자료상과의 거래라 하여 전액 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부

영등포세무서장이 2003. 7. 1. 청구법인에게 경정ㆍ고지한 2000년 제1기분 부가가치세 4,266,610원과 2000년 제2기분 부가가치세 5,812,650원, 2001년 제1기분 부가가치세 903,690원, 2001년 제2기분 부가가치세 315,000원과 2003. 8. 2. 청구법인에게 결정ㆍ고지한 2000년 귀속 원천세(근로소득세) 18,081,300원, 2001년 귀속 원천세(근로소득세) 1,613,980원과 2003.11. 11. 이의신청 결정에 따라 감가상각비를 부인하여 재경정한 2000. 1. 1. ~ 12. 31. 사업연도 법인세 3,253,970원, 2001. 1. 1. ~ 12. 31. 사업연도 법인세 9,174,760원, 2002. 1. 1. ~ 12. 31. 사업연도 법인세 1,721,040원에 대하여,

1. 대금지급 사실이 확인된 청구외 미주전자로부터 수취한 세금계산서 1매 공급가액 1,590,000원과 청구외 주식회사 거성컴퓨터로부터 수취한 세금계산서 1매 공급가액 3,074,000원, 청구외 주식회사 한희유니벤으로부터 수취한 세금계산서 4매 공급가액 10,048,090원에 대해서는 가공거래 여부를 재조사하여 법인세 및 원천세를 경정하고,

2. 나머지 청구는 이유없으므로 이를 기각합니다.

청구법인은 서울특별시 영등포구 당산동 6가 328-1번지에서 컴퓨터 및 주변기기 제조업을 영위하는 법인으로, 미주전자(이하 “쟁점거래처1”이라 한다)로부터 2000년 제1기 중 공급가액 1,590,000원의 세금계산서 1매(이하 “쟁점세금계산서1”이라 한다)를 교부받고, (주)거성컴퓨터(이하 “쟁점거래처2”라 한다)로부터 공급가액 43,074,000원(2000년 제1기분: 20,000,000원, 2000년 제2기분: 23,074,000원)의 세금계산서 4매(이하 “쟁점세금계산서2”라 한다)를 교부받고, (주)한희유니벤(이하 “쟁점거래처3”이라 한다)으로부터 공급가액 19,405,090원(2000년 제1기분: 1,655,000원, 2000년 제2기분: 10,265,000원, 2001년 제1기분: 5,467,090원, 2001년 제2기분: 2,018,000원)의 세금계산서 10매(이하 “쟁점세금계산서3”이라 한다)를 교부받아, 부가가치세 신고시 매출세액에서 쟁점세금계산서의 매입세액 6,406,900원 (2000년 제1기분: 2,324,500원, 2000년 제2기분: 3,333,900원, 2001년 제1기분: 546,700원, 2001년 제2기분: 201,800원)을 공제받았고, 법인세 과세표준 및 세액신고시 쟁점매입금액을 매출원가 및 자산으로 계상하였다. 용산세무서장은 쟁점거래처(1,2,3)를 자료상혐의자로 용산경찰서장에게 고발조치하고 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공거래라 하여 처분청에 통보하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서를 실물거래없이 가공으로 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점세금계산서의 매입세액 6,406,900원을 불공제하여 2003. 7. 1. 청구법인에게 부가가치세 11,297,950원(2000년 제1기분: 4,266,610원, 2000년 제2기분: 5,812,650원, 2001년 제1기분: 903,690원, 2001년 제2기분: 315,000원)을 경정ㆍ고지하였고, 쟁점세금계Tks서상의 공급가액 64,069,090원(2000. 1. 1. ~ 12. 31. 사업연도: 56,584,000원, 2001. 1. 1. ~ 12. 31. 사업연도: 7,485,090원)을 법인의 익금에 산입하여 2003. 7. 1. 청구법인에게 법인세 13,226,060원(2000. 1. 1. ~ 12. 31. 사업연도: 5,703,110원, 2001. 1. 1 ~ 12. 31. 사업연도 7,522,950원)을 경정ㆍ고지하였으며, 법인의 익금에 산입된 쟁점세금계산서 상의 공급대가 70,475,900원(2000년 귀속: 62,242,400원, 2001년 귀속: 8,233,500원)을 청구법인의 대표자인 조남호에게 상여처분하여 2003. 6. 26. 청구법인에게 소득금액변동통지하였으나, 청구법인이 무신고하여 2003. 8. 2. 청구법인에게 원천세 19,795,280원(2000년 귀속: 18,081,300원, 2001년 귀속: 1,613,980원)을 결정ㆍ고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003. 9. 27. 이의신청하여 처분청은 2003. 11. 11. 이의신청결정에 의하여 2000. 1. 1 ~ 12. 31. 사업연도 법인세 3,693,980원 환급결정하고, 법인세 998,910원(2001. 1. 1. ~ 12. 31. 사업연도: 344,470원, 2002. 1. 1. ~ 12. 31. 사업연도: 654,440원)을 추가로 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이의결정에 불복하여 2004. 1. 19. 심사청구하였다.

쟁점거래처로부터 물품을 정상적으로 구입하고 쟁점세금계산서를 수취하였으며, 대금은 미주전자의 대표이자 주식회사 거성컴퓨터의 감사이며 주식회사 한희유니벤의 이사인 청구외 최옥순에게 지불하고 관련 증빙이 있는데도 불구하고 이를 자료상과의 거래라 하여 전액 매입세액을 불공제한 처분은 부당하며, 이와 관련한수입금액은 인정하면서 그에 상응하는 원가를 인정하지 않는 것은 불합리하고, 정상적으로 대금을 지불한 증빙을 부인하여 이를 대표이사에 상여처분하여 과세한 처분은 부당하다.

쟁점거래처들은 용산세무서에서 자료상혐의자로 고발조치되었으며, 대금지불 증빙이 쟁점세금계산서의 가액인지의 여부가 불분명하고, 견적서와 세금계산서의 금액이 불일치하는 등 객관적인 증빙으로 보기 어려우며, 이 건과 관련하여 수입금액이 발생하였다는 관련서류를 제출하지 않아 청구주장이 확인되지 아니하여 쟁점세금계산서를 가공거래로 보아 부가가치세 등을 부과한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 제17조 【납부세액】 <중 략>

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 1. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요저거 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액, 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. <이하 생략>

2. 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】 <중 략>

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에서 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 피리요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우 <이하 생략>

3. 법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금에 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다. <이하 생략> 제19조 【손금의 법위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. <이하 생략> 제66조 【결정 및 경정】<중 략>

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. <이하 생략> 제67조 【소득처분】제60조의 규징에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

4. 법인세법시행령 제106조 【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 따라 처분한다. 비영리법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄혼 생략)에게 귀속된 것으로본다. <이하 생략>

• 다. 사실관계 및 판단
• 가) 2003년 1월 용산세무서장은 자료상혐의자조사를 통하여 쟁점거래처(1,2,3)를 자료상혐의자로 확인하여 2003. 1. 20. 실행위자 청구외 박광수 및 쟁점거래처를 용산경찰서장에게 자료상혐의자로 고발하고 처분청에 쟁점세금계산서를 자료상거래자료로 통보하였으며, 처분청은 쟁점세금계산서를 가공거래로 보고 매입세액을 불공제한 후 그 공급가액을 법인세 익금으로 산입하여 이 건 과세하였으며, 쟁점세금계산서의 공급대가를 귀속자가 불분명한 것으로 보고 청구법인의 대표이사인 조남호에게 상여처분하여 소득금액변동통지하였음을 심리자료에 의하여 알 수 있다.
• 나) 청구법인이 2003. 7. 1. 이의신청을 하자 처분청은 익금산입한 가공세금계산서의 공급가액 중 자산으로 기계상된 2000. 1. 1 ~ 12. 31. 사업연도 16,284,000원과 2001. 1. 1. ~ 12. 31. 사업연도 2,018,000원을 손금산입하여 감액결정하고 가공자산으로 보아 2000. 1. 1. ~ 12. 31. 사업연도 감가상각비 1,952,900원과 2001. 1. 1. ~12. 31. 사업연도 감가상각비 3,458,600원 및 2002. 1. 1. ~ 12. 31. 사업연도 감가상각비 3,660,400원을 손금불산입하여 재경정한 사실이 이의신청에 대한 결정서 등에 의해 확인된다.
• 다) 쟁점거래처인 미주전자, 주식회사 거성컴퓨터, 주식회사 한희유니벤의 자료상 거래에 대한 실행위자는 청구외 박광수이며, 쟁점거래처는 2000년 1월 이류는 실물거래없이 전액 자료상 거래를 하였다고 박광수가 용산세무서 조사시 진술하고 있으며, 미주전자(쟁점거래처 1) 대표 최옥순은 주식회사 거성컴퓨터(쟁점거래처 2)의 감사로 1999. 8. 25. 취임하였고, 주식회사 한희유니벤(쟁점거래처 3)으 이사로 1997. 11. 7. 취임하여 2001. 8. 30. 사임하였고, 자료상으로 고발된 청구외 주식회사 다인전자의 이사로 1998. 11. 11. 취임하였음이 청구법인이 당심에 재출한 법인등기부등본에 의하여 확인되고 있으나 명의만 빌려주었다고 용산세무서 조사시 진술하고 있음이 관련자료에 의하여 알 수 있다.

2. 판 단

• 가) 쟁점세금계산서의 내역은 다음과 같다. 번호 공급자 인적사항 세금계산서 내용 및 계정과목 상호ㆍ법인명 대표 일 자 계정과목 공급가액 세 액 합 계

① 미주전자 최옥순

200. 5. 9 비 품 1,590,000 159,000 1,749,000 소계 <쟁점세금계산서 1> 1매 1,590,000 159,000 1,749,000

② (주)거성컴퓨터 이창식

2000. 6. 1 원재료 8,000,000 800,000 8,800,000

③ (주)거성컴퓨터 이창식

2000. 6. 8 원재료 12,000,000 1,200,000 13,200,000

④ (주)거성컴퓨터 이창식

2000. 8.10 원재료 20,000,000 2,000,000 22,000,000

⑤ (주)거성컴퓨터 이창식

2000. 8.23 비 품 3,074,000 307,400 3,381,400 소계 <쟁점세금계산서 2> 4매 43,074,000 4,307,400 47,381,400 번호 공급자 인적사항 세금계산서 내용 및 계정과목 상호ㆍ법인명 대표 일 자 계정과목 공급가액 세 액 합 계

⑥ (주)한희유니벤 권재순

2000. 6. 8 비 품 1,655,000 165,500 1,820,500

⑦ (주)한희유니벤 권재순

2000. 9. 4 비 품 3,520,000 352,000 3,872,000

⑧ (주)한희유니벤 권재순

2000. 9. 7 비 품 280,000 28,000 308,000

⑨ (주)한희유니벤 권재순 2000.12.7 비 품 2,786,000 278,600 3,064,600

⑩ (주)한희유니벤 권재순 2000.12. 7 소모품비 300,000 30,000 330,000

⑪ (주)한희유니벤 권재순 2000.12.18 비 품 3,379,000 337,900 3,716,900

⑫ (주)한희유니벤 권재순

2001. 2.10 상 품 2,509,090 250,910 2,760,000

⑬ (주)한희유니벤 권재순

2001. 2.19 상 품 2,364,000 236,400 2,600,400

⑭ (주)한희유니벤 권재순

2001. 3.21 상 품 594,000 59,400 653,400

⑮ (주)한희유니벤 권재순

2001. 7.19 비 품 2,018,000 201,800 2,219,800 소계 <쟁점세금계산서 3> 10매 19,405,090 1,940,510 21,345,600 합 계(15매) 64,069,090 6,406,910 70,476,000

• 나) 쟁점세금계산서가 가공세금계산서에 해당되는지에 대하여 청구주장과 처분청의 의견에 대하여 살펴본다. 첫째,쟁점거래처 1에서 수취한 쟁점세금계산서 1 에 대하여 본다. 자료 ①에 대하여, 청구법인은 실지기거래하였다는 증빙으로 매입세금계산서 사본, 견적서 사본, 신용카드전표 사본을 제출하였는바, 대금은 청구법인의 대표이사 조남호의 신용카드로 ‘쟁점거래처 1’의 대표 최옥순에게 세금계산서상 공급대가와 동일한 금액을 결제하고 비품으로 기재된 사실은 확인되고 있다. 둘째, 쟁점거래처 2에서 수취한 쟁점세금계산서 2에 대하여 본다. 자료 ②에 대하여 청구법인이 실지거래하였다는 증빙을 제출하여 살표본바, 청구법인의 현금출납장에는 2000. 6. 1. 현금으로 대금을 지급하였다고 기재되어 있고 2000. 6. 20. 청구외 최옥순이 수령한 ‘쟁점거래처 2’ 명의 입금표 사본을 제시하고 있으나 일자가 상이할 뿐만 아니라 최옥순은 명의만 빌려준 것으로 진술하였다가 이후 진술을 번복한 사실로 보아 객관적인 증빙으로 볼 수 없어 청구주장은 이유가 없는 것으로 판단된다 자료 ③에 대하여 청구법인이 실지거래하였다는 증빙을 제출하여 살펴본바, 청구법인의 현금출납장에는 2000. 6. 8. 현금으로 대금을 지급하였다고 기재되어 있으나 2000. 6. 20. 청구외 최옥순이 수령한 입금표 사본을 제시하여 일자가 상이할 뿐만 아니라 최옥순은 명의만 빌려준 것으로 진술하였다가 진술을 번복한 사실로 보아 객관적인 증빙으로 볼 수가 없어 청구주장은 이유가 없는 것으로 판단된다. 자료 ④에 대하여 청구법인이 실지거래하였다는 증빙을 제출하여 살펴본바, 청구법인의 현금출납장에 2000. 8. 10. 현금으로 대금을 지급하였다고 기재되어 있고 같은 일자에 청구외 최옥순이 수령한 쟁점거래처 명의 입금표 사본을 제시 하고 있으나 최옥순은 명의만 빌려주었다고 진술하였다가 이후 번복한 사실로 보아 최옥순의 진술은 인정하기 어려워 객관적인 증빙으로 볼 수가 없어 청구주장은 이유가 없는 것으로 판단된다. 자료 ⑤에 대하여 청구법인이 실지거래하였다는 증빙을 제출하여 살펴본바, 견적서상 공급자는 '쟁점거래처 3'이고 청구법인의 대표자가 결제한 신용카드 매출전표상 가맹점은 청구외 (주)다인전자로 되어 있어 쟁점세금계산서가 진실된 것이라고 보기는 어려우나 대금지급 사실이 인정된다고 보아야 할 것이다. 셋째, 쟁점거래처 3에서 수취한 쟁점세금게산서 3에 대하여 본다. 자료 ⑥에 대하여 청구법인이 실지거래하였다는 증빙을 제출하여 살펴본바, 장부상 비품으로 기재되어 있고 청구법인의 대표이사인 조남호가 쟁점거래처에 신용카드로 결제한 사실이 확인되어 디금지급 사실은 인정된다 할 것이다. 자료 ⑦에 대하여 청구법인이 실지거래하였다는 증빙을 제출하여 살펴본바, 자료상혐의자로 고발된 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서를 수취하였다 하더라도 청구법인의 대표이사가 청구외 (주)주훈전자에게 대금을 신용카드로 결제한 것으로 확인되어 대금을 지급한 사실을 인정할 만하다. 자료 ⑧에 대하여 청구법인이 실지거래하였다는 증빙을 제출하여 살펴본바, 대금을 청구외 최옥순에게 송금하였다고 주장하나 최옥순은 용산세무서 조사시 명의만 빌려주었다고 진술하였다가 이를 번복한 확인서를 청구법인에게 제시한 것은 진실된 증빙으로 인정하기 어려워 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 자료 ⓖ, ⑩, ⑪에 대하여 청구법인이 실지거래하였다는 증빙을 제출하여 살펴본바, 2000. 12. 27. 대금은 본인이 수령하였다는 청구외 최옥순의 확인서를 제출하고 있으나 청구법인의 현금출납장에 각각 2000. 12. 7.과 2000. 12. 18. 현금을 지출한 것으로 기록되어 있어 신뢰하기 어렵다 할 것이고, 또한 청구외 최옥순의 확인서는 임의작성이 가능하여 객관적이라고 보기는 어려워 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 자료 ⑫, ⑬에 대하여 청구법인이 실지거래하였다는 증빙을 제출하여 살펴본바, 대금을 청구법인의 대표이사인 조남호가 쟁점거래처에 신용카드로 결제한 사실이 확인되어 대금지급 사실은 인정할 만하다. 자료 ⑭, ⑮에 대하여 청구법인이 실지거래하였다는 증빙을 제출하여 살펴본바, 대금을 청구외 최옥순에게 송금하였다고 하고 최옥순의 확인서를 제시하였으나 최옥순이 명의만 대여하였다는 당초 진술을 번복하고 있어 사실로 인정하기 어려워 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
• 다) 수입금액은 인정하고 자료상으로 고발된 사업자로부터 세급계산서를 수취하였다 하여 관린 원가를 부인하는 처분은 부당하다는 청구주장에 대하여 보면, 앞에서 살표본 바와 같이 자료상으로부터 수취한 쟁점세금계산서 중 신용카드 영수증 등 객관적인 증빙에 의하여 대금지급 사실이 확인된 쟁점세금계산서 ①, ⑤, ⑥, ⑦, ⑫, ⑬의 6매 공급가액 141712,090원에 대한 청구주장은 일응 타당한 점이 있기는 하나, 동 금액이 쟁점세금계산서의 매입과 관련하여 지급된 것인지가 불분명하다. 따라서 동 신용카드 영수증 등 객관적인 증빙에 의하여 지급사실이 확인된 금액이 쟁점세금계계산서의 매입과 관련하여 지급된 것인지 여부와 실제 매입처를 재조사하여 그 결과에 따라 가공매입 여부를 결정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

3. 위의 사실관계와 관련 법령을 종합적으로 검토할 때, 쟁점거래처가 2000년 1월 이후부터는 완전 자료상으로 조사되어 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하는처분은 타당하다 할 것이나, 객관적인 증빙에 의하여 대금지급 사실이 확인된 쟁점세금계산서 1의 2000년도분 공급가액 1,590,000원, 쟁점세금계산서 2의 2000년도분 3,074,000원, 쟁점세금계산서 3의 2000년도분 공급가액 5,175,000원과 2001년도분 공급가액 4,873,090원은 재조사를 통하여 원가산입 여부 및 대표자에 대한 상여처분 여부를 결정하는 것이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.