육상운송업자가 해상운송료를 포함하여 수령한 운송료는 전액은 운송수입금액임

[주문]

1. ○○세무서장이 청구법인에게 2003. 3. 13. 결정 고지한 갑종 근로소득세 2000년 과세연도 654,515,860원 및 2001년 과세연도 317,938,560원은, 매출누락으로 익금가산한 운송수입금액으로 청구외 ☆창해운(주)의 화물운송료를 지급한 금액이 얼마인지 또는 동 운송수입금액이 해운회사의 화물운송료와 관련이 없는 별도의 매출누락금액인지에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 상여 처분하여 청구법인의 대표자에게 과세한 종합소득세 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 2002. 10. 1. 결정고지한 부가가치세 2000년 제1기 192,517,890원 및 제2기 52,517,310원과 2001년 제1기 86,022,970원 및 제2기 26,390,910원에 대한 불복은 이를 받아들일 수 없어 기각합니다. [이유]

청구법인은 2000. 1. 1. 설립하여 ○○도내의 화물(주로 농산물임)을 육지로 운송하는 화물운송용역을 제공하는 방법으로서, 화주로부터 운송계약을 체결하고 산지에서 컨테이너(CT) 또는 상자로 포장된 농산물을 한림 또는 애월항의 청구외 ☆창해운(주) 및 (주)☆창(이하 "☆창해운(주)"라 한다)의 화물선에 선적하여 서울 가락동청과시장 등 육지부의 도착지에 운송하였다. 그리고, 청구법인은 ○○도내에서 화물을 한림 또는 애월항의 화물선에 선적하는데 까지 청구법인의 책임과 업무가 종료된다하여 화물을 한림 및 애월항의 부두에 선적한데까지의 운송용역에 대한 운송료만을 청구법인의 운송수입금액으로 계상하였다. 처분청은, 화주가 화물의 운송용역 전 부분을 청구법인에게 의뢰하였으므로 청구법인이 제공한 용역은 ○○도내의 선적까지에 한정하는 것이 아니라, 해상을 통하여 육지의 도착지까지 운송거래 전체에 대하여 청구법인의 책임하에 운송용역을 제공한 것이라 하여 청구법인의 비망기록장과 청구외 ☆창운수(주)에서 작성한 "운송임 총괄표"등에 의거 청구법인이 수입금액 1,891,911,039원(이하 "쟁점운송수입"이라 한다)을 신고누락한 것으로 보아 익금산입, 동 금액에서 부가가치세를 가산하여 상여처분하고, ☆창운수(주)에 지급한 화물운송임 2,228,187,676원을 운송원가로 손금산입·기타처분하여 법인세를 경정한 후, 동 상여 처분액에 대해 청구법인에 소득금액변동 통지하였다. 그리고, 처분청은 2002. 10. 1. 쟁점운송수입에 대해 청구법인에게 2000년 제1기 등 부가가치세 357,449,080원(2000년 제1기 192,517,890원 및 제2기 52,517,310원, 2001년 제1기 86,022,970원 및 제2기 26,390,910원임)을 경정·고지하였으며, 또한, 소득금액변동통지에 대해 청구법인의 신고납부가 없자, 2003. 3. 13. 청구법인에게 2000년 과세연도 등 근로소득세 972,454,420원(2000년 654,515,860원 및 2001년 317,938,560원임)을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002. 12. 30. 이의신청을 거쳐 2003. 6. 24. 심사 청구하였다.

• 가. 농민 또는 상인 등이 출하한 농산물 등을 육지부의 도착지에 운송하는 경우, 청구법인이 제공하는 역무는 통상적으로 ○○도내에서 한림항 또는 애월항 화물선에 선적함으로 종료되므로, 동 역무에 대한 화물운송임만 청구법인의 운송수입이 되고, 위 선적된 화물을 ☆창해운(주)가 해상운송 및 육지부 도로운송을 통하여 운반하고 이에 대한 운송료를 도착지에서 직접 수금한 "착불금"에 대하여, 이는 청구법인이 운송책임을 지는 것이 아니므로 청구법인의 운송수입이 아니며,
• 나. 그리고 농산물을 산지 등에서 부두까지 운송할 때, 개별화물업자들이 운반하는 경우가 있는데, 이들은 청구법인에 고용되어 있는 것이 아니라 각자 독립적으로 사업자등록하여 사업을 영위하는 자들이며, 개별화물업자의 위 운송용역에 대한 운임이 청구법인에 입금되어 청구법인은 이를 현불금으로 처리하고 동 금액에서 수수료, 하역비 및 그 동안 가불금을 공제하고 개별화물업자에게 지급하고 있는 바, 적출한 쟁점운송수입금액 중 운송수입을 현불금으로 처리한 것으로 청구법인의 수입금액이 아니며,
• 다. 적출한 쟁점운송수입금액 중에서 1999년 귀속 수입금액 40,380천원이 포함되어 있다. 따라서, 처분청은 쟁점운송수입을 매출누락으로 보아 부가가치세를 과세하고, 법인세 경정 결정시 상여로 소득처분하여 대표자의 근로소득으로 과세한 이건 부과처분은 위법 부당하다.

• 가. 청구법인이 제공한 용역은 제주도내 산지에서 화물선적까지이고, 청구법인의 수입금액은 동 용역의 대가로 한정되어야 한다고 주장하나, 운송을 의뢰하는 농민 및 상인 등 화주는 운송용역 전체에 대해 청구법인에게 의뢰하고 있을 뿐, 제주도내의 선적, 해상운송 및 육지운송을 누가 담당하는지에 대해 알지 못하고 있고, 선적 후 해상 및 육지운송은 화주와는 무관하게 청구법인과 ☆창해운(주)간에 별도계약에 의거하여 ☆창해운(주(가 이를 대행하고 있으므로 이는 청구법인의 책임하에 화물을 운송하였다고 할 수 있고, 별개의 용역제공으로 구분할 수가 없으며,
• 나. 청구법인은 "현불금" 중에는 개입화물업자가 산지에서 한림 및 애월항 부두까지 제공한 운송용역에 대한 개인화물업자의 수입이 포함되어 있다고 주장하나, 이것도 화주가 청구법인을 상대로 운송용역을 의뢰하였으므로 청구법인의 운송수입금액으로 보아야 하고, 개별화물업자의 운송용역에 대한 운임은 청구법인이 운송원가로 계상하여야 할 것이며,
• 다. 청구법인이 설립되기 전인 1999년도의 운송수입금액이 쟁점운송수입금액 포함되었다고 주장하나, 동 운송수입금액은 청구법인이 작성한 수입금액 일보상에 기재된 금액으로 귀속을 입증할 수 있는 증빙의 제시가 없다. 위 사실을 종합해 볼 때, 쟁점운송수입금액을 매출누락 및 상여처분하여 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구는 화주로부터 농산물 등을 제주도에서 육지로 운송의뢰를 받아 해상운송업자와 계약을 체결하여 운송하는 경우 화주가 지급하는 운임전액을 운송수입금액으로 과세하는 등, 청구법인이 운송수입금액의 적정여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제7조 [용역의 공급]

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. (2) 부가가치세법 제21조 [결정 및 경정] (2003.12.30 제목개정)

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.(2003.12.30 개정)

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (3) 법인세법 제19조 [손금의 범위]

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.(1998.12.28 개정)

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.(1998.12.28 개정) (4) 법인세법 제66조 [결정 및 경정]

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.(1998.12.28 개정)

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때(1998.12.28 개정) (5) 법인세법 제67조 [소득처분] 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.(1998.12.28 개정) (6) 법인세법시행령 제106조 [소득처분]

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.(1998.12.31 개정)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.(2005.02.19 법명개정)

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여(1998.12.31 개정) (7) 국세기본법 제17조 [실질과세]

② 제1항의 규정에 의한 운용범위에 따르지 아니한 자금 또는 자산에 상당하는 감면세액은 세법이 정하는 바에 의하여 감면을 취소하고 징수할 수 있다.

• 다. 사실관계

(1) 청구법인은 대표자인 청구외 임성○이 ○○도 ○○군 ○○읍 1540번지에서 운영하던 "◎명해운"을 2000. 1. 1. 법인전환하여 설립된 법인으로, 제주도 내의 화물을 육지로 운송하는 화물운송 주선업 등을 영위하다가 2003. 2. 18. 폐업한 법인이다.

(2) 청구법인에 화물운송을 의뢰하는 자들은 야채 또는 감귤생산자인 농민 및 단체인 농협, 감협 등과 야채밭때기(포전매매)상인, 선과장을 운영하는 감귤상인, 그리고 전분공장(비생산자) 등으로 세분할 수 있으며, 청구법인이 제공하는 화물운송용역 및 운송수입금액의 유형을 보면, 첫째, ○○도내에서 생산된 감귤, 야채 및 감자 등을 농협 등에서 화물운송에 대한 전반적인 사항을 낙찰 받아 계약을 체결하여 ○○ ○○동시장 등 도착지까지 운반하는 운송용역이 있으며, 이때 운송운임은 농협 등으로부터 전액 받아 현불금" 으로 처리하였으며,(비농산물 운송의 경우도 같음) 둘째, 개별화물업자가 화물차에 농산물(화물)을 직접 싣고 카페리호를 탑승하여 육지부로 나가서 농산물을 직접 수하자에게 전달하는 자동화물 운송용역이 있으며, 이 경우 청구법인은 알선수수료를 받고 장부상 "수입수수료"로 처리하였으며, 셋째, 전술한 자동화물 운송과는 달리, 농민 또는 상인이 출하하는 농산물을 청구법인이 한림항 및 애월항 의 화물선에 선적하면, ☆창해운(주)가 해상 및 육지운송을 통하여 도착지에 화물을 전달하고 일부 운송료를 직접 수금하는 등의 운송용역이 있으며, 이 경우 청구법인은 ☆창해운(주)가 수금한 금액을 "착불금"이라 하여, 이를 보름에 한번씩 정산하여 ○○도내의 화물선적까지 화물운송임에 대하여는 청구법인의 운송수입금액으로 계상하고, 그 이후 해상 및 육지부의 운송용역에 대하여는 ☆창해운(주)의 운송수입금액이라 하여 계상하지 않았음이 관련 서류에 의해 확인된다.

(3) 처분청은, 청구외 ☆창해운(주)에 대한 세금계산서 불부합자료에 대한 조사시에 거래처인 청구법인의 운송수입을 누락한 혐의를 발견하고, 청구법인을 상대로 법인세 조사를 실시한 결과, 다음과 같이 적출하여 과세하였음이 조사복명서, 매출신고누락 명세서, 거래처별 운송임 정산내역 및 청구법인의 대표자인 청구외 임성○의 확인서 등에 의하여 확인된다. (단위: 천원) ┌───────┬────────────────────┬─────────────┐ │ 적출 및 │ 연도별 적출 및 과세내역 │ │ │ ├──────┬──────┬──────┤ 적출 및 과세내용 │ │ 고지세액 │ 2000년 │ 2001년 │ 계 │ │ ├───────┼──────┼──────┼──────┼─────────────┤ │ │ │ │ │ │ │ 매출누락 │ 1,147,238 │ 749,421 │ 1,896,911 │ 익금산입 ①상여처분 │ │ │ │ │ │ │ ├───────┼──────┼──────┼──────┼─────────────┤ │ │ │ │ │ │ │ (운송원가) │ (1,143,032)│ (1,085,094)│ (2,228,187)│ 손금산입, 기타처분 │ │ │ │ │ │ │ ├───────┼──────┼──────┼──────┼─────────────┤ │ │ │ │ │ │ │ 가공매입 │ 330,018 │ - │ 330,018 │ 손금불산입, 상여처분 │ │ │ │ │ │ │ ├───────┼──────┼──────┼──────┼─────────────┤ │ │ │ │ │ │ │ 적출세액 계 │ 1,477,507 │ 749,421 │ 2,226,928 │ ①상여처분액은 VAT 포함 │ │ │ (1,143,032)│ (1,085,094)│ (2,228,126)│ (2,086,602천원) │ ├───────┼──────┼──────┼──────┼─────────────┤ │ │ │ │ │ │ │ 법인세 │ 116,279 │ - │ 116,279 │ 고지세액 중에 법인세를 │ │ │ │ │ │ │ ├───────┼──────┼──────┼──────┤ 제외한 부가가치세 및 │ │ │ │ │ │ │ │ 부가가치세 │ 245,035 │ 112,414 │ 357,449 │ 상여처분에 대한 근로 │ │ │ │ │ │ │ ├───────┼──────┼──────┼──────┤ 소득세만 불복청구함 │ │ │ │ │ │ │ │ 근로소득세 │ 654,516 │ 317,938 │ 972,454 │ │ │ (상여처분) │ │ │ │ │ └───────┴──────┴──────┴──────┴─────────────┘ ※ 청구법인은 착불금 등을 청구법인의 수입금액으로 하면서, ☆창해운(주)가 제공한 용역에 대해 지급한 해운 및 육지운송임을 손금산입함.

(4) 청구법인의 비망기록 보조부와 ☆창해운(주)에서 확보한 운송임 총괄표 및 거래처별 운송임 정산내역 등에 근거하여 청구법인매출누락(쟁점운송수입) 및 매입누락을 다음 [표]와 같이 적출하였음이 확인된다. (단위: 천원) ┌────┬───────────────────────┬─────────────────┐ │ │ 연도별 적출 및 과세내역 ⓐ │ 신고수입 │ 쟁점운송 │ 매입누락 │ │과세기간├─────┬─────┬─────┬─────┤ │ 수입금액(│(☆창해운 │ │ │ 현불금 │수입수수료│ 착불금 │ 계 │ 금액ⓑ │ⓐ/1.1-ⓑ)│(주) 거래)│ ├────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┤ │ 계 │ 3,267,513│ 225,008│ 2,025,676│ 5,518,198│ 3,119,632│ 1,896,911│ 2,228,187│ ├────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┤ │00년1기│ 809,081│ 139,498│ 932,640│ 1,881,219│ 588,750│ 1,121,449│ 930,061│ ├────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┤ │00년2기│ 888,572│ 21,082│ 447,129│ 1,356,783│ 1,207,398│ 26,041│ 213,032│ ├────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┤ │01년1기│ 740,390│ 40,355│ 541,233│ 1,321,978│ 634,552│ 567,247│ 682,402│ ├────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┤ │01년2기│ 829,471│ 24,073│ 104,674│ 958,218│ 688,932│ 182,174│ 402,692│ └────┴─────┴─────┴─────┴─────┴─────┴─────┴─────┘ ※ 현불금 및 수입수수료는 청구법인의 비망 수기장에 의한 금액이고, 착불금은 ☆창해운(주)에서 확보한 은송임 총괄표 등에 의한 금액임.

(5) 법인세 조사시 작성한 청구법인의 대표자 임성○의 확인서에 의하면, "수입금액 유형 중에 현불금 및 수입수수료는 현금매출을 의미하며, 착불금은 ◎명해운(주)의 운송수입금액을 ☆창해운(주)가 서울 등 도착지까지 화물을 운송하고 도착지의 화물주 또는 중개인으로부터 대신 수령한 것으로, 청구법인이 ☆창해운(주)에 지급하여야 할 운송료 중 위 착불금을 차감하여 정산하였으며, 착불금 역시 청구법인의 매출이다." 라고 진술하고 있으며, "청구법인은 대부분 ☆창해운(주)의 배로 화물운송하고 1달에 2번(15일 단위) 운송임을 정산하여, ☆창해운(주)가 도착지에서 회수한 착불금을 차감. 지급하였고, 2000년 및 2001년의 ☆창해운(주)의 운송임 정산내역서와 같이 ☆창해운(주) 운송임에 대해 매입(또한 매출)으로도 신고하지 않았다"라고 진술을 하고 있다.

• 라. 판단

(1) 청구법인이 농민 또는 상인 등이 출하한 농산물 등 화물을 ☆창해운(주)를 통하여 ○○가락시장 등 육지의 도착지에 운송하는 경우, 청구법인이 제공하는 운송용역은 통상적으로 ○○도내의 한림항 및 애월항에 선적함으로써 종료되므로 청구법인의 운송수입금액은 동 용역대가로 한정하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 제공한 운송용역의 계약, 책임부담 등 거래의 실질을 살펴보면, 첫째, 운송을 의뢰한 화주들은 청구법인에게 화물을 ○○도에서 해상 및 육상운송을 통하여 육지의 도착지까지 운송용역 전체에 대하여 의뢰 및 계약하였을 뿐, 제주도내의 운송 및 선적, 해상 및 육지운송에 대해 별도의 계약을 체결하지 않았으므로 화주는 청구법인이외에 해상운송은 누가하고, 육지운송을 누가하는지 또한 운송책임이 누구에게 있는지 알지 못하고, 둘째, ○○항에 화물을 선적한 이후, 해상 및 육지운송에 대하여 청구법인과 ☆창운수(주)는 화주와 별도계약을 체결하여 ☆창운수(주)가 이를 대행한다고 하여 화주에 대한 운송책임이 청구법인에서 ☆차운수(주)로 바뀌는 것이 아니며, 화물운송에 하자가 발생한다면 화주는 청구법인을 상대로 운송책임을 물을 수 밖에 없고, 청구법인은 ☆창운수(주)에 그 책임을 물을 수 있으나, 최종적인 위험부담을 져야한다 할 것이다. 따라서, 화주가 지급하는 운임전체가 청구법인의 수입금액이고 ☆창운수(주)에 지급한 해상 및 육로운송임을 운송원가로 계상해야 할 것인 바, 처분청이 쟁점운송수입금액 중 착불금을 청구법인의 수입금액으로 과세한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

(2) 청구법인은 쟁점운송수입금액 중 "현불금"이라는 항목으로 개별화물업자의 운송수입이 포함되어 있다고 주장하나, 이 경우에도, 위 현불금은 화주가 청구법인을 상대로 운송용역을 의뢰 및 계약하였으므로 청구법인의 운송수입금액으로 보아야 하고, 개별화물업자의 운송료에 대하여 청구법인은 개별화물 업자로부터 세금계산서를 수취하여 매입세액 공제 및 청구법인의 운송원가로 계상하여야 할 것인 바, 위 현불금이 청구법인의 운송수입금액이 아니라는 청구주장은 잘못이라 할 것 이다.

(3) 적출된 쟁점운송수입금액에는 청구법인이 설립되기 이전 1999년도 청구법인의 대표자 개인사업의 운송수입금액 40,380,000원이 포함되었다고 주장하나, 이는 이건 조사시 확보한 청구법인의 수입금액일보에 의한 금액으로 1998년 귀속분임을 입증할 수 있는 아무런 증빙의 제시 없어 동 금액이 청구법인의 운송수입금액이 아니라는 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(4) 따라서, 처분청이 쟁점운송수입금액을 청구법인의 운송수입으로 하여 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

(5) 그러나, 처분청이 쟁점운송수입금액을 매출누락으로 익금산입하면서 상여로 소득 처분하여 대표자에게 근로소득세로 과세한 처분에 대해 살펴보면, 청구법인의 결정수입금액에는 ☆창해운(주)가 해상운송 및 육지운송 용역을 수행하고 도착지에서 받은 착불금이 포함되어 있고, 처부청은 쟁점운용수입을 익금산입하고, ☆창해운(주)의 해상 및 육지운송용역에 대한 운송료를 원가로 손금산입하면서, 쟁점운송수입 전체를 상여처분 하였는 바, 쟁점운송수입금액으로 ☆창해운(주)에 운송료를 지급한 사실이 객관적으로 확인된다면, 동 금액을 ☆창해운(주)에 귀속되었으므로 기타사외유출로 처분해야 하므로 이를 상여 처분한 것은 잘못이라 할 것이다. 그러나, ☆창운수(주)에 운임으로 지급하였다 하여 손금산입한 금액이 매출누락으로 상여 처분한 금액보다 크고 착불금과 서로 상이하고 불분명하므로 쟁점운송수입금액으로 ☆창운수(주)의 운송료를 지급하였다고 단정하기 어렵다. 따라서, 쟁점운송수입(매출누락)금액으로 ☆창운수(주)에 화물운송료를 지급한 금액이 얼마인지 또는 쟁점운송수입금액이 ☆창운수(주)의 화물운송료와 관련이 없는 별도의 매출누락인지에 대하여 재조사하여, 그 결과에 따라 상여 처분하여 청구법인의 대표자에게 과세한 종합소득세 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것이다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제7조 / 부가가치세법 제21조 / 법인세법 제19조 / 법인세법 제66조 / 법인세법 제67조 / 법인세법시행령 제106조 / 국세기본법 제17조 /