폐업됨으로써 조세특례제한법 제146조 의 규정에 의하여 쟁점세액상당액이 고정자산에의 투자나 차입금의 상환에 사용되지 아니하였으므로 감면세액을 추징한 이 건 부과처분은 정당하다.
① 제조업, 광업, 건설업, 운수업(물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 이 조에서 같다), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 의료업법에 의한 의료기관을 운영하는 사업(이하 이 조에서 "의료업" 이라 한다), 대통령령이 정하는 자동차정비공장을 운영하는 사업(이하 이 조에서 "자동차정비업" 이라 한다), 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의 2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다) 및 수질환경보전법에 의한 폐수처리업을 영위하는 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각호의 구분에 의한 감면비율을 적용하여 산출세액상당액을 감면한다. (2001.12.29 개정)
1. 대통령이 정하는 수도권(이하 이 조에서 "수도권" 이라 한다)안에서 중소기업을 영위하는 내국인 중 대통령령이 정하는 소기업(이하 이조에서 "소기업"이라 한다)과 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 중소기업: 100분의 20(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 소기업은 100분의 10) 제145조 【기업합리화적립금의 적립】
① 제5조 내지 제7조, 제7조의2, 제7조의3, 제10조 내지 제12조, 제24조 내지 제26조, 제31조 제4항 내지 제6항, 제32조 제4항, 제37조, 제62조, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제68조, 제94조, 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다) 내지 제4항의 규정에 의하여 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제(이하 이 조에서 "감면등"이라 한다)를 적용받고자 하는 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인을 제외한다)은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 공제받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액(이하 "감면세액상당액"이라 한다)을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다. (2001.12.29 개정)
⑤ 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 거주자 및 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인에 한한다)은 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 그 소득금액에 대한 소득세 또는 법인세상당액)에서 공제받은 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 차입금의 상환에 사용하여야 한다. (2001.12.29 개정) 제145조 【기업합리화적림금의 적립】 삭제(2002.12.11) 제146조 【감면세액의 추징】 제145조 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 당해사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고서에 그 각호에 규정하는 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조 의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다.
4. 제145조 제1항의 감면등을 받은 거주자 및 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인에 한한다)이 동조 제5항의 규정에 의하여 사용하여야 할 금액 중 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우(사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도 방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우를 제외한다): 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 금액(2001.12.29 개정) 제146조 【감면세액의 추징】 제5조, 제11조, 제24조 내지 제26조, 제62조 제1항ㆍ제2항, 제94조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 규정에 한한다)의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 동조의 규정에 의하여 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 종료일부터 3년이 경과되기 전에 당해 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 당해 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조 의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다 (2002.12.11 개정) 부칙(2002.12.11 법률 제6762호) 제1조 【시행일】 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조의 2 제3항 제1호 단서, 제94조 제4항, 제145조 및 146조의 개정규정은 공포한날로부터 시행하고, 제106조의 3의 개정규정은 2003년 7월 1일부터 시행하며, 제126조의 2의 개정규정은 2002년 12월 1일부터 시행한다. 제25조 【기업합리화적립금의 적립 등에 관한 적용례】
① 제145조의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 감면 등을 받는 분부터 적용한다
② 제146조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
1. 쟁점사업장이 2002.9.30 폐업되지 아니하였다면. 쟁점세액은 조세특례제한법 세7조 규정의 감면대상세액에 해당되고, 당해 과세연도에 그 추징사유도 없는 점은 다툼이 없다.
2. 관련법령에서 본 바와 같이 2002.12.11 개정된 조세특례제한법 부칙 제25조에서 제145조의 개정규정은 2002.12.11이 속하는 과세연도에 감면받는 분부터 적용토록 하고 있음을 볼 때, 이 건과 같이 2002년 과세기간중에 폐업하였다 하더라도 개인의 경우 그 소득세 과세기간은 2002.1.1-2002.12.31인 바, 같은법 제7조 규정의 감면세액상당액을 고정자산에의 투자나 차입금의 상환에 사용하여야 할 의무규정(2002.12.11 개정되기전의 조세특례제한법 제145조 제5항)은 2002.12.11 폐지되어 2002년 과세연도의 소득에 대하여 감면받는 세액에 대하여는 이를 적용할 수 없다 할 것이므로 2002년 과세연도 중에 폐업하였다 하더라도 2002년 과세연도분의소득세신고시 같은법 제7조 규정의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 있다할 것이다(서일46011-10363, 2003.3.24 및 서이46012-10540, 2003.3.18 같은 뜻임).
3. 따라서, 쟁점세액은 2001년 과세연도 이전분의 소득에 대하여 감면받은 것이 아닌데도 2002.12.10 이전에 폐업하였다 하여 처분청이2002.12.11 개정되기 전의 조세특례제한법 제145조 제5항 및 제145조의 규정을 적용하여 2002년 과세연도의 소득에 대한 감면세액인 쟁점세액상당액을 고정자산에의 투자나 차입금의 상환에 사용하지 아니하였다 하여 이를 추징한 이 건 부과처분은 잘못된 것이라고 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.