공급대가 상당액을 대표자에게 상여로 소득처분하여 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2002.1.2. 청구법인에게 경정고지한 2000.1.1.~2000.12.31. 사업연도 법인세 264,244,830원과 2000년 제2기분 부가가치세 110,000,750원의 부과처분에 대한 불복은 불복청구기간이 경과되어 적법한 청구가 아니므로 이를 각하하고, 2002.4.17. 청구법인에게 경정고지한 2000년 과세연도 근로소득세347,756,200원의 부과처분에 대한 불복은 청구주장을 받아들일 수 없어 이를 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 인쇄회로기판 등의 제조업을 영위하였던 법인으로서, 자료상으로 고발된 청구외 주식회사○○월드(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 2000년 10월~12월중에 공급가액 748,050,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매입세금계산서를 수취한 다음, 쟁점금액을 손금에 산입하여 2000.1.1.~2000.12.31.사업연도 법인세를 신고하는 한편, 쟁점금액의 부가가치세 상당액을 부가가치세 매출세액에서 공제하여 2000년 제2기 확정분 부가가치세를 신고하였다. 청구외법인의 사업장 관할인 ○○세무서장은, 청구외법인에 대한 자료상조사결과 청구법인이 청구외법인으로부터 실물거래없이 쟁점금액의 세금계산서를 교부받았다며 처분청에 자료통보하였고, 처분청은 동 통보내용에 따라 쟁점금액을 손금불산입하여 2002.1.2. 청구법인에게 2000.1.1.~2000.12.31. 사업연도 법인세 264,244,830원을 경정고지하였고, 쟁점금액의부가가치세 상당액을 매입세액 불공제하여 같은 날 2000년 제2기분 부가가치세 110,000,750원을 경정고지하였다. 또한, 처분청은 쟁점금액의 공급대가 상당액 822,855,000원을 대표자 청구외 황○○에게 상여처분하여 같은 날 청구법인에게 소득금액변동통지하였으나, 청구법인이 이에 대한 원천징수납부를 이행하지 않자 2002.4.17. 청구법인에게 2000년 과세연도근로소득세 347,756,200원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.8.1. 이의신청을 거쳐 2002.12.12. 심사청구하였다.

쟁점금액과 관련하여 법인세와 부가가치세 및 근로소득세를 함께 고지하여야 함에도 불구하고 처분청은 법인세와 부가가치세만 먼저 고지하고 근로소득세는 나중에 고지하였는바, 이 건 부과처분이 쟁점금액의 거래와 관련된 것임을 고려할 때 맨 나중에 고지된 날을 불복청구의 기산일로 봐야 하므로, 처분청에서 이 건 부과처분 관련 이의신청에 대한 결정시 법인세와 부가가치세에 대하여 불복기간이 경과하였다 하여 각하결정함은 부당하고, 청구법인은 매년 법인세와 부가가치세 및 근로소득세를 성실히 합법적으로 신고납부하였는바, 청구외법인에 대하여 정밀하게 재조사를 하여 정상거래 여부를 확인한 다음 이 건 부과처분을 취소하여야 한다.

자료상과의 거래금액인 쟁점금액에 대하여 2001년 11월 청구법인에게 정상거래 여부를 소명하도록 안내하였으나 소명하지 아니하여,2002.1.2. 법인세와 부가가치세를 과세하고 대표자에게 상여처분하여 소득금액변동통지하였으며, 동 상여처분금액에 대하여 청구법인이 원천징수납부를 이행하지 않아 2002.4.17. 근로소득세를 과세하였는바, 관련 법령에 의하여 적법하게 법인세와부가가치세 및 근로소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액을 손금불산입 및 동 부가가치세 상당액을 매입세액 불공제하여 법인세와 부가가치세를 과세하고, 쟁점금액의 공급대가 상당액을 대표자에게 상여로 소득처분하여 근로소득세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 국세기본법 제61조 【청구기간】제1항은『심사청구는 당해 처분이 있는 것을 안날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 90일내에 제기하여야 한다.』라고 규정하고 있다. 같은법 제66조 【이의신청】『제6항은「제61조 제1항ㆍ제3항 및 제4항ㆍ제62조 제2항ㆍ제63조ㆍ제64조 제1항 단서 및 제2항과 제65조의 규정은 이의신청에 관하여 준용한다. 다만, 제65조 제2항 중 60일은 이를 30일로 한다.』라고 규정하고 있다. 법인세법 제66조 【결정 및 경정】제2항은『납세지 관할세무서장 또는 관할 지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.』라고 규정하면서, 그 제1호는『신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』라고 규정하고 있다. 같은법시행령 제106조 【소득처분】제1항은『법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다.』라고 규정하고 있고, 그 제1호는『익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것』이라고 규정하고 있으며, 그 나목은『귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여』라고 규정하고 있다. 소득세법 제128조 【원천징수세액의 납부】는『원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음날 10일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 원천징수 관할세무서ㆍ○○은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.(단서생략)』이라고 규정하고 있다. 같은법시행령 제192조 【소득처분에 의한 배당ㆍ상여 및 기타소득의 지급시기 의제】제1항은『법인세법에 의하여 세무서장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장이 그 결정일 또는 경정일 부터 15일 내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 당해 주주 및당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.』라고 규정하고 있고, 동 제2항은『제1항의 경우에 당해 배당ㆍ상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급하거나 회수한 것으로 본다.』라고 규정하고 있다. 부가가치세법 제17조 【납부세액】제2항은『다음 각호의 1의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』라고 규정하고 있고, 그 제1호는『매입처별 세금계산서 합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 매입세액은 제외한다.』라고규정하고 있으며, 그 제1의 2호는『필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액』이라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 법인세 264,244,830원과 부가가치세 110,000,750원의 부과처분에 관하여 (가) 본 안 심리에 앞서 이 건 심사청구가 적법한 청구인지를 살펴보면, 국세기본법 제64조 제1항 은 심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 90일 내에 제기하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제66조 제6항은 이의신청에 관하여 제61조 제1항의 규정을 준용한다고 규정하고 있으며, 같은 법 기본통칙 7-2-8…65【각하결정사유】제4항은 이의신청이 각하결정된 사항에 대하여 심사청구를 하였을 경우에는 전심(이의신청)의 각하결정에 흠이 없는 한 심사청구도 각하한다고 규정하고 있는바, (나) 이 건 심사청구와 관련된 납세고지서가 2002.1.10. 등기우편으로 송달된 후 반송되지 아니하였고, 청구법인이 이를 수령하지 못한 사실이 입증되지 아니하므로, 납세고지서를 발송한 후 3일이 경과한 2002.1.13.부터 불복청구기간을 기산하는 것(심사 부가2003-62, 2003.5.12. ; 국심2002서2955, 2002.11.7. ; 국심 2000중2395, 2001.12.31. ; 국심 2000부1841, 2000.10.26. 등 다수 같은 뜻)으로서, 청구법인은 이 날로부터 90일이 되는 2002.4.13.까지 이의신청을 제기하였어야 하나, 위 기한이 경과한 2002.8.1. 이의신청을 제기하였기에 청구기간이 경과한 부적법한 청구에 해당된다. (다) 청구법인은 이 건 부과처분이 쟁점금액의 거래와 관련된 것이므로 맨 나중에 고지된 근로소득세 고지서 수령일을 불복청구의기산일로 봐야 한다고 주장하나, 전시 관련법령에서 살펴본 바와 같이 이의신청은 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 90일 내에 제기하여야 하는 것으로서, 각 고지서별로 불복청구 기산을 하는 것인바, 동일한 사건에 대하여 여러 세목의 국세를 부과하는 경우 맨 나중에 부과된 국세에 대한 고지서 수령일을 불복청구의 기산일로 봐야 한다는 청구주장은 법리를 오해한 잘못이 있다고 할 것이다. (라) 따라서, 이 건 심사청구중 법인세와 부가가치세에 대한 불복은 불복청구기간이 경과되어 적법한 청구가 아니므로 국세기본법 제65조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(2) 근로소득세 347,756,200원의 부과처분에 관하여 (가) 청구법인은 청구외법인에 대하여 정밀하게 재조사를 하여 정상거래 여부를 확인한 다음 이 건 부과처분을 취소하여야 한다고 주장하나, 청구외법인의 사업장 관할 ○○세무서장이 청구외법인을 조사한 경위와 그 결과 및 조치내용을 보면, (나) 청구외법인이 이 건 부과처분과 귀속이 같은 2000년 제2기분의 부가가치세 신고서에 매출ㆍ매입이 전혀 없는 것으로 신고한 반면, 청구법인은 청구외법인으로부터 쟁점금액을 매입한 것으로 신고하는 등 청구법인을 포함한 45개 업체에서 공급가액 총5,054,204천원을 매입한 것으로 신고하였으며, (다) 위 사실을 발견한 ○○세무서장은 청구외법인이 자료상 혐의가 있다고 보아 2001년 9월 청구외법인에 대하여 자료상 혐의자 조사를 실시하였고, 그 결과 청구법인 등 45개 업체가 청구외법인으로부터 매입한 것이라고 신고한 공급가액 5,054,204천원은 청구외법인이 실물거래없이 허위매출세금계산서 174매를 발행하여 교부한 것임을 알고, 이를 처분청 등에 자료상자료로 통보하는 한편, 청구외법인과 그 대표자 청구외 김○○을 조세범처벌법 제11조 의 2 제4항 위반으로 관할인 ○○경찰서장에게 고발하였음이 조사복명서와 고발서등에 의하여 확인되므로, 당초 이 건 부과처분 이전에 청구외법인에 대하여 자료상 혐의자 조사를 하여 정밀하게조사가 이루어 졌다고 판단된다. (라) 한편, 처분청에서도 청구법인이 자료상 혐의가 있다고 보아 이 건 부과처분후인 2002년 9월 청구법인에 대하여 자료상혐의자 조사를 실시하였으며, 그 결과 청구법인이 2000연도에 실물거래없이 은행거래를 이용하여 자금만 수수하는 방법으로 청구외 주식회사○○산업 등 9개 업체에 공급가액 2,015,903천원의 세금계산서를 허위로 교부하였고, 2001년도에도 같은 방법으로 35개 업체에 공급가액 3,839,889천원의 세금계산서를 허위로 교부하였으며, 2000.1.1~2002.3.31.기간중 실물거래없이 청구외법인 등 13개 업체로부터 공급가액 4,468,450천원의 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제한 사실을 발견한 다음, 2002.9.30. 청구법인과 대표자 청구외 황○○를 조세범처벌법 제11조 의 2 제4항 위반으로 관할인 ○○경찰서장에게 고발하였음이 조사복명서와 고발서 등에 의하여 확인되는 바, 쟁점금액의 거래가 실물거래없이 세금계산서만 주고받은 가공거래임이 재차 확인되었다고 판단된다. (마) 또한, 청구법인에 대한 처분청 조사 당시 조사담당공무원이 청구법인의 대표자 청구외 황○○를 상대로 작성한 전말서를 보면, 청구법인은 금전출납부, 수출신고서, 세금계산서, 부가가치세신고서, 출금전표, 거래통장이외에 보관하고 있는 장부 및 증빙서류가 없고, 위 출금전표에는 지출사실을 확인할 수 있는 증빙서류가 전혀 없으며, 청구법인은 이 건 심사청구시에도 쟁점금액의 거래가 가공거래가 아니라는 객관적인 증빙을 제시하지 아니하므로, 쟁점금액의 거래를 실물거래없는 가공거래로 보아 동 공급대가 상당액 822,855,000원을 대표자 청구외 황○○에게 상여로 처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지하였다가 청구법인이 원천징수납부의무를 이행하지 않자 그에 대한 근로소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다고 판단된다. (바) 따라서, 이 건 심사청구중 근로소득세에 대한 불복은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.