약국에 대한 수입금액신고시 동일시 매출이 면세와 과세로 이중신고되었는지 여부

○○세무서장이 2003.10.6. 청구인에게 고지한 2000년 과세연도 종합소득세 44,058,530원의 부과처분은 수입금액을 중복계산 한 36,581,990원을 수입금액에서 차감하고, 면세매출관련 매입부가가치세 7,390,069원을 필요경비에 포함하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 ○○특별시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○약국을 경영하고 있는 개인사업자로서, ○○약국에 대한 2000년 귀속분 종합소득세 확정신고서 수입금액 212,837,212원 및 소득금액 53,779,775원으로 신고하였다. 청구인의 사업장관할세무서장인 ○○세무서장(이하 “○○세무서장” 이라 한다) 은 2003.8.18.부터 2003.8.26.까지의 조사결과 2000년 귀속분 수입금액누락 66,513,790원과 필요경비 과다계상 한 8,113,530원 등 합계 74,627,320원을 적출하여 이에 대한 종합소득세 결의서(안)을 작성하여 주소지 관할세무서장인 처분청에 통보하였고, 처분청은 이를 근거로 2003.10.6. 청구인에게 2000년 귀속 종합소득세 44,058,530원을 경정∙고시하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.1.2. 이 건 심사청구를 하였다.

2000년도 제2기분 부가가치세신고서 면세매출(약품대)로 신고하였음에도 과세매출(약품대)로 중복신고 한 2000년 제2기분 42,187,432원에서 면세매출누락 5,605,442원을 차감한 36,581,990원(이하 “쟁점금액” 이라 한다)을 2000년 과세연도 총수입금액에서 차감하고, 면세수입금액관련 부가가치세 매입세액불공제분 7,390,069원을 필요경비에 산입하여 경정하여야 한다.

청구인이 당초 ○○약국에 대한 부가가치세 과세표준신고 및 2000년 귀속분종합소득세 확정신고 후, 쟁점금액을 면세매출로 신고하고도 다시 과세매출로 중복신고하였다는 주장은 그 타당성을 인정하기 어렵고, 더욱이 청구인의 세무대리인(세무사 이○○)이 면세ㆍ과세매출을 중복으로 신고하였다는 주장은 상식적으로 이해할 수 없다는 의견이다.

• 가. 쟁점 2000년 과세연도 수입금액에 쟁점금액이 이중으로 신고 되었는지 및 부가가치세 매입세액 불공제분 7,390,069원을 필요경비에 산입하여 경정하는 것이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】

① 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액∙일시재산소득금액ㆍ기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 당해연도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해연도에 확정된 것에 대하여는 당해연도 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해연도의 필요경비로 본다.

③ 필요경기의 계산에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법시행령 제55조 【부동산임대소득 등의 필요경비의 계산】

① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액이 대응하는 필요경비는 다음 각호의 것으로 한다.

8. 사업과 관련있는 제세공과금. 다만, 법 및 이 영에 의하여 필요경비에 산입하지 아니하는 것을 제외한다.

○ 소득세법 제80조 【결정과 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 때.(이하 생략)

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

• 다. 사실관계 및 판단 【먼저, 사실관계에 대하여 살펴본다.】

1. 2001.5.31. 신고한 청구인의 2000년 귀속 종합소득세 과세표준신고서 내역에 의하면, ○○약국에 대한 총수입금액은 212,837,212원, 소득금액 53,779,775원으로 신고한 사실이 확인된다.

2. ○○세무서장은 청구인의 2000년 귀속 종합소득금액을 2003.8.27. 조사종결하면서 총수입금액 누락 66,513,790원과 필요경비 과다공제 8,133,530원을 적출한 후 결의서(안)을 주소지관할세무서장인 처분청에 통보하였고, 처분청은 2003.10.6. 이에대한 종합소득세 44,058,530원을 결정고지 한 사실이 결의서에 의하여 확인된다.

3. 그 후 청구인은 2003.12.15. ○○세무서장에게 면세ㆍ과세매출 중복신고에 대한 경정청구를 함에 있어서, 2000년 제2기분 및 2001년 제1기분은 국세기본법상 경정청구기간이 경과되어 경정청구를 하지 못하였으나, 2001년 제2기분은 64,812,355원을 면세매출로 기 신고 하였음에도 과세매출로 중복신고되었다는 이유로 ○○세무서장에게 경정청구를 제기한 사실이 접수증(○○세무서 0000-000- 00000)에 의하여 확인된다.

4. 청구인으로부터 2001년 제2기분 부가가치세 경정청구서를 접수한 ○○세무서장은, 64,812,355원을 면세매출로 신고 되었음에도 과세매출로 중복신고 된 사실을 인정한 후, 2004.1.20. 64,812,355원을 2001년 제2기분 부가가치세 과세표준에서 감액결정하였음이 경정결의서에 의하여 확인된다.

5. 청구인은 위 부가가치세 경정청구와는 별도로 2001년 및 2002년 귀속 종합소득세 과세표준 경정청구서를 2003.12.23. 처분청에 제출하면서, 면세ㆍ과세매출이 중복신고 된 141,464,482원을 총수입금액에서 제외하여야 한다고 주장하였으나, 이에 대하여는 ○○세무서장이 우선적으로 부가가치세 과세표준에 대한 경정결정이 선행되어야 한다는 이유로 2004.1.2. 거부통지(거부통지 당시에는 동작세무서장이 부가가치세 경정청구를 감액결정 하기 전이었음)한 사실이 처분청의 종합소득세 경정청구에 대한 결과통지(세일46410-11, 2004.1.2)에 의하여 확인된다.

6. 청구인은 이에 불복하여 2001년 및 2002년 귀속 종합소득세에 대하여 심사청구(2004.1.5)를 하였으며, 결정서(심사2004-004, 2004.10.14)에 의하면 수입금액이 중복계상 된 사실이 입증된다하여 경정청구거부처분을 취소하도록 결정한 것으로 확인된다. 【쟁점금액이 면세∙과세매출 중복신고 여부에 대하여 본다.】

1. 청구인의 2000년 귀속분 부가가치세 및 종합소득세 과세표준신고 및 장부기장을 대리한 청구외 이○○세무사의 확인서 내용에 의하면, “2000.7.1.부터 시행된 의약분업으로 약국의 조제용역에 대한 면세수입금액을 국민건강보험공단에서 약국에 지급할 때, 병원에서 환자에게 교부한 처방전에 따른 조제시 사용되는 약품대와 조제건수에 따라 지급되는 조제료를 면세수입금액으로 모두 지급한다” 라는 사실을 알지 못하고, 2000년 면세매출 신고시 이미 조제료와 함께 면세매출로 신고 된 약품대인 42,187,432원을 부가가치세 매출신고시 다시 과세매출로 중복신고 한 사실을 인정하고 있다.

2. 청구인의 과세 및 면세 수입금액 신고 및 경정내역은 아래 표1과 같다. 과세 및 면세 수입금액 신고 및 경정내역(표1) (단위:천원) 구 분 신고 수입금액 경정 수입금액 증감액 과세수입 면세수입 합계 과세수입 면세수입 합계 00년제1기 26,236 2,031 27,267 41,546 1,031 42,577 15,309 00년제2기 103,818 47,419 151,237 119,087 83,354 202,441 51,204 합 계 130,054 48,450 178,504 160,633 84,385 245,018 66,513

3. 그러나, 청구인은 아래 표2와 같이 약제료(전문약품대) 수입금액이 2000년 제2기에 42,187,432원이 과세 및 면세에 이중으로 계상되었으므로 과세분 수입금액에서 42,187,432원을 차감하고 면세수입금액에서 신고누락 된 5,605,442원을 가산하여 과세수입금액 76,899,702원, 면세수입금액 88,960,052원 합계 165,859,754원으로 경정하여야 한다는 주장이다. 2000년 제2기 수입금액 현황(표2) (단위:천원) 구 분 경정수입금액 심사청구 수입금액 실지수입누락금액 매출 과세 임대 15,327 15,327 보험약 0 ▲42,187 42,187 일반약 61,572 61,572 계 76,899 ▲42,187 119,087 약제료 42,187 면세 83,354 조제료 46,773 계 88,960 5,605(신고누락) 83,354 합 계 165,859 ▲36,582 202,441

4. 청구인은 2000년 제2기 면세수입금액(약제료) 과세로 이중계산 된 내역표, 2000년 제2기 약제료(면세) 약품별 매출명세서, 2000년 제2기 조제료(면세) 매출명세서, 2000년 약국 조제용역 면세수입금액 명세표, 연간 요양급여비용 지급내역 통보시(건강보험공단), 부가가치세 신고착오 및 오류 확인서(세무사 이○○ 사무소) 등을 심리자료로 제출하고 있다.

5. 청구인의 2000년 제2기 면세수입금액 88,960,052원(약품대+조제료)에 대한 검토 표는 아래 표3과 같은 바, 면세매출신고분 중 약품대는 당초 약품 매입금액과 동일금액을 국민건강보험공단으로부터 수령하므로 약품대 그 자체에 대하여는 마진이 없는 사실이 청구외 ○○약품 거래명세표와 조제내역표에서 확인된다. 2000년 제2기 면세수입금액 88,960,052원(보험약품대+조제료) 검토(표 3) (단위: 원) 구분 전기분 수입 (당기수령)① 당기수령액

② 당기분 수입 미수령액③ 2000년 면세매출금액 계

② -①+③ 약품대(보험) 조제료 건강공단 0 64,001,520 (주3) 24,633,970 88,635,490 의료보호 0 312,000 12,562 324,562 계 0 64,313,520 24,646,532 88,960,052 42,187,432(주1) (세금계산서수취분) 46,772,620 (주2)

• 가) 상기 표3의(주1) 약품대 42,187,432원은 병원처방전에 따라 조제시 사용된 약품대로서, 쟁점금액인 사실이 PHARM(국민건강보험공단에서 인정하는 약국보험 자동청구 프로그램)에서 출력한 『약품별 매출명세서』 11매에 의해 확인되며, 2000.7.1. 의약분업 후 일반약국은 병원 처방전대로 조제시 사용되는 보험약품대와 일반약품을 구분하여 매입세금계산서를 수취하고 있는 사실이 청구외 ○○약품(주)의 『보험약품, 일반약품 납품확인서』 에 의하여 확인되고 있다.
• 나) 또한, 상기 표3의 조제료인 (주2) 금액인 46,722,620원도 2000년 제2기분 46,722,620원인 사실이 PHARM에서 출력한 『월별 매출현황표』 에 의하여 확인되고 있다.
• 다) 국민건강보험공단에서 발행한 『요양급여비 지급내역 통보서』 에 의하면, 국민건강보험공단에서 2000년 당해연도분의 병원처방전 조제와 관련하여 청구인에게 지급한 약품대와 조제료 총 지급액은 (주3)금액과 같이 64,001,520원인 것으로 나타나고 있다.
• 라) 한편, 청구인의 2000년 제2기분 부가가치세 당초 신고내용을 검토한 바, 아래 표4와 같이 청구인은 이미 면세매출에 포함되어 신고된 상기 표1의 (주1)금액이 아래 표4의 (주4)금액에 포함되어 있음에도, 부가가치세 신고시 약품매입금액인 (주4)금액에 임의로 부가가치율을 적용한 (주5)금액을 다시 기타 과세매출로 신고한 것으로 나타나고 있다. 2000년 제2기 부가가치세긴고 내역(표4) (단위: 원) 구 분 매 출 금 액 매 입 금 액 세금계산서 기 타(주5) 계 약품매입(주4) 고정자산매입 계 제2기 11,950,000 91,868,064 103,818,806 88,245,355 0 88,245,355

6. 위와 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 청구인은 쟁점금액을 면세매출(마진없는 보험약품대 + 조제료)를 신고하고도, 다시 전체 약품대 매입금액에 임의의 부가가치율을 적용하여 과세매출(기타)로 중복신고한 사실이 인정되므로 2000년 귀속분 종합소득세 계산시 쟁점금액을 총수입금액에서 제외함이 타당하다고 하겠다.

7. 또한, 청구인이 부가가치세신고시 매입세금계산서 수취분 88,245,355원의 부가가치세매입세액 8,824,513원중 1,434,444원만 공제를 받아야 함에도 8,824,513원 전액을 공제받은 사실이 아래 표5 및 표6과 같이 확인되므로 부가가치세를 재계산하여 과세하는 것은 별론으로 하고, 공제받지 못할 부가가치세 등 7,390,069원은 필요경비로 인정하여 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 2000년 제2기 부가가치세 계산 내역(표5) (단위: 원) 구 분 신고(당초) 경정(세무조사) 심사청구 매출 과세 세금계산서 11,950,000 11,950,000 11,950,000 기타 91,868,064 107,137,134 64,949,702 계 103,818,064 119,087,134 76,899,702

① 매출세액 10,381,806 11,908,713 7,689,970 매입 일반매입(세금계산서) 88,245,355 88,245,355 88,245,355 고정자산 기타공제매입 계 88,245,355 88,245,355 88,245,355 공제받지못할세액 73,405,353 공통매입면세사업분 495,330 계 73,900,683

② 매입세액 8,824,513 8,824,513 1,434,444

③ 납부할세액(①-②) 1,557,293 3,084,200 6,255,526

④ 공제세액(기납부) 1,557,293 3,984,310

⑤ 차감고지세액 2,427,017 매입세액 안분(전문의약품․일반약품)명세서(표6) (단위:원) 구 분 상 호 전문(보험)의약품 일반의약품 합 계 공급가액 세액 공급가액 세액

2000. 7

○○공업(주)외 835,623 83,558 1,625,036 162,503 2,706,720

2000. 8

○○약품외 15,092,210 1,509,219 1,684,336 168,432 18,454,197

2000. 9

○○제약(주)외 15,788,770 1,587,872 1,729,130 172,911 19,269,683

2000. 10

○○제약(주)외 11,717,820 1,171,791 2,991,649 299,157 16,180,417

2000. 11

○○제약(주)외 18,324,225 1,832,428 3,015,909 301,580 23,474,142

2000. 12

○○제약(주)외 11,646,705 1,164,668 2,955,759 295,576 16,062,708 합 계 73,405,353 7,340,536 14,001,819 1,400,159 96,147,867

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.