특수관계법인에게 쟁점토지를 적정임대료보다 저가 임대한 것인지 여부

[이유]

청구인(○○○, ○○○)은 청구인의 소유인 ○○시 ○○구 ○○가 ○○번지 대지 528.6㎡ 및 같은 동 ○○번지 대지 108.4㎡(2필지 합계 637㎡, 이하 "쟁점토지"라 한다)를 청구인과 특수관계에 있는 주식회사○○산업(이하 "청구외법인"이라 한다)에게 임대하고, 청구외법인은 쟁점토지 지상에 건물 2,769.09㎡(지하 2층∼지상8층)을 신축하여 부동산 부동산 임대업을 영위하고 있다. 처분청은 청구인이 쟁점토지를 특수관계자인 청구외법인에게 시가보다 저가로 임대한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하면서 1995년부터 1999년 과세연도까지의 적정임대료 산정시 쟁점토지의 인근에 유사한 임대실례가 없다는 이유로 소득세법시행령 제98조 제4항 법인세법시행령 제89조 제4항 의 규정에 의하여 적정임대료(626,109,390원)를 산정한 다음, 이미 신고한 금액(148,800,000원)을 차감한 금액(477,309,390원)을 과소 신고한 수입금액으로 보는 등으로 하여 2001.4.16. 청구인에게 종합소득세 487,400,890원(1995년 과세연도 81,850,420원, 1996년 과세연도 82,356,700원, 1997년 과세연도 146,248,790원, 1998년 과세연도 98,617,240원, 1999년 과세연도 78,327,740원)을 결정고지하였다. (청구인은 쟁점토지 이외의 사업장에 대한 수입금액 누락 등의 부과처분에 대하여는 불복 청구하지 아니하였음) 청구인은 이에 불복하여 2002.2.5 심사청구하였다.

청구인과 특수관계에 있는 청구외법인은 영리법인으로써 임대차거래로 인하여 수입과 지출은 필연적으로 청구인의 임대소득의 증가는 청구외법인의 과세소득의 감소로 나타나고, 반대로 청구인의 임대소득의 감소는 청구외법인의 과세소득의 증가로 나타나 규모의 경제내에서 조세를 부당히 감소시켰다고는 볼 수 없다 할 것이고, 설령, 쟁점토지의 임대를 부당행위 계산부인대상으로 본다 하더라도 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 입증책임이 있는 것인 바, 처분청은 이 건 과세시 쟁점토지 주변이 관할지역으로 확인하기 용이함에도 유사토지 임대차거래 실례를 적극적으로 조사하지 아니하고 청구인이 제시한 유사 임대실례를 쟁점토지와 인접지역에 위치하지 아니하였고 토지등급가격이 많은 차이가 난다는 이유로 적정거래가액 산정을 위한 기초자료로 활용할 수 없다고 보아 임대실례가 없는 것으로 판단한 것은 부당하며, 법률상 명문화된 소득금액계산방식이 없다가 소득금액을 산출하기 위한 시가 산정 등의 규정이 1998.12.31 신설되었음에도 처분청이 신설된 소득금액계산방식으로 과세한 이 건 처분은 소급과세금지의 원칙을 위배한 부당한 처분이므로 청구인이 제시한 임대실례가액을 적정임대료로 인정할 수 없다면 처분청이 쟁점토지와 유사토지의 실례를 조사하여 이 건 종합소득세를 경정결정 하여야 한다.

소득세법시행령 제98조 제1항 에 규정된 특수관계인 간에 토지임대용역을 정상가액보다 저가로 제공함으로 인하여 조세의 부담이 부당하게 감소된 것으로 인정되는 경우에는 부당행위계산 부인하여 소득세를 과세하는 것인 바, 이 건의 경우 신고된 임대료는 적정임대료에 비교하여 현저하게 낮아 위 조건을 충족하고 있고, 청구인과 청구외법인은 수입과 지출을 서로 상계하면 규모의 경제내에서 조세를 부당히 감소시킨 것이 아니라고 주장하나, 청구인과 청구외법인은 과세표준과 세액의 산출방법인 다른 별개의 납세의무자이고 부당행위계산부인 규정은 특수관계자가 간에 비정상적인 거래와 소득의 전가 등을 방지하기 위한 제도로서 청구인이 법리를 오해한 것이며, 쟁점토지의 임대료에 대한 시가가 불분명하고, 인근에 유사한 조건의 임대실례도 없으며, 청구인이 제시한 2필지의 임대사례는 쟁점토지와 약 1 떨어진 원거리에 위치하고 주위환경 및 이용상황이 다르므로 이를 쟁점토지와 유사한 조건의 토지로 인정할 수는 없다. 또한, 1999.1.1 이전까지는 소득세법상 시가가 불분명한 경우 적정한 임대료 산정에 관한 명문화된 법규정이 없었지만 객관적이고 합리적인 방법으로 적정임대료를 산정할 수 있는 것이며, 그 동만 관행적으로 국유재산 사용요율을 적용하여 적정임대료를 산정하였으나, 적정임대료 산정을 위한 명문화된 규정이 신설되었고, 동 규정이 기존의 관행적인 방법보다 더 객관적이고 청구인에게 보다 유리할 경우에는 이를 적용하여 적정임대료를 산정하였다 하더라도 소급과세금지의 원칙을 위배한 처분은 아니므로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 특수관계에 있는 청구외법인에게 쟁점토지를 적정임대료 가액에 미달하게 임대한 것으로 보아 부당행위계산 부인한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 (1) 소득세법 제41조 【부당행위계산】 제1항에서 『납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 부동산임대소득ㆍ사업소득ㆍ일시계산소득ㆍ기타소득 또는 산림소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해 연도의 소득 금액을 계산할 수 있다』고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 『제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자의 범위 기타 부당 행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다』고 규정하고 있으며, 소득세법시행령 제98조 【부당행위계산의 부인】 제1항에서 『법 제41조 및 법 제101조에서 『특수관계 있는 자라 함은 다음 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다. (1∼3호 생략)

4. 당해 거주자 및 그와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총발행주식수 또는 총출자 지분의 100분의 50이상이거나 당해 거주자가 대표자인 법인 (5∼6호 생략)』이라고 규정하고 있다. 또한, 같은 조 제2항에서 『법 제41조에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.

2. 특수관계 있는 자에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 때. 다만, 직계 존비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계 존비속이 당해 주택에 실제 거주하는 경우를 제외한다. (1999.12.31. 단서신설)』 고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 『제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 법인세법시행령 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다』고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항에서 『제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 법인세법시행령 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다. (1998.12.31 신설)』고 규정하고 있다. (2) 법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】 제1항에서 『법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다. (1998.12.31 개정)

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다. (1998.12.31 개정)』고 규정하고 있고, 법인세법시행령 제89조 【시가의 범위 등】 제4항에서 『제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다. (1998.12.31 개정)

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 다음 각목의 금액 중 큰 금액 (1998.12.31 개정)

• 가. 당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액 (1998.12.31 개정)
• 나. 당해 자산의 감가상각비(기준내용연수와 그에 따른 상각률 및 제26조 제4항의 규정에 의한 감가상각 방법에 의하여 계산한 당해 사업연도 중의 임대차기간에 해당하는 상각 범위액을 한도로 한다) 및 공과금ㆍ수선비 등 그 자산을 유지ㆍ관리함으로써 발생하는 비용의 합계액 (1998.12.31 개정)』이라고 규정하고 있다. (3) 부가가치세법 제13조 【과세표준】 제1항은 『재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가』라고 하고 있고, 같은법시행령 제50조【시가의 기준】 제1항에서 『법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각호에 정하는 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계에 있는 자(소득세법시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법시행령 제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격.

2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법시행령 제98조 제3항 또는 법인세법시행령 제89조 제2항 의 규정에 의한 가격』이라고 하고 있다 (4) 국유재산법시행령 제26조 【사용요율과 평가방법】 제1항은 『법 제25조 제1항의 규정에 의한 연간사용료는 당해 채산의 가액에 다음 각 호의 요율을 곱한 금액으로 하되, 월할 또는 일할 계산 할 수 있다. 다만, 다른 법령에서 국유재산의 사용료에 대하여 달리 규정하고 있는 경우에는 그 법령에 의한다.

3. 기타의 경우: 1천분의 50 이상』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인인 ○○○과 ○○○은 부부지간이고, 쟁점토지 중 ○○시 ○○구 ○○가 ○○번지 대지 528.6㎡는 ○○○의 소유이며, 같은 동 ○○번지 대지 108.4㎡는 ○○○의 소유임이 토지등기부등본에 의하여 확인된다.

(2) 청구외법인의 발행주식 5,000주의 보유현황을 보면, 청구인인 ○○○이 3,700주(지분율 74％), ○○○이 300주(지분율 6％), 청구인의 아들인 청구외 ○○○와 ○○○가 각각 500주(지분율 각각 10％)를 보유하고 있어 총발행주식의 100％를 청구인과 청구인의 아들들이 보유하고 있으므로 청구인과 청구외법인은 특수관계자에 해당됨을 알 수 있다.

(3) 청구외법인은 특수관계자인 청구인으로부터 쟁점토지를 임차하여 1985.7.20토지 지상에 건물 2,769.09㎡(지하2층∼지상8층)를 신축하였고, 사무실과 점포용으로 임대하였음이 건축물관리대장 등에 의하여 확인된다.

(4) 청구인은 쟁점토지의 임대업에 대하여 1985.9.4을 개업일로 하여 사업자등록을 하였고, 1995년 제1기부터 1999년 제2기까지 부가가치세 신고내용을 보면, 전세보증금없이 1995년도에는 월 임대료 2,400,000원, 1996.1.1부터 1999.12.31까지는 월 임대료 2,500,000원으로 하여 부가가치세틀 신고ㆍ납부한 사실이 처분청의 조사서 등에 의하여 확인된다.

(5) 청구인과 청구외법인이 신고한 임대수입금액과 처분청이 소득세법시행령 제98조 제4항 법인세법시행령 제89조 제4항 의 규정에 의하여 산정한 적정임대료는 다음과 같고, 이 적정임대료는 국유재산법에 의한 사용료 산정방법으로 산정한 것보다 가액이 낮으며, 1995년부터 1999년 과세연도까지 적정임대료(626,109,390원)에서 청구인이 이미 신고한 금액(148,800,000원)을 차감한 금액(477,309,390원)을 과소 신고한 수입금액으로 보아 이 건 종합소득세를 과세하였음이 조사서 및 경정결의서에 의하여 확인된다. 또한, 처분청이 산정한 쟁점토지의 적정임대료는 청구외법인의 임대수입금액의 36.9％에 볼과하고, 청구인이 신고한 쟁점토지의 임대수입금액은 적정임대료의 23.8％에 불과하다는 사실을 알 수 있다. (단위: 천원) ┌──────────┬─────┬────┬────┬────┬────┬────┐ │ 구 분 │ 計 │ 1995년 │ 1996년 │ 1997년 │ 1998년 │ 1999년 │ ├──────────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┤ │ 청구인이 신고한 │ 148,000│ 28,000│ 30,000│ 30,000│ 30,000│ 30,000│ │ 임대수입 금액 │ │ │ │ │ │ │ ├──────────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┤ │ ① 적정임대료 │ 626,108│ 111,572│ 131,859│ 137,592│ 137,592│ 107,493│ │(소득세및법인세법상) │ │ │ │ │ │ │ ├──────────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┤ │② 국유재산법에 의한│ 719,564│ 123,969│ 146,510│ 152,880│ 152,880│ 143,325│ │ 사용임대료 │ │ │ │ │ │ │ ├──────────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┤ │ 청구외법인의 │ 1,694,054│ 376,986│ 352,153│ 359,683│ 317,663│ 287,572│ │ 임대수입금액 │ │ │ │ │ │ │ └──────────┴─────┴────┴────┴────┴────┴────┘

① 적정임대료: (개별공시지가 50％ - 임대보증금) × 이자율(9％, 7.5％)

② 국유재산법에 의한 사용임대료: 쟁점토지의 개별공시지가 × 사용요율(5％)

(6) 처분청의 조사서에 의하면, 쟁점토지의 인근에 유사한 조건의 임대실례가 없는 것으로 확인되였고, 청구인이 쟁점토지의 임대와 유사한 실례로 제시한 토지는 다음과 같이 나대지 상태에서 주차장의 용도로 임대되고 있는 토지임을 알 수 있다. ┌──┬─────┬───┬──────┬─────┬───────────────────┐ │구분│ 소재지 │ 면적 │㎡당 1998년 │ 위치 및 │ 용도 및 임대유형 │ │ │ │ (㎡) │개별공시지가│ 주위환경 │ │ ├──┼─────┼───┼──────┼─────┼───────────────────┤ │쟁점│○○○ 5가│ │ │○○○ 5가│1985.7.20 청구외법인이 자기명의로 │ │토지│-1, │ 637.0│ 4,800,000 │전철역주변│건물을 신축하여 전체임대 │ │ │-20 │ │ │ │(지하 2층 지상 8층, 연면적 2,769.09㎡)│ ├──┼─────┼───┼──────┼─────┼───────────────────┤ │사례│○○○ 3가│ │ │○○○ 3가│나대지 상태로 주차장임대 │ │토지│-1 │ 261.1│ 7,200,000 │전철역주변│(보증금 5천만원, 월 임대료 250만원) │ │ ① │ │ │ │ │ │ ├──┼─────┼───┼──────┼─────┼───────────────────┤ │사례│○○○ 3가│ │ │○○○ 3가│나대지 상태로 주차장임대 │ │토지│-8 │ 170.6│ 3,000,000 │전철역주변│(보증금 1천만원, 월 임대료 80만원) │ │ ② │ │ │ │ │ │ └──┴─────┴───┴──────┴─────┴───────────────────┘

(7) 처분청에서 청구인이 특수관계에 있는 청구외법인에게 쟁점토지를 적정임대료 가액에 미달하게 임대한 것으로 보아 부당행위계산 부인한 것이 정당한지 여부에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구인은 청구인과 특수관계에 있는 청구외법인은 영리법인으로써 임대차거래로 인하여 수입과 지출은 필연적으로 청구인의 임대소득의 증가는 청구외법인의 과세소득의 감소로 나타나고, 반대로 청구인의 임대소득의 감소는 청구외법인의 과세소득의 증가로 나타나 규모의 경제내에서 조세를 부당히 감소시켰다고는 볼 수 없다고 주장하고 있으나, 소득세법 제41조 의 부당행위계산부인 규정은 거주자의 행위 또는 계산이 객관적인 사실에 합치되고 또한 법률상 유효, 적법한 것으로서 회계상으로는 정확한 계산이라 하더라도 그 행위나 계산이 같은법시행령 제98조 제1항 각호 소정의 특수관계자 간의 거래이고 객관적으로 같은 조 제2항 각호 소정의 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 유형의 거래에 해당되는 경우에는 세법상 이를 부인하여 정부가 법령이 정하는 방법으로 소득금액을 계산하는 제도로서 이는 실질과세원칙을 보충하여 공평과세틀 실현하고자 하는데 그 입법취지가 있다고 할 것인 바, 이 건의 경우 신고된 임대료는 적정임대료에 비교하여 현저하게 낮아 위 입법취지에 부합된다고 할 수 있고, 청구인과 청구외법인은 수입과 지출을 서로 상계하면 규모의 경제내에서 조세를 부당히 감소시킨 것이 아니라고 주장하나 청구인과 청구외법인은 과세표준과 세액의 산출방법인 다른 별개의 납세의무자이고 부당행위계산부인 규정은 특수관계자가 간에 비정상적인 거래와 소득의 전가 등을 방지하기 위한 제도로서 청구인이 법리를 오해한 것으로 보여진다. 둘째, 청구인은 설령, 쟁점토지의 임대를 부당행위계산부인 대상으로 본다 하더라도 처분청이 쟁점토지와 유사토지의 임대실례를 적극적으로 조사하지 아니하고 청구인이 제시한 임대실례를 인정하지 아니한 것은 부당하며, 법률상 명문화된 소득금액계산방식이 없다가 소득금액을 산출하기 위한 시가산정 등의 규정이 1998.12.31 신설되었음에도 처분청이 신설된 소득금액 계산방식으로 과세한 이 건 처분은 소급과세금지의 원칙을 위배한 부당한 처분이라고 주장하고 있으나, 특수관계에 있는 자에게 무상대여 또는 부당하게 낮은 대가를 받고 부동산을 임대한 경우 각 과세기간의 소득금액계산에 있어서 적정임대료(부동산 임대용역의 시가)를 산정함에 있어서 거주자와 특수관계 없는 자와의 정상적인 거래에서 형성되는 가격을 기준으로 하여야 할 것이고, 그와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 부동산의 위치ㆍ주위환경ㆍ이용상황 등을 참작하여 산정한 가격을 기준으로 삼아야 할 것이며, 적정임대료 산정은 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함되는 개념이라 할 것인 바(대법원97누1570, 1997.7.9) 처분청의 조사서에 의하면, 쟁점토지의 임대료에 대한 시가가 불분명하고, 인근에 유사한 조건의 임대실례도 없는 것으로 확인되었으며, 쟁점토지가 지상건물 전체에 임대하고 있는 반면에 청구인이 제시한 2필지의 임대실례는 쟁점토지와 약 1km 떨어진 원거리에 위치하고 나대지 상태에서 주차장업을 하는 자에게 임대한 것으로서, 쟁점토지와 청구인이 제시한 실례는 서로 위치, 주위환경 및 이용상황이 다르다 할 것이므로 청구인이 제시한 임대실례는 쟁점토지와 유사한 조건의 임대실례로 보기는 어렵다 할 것이다. 그리고 1999.1.1 이전까지는 소득세법상 시가가 불분명한 경우 적정한 임대료 산정에 관한 명문화된 법규정이 없었지만 객관적이고 합리적인 방법으로 적정임대료를 산정할 수 있는 것이며, 그 동안 관행적으로 국유재산 사용요율을 적용하여 적정임대료를 산정하였으나, 적정임대료 산정을 위한 명문화된 규정이 신설되었고, 동 규정이 기존의 관행적인 방법보다 더 객관적이고 청구인에게 보다 유리할 경우에는 이를 적용하여 적정임대료를 산정하였다 하더라도 소급과세금지의 원칙을 위배한 처분은 아니라 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점토지와 인접 및 유사한 지역내의 토지에 대한 임대실례를 조사하였으나, 쟁점토지의 임대와 유사한 임대실례가 없어 소득세법시행령 제98조 제4항 및 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호 의 산식을 적용하여 산정한 가액을 적정임대료로 산정하였다면, 그 동안 관행적으로 국가가 국유재산을 임대할 때 일반적으로 적용하고 있는 국유재산법상의 국유토지 임대요율인 5％를 적용하여 쟁점토지의 적정임대료를 산정한 것보다는 가액이 낮아 청구인에게 유리할 뿐만 아니라 합리성과 타당성을 갖춘 것이라 할 것이므로 처분청에서서 청구인이 조세를 부당하게 감소시키기 위하여 특수관계 있는 청구외법인에게 쟁점토지를 저가로 임대한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 소득세법 제41조 / 소득세법시행령 제98조 / 법인세법시행령 제88조 / 법인세법시행령 제89조 / 부가가치세법 제13조 / 부가가치세법시행령 제50조 /