총수입액에서 공제할 부동산임대사업과 관련하여 발생한 수입이자의 판정

○○세무서장이 청구인에게 2002.07.12. 종합소득세 경정청구거부통지에 대하여, 2002년 과세연도 총수입금액에 산입할 금액 계산시 임대사업부분에서 발생한 수입이자 30,655,154원을 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지(이하 “쟁점사업장”이라 한다)에서 1989.05.01.부터 부동산임대업(상호:○○빌딩)을 영위해온 사업자이며, ○○세무서장이 공평과세 취약업종 조사계획에 의하여 청구인의 쟁점사업장에 대한 부가가치세조사를 하면서 보증금 및 임대료를 아래와 같이 누락하였다하여 부가가치세를 과세하고 처분청에 사업장별수입금액 결정상황표를 통보하였다. 아래 (단위:천원, 공급대가) 기별 신고누락금액 비고 보증금이자 임대료 합계 1998년 1기 20,250 20,250 간이과세자 1998년 2기 20,250 20,250 간이과세자 1999년 1기 16,875 16,875 간이과세자 1999년 2기 16,875 16,875 간이과세자 2000년 1기 16,875 8,673 25,548 간이과세자 2000년 2기 16,875 9,660 25,535 일반과세자 2001년 1기 13,030 14,000 27,030 일반과세자 121,030 32,333 152,363 처분청은 통보받은 과세자료에 의거 2002.04.02. 청구인에게 2000년 귀속등 종합소득세 62,870,550원(1998년 15,312,210원, 1999년 19,258,240원, 2000년 27,300,100원)을 경정고지 하자, 청구인은 이에 대하여 2002.06.20. 2000년 과세연도 부동산수입금액에서 금융이자소득 33,670,805원을 차감하여 경정해줄 것을 청구하였으나, 처분청은 2002.07.12. 경정청구거부통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002. 09.25. 심사청구를 제기하였다.

청구인은 쟁점사업장에서 부동산임대업을 영위하는 사업자로서, 소득세법제25조 및 같은법시행령제53조 규정에 의거 개인이 부동산 또는 그 부동산의 권리등을 대여하고 보증금ㆍ전세금 등을 받은 경우에는 총수입금액에 산입할 금액을 산정할 때 수입금액에 산입할 금액에서 당해 과세기간의 임대사업부분에서 발생한 수입이자와 할인료 및 배당금의 합계액을 공제하여 계산하는 것인 바, 청구인의 2000년 과세연도 금융흐름상 전체 9억원중 5억원이 금융소득 및 원천징수내역 조회표 등에 의하여 확인되므로, 2000년 귀속 수입금액에서 금융수입 66,483,202원(이하 “쟁점예금이자”이라 한다)을 차감하여 경정하여야한다.

소득세법제25조 및 같은 법시행령제53조의 규정에 의거 개인이 부동산 또는 그 부동산의 권리 등을 대여하고 보증금ㆍ전세금 등을 받은 경우에는, 당해 과세기간의 임대사업부분에서 발생한 금융수익의 합계액은 총수입금액에 산입할 금액에서 공제되는 바, 그 요건은 당초에 비치 기장한 장부나 증빙서류에 의하여 당해 임대보증금 등으로 취득한 것이 확인되는 경우에만 인정되는 것이며, 청구인이 제시한 금융소득 및 원천징수 내역 조회표와 당초 임대보증금(9억원)을 운용하여 발생한 수입이자에 해당함을 입증할 수 있는 통장사본 또는 은행에서 전산출력된 거래내역서 등을 제출을 요구하였으나, 이에 대한 증빙서류를 제시하지 못하고 있으므로 임대보증금을 순수하게 활용하여 발생한 수입이자로 볼 수 없다고 판단되므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점예금이자를 부동산임대사업과 관련하여 발생한 수입이자로 보아 총수입액에 산입할 금액에서 공제할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 소득세법제25조 【총수입금액계산의 특례】① 거주자가 부동산(주택과 그 부수되는 토지로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 그 부동산상의 권리 등을 대여하고 보증금ㆍ전세금 또는 이와 유사한 성질의 금액을 받은 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부동산임대소득금액의 계산에 있어서 총수입금액에 산입한다.

② 거주자가 재고자산 또는 임목을 가사용으로 소비하거나 이를 종업원 또는 타인에게 지급한 경우에도 이를 소비 또는 지급한 때의 가액에 상당하는 금액은 그 날이 속하는 연도의 사업소득금액ㆍ기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 이를 총수입금액에 산입한다.

(2) 소득세법제53조 【총수입금액계산의 특례】② 법 제25조 제1항의 규정에 의하여 총수입금액에 산입할 금액은 다음의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 총수입금액에 산입할 금액이 영보다 적은 때에는 이를 없는 것으로 보며, 적수의 계산은 매월말 현재의 임대보증금 등의 잔액에 경과일수를 곱하여 계산할 수 있다. 총수입금액에 산입할 금액= {당해 과세기간의 보증금 등의 적수―임대용부동산의 건설비 상당액의 적수} ×1/365×금융기관의 정기예금이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 이자율―당해 과세기관의 임대사업부분에서 발생한 수입이자와 할인료 및 배당금의 합계액

⑤ 제2항의 규정에 의한 임대사업부분에서 발생한 수입이자ㆍ할인료 및 배당금은 비치ㆍ기장한 장부나 증빙서류에 의하여 당해 임대보증금 등으로 취득한 것이 확인되는 금융자산으로부터 발생한 것에 한한다.

(3) 같은법시행령제45조 【이자소득의 수입시기】 이자소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각호의 규정하는 날로 한다.

1. 무기명의 공채 또는 사채의 이자와 할인액 그 지급을 받은 날

2. 기명의 공채 또는 사채의 이자와 할인액 약정에 의한 이자지급 개시일

3. 채권ㆍ어음(제190조 제1호의 규정에 의한 어음을 포함한다) 기타 증권의 이자와 할인액 약정에 의한 상환일. 다만, 기일전에 상환하는 때에는 그 상환일로 한다.

4. 보통예금ㆍ정기예금ㆍ적금 또는 부금의 이자

• 가. 실제로 이자를 지급받는 날
• 나. 원본에 전입하는 뜻의 특약이 있는 이자는 그 특약에 의하여 원본에 전입된 날. 다만, 조세특례제한법 제86조 제2항 의 규정에 의하여 소득세가 과세되는 개인연금저축의 이자소득에 대하여는 당해 저축의 중도해약일 또는 연금외의 형태로 지급받는 날로 한다. (1998. 12. 31. 단서개정)
• 다. 해약으로 인하여 지급되는 이자는 그 해약일 라. 계약기간을 연장하는 경우에는 그 연장하는 날 (1995. 12. 30. 신설)
• 마. 정기예금연결정기적금의 경우 정기예금의 이자는 정기예금 또는 정기적금이 해약되거나 정기적금의 저축기간이 만료되는 날 (2001. 12. 31. 신설)

6. 신탁의 수익 (1995. 12. 30. 개정)

• 가. 신탁의 수익을 지급받는 날, 신탁의 해약일 또는 증권투자신탁수익증권의 환매일
• 나. 원본에 전입하는 뜻의 특약이 있는 신탁의 수익은 그 특약에 의하여 원본에 전입된 날 (1997. 12. 31. 개정)
• 다. 신탁계약기간을 연장하는 경우에는 그 연장하는 날

7. 채권 또는 증권의 환매조건부 매매차익 약정에 의한 당해 채권 또는 증권의 환매수일 또는 환매도일. 다만, 기일전에 환매수 또는 환매도하는 경우에는 그 환매수일 또는 환매도일로 한다.

8. ~11. 생략

(4) 부가가치세법시행령제49조의2 【부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례】① 사업자가 부동산임대용역을 공급하고 전세금 또는 임대보증금을 받는 경우에는 법 제13조 제1항 제2호에 규정하는 금전 이외의 대가를 받는 것으로 보아 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 과세표준으로 한다. 이 경우 국가 또는 지방자치단체의 소유로 귀속되는 지하도의 건설비를 전액 부담한 자가 지하도로 점용허가(1차 무상점용기간에 한한다)를 받아 대여하는 경우에 재정경제부령으로 정하는 건설비상당액은 전세금 또는 임대보증금으로 보지 아니한다. 당해 기간의 전세금 또는 임대보증금×과세대상기간의 일수 계약기간 1년의 정기예금이자율 (당해예정신고기간 또는 과세기간종료일 현재) × ―――――――――――――――――――――――――――――― = 과세표준 365(윤년의 경우에는 366)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점사업장에서 1989.05.01.부터 부동산임대업을 영위하고 있으며, ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지(사업자등록번호 000-00-00000, 상호 ○○정.이하“○○사업장”이라 한다)에서 1984.06.03.부터 현재까지 음식점을 운영하고 있는 것으로 국세통합시스템에 의하여 확인되고, 2000년 과세연도 경정결의서에 의하면 청구인의 ○○사업장의 소득금액이 70백만원인 것으로 나타난다.

(2) 청구인이 1997.12.31. 청구외 ○○ ○○지점 지점장 청구외 이○○과 체결한 계약서에 의하면 『제2조 부동산임대료는 전세금 구억원으로 정한다, 다만 금차 중액분 일억육천만원은 제3조의 조항을 이행한 후 을은 갑에게 지급한다.』라고 규정하고 있다.

(3) 쟁점사업장의 2000.2기분 부가가치세 매출과표신고내역 및 조사내역을 보면, 청구인은 임대료 28,254천원 간주임대료 23,010천원 합계 54,264천원(공급가액)으로 신고하였으나, ○○세무서장은 간주임대료 16,875천원 및 임대료 9,660천원 합계 26,535천원(공급대가)을 적출하여 과세한 것으로 부가가치세신고서 및 조사복명서에 의하여 확인된다.

(4) 청구인은 2000년 과세연도 ○○은행으로부터 수령한 예금이자라며 원천지급내역서중에서 고액부분만 재작성하여 66,483,202원을 총수입금액에 산입할 금액에서 차감할 수입이자에 해당한다면서 그 내역을 아래 표1과 같이 심리자료로 제출하였다. 보증금 운용 수입이자에 대한 내역서(표1) (단위:원) 계좌번호 금액 예금일 만기(해약)일 이자 비고 000-00-0000-000 400,000,000 1999.12.21.

2000. 02.21. 4,387,325

○○은행 000-00-0000-000 400,000,000 2000.02.21.

2000. 04.10 3,149,315

○○은행 000-00-0000-000 500,000,000 2000.04.10. 2000.12.04. 23,599,314

○○은행 000-00-0000-000 500,000,000 2000.12.04 2001.12.04. 35,347,248

○○은행 계 66,483,202

(5) 처분청은 총수입금액에 산입할 금액에서 공제되는 당해 과세기간의 임대사업부분에서 발생한 수입이자와 할인료 및 배당금의 합계액으로 인정받기 위하여는 당초에 비치기장한 장부나 증빙서류에 의하여 당해 임대보증금 등으로 취득한 것이 확인되는 경우에만 인정되는 것이라 하면서 청구인에게 임대보증금(9억원)을 운용하여 발생한 수입이자에 해당함을 입증할 수 있는 통장사본 또는 은행에서 전산출력한 거래내역서 등을 제출할 것을 요구하였으나, 증빙서류를 제시하지 못하고 있으므로 금융소득 및 원천징수내역조회표로는 임대보증금(9억원)을 순수하게 활용하여 발생한 수입이자로 볼 수 없다하여 경정청구 거부통지를 한 것으로 확인된다.

(6) 소득세법제25조제1항의 규정에 의하여 임대보증금 등에 대한 간주임대료의 계산시 총수입금액에 산입할 금액에서 차감하는 임대사업부분에서 발생한 수입이자 등은 당해 임대보증금이 입금된 것으로 인정되는 예금의 수입이자(같은 뜻 국심 2000서 3077, 2001.03.29.)를 말하는 것으로, 청구인이 ○○은행 금융소득 및 원천소득 내역 조회표 및 ○○투자신탁증권 ○○지점이 발행한 저축거래내역서가 임대사업부분에서 발생한 수입이자에 해당하는지 여부를 가리는데 있어 이에 대하여 살펴보면, (가) ○○세무서장이 쟁점사업장에 부가가치세 조사를 하면서, 임대보증금을 신고 누락하였다면서 부가가치세법시행령제49조의2에서 규정하는 산식에 의하여 2000년 귀속 과세연도 공급대가 33,750천원을 적출하여 부가가치세를 과세한 것으로 확인되고, 처분청은 ○○세무서장으로부터 조사결정된 수입금액자료통보에 의해 2000년 귀속 종합소득세를 경정한 것으로 확인되나, 소득세법시행령제53조의 총수입금액에 산입할 금액은 부가가치세법시행령제49조의2의 부동산임대용역에 대한 과세표준의 특례규정에 의한 산식에 의하여 산출한 과세표준에서 당해 과세기간의 임대사업부분에서 발생한 수입이자와 할인료 및 배당금의 합계액을 차감하여 총수입금액에 산입하도록 규정하고 있음에도 처분청은 이에 대하여 조사한 사실이 없어 경정고지한 것으로 확인된다. (나) 청구인은 쟁점사업장을 198.05.01.부터 쟁점사업장에서 부동산임대업을 영위한 것으로 확인되고, 1997.12.31. 청구외 농협협동조합중앙회 ○○지점 지점장 청구외 이○○과 체결한 부동산 임대차계약서에 의하면 보증금이 160백만원을 증액하여 900백만원인 것으로 확인된다. (다) 청구인이 제출한 ○○투자신탁증권 ○○지점의 금융수입이자관련 심리자료는 아래 표2와 같다.

○○투자신탁증권 수입이자(표2) (단위:원) 계좌번호 금액 예금일 해지일 이자 000-000000-0000-00 20,000,000 1999.01.05. 1999.04.03 666,085 49,000,000 1999.02.01. 1999.07.19. 1,076,348 5,000,000 1999.04.03. 1999.08.05. 188,858 22,430,139 1999.05.14. 328,000,000 1999.07.05. 100,405,357 1999.07.14. 000-000000-0000-00 300,000,000 1999.08.09 1999.08.16. 299,178 000-000000-0000-00 150,000,000 1998.01.12. 1998.02.11 1,740,000 000-000000-0000-00 152,056,200 1998.02.11. 1998.05.13.외다수 4,761,934 000-000000-0000-00 80,000,000 1999.04.03. 1999.05.14. 564,372 000-000000-0000-00 300,000,000 1999.01.05. 1999.07.05. 10,918,204 000-000000-0000-00 100,000,000 1998.06.14. 1998.07.14. 489,795 000-000000-0000-00 236,854,711 1998.02.11. 1998.04.06. 6,030,176 52,200,000 1998.02.11. 5,000,000 1998.02.27. 000-000000-0000-00 300,000,000 1999.07.19. 1999.08.09. 880,363 000-000000-0000-00 100,000,000 1999.05.14. 1999.06.14. 492,736 000-000000-0000-00 100,000,000 1999.07.19. 1999.12.02 1,000,000 29,108,049 (라) 청구인이 ○○은행으로부터 금융수입이자관련 심리자료는 아래 표3과 같다.

○○은행의 거래내역(표3) (단위:원) 계좌번호 금액 예금일 만기(해약)일 이자 000-00-0000-000 289,100,000

1998. 04. 06.

1998. 07. 06. 13,978,999 000-00-0000-000 295,000,000

1998. 07. 06.

1998. 09. 04. 6,193,006 000-00-0000-000 294,000,000

1998. 09. 04 1998.12.05. 7,653,464 1998년 합계 27,825,469 000-00-0000-000 299,850,754 1998.12. 05.

1999. 01. 05. 1,749,129 000-00-0000-000 300,000,000

1999. 08.17. 1999.10.16. 3,240,099 000-00-0000-000 300,000,000 1999.10.18. 1999.12.17. 3,290,494 1999년 합계 8,279,722 000-00-0000-000 400,000,000 1999.12.21.

2000. 02.21. 4,387,325 000-00-0000-000 400,000,000

2000. 02.21.

2000. 04.10 3,149,315 000-00-0000-000 500,000,000

2000. 04.10. 2000.12.04. 23,599,314 000-00-0000-000 8,000,000 1999.08.05. 2000.08.11. 560,000 000-00-0000-000 2000.12.10 2,912,368 000-00-0000-000 16,000,000 1999.08.05. 2000.08.11. 1,219,726 000-00-0000-000 5000,000,000 2000.12.04 2001.12.04 35,347,248 2000년 합계 71,175,296 (마) 청구인은 상기와 같이 쟁점사업장으로부터 임대보증금 9억원을 수취하여 5억원을 ○○은행 및 ○○투자신탁증권에 예치하고 금융이자수익이 발생하였다면서 금융거래명세서를 제출하였다. 청구인은 총수입금액에 산입할 금액에서 당해 과세기간의 임대사업부분에서 발생한 수입이자 등이 공제되는 줄을 몰라서 수년간 공제하지 못하였으나, 2000년 과세연도에 발생된 것으로 확인되는 수입이자에 대하여 총수입금액에 산입할 금액에서 공제해야한다는 청구인의 주장은 상기와 같이 금융흐름에 의하여 1998년 과세연도부터 2000년 과세연도까지 입증되므로 진실성이 있는 것으로 판단된다.

(7) 상기 관계법률 및 사실관계를 모두어 보면, 청구인은 ○○사업장에서 음식업을 1990.08.20.부터 영위해 온 사실 이외에는 새로운 사업에서 소득이 발생한 것이 확인되지 않고, 청구법인이 쟁점사업장의 입주자 청구외 ○○로부터 9억원의 전세금을 수령(1997.12.21. 160백만원증액 계약)하여 청구외 ○○은행 및 청구외 ○○투자신탁에서 채권형 및 주식형 수익증권, MMF 등을 취득 및 양도한 것으로, ○○은행에서는 예ㆍ적금으로 금융이자를 수취한 것으로 확인되므로, 소득세법제25조 및 같은 법시행령제53조에 의거 임대보증금 등에 대한 간주임대료의 계산시 총수입금액에 산입할 금액에서 차감하는 임대사업부분에서 발생한 수입이자로 확인되므로 공제하는 것이 타당하다고 판단된다. 그러나, 소득세법시행령제45조에 이자소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기를 보통예금ㆍ정기예금ㆍ적금 또는 부금의 이자의 경우 실제로 이자를 지급 받는 날로 규정하고 있으므로, 간주임대료의 계산시 총수입금액에 산입할 금액계산시 당해 과세기간에 발생한 수입이자 66,483,202원중 35,347,248원은 2001.12.04. 수령한 것이므로 동 금액을 차감한 30,665,154원을 총수입금액에 산입할 금액에서 공제하는 것이 타당하다.

따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.