과세관청의 권유로 수정신고하여 증가한 세액을 공제배제한 과세처분의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동에서 ○○의원을 운영하고 있는 사업자로서, 1998년 과세연도의 소득금액을 56,620,811원으로, 산출세액을 10,306,243원으로 하여 종합소득세를 신고납부하였으며, 그 후 청구인은 1998년 과세연도에 대한 처분청의 세무조사사전통지서를 받고 2001.04.03 소득금액을 87,159,690원으로, 산출세액을 19,623,879원으로 하면서 수입금액증가세액 1,474,574원(이하 “쟁점세액” 이라 한다)을 추가로 공제하여 수정신고하였다. 처분청은 위 수정신고에 따른 쟁점세액의 공제는 부당하다는 국세청의 감사지적에 따라 이를 공제배제하여 2001.11.01 청구인에게 1998년 과세연도 종합소득세 1,622,080원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.11.23 심사청구하였다.

관련 규정에서 과세관청의 권유에 의하여 수정신고하였든, 청구인 스스로 하였든, 경정할 것을 알고 하였든 수정신고에 의하여 소득금액이 증가함에 따른 산출세액에 대한 수입금액세액공제를 배제한다는 규정이 없음에도 처분청이 쟁점세액을 공제배제하여 과세한 처분은 부당하다.

관련 규정에서 산출세액이 증가되는 경우에는 수입금액증가세액을 다시 계산한다는 규정이 없으므로 쟁점세액을 공제배제하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세액을 공제배제하여 과세한 처분이 정당한지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제92조의 5 【수입금액 증가등에 대한 세액공제】 제1항에 『부동산임대소득 또는 사업소득(이하 이 조에서 “사업소득 등” 이라 한다)이 있는 거주자(이하 이 조에서 “사업자” 라 한다)로서 대통령령이 정하는 자가 종합소득과세표준 확정신고시 신고한 사업장별 총수입금액이 대통령령이 정하는 기준수입금액의 100분의 120을 초과하는 경우에는 당해 사업장의 사업소득 등에 대한 종합소득산출세액에 그 초과금액(제2항의 규정을 적용받는 경우에는 동항의 규정에 의한 수입금액의 초과금액을 공제한 금액을 말한다)의 100분의 30에 상당하는 금액이 당해 사업장의 총수입금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세에서 공제한다』라고 규정하고 있으며 같은법 시행령 제88조의 5 【수입금액 증가 등에 대한 세액공제】 제9항에 『법 제92조의 5 제1항의 규정에 의한 기준수입금액 또는 동조 제2항의 규정에 의한 직전 과세연도의 신용카드 등 수입금액이 변경되는 경우 또는 당해 과세연도의 과세표준과 세액이 경정됨에 따라 세액공제액이 감소되는 경우에는 이를 다시 계산한다』라고 규정하고 있고 소득세법 제80조 【결정과 갱정】 제2항에 『납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준 확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 연도의 과세표준과 세액을 경정한다』라고 규정하면서, 그 1호에 『신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때』로 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 병원을 운영하면서 외부조정에 의하여 1998년 과세연도의 종합소득세를 신고한 자로서, 그 후 처분청의 세무조사사전통지서에 의하여 수정신고함에 따라 산출세액이 10,306,243원에서 19,623,879원으로 증가되었으며, 따라서 청구인은 증가된 산출세액에 대한 쟁점세액을 추가로 공제하였으나, 처분청은 청구인이 수정신고에 의한 쟁점세액공제는 부당하다고 하여 이를 공제배제하여 부과처분하였음을 처분청의 결정결의서 등 관련서류에 의하여 알 수 있다.

(2) 청구인이 수정신고를 하게 된 경위를 살펴보면, 청구인에 대한 1998년 과세연도의 종합소득세 정기조사와 관련하여 전산분석에 의하여1의약품비의 과대계상액에 대하여 수정신고를 하면 정기조사를 받은 것으로 간주한다는 뜻이 담긴 2001.03월 청구인에게 보낸 세무조사사전통지서와 소득금액조사서에 의한 것으로서, 이는 청구인이 당초 신고에 대하여 스스로 수정한 것이 아니라 경정할 것을 미리 알고 한 수정신고로서 적법하다고 볼 수 없다 할 것이다.

(3) 관련 규정에서 수입금액증가세액공제는 기준수입금액이 변경되는 경우 또는 당해 과세연도의 과세표준과 세액이 경정됨에 따라 세액공제액이 감소되는 경우에 한하여 다시 계산한다라고 규정하고 있을 뿐 이 건의 경우와 같이 산출세액이 증가하는 경우에는 공제할 수 없을 뿐만 아니라 이 건 수정신고와 같이 경정할 것을 미리 알고 한 수정신고서의 증가된 산출세액에 대하여 수입금액증가세액공제를 다시 계산할 수 없다 할 것이다.(같은 뜻: 재소득 46073-179 1998.12.12, 소득 46011-391 2000.03.27, 심사소득 98-683 1999.01.22) 따라서, 처분청이 쟁점세액에 대하여 공제배제하여 청구인에게 과세한 이 건 처분에는 달리 잘못이 없다 할 것이다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.