종합소득세 경정결정시 총수입금액과 필요경비를 적정히 산정하였는지 여부

○○세무서장이 2001.09.01. 청구인에게 결정고지한 부가가치세 1999년 제1기분 9,918,370원, 1999년 제2기분 7,294,050원, 종합소득세 1999년 과세연도 23,229,510원, 2000년 과세연도 2,477,570원 합계 42,919,500원은,

1. 1999년도 매출누락금액을 100,279,386원(1999년 제1기분 56,791,195원, 1999년 제2기분 43,488,191원)으로 하고, 종합소득세 소득금액 계산시 필요경비 불산입할 총가공경비를 32,708,070원으로 하여 부가가치세 및 종합소득세의 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 2000년 과세연도 종합소득세에 대하여는 지급임차료 12,272,724원을 필요경비로 산입하여 과세표준과 세액을 경정하며,

3. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

처분청은 자동차종합정비업체인 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○ 청구외 ○○○(이하 “쟁점사업장” 이라 한다)에 대한 세무조사 결과, 쟁점사업장의 실제사업자는 청구인이라는 사실과 1999년과 2000년도 중에 매출을 누락 신고하고 가공원가를 계상한 사실을 관련 장부 및 청구인의 진술서 등에 의하여 확인하여 2001.09.01. 부가가치세 1999년 제1기분 9,918,370원, 1999년 제2기분 7,294,050원, 종합소득세 1999년 과세연도 23,229,510원, 2000년 과세연도 2,477,570원 합계 42,919,500원을 청구인에게 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001. 11. 20. 심사청구하였다.

① 1999년도 매출누락금액 108,942,083원 중에는 부가가치세 8,662,694원이 포함되어 있음에도 이를 부가가치세 과세표준 및 소득세 총수입금액에서 차감하지 아니하고 결정한 것은 부당하고,

② 1999년 과세연도 소득금액 계산시 업무와 관련없다는 이유로 필요경비로 인정하지 아니한 컴퓨터구입비 6,600천원은 장부상에 사업용으로 계상하였으나 현재까지 미상각 상태이고, 차량유지비 10,542천원은 업무용차량의 유류대로서 이를 필요경비로 인정하여야 하며,

③ 조사서상에 1999년의 총가공원가금액은 32,708,070원에 불과함에도 이건 경정결정시 49,250,000원으로 하여 결정한 것은 부당하다.

④ 또한, 2000년 과세연도 소득금액 계산시 청구인의 급여(12,717천원)를 필요경비로 인정하지 아니하면서 2000년 1월~9월 기간동안 청구인이 지급한 임차료(12,272,724원)를 필요경비로 인정하지 아니한 것은 부당하다.

위 청구주장 ① 및 ④는 청구인의 주장이 이유있으므로 경정하여야 하나, 청구주장 ②에 대하여는 컴퓨터구입비 6,600천원은 장부상에 사업용으로 계상하였으나 가사용임이 확인되어 필요경비로 인정하지 아니한 것이고, 차량유지비 10,542천원은 타인명의로 사업자등록이 되어 있는 견인차량 2대와 업무용이 아닌 승용차 등의 유류대로서 이를 필요경비로 인정하지 아니한 것은 정당하며, 청구주장 ③에 대하여도 1999년 과세연도의 가공원가금액을 32,708,070원임에도 이건 경정결정시 결의서상에 49,250,000원으로 하여 결정한 것은 계산착오에 의한 것이나 다른 과세연도에 과소계상한 것이 있어 청구인에게 불리하지 않으므로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 1999년도 매출누락금액 108,942,083원 중에는 부가가치세 8,662,694원이 포함되어 있는지 여부,

② 1999년 과세연도 소득금액 계산시 컴퓨터구입비 6,600천원과 차량유지비 10,542천원을 업무와 관련없는 비용으로 보아 필요경비 불산입한 것이 정당하지 여부,

③ 1999년 과세연도의 총가공원가금액이 얼마인지 여부,

④ 2000년 과세연도 소득금액계산시 2000년 1월~9월 기간동안 청구인이 지급한 임차료(12,272,724원)를 필요경비로 인정할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】 제1항에서 『부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액ㆍ일시재산소득금액ㆍ기타 소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다』고 규정하고 있고, 같은 조 제3항 에서 『필요경비의 계산에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다』고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제55조 【부동산임대소득 등의 필요경비의 계산】 제1항 에서 『부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각호의 것으로 한다. 1호 내지 6호(생략)

• 가. 사업용자산(그 사업에 속하는 일부 유휴시설을 포함한다)의 현상유지를 위한 수선비
• 나. 관리비와 유지비
• 다. 사업용자산에 대한 임차료

8. (이하생략)』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 세무조사 내용을 살펴본다. 처분청은 2001년 6월 쟁점사업장에 대한 세무조사 결과, 쟁점사업장의 실제사업자는 청구인이라는 사실과 1999년도 중에 조○○ 외 18명에 대한 일반매출누락 13,652,433원(공급가액), 비보험차량에 대한 수리비 등 매출누락 80,740,000원(공급대가), 자동보험 의뢰인에게 지급받은 면책금 매출누락 14,549,650원(공급대가) 합계 108,942,083원을 부가가치세 등의 과세표준신고시 매출누락하였다는 사실을 청구인의 진술서 및 차주별 차량수리내역서 등에 의하여 확인하였고 청구인이 1999년 종합소득세 신고시 필요경비로 계상한 종업원 및 타인소유차량의 자동차세 및 면허세 388,070원, 가사사용 컴퓨터구입비 6,600,000원, 청구인에 대한 급여 15,228,000원, 가사용 및 타인소유 차량의 유지비 10,542,000원 합계 32,708,070원을 업무와 관련없는 가공경비로 보았으며, 필요경비로 계상하지 아니하였던 부품매출원가 40,430,909원과 지급임차료 16,363,632원을 필요경비로 산입하여 결정하였음이 조사서, 진술서, 및 경정결의서에 의하여 확인된다. 또한, 2000년 과세연도 종합소득세 신고시 필요경비로 계상한 청구인의 급여 12,717,000원을 가공급여로 보았으나, 청구외 이○○에게 지급한 임차료 12,272,724원은 필요경비로 산입하지 아니하고 결정하였음이 경정결의서에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 처분청이 위 조사내용에 의하여 경정결정한 부가가치세 및 종합소득세 결의서에 의하면, 1999년 제1기분 및 1999년 제2기분 부가가치세 과세시 신고누락한 과세표준을 108,942,083원으로 하고 차량유지비 10,542,000원의 관련 매입세액을 불공제하여 과세함으로써 청구주장 ①과 같이 일부 매출누락액 95,289,650원(1999년 제1기분 47,639,650원, 1999년 제2기분 47,650,000원)은 공급대가임에도 이를 공급가액(86,626,954원)으로 환산하여 과세표준을 산정하지 아니하였음이 확인되고, 1999년 과세연도 종합소득세 경정결정시에도 총수입금액의 경정금액을 위 공급대가로 산정하여 과세하였음이 경정결의서에 의하여 확인되며, 처분청도 이를 인정하고 있으므로 청구주장을 받아들여야 할 것이다.

(3) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 첫째, 1999.06.30.과 1999.12.18. 각각 구입한 컴퓨터 2대는 구입당시부터 청구인과 직원 청구외 이○○의 가정에서 사용한 가사용컴퓨터임이 세무조사 당시 확인되었고, 청구인도 이를 인정하는 진술서를 작성하였으므로 처분청이 컴퓨터구입비 6,600,000원은 1999년 과세연도 종합소득세 소득금액계산시 필요경비 불산입한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 둘째, 청구인은 필요경비로 계상한 차량유지비 10,540,000원이 업무용차량인 견인차량 2대, 승합차1대 및 승용차 4대의 유류대로서 이를 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하면서 청구외 ○○(주) 대표이사의 확인서를 제시하고 있으나, 견인차량은 청구외 이○○가 청구외 ○○(주)의 지입차량으로 1997.11.20.부터 사업자등록을 하고 부가가치세 등을 신고한 청구인과는 별도의 사업자 소유의 차량임이 객관적인 자료에 의하여 확인되는 반면에 이해관계에 따라 임의 작성이 가능한 ○○(주) 대표이사의 확인서 외에 견인차량이 실질적으로 청구인의 소유로 청구인의 사업장에서 사업용으로 사용하였다는 주장을 입증할 만한 객관적인 증빙서류를 제시하지 못하고 있어 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이고, 청구인과 종업의 승용차 등도 업무에 사용되었다는 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 세무조사 당시 청구인 스스로도 이를 시인하는 진술서를 작성하였으므로 처분청이 차량유지비 10,540,000원에 대한 관련 매입세액을 불공제한 것과 소득금액 계산시 필요경비 불산입한 것은 정당하다 할 것이다.

(4) 쟁점③에 대하여 살펴본다. 위 조사내용에서 1999년 과세연도의 총가공경비는 32,708,080원(자동차세 및 면허세 338,070원, 가사내용 컴퓨터구입비 6,600,000원, 청구인에 대한 급여 15,228,000원, 가사용 및 타인소유 차량의 유지비 10,542,000원)임이 확인되고, 처분청도 결정결의서 작성시 계산착오로 인한 것이라고 시인하면서 다른 과세연도에 필요경비 불산입금액이 과소계상된 부분이 있어 청구인에게 불리하지 않으므로 당처처분은 정당하다는 의견은 설득력이 없어 보인다. 따라서, 처분청의 의견대로 다른 과세연도에 필요경비 불산입금액이 과소계상된 부분이 있다면 이를 경정결정하는 것을 별론으로 하더라도 1999년 과세연도에 총가공경비는 49,250,000원이 아니고 32,708,070원이라는 청구인의 주장을 인정하여야 할 것이다.

(5) 쟁점④에 대하여 살펴본다. 처분청은 1997년~1999년 과세연도 소득금액 계산시 청구인이 필요경비로 계상하지 아니하였던 지급임차료 43,636,352원(1997년 10,909,088원, 1998년 16,363,632원, 1999년 16,363,632원)을 필요경비로 산입하였음에도 2000년도에 지급한 임차료 12,272,724원은 필요경비로 산입하지 아니하였음이 경정결의서에 의하여 확인되며, 처분청도 이를 필요경비로 인정하지 아니한 것은 잘못되었다고 시인하고 있으므로 2000년 과세연도 소득금액 계산시 지급임차료 12,272,724원을 필요경비로 산입하는 것이 타당하다 할 것이다.

(6) 위 사실관계와 관련법령을 종합하여 살펴보면, 처분청이 이건 부가가치세 및 소득세 경정결의서를 작성하는 과정에서 계산착오 및 적용오류가 있었음이 확인되고, 처분청도 이를 시인하고 있으므로 쟁점①, 쟁점③ 및 쟁점④는 청구인의 주장을 받아들여야 할 것이나, 쟁점②에 대하여는 청구인이 제시한 증빙서류만으로 청구인의 주장을 인정할 수 없다고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.