납품서로 확인되는 운송용역금액을 필요경비로 산입할 수 있는지 여부

○○세무서장이 2003.05.01. 청구인에게 결정고지한 1999년 귀속 종합소득세 13,741,530원의 부과처분은, 청구인이 운영하는 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 소재 ○○개발(000-00-00000)이 청구인이 다른 사업장인 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○개발(000-00-00000)로부터 제공받은 운송용역의 공급가액 30,100,000원을 ○○개발의 필요경비로 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 ○○개발(도ㆍ소매/골재, 이하 “쟁점사업장”이라 한다)과 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 ○○개발(건설/중기대여, 이하 “쟁점외사업장”이라 한다)을 영위하던 개인사업자로서, 쟁점외사업장은 1999년 제2기 과세기간 중 쟁점사업장으로 3매의 매출세금계산서(공급가액 30,100,000원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행하여 2000.01.25. 쟁점외사업장의 1999년 제2기분 부가가치세 신고를 하였다가 2000.05.26. 쟁점세금계산서의 거래 상대방을 청구외 ○○개발(주)(이하 “○○개발”이라 한다)로 변경하여 부가가치세 수정신고를 하였으며, 쟁점사업장은 1999년 중 청구외 ○○건기(주)(이하 “○○건기”라 한다)로부터 5매의 매입세금계산서(공급가액 30,760,000원, 이하 “○○세금계산서”라 한다)을 수취하고 이를 쟁점사업장의 필요경비로 산입하여 1999년 귀속 종합소득세를 신고하였다. 처분청은 청구인이 ○○건기로부터 수취한 ○○세금계산서를 실물거래 없이 허위로 수취한 가공매입세금계산서라고 하여 그 공급가액을 쟁점사업장의 필요경비에서 부인하여 2003.05.01. 청구인에게 1999년 귀속 종합소득세 13,741,530원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.06.17. 이의신청을 거쳐(2003.09.04. 기각결정) 2003.10.02. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 쟁점사업장에서 골재 도ㆍ소매업을 영위하던 중 도착도가격(골재대+운송비)으로 결정되는 골재의 납품단가가 IMF 당시에 유류값 상승으로 인한 운송비 과다로 영업이익이 없어 부득이 ○○개발에서 덤프트럭(○○00○0000호)을 구입하여 1999.08.30. 쟁점외사업장에 개인사업자로 등록을 한 후 1999.09월부터 12월까지 청구인이 운영하는 쟁점사업장의 골재를 318차 운송하여 청구외 ○○공업(주)(이하 “청구외법인”이라 한다)에 납품하고 그 운송비의 공급가액을 30,100,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 하여 쟁점외사업장에서 쟁점사업장으로 쟁점세금계산서를 발행하여 2000.01.25. 부가가치세 신고를 정당하게 하였으나, 이와는 별개로 ○○건기를 관리하고 있던 ○○개발이 당초 ○○건기에서 청구인에게 실물거래 없이 발행한 ○○세금계산서의 공급가액과 동일한 금액의 세금계산서를 쟁점외사업장에서 ○○개발로 실물거래 없이 발행하여 줄 것을 요구하여 청구인이 쟁점세금계산서의 거래상대방을 ○○개발로 수정하여 당초 정당하게 신고한 내용과 다르게 2000.05.25. 부가가치세 수정신고를 한 것인바, 청구인이 ○○건기로부터 실지거래 없이 수취한 ○○세금계산서에 대한 공급가액을 필요경비 부인하더라도, 쟁점외사업장의 운송용역에 대한 실제 매출처가 쟁점사업장이라는 사실이 청구외법인에 보관중인 ○○00○0000호 덤프트럭에 대한 납품서(318매)에 의하여 확인되므로 당초 정당하게 신고하였던 쟁점외사업장이 쟁점사업장에 제공한 운송용역의 공급가액(쟁점금액)은 쟁점사업장의 필요경비로 인정하여야 한다.

○○건기로부터 수취한 ○○세금계산서(1999.05월~9월)는 1999.08월에 개업한 쟁점외사업장의 공급시기와 일치하지 아니할 뿐만 아니라 쟁점사업장은 쟁점외사업장의 덤프트럭 지입회사인 ○○개발로부터 1999.09월~12월에 46,800,000원의 세금계산서를 수취하여 필요경비에 산입한 점으로 미루어 볼 때 쟁점외사업장의 매출처가 쟁점사업장이라는 청구주장은 신빙성이 결여될 뿐만 아니라 청구인이 제시된 납품서만으로는 쟁점외사업장에서 쟁점사업장으로 운송용역을 제공하였다고 볼 수 없으므로 청구인에게 종합소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점사업장이 쟁점외사업장으로부터 운송용역을 제공받은 것으로 보아 쟁점금액을 필요경비로 산입할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴본다.

○ 소득세법(1998.12.28. 법률 제5580호 개정) 제27조 (필요경비의 계산)

① 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액ㆍ일시재산소득금액ㆍ기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

○ 소득세법시행령 제55조 (부동산임대소득 등의 필요경비의 계산)

① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각호의 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인 금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가격과 그 부대비용으로 한다.

27. 제1호 내지 제26호의 경비와 유사한 성질의 것으로서 당해 총수입금액에 대응하는 경비.

○ 소득세법 제80조 (결정과 경정)

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

2. 제163조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 제164조의 규정에 의한 지급조서의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구인은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지에서 골재 도ㆍ소매업인 쟁점사업장과 ○○시 ○○동 ○○번지에서 중기 대여업체인 쟁점외사업장을 개인사업자로 영위하였으며, 1999년 과세연도 중 쟁점사업장이 ○○건기로부터 공급가액 30,760,000원의 ○○세금계산서를 교부받고 이를 쟁점사업장의 필요경비로 산입하여 1999년 귀속 종합소득세를 신고한 사실이 국세청 전산조회자료에 의하여 확인된다.

② 처분청은 청구인이 ○○건기로부터 실물거래 없이 허위로 가공의 세금계산서를 수취하였다고 하여 ○○세금계산서의 공급가액을 쟁점사업장의 필요경비에 산입하지 아니하여 청구인에게 이 건 종합소득세를 과세하였음이 처분청의 결정결의서에 의하여 확인된다.

③ 이에 대하여 청구인은 쟁점외사업장의 덤프트럭으로 쟁점사업장의 골재를 운송하여 청구외법인에게 납품하고 그 운송비인 쟁점금액에 대하여 쟁점외사업장에서 쟁점사업장으로 세금계산서를 발행하여 2000.01.25. 부가가치세 신고를 정당하게 하였으나, ○○개발의 요구로 당초 쟁점외사업장에서 쟁점사업장으로 정당하게 발행하였던 쟁점세금계산서의 거래상대방을 사실과 다르게 ○○개발로 수정하여 2000.05.25. 부가가치세 수정신고를 한 것인바, 청구인이 ○○건기로부터 수취한 ○○세금계산서의 공급가액을 쟁점사업장의 필요경비로 부인하더라도 쟁점외사업장의 실제 매출처가 쟁점사업장임이 청구외법인에 보관중인 납품서에 의하여 확인되므로 당초 정당하게 신고한 내용과 같이 쟁점외사업장이 쟁점사업장에게 운송용역을 제공하고 발행한 쟁점세금계산서의 공급가액인 쟁점금액은 쟁점사업장의 필요경비로 인정하여야 한다고 주장한다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 청구인이 ○○건기에서 수취한 ○○세금계산서는 실물거래 없이 교부받은 가공매입세금계산서라는 사실과 이에 대한 공급가액은 청구인의 쟁점사업장에 대한 필요경비로 산입할 수 없다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

② 그러나 청구인은 쟁점사업장에서 청구외법인에 납품한 골재를 쟁점외사업장의 덤프트럭으로 운송하여 납품하였으므로 쟁점외사업장이 쟁점사업장에 제공한 운송용역에 대한 공급가액(쟁점금액)은 쟁점사업장의 필요경비로 산입하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

③ 청구인은 1999.08.30. ○○개발로부터 24톤 덤프트럭 1대를 구입하여 청구인 명의로 건설기계등록(○○00○0000호)을 하고, 동 덤프트럭에 대한 건설기계대여업의 사업장 소재지를 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지로 하고 개업일을 1999.08.06.로 하여 1999.10.23. 쟁점사업장의 사업자등록을 한 사실이 건설기계등록증 및 국세청 전산조회자료에 의하여 확인된다.

④ 또한 청구인은 위 덤프트럭을 구입하여 쟁점외사업장을 개업한 수 1999.09.06.부터 1999.12.30.까지 쟁점외사업장의 덤프트럭으로 쟁점사업장의 골재를 318차(9월 48차, 10월 83차, 11월, 110차, 12월 77차) 5,088㎡(1차당 16㎡)를 운송하여 청구외법인에게 납품한 사실이 청구외법인이 보관하고 있는 납품서에 근거하여 작성한 사실확인서 및 납품서에 의하여 확인되고, 동 납품서는 그 기록내용 및 양식과 일련번호 등으로 보아 당시에 작성된 진실된 것으로 보여진다.

⑤ 청구인은 당초 위와 같이 쟁점외사업장의 덤프트럭으로 쟁점사업장의 골재를 운송하여 청구외법인에게 납품(납품가액은 골재의 매입가액에 운송비를 합하여 결정)하고 쟁점외사업장이 쟁점사업장에 제공한 운송용역에 대하여 쟁점외사업장에서 쟁점사업장으로 공급가액 30,100,000원의 쟁점세금계산서를 발행(1999.10.30.자 8,230,000원, 1999.11.30.자 10,300,000원, 1999.12.31.자 11,570,000원)하여 2000.01.25. 쟁점외사업장의 1999년 제2기분 부가가치세를 정당하게 신고하였음이 쟁점세금계산서와 국세청 전산조회자료에 의하여 확인된다.

⑥ 그 후 청구인은 2000.05.26. 당초 쟁점외사업장에서 쟁점사업장으로 정당하게 발행한 쟁점세금계산서의 거래상대방을 ○○개발로 하여 수정세금계산서를 발행하여 1999년 제2기분 부가가치세 수정신고를 하였음이 쟁점외사업장의 부가가치세 수정신고서 및 국세청 전산조회자료 등에 의하여 확인되나, 쟁점외사업장이 지입회사인 ○○개발에게 발행한 세금계산서는 실물거래없는 가공자료임이 ○○개발에 대한 ○○지방국세청의 특별조사시에 판명되었다.

⑦ 한편 ○○개발이 쟁점외사업장으로부터 수취한 매입세금계산서는 가공매입으로 확인되어 매입세액공제 부인되었으나, 쟁점외사업장에 대한 1999년 제2기분 매출과세표준 30,100,000원은 감액경정하지 아니하고 그대로 있음이 국세청 전산조회자료에 의하여 확인되고 있다.

⑧ 이상에서 살펴본 바를 종합하여 볼 때, 청구인은 쟁점외사업장의 덤프트럭을 이용하여 쟁점사업장의 골재를 청구외법인에 납품한 사실이 확인되므로 쟁점외사업장이 쟁점사업장에 제공한 운송용역인 쟁점금액(쟁점세금계산서의 공급가액)은 쟁점사업장의 필요경비로 산입함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.