약국보험청구 프로그램 등에 의해 과・면세 매출을 중복하여 신고하였는지 여부

[주문]

○○세무서장이 2004.1.2. 청구인의 2003.12.23.자 2001년도 및 2002년도 종합소득세 경정청구(2001년 총수입금액불산입 136,234,490원, 2002년 총수입금액 불산입 138,541,518원)에 대한 거부처분은, 이를 취소합니다. [이유]

청구인은 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ☆☆약국을 경영하고 있는 개인사업자로서, ☆☆약국에 대한 2001년 귀속분 종합소득세 확정신고시 수입금액 521,163,709원, 소득금액 72,823,180원으로 신고하였고, 2002년 귀속분은 수입금액 436,547,956원, 소득금액 63,218,161원으로 각각 신고하였다. 청구인의 사업장관할세무서장인 ○○세무서장(이하 "○○세무서장" 이라 한다)은 2003.8.18.부터 2003.8.26.까지의 조사결과 적출금액(2001년 귀속분 수입누락 6,970,120원과 필요경비불산입액 55,102,120원, 2002년 귀속분 수입누락 4,642,180원과 필요경비불산입액 55,102,120원, 2002년 귀속분 수입누락 4,642,180원과 필요경비불산입액 46,753,310원)에 대한 종합소득세 결의안(안)을 작성하여 주소지 관할세무서장인 처분청에 통보하였고, 처분청은 이를 근거로 청구인에게 2001년 귀속 종합소득세 30,760,255원 및 2002년 귀속 종합소득세 19,846,237원을 2003.10.6. 경정. 고지 하였다. 그 후 청구인은 2003.12.15. ○○세무서장에게 면세매출로 신고하였음에도 다시 과세매출로 중복신고하였다고 주장하면서 2001년 제2기분 64,812,355원, 2002년 제1기분 64,841,612원, 2002년 제2기분 74,687,422원에 대한 경정청구(2001년 제1기분 76,652,127원은 경정청구 기간 경과로 경정청구를 못함) 제기한 결과, 그 중복신고된 사실을 인정받아 2004.1.20. 부가가치세 과세표준을 감액결정 받은 바 있다. 그러나, 동 부가가치세 경정청구와는 별도로 2003.12.23. 주소지관할세무서장인 처분청에 제출한 종합소득세 수입금액 2001년 귀속분 141,464,482원(76,652,127원 + 64,812,355원)과 2002년 귀속분 139,529,034원(64,841,612원 + 74,687,422)의 감액 경정청구에 대하여는, 2004.1.2.까지 ○○세무서장의 부가가치세 중복신고분에 대한 경정결정이 선행되어야 함에도 2004.1.2.까지 ○○세무서장의 부가가치세 감액경정한 사실이 없다는 이유로 이건 종합소득세 경정청구에 대하여 거부통지(2004.1.2)를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.1.5. 이 건 심사청구를 하였다.

(1) 2001년도 제1기분 부가가치세 신고시 면세매출(약품대)로 신고하였음에도 과세매출(약품대)로 중복신고한 2001년 제1기분 76,652,127원(이하 "쟁점금액①"이라 한다)과 2001년 제2기분 64,812,355원(이하 "쟁점금액②"라 한다) 등 합계 141,464,482원에서 당초 신고시 과소신고한 면세매출누락 5,229,992원을 차감한 136,234,490원을 총수입금액 불산입하여야 한다.

(2) 2002년도 제1기분 부가가치세 신고시 면세매출(약품대)로 신고하였음에고 과세매출(약품대)로 중복신고한 64,841,612원(이하 "쟁점금액③"이라 한다)과 2002년 제2기분 74,687,422원(이하 "쟁점금액④"라 한다)등 합계 139,529,034원에서 당초 신고시 과소신고한 면세매출누락 987,516원을 차감한 138,541,518원을 총수입금액 불산입하여야 한다.

청구인이 당초 ☆☆약국에 대한 부가가치세 과세표준신고 및 2001년 ~ 2002년 귀속분 종합소득세 확정신고 후, 쟁점금액① ~ ④를 면세매출로 신고하고도 다시 과세매출로 중복신고하였다고 하는 주장은 그 타당성을 인정하기 어렵고, 더욱이 청구인의 세무대리인(세무사 이○○)이 면세. 과세매출을 중복으로 신고하였다는 주장은 상식적으로 이해할 수 없다는 의견이다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점금액 ① ~ ④를 면세매출로 신고하고도 다시 과세매출로 중복신고하였다고 하는 경정청구를 거부한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 ο 부가가치세법 제21조 (경정)

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.(2003.12.30 개정)

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항과 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.(2003.12.30 개정) ο 국세기본법 제45조의2 (경정등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.(2003.12.30 개정)

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 ο 소득세법 제80조 (결정과 경정)

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다.(1994.12.22 개정)

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때(1994.12.22 개정)

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.(1994.12.22 개정)

• 다. 사실관계 및 판단 < 쟁점(1): 쟁점금액①②의 면세.과세매출 중복신고 여부에 대하여> 【 먼저, 사실관계에 대하여 살펴본다. 】

(1) 2002.5.31. 신고한 청구인의 2001년 귀속 종합소득세 과세표준신고서 내역에 의하면, ☆☆약국에 대한 총수입금액은 521,163,709원, 소득금액 72,823,180원으로 신고한 사실이 확인된다.

(2) ○○세무서장은 청구인의 2001년 귀속 종합소득금액을 2003.8.27. 조사종결하면서 총수입금액 누락 6,970,120원과 필요경비불산입 55,102,120원을 적출한 후결의서(안)을 주소지관할세무서장인 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 대한 종합소득세 30,760,255원을 2003.10.6. 결정고지한 사실이 결의서에 의하여 확인된다.

(3) 그 후 청구인은 2003.12.15. ○○세무서장에게 면세. 과세매출 중복신고에 대한 경정청구를 함에 있어서, 2001년 제1기분은 국세기본법상 경정청구기간이 경과되어 경정청구를 하지 못하였으나, 2001년 제2기분은 쟁점금액②를 면세매출로 기 신고하였음에도 과세매출로 중복신고되었다는 이유로 ○○세무서장에게 경정청구를 제기한 사실이 접수증(○○세무서 2003-108-91721의)에 의하여 확인된다.

(4) 청구인으로부터 2001년 제2기분 부가가치세 경정청구서를 접수한 ○○세무서장은, 쟁점금액②는 면세매출로 신고되었음에도 과세매출로 중복신고된 사실을 인정한 후, 2004.1.20. 쟁점금액②를 2001년 제2기분 부가가치세 과세표준에서 감액결정하였음이 경정결의서에 의하여 확인된다.

(5) 청구인은 위 부가가치세 경정청구와는 별도로 2001년 귀속 종합소득세 과세표준 경정청구서를 2003.12.23. 처분청에 제출하면서, 면세. 과세매출이 중복신고된 쟁점금액①②를 총수입금액불산입하여야 한다고 주장하였으나, 이에 대하여는 ○○세무서장이 우선적으로 부가가치세 과세표준에 대한 경정결정이 선행되어야 한다는 이유로 2004.1.2. 거부통지(거부통지 당시에는 ○○세무서장이 부가가치세 경정청구를 감액결정 하기 전이었음)한 사실이 처분청이 종합소득세 경정청구에 대한 결과통지(세일46410-11, 2004.1.2)에 의하여 확인된다. 【 쟁점금액①의 면세. 과세매출 중복신고 여부에 대하여 본다. 】

(1) 청구인의 2001년 귀속분 부가가치세 및 종합소득세 과세표준신고 및 장부기장을 대리한 청구외 이○○세무사의 확인서 내용에 의하면, "2000.7.1. 부터 시행된 의약분업으로 약국의 조제용역에 대한 면세수입금액을 국민건강보험공단에서 약국에 지급할 때, 병원에서 환자에게 교부한 처방전에 따른 조제시 사용되는 약품대와 조제건수에 따라 지급되는 조재료를 면세수입금액으로 모두 지급한다" 라는 사실을 알지 못하고, 2001년 면세매출 신고시 이미 조제료와 함께 면세매출로 신고된 약품대인 쟁점금액①을 부가가치세 매출신고시 다시 과세매출로 중복신고한 사실을 인정하고 있다.

(2) 청구인의 2001년 귀속분 면세수입금액 284,578,242원(약품대 + 조제료)에 대한 검토표는 아래와 같은 바, 면세매출신고분 중 약품대는 당초 약품 매입금액 그대로 국민건강보험공단에서 수령하므로 약품대 그 자체에 대하여는 마진이 없는 사실이 청구외 백제약품 거래명세표와 조제내역표에서 확인되는 것으로 보아, 약국의 약품조제에 따른 순수수입은 처방건수에 따라 지급되는 조제료인 것으로 나타나고 있다. <표1> 2001년 면세수입금액 284,578,242원(보험약품대 + 조제료)검토표. (단위: 원) ┌──┬──────┬──────┬──────┬──────────────────────┐ │ │ │ │ │ 2001년 면세매출 신고분 │ │구분│전기분 수입 │ 당기수령액 │ 당기분 수입├──────┬────────┬──────┤ │ │(당기수령)①│ ② │ 미수령액③ │ 계 │ 약품대(보험) │ 조제료 │ │ │ │ │ │ ②－①＋③ │ │ │ ├──┼──────┼──────┼──────┼──────┼────────┼──────┤ │건강│ 24,633,970│ 279,348,250│ 20,905,510│ 275,619,790│ │ │ │공단│ │ (주3)│ │ │ │ │ ├──┼──────┼──────┼──────┼──────┼────────┼──────┤ │의료│ 12,562│ 8,574,520│ 396,494│ 8,958,452│ │ │ │보호│ │ │ │ │ │ │ ├──┼──────┼──────┼──────┼──────┼────────┼──────┤ │ │ │ │ │ │141,464,482(주1)│ 143,113,760│ │ 계 │ 24,646,532│ 287,922,770│ 21,302,004│ 284,578,242│ (세금계산서 │ (주2)│ │ │ │ │ │ │ 수취분) │ │ └──┴──────┴──────┴──────┴──────┴────────┴──────┘ (가) <표1>의 (주1) 약품대 141,464,482원은 병원처방전에 따라 조제시 사용된 약품대로서, 쟁점 금액①과 쟁점금액②의 합계액인 사실이 PHARM(국민건강보험공단에서 인정하는 약국보험 자동청구 프로그램)에서 출력한 약품별 매출명세서25매에 의해 확인되고 있으며, 2000.7.1. 의약분업 후 일반약국은 병원 처방전대로 조제시 사용되는 보험약품대와 일반약품을 구분하여 매입세금계산서를 수취하고 있는 사실이 청구외 ◎◎약품(주)의 보험약품, 일반약품 납품확인서에 의하여 확인되고 있다. (나) 또한, <표1>의 조제료인 (주2) 금액인 143,113,760원도 2001년 제1기분 84,092,710원, 같은해 제2기분 59,021,050원인 사실이 PHARM에서 출력한 월별매출현황표에 의하여 확인되고 있다. (다) 국민건강보험공단에서 발행한 요양급여비 지급내역 통보서에 의하면, 국민건강보험공단에서 2001년 당해연도분의 병원처방전 조제와 관련하여 청구인에게 지급한 약품대와 조제료 총 지급액은 (주3)금액과 같이 279,348,250원인 것으로 나타나고 있다. (라) 한편, 청구인의 2001년 제1기분 및 제2기분 부가가치세 당초 신고내용을 검토한 바, 아래 <표2>와 같이 청구인은 이미 면제매출에 포함되어 신고된 <표1>의 (주1)금액이 <표2>의 (주4)금액에 포함되어 있음에도, 부가가치세 신고시 약품매입금액인 (주4)금액에 임의로 부가가치율을 적용한 (주5)금액을 다시 기타 과세매출로 신고한 것으로 나타나고 있다. <표2> 2001년 제1기, 제2기 부가가치세신고 내역 (단위: 원) ┌────┬───────────────────┬─────────────────────┐ │ │ 필요경비 산입 │ 필요경비 산입 │ │ 구 분 ├─────┬──────┬──────┼───────┬──────┬──────┤ │ │세금계산서│ 기 타(주5) │ 계 │약품매입(주4) │고정자산매입│ 계 │ ├────┼─────┼──────┼──────┼───────┼──────┼──────┤ │ 계 │18,300,000│ 224,998,668│ 243,298,668│ 198,035,916│ 13,477,273│ 211,513,689│ ├────┼─────┼──────┼──────┼───────┼──────┼──────┤ │ 제1기 │ 9,600,000│ 144,899,058│ 154,499,058│ 128,349,254│ 13,477,273│ 141,827,027│ ├────┼─────┼──────┼──────┼───────┼──────┼──────┤ │ 제2기 │ 8,700,000│ 80,099,610│ 88,799,610│ 69,686,662│ - │ 69,686,662│ └────┴─────┴──────┴──────┴───────┴──────┴──────┘

(3) 위와 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 청구인은 쟁점금액①을 면세매출(마진없는 보험약품대 + 조제료)로 신고하고도, 다시 전체 약품대 매입금액에 임의의 부가가치율을 적용하여 과세매출(기타)로 중복신고한 사실이 인정되므로 2001년 귀속분 종합소득세 계산시 쟁점금액①을 총수입금액불산입함이 타당하다고 하겠다. 【쟁점금액②의 면세. 과세매출 중복신고 여부에 대하여 본다.】

(1) ○○세무서장은 쟁점금액②가 면세매출로 신고되었음에도 과세매출로 중복신고된 사실을 인정하여 2004.1.20. 쟁점금액②에 상당하는 부가가치세 과세표준을 감액결정 하였음이 청구인의 2001년 제2기 부가가치세 감액경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 청구인의 2001년 귀속 종합소득세 경정청구서에 대하여 ○○세무서장의 부가가치세 과세표준에 대한 경정결정이 선행되어야 한다는 이유로 2004.1.2.거부처분하였으나, 처분청에서 요구한 ○○세무서장의 쟁점금액②에 대한 부가가치세 과세표준의 감액결정(경정이유: 면세. 과세 중복신고)은 2004.1.20. 이루어진 사실이 국세청 통합전산망의 부가가치세 경정결의 조회서에서 확인되는 바, 처분청이 청구인의 2001년 귀속 종합소득세에 대한 경정청구를 2004.1.2. 거부처분 통지할 당시에는 ○○세무서장의 부가가치세 감액결정이 있기 전이었음을 알 수 있다.

(3) 청구인의 2001년 귀속 부가가치세 및 종합소득세 과세표준 신고 및 장부기장을 대리한 청구외 이○○세무사의 학인서 내용에 의하면, "2000.7.1.부터 시행된 의약분업으로 약국의 조제용역 면세수입금액을 국민건강보험공단에서 약국에 지급할 때, 병원에서 환자에게 교부한 처방전에 따른 조제시 사용되는 약품대와 조제건수에 따라 지급되는 조제료를 면세수입금액으로 함께 지급한다는 사실을 알지 못하고, 2001년 면세매출 신고시 이미 조제료와 함께 면세매출로 신고된 약품대인 쟁점금액②를 부가가치세 매출신고시 다시 과세매출로 중복 신고한 착오를 인정하고 있으며, 당심에서 청구외 이○○세무외계사무소에 재확인한 바, 새로운 제도인 의약분업으로 ☆☆약국의 매출금액 신고업무의 착오가 발생되어 쟁점금액②를 면세매출로 신고하고도 다시 과세매출로 중복신고한 잘못을 확인하고 있으며, 이로 인하여 현재에는 ☆☆약국에 대한 세무장부기장을 하지 않고 있음을 인정하고 있다.

(4) 따라서, 사업장관할세무서장인 ○○세무서장의 쟁점금액②에 대한 부가가치세 과세표준을 감액결정한 사실과 국세청 통합전산망의 조회서 등에 의하여 쟁점금액②에 대한 부가가치세 과세표준을 감액결정한 사실과 국세청 통합전산망의 조회서 등에 의하여 쟁점금액②의 면세. 과세매출 중복신고된 사실이 확인되므로, 청구인의 2001년 귀속 종합소득세 과세표준계산시 쟁점금액②를 총수입금액불산입함이 타당하다고 하겠다.

(5) 한편, <표1>에서와 같이 청구인의 2001년 귀속분 면세매출총액은 284,578,242임에도 청구인의 당초 종합소득세신고시 2001년 당해연도 중에 국민건강보험공단에서 수령한 279,348,250원을 면세매출로 신고하였으므로 그 차액 5,229,992원은 면세매출 과소신고금액으로 확인되는 바, 이에 대하여는 처분청과 청구인간에 달리 다툼이 없다.

(6) 그러하다면, 청구인의 2001년 귀속 종합소득금액을 계산함에 있어 면세. 과세매출로 중복신고된 쟁점금액①②를 총수입금액 불산입하고, 당초 신고시 면세매출 과소신고분 5229,992원은 총수입금액에 산입하는 등 그 차액 136,234,490원은 청구인의 2001년 종합소득세 과세표준계산시 총수입금액 불산입함이 타당하다고 판단됨에도, 이에 대한 종합소득세 경정청구에 대하여 거부처분함은 부당하다고 하겠다. < 쟁점(2): 쟁점금액 ③④의 면세. 과세 중복신고 여부에 대하여 >

(1) 2003.5.31. 신고한 청구인의 2002년 귀속 종합소득세 과세표준신고서 내역에 의하면, ☆☆약국에 대한 총수입금액은 436,547,946원, 소득금액은 63,218,161원으로 신고한 사실이 확인된다.

(2) ○○세무서장은 청구인의 2002년 귀속 종합소득금액을 2003.8.27. 조사종결하면서 총수입금액 누락 4,642,180원과 필요경비불산입 46,753,310원을 적출한 후 결의서(안)을 주소지 관할세무서장인 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 대한 종합소득세 19,846,237원을 2003.10.6. 결정고지한 사실이 결의서에 의하여 확인된다.

(3) 그 후 청구인은 쟁점금액③④를 면세매출로 기 신고하였음에도 과세매출로 중복신고 되었다는 이유로 2003.12.15. ○○세무서장에게 경정청구서를 제출한 사실이 접수증 (○○세무서 2003-108-91722의)에 의하여 확인된다.

(4) 청구인으로부터 위 부가가치세 경정청구서를 접수한 ○○세무서장은 쟁점금액 ③④의 중복신고된 사실을 인정한 후 2004.1.20. 청구인의 2002년 제1기분 및 제2기분 부가가치세 과세표준을 감액결정한 사실이 부가가치세 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(5) 2003.12.23. 청구인은 2002년 귀속 종합소득세 과세표준 경정청구서를 처분청에 제출하면서, 쟁점금액③④를 종합소득금액 계산시 총수입금액불산입하여야 한다고 주장하였으나, 이에 대하여는 ○○세무서장이 우선적으로 부가가치세 과세표준에 대한 경정결정이 선행되어야 한다는 이유로 2004.1.2. 거부통지(거부통지 당시에는 ○○세무서장이 위 (4)항에 의한 부가가치세 경정청구를 감액결정 하기 전이었음)한 사실이 처분청의 종합소득세 경정청구에 대한 결과통지(세일46410-11, 2004.1.2)에 의하여 확인된다.

(6) 청구인의 2001년 귀속 부가가치세 및 종합소득세 과세표준신고 및 장부기장을 대리한 청구외 이○○세무사의 확인서 내용에 의하면, "2000.7.1. 부터 시행된 의약분업으로 약국의 조제용역 면세수입금액을 국민건강보험공단에서 약국에 지급할 때, 병원에서 환자에게 교부한 처방전에 따른 조제시 사용되는 약품대와 조제건수에 따라 지급되는 조제료를 면세수입금액으로 함께 지급한다"라는 사실을 알지 못하고, 2001년 면세매출 신고시 이미 조제료와 함께 면세매출로 신고된 약품대인 쟁점금액③④를 부가가치세 매출신고시 다시 과세매출로 중복 신고한 사실을 인정하고 있으며, 당심에서 청구외 이○○사무실에 재확인한 바, 새로운 제도인 의약분업으로 인한 ☆☆약국의 매출금액 신고업무의 착오로 인하여 쟁점금액③④를 면세매출로 신고하고도 다시 과세매출로 중복신고한 잘못을 확인하고 있다.

(7) 이건 중복신고된 쟁점금액③④와는 별도로 청구인의 2002년 귀속 종합소득세신고시 면세매출 987,516원을 과소신고한 사실에 대하여는, 처분청과 청구인간에 달리 다툼이 없다.

(8) 참고로, 청구인은 ○○세무서장에게 쟁점과세연도인 2001년도 및 2002년도이외에 2003년 제1기분에 대하여도 과세. 면세 중복신고에 대한 부가가치세 경정청구를 제기하여, 당초 면세. 과세매출로 중복신고된 63,018,456원을 감액결정 받은 사실이 청구인의 2003년 제1기분 부가가치세 경정결의서에 의하여 확인되며, 2003년 제2기분부터는 면세. 과세분 중복신고 없이 신고되고 있는 사실이 청구인의 2003년 제2기 부가가치세 신고서에 의하여 확인되고 있다.

(9) 그러하다면, 사업장관할세무서장인 ○○세무서장의 쟁점금액③④에 대한 부가가치세 과세표준의 감액결정을 한 사실과 국세청 통합전산망 등에서 쟁점금액③④의 면세. 과세매출 중복신고사실이 확인되므로, 청구인의 2002년 귀속 종합소득세 과세 표준계산시 쟁점금액③④를 총수입금액불산입하고, 당초 신고시 면세매출 과소신고액 987,516원은 총수입금액에 산입하는 등 그 차액인 138,541,518원은 청구인의 2002년 귀속 종합소득세 과세표준계산시 총수입금액 불산입함이 타당함에도, 이에 대한 종합소득세 경정청구에 대하여 거부처분함은 부당하다고 하겠다. [관련법령] 부가가치세법 제21조 / 국세기본법 제45조의2 / 소득세법 제80조 /