주주가 법인소유 부동산 양수대금을 지급하지 않은 것으로 보아 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2000. 12. 02 청구인에게 결정고지한 1996년 과세연도 종합 소득세 43,972,500원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구인은 부도로 인하여 1998.06.20. ○○세무서장이 직권폐업시킨 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 ○○건업(주)(1996.12.07 ○○건설(주)로 법인명이 변경되었으며, 이하 “청구외법인” 이라 한다)의 1995.01.01~12.31. 사업연도 중의 주주(이사)로 등기되어 있던 자이다.

○○세무서장은 청구외법인의 1995.01.01~12.31. 사업년도 법인세 서면분석 현지확인 결과 청구외법인이 소유하던 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 및 ○○번지 소재 토지와 위 지상건물(이하 “쟁점부동산” 이라 한다)을 1995.01.27. 청구인에게 200,000,000원(이하 “쟁점금액” 이라 한다)에 양도하고 이를 현금입금한 것으로 회계처리하였으나 실제로 그 양도대금이 청구외법인에 입금된 사실이 없었다는 청구외법인의 1996.01.01~12.31. 사업연도 대표자 청구외 ○○○(이하 “○○○” 이라 한다)의 확인서(이하 “쟁점확인서” 라 한다)에 근거하여 쟁점금액 200,000,000원을 익금산입하고 장부상원가 169,937,614원을 손금산입하여 법인세를 결정고지하는 한편 쟁점금액을 청구인에게 배당으로 소드거분하여 1998.07.18. 이를 소득금액변동통지하였고, 처분청은 이에 따라 2000.12.02. 청구인에게 1995년 과세연도 종합소득세 43,972,500원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.03.13 심사청구하였다.

청구인은 쟁점부동산을 양수한 시기는 1995.01.27. 이었고, 쟁점확인서를 작성한 ○○○이 청구외법인을 인수한 시기는 1996.01.17.이기 때문에 ○○○이 쟁점부동산의 양도에 대하여 그 내용을 알 수 있는 위치에 없었음에도 ○○○의 확인서를 근거로 과세한 것은 근거과세에 위배된 것이며, 그 후 ○○○은 쟁점부동산 양도에 대한 댁므이 입금되었다고 하면서 쟁점확인서의 내용을 번복(1997.06.17 청구외 법무법인 ○○사무소의 공증 서류)하고 있는 점을 보더라도 이 건 부과처분은 근거가 없는 것으로서 취소되어야 한다.

쟁점부동산을 청구인이 양수하였으며 그 매매대금을 회사로 입금하여야 하나 입금하지 않았다고 ○○○이 확인하였기 청구외법인의 주주인 청구인에게 쟁점금액을 배당처분하고 종합소득세를 과세한 당초처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 쟁점금액을 청구인에게 배당처분하고 종합소득세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 국세기본법 제16조 【근거과세】 제1항에 『납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다』라고 규정하고 있고 제2항에 『제1항의 규정에 의하여 국세를 조사ㆍ결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다』라고 규정하고 있으며 구 법인세법 제32조 【결정과 경정】 제5항에 『제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다』라고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제94조의 2 【소득처분】 제1항에 『 법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다』라고 규정하면서, 그 1호에서 『익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여ㆍ배당ㆍ기타 소득ㆍ기타 사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(출자자인 임원과 그와 제46조의 2 제3항의 특수관계에 있는 주주가 소유하는 주식 또는 출자지분을 합하여 당해 법인의 총발행주식 또는 총 출자지분의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세감면규제법 제36조 제5항 및 제40조의 5 제6항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 출자자인 이사 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 이 건 부과처분은 근거과세에 위배된 부당한 처분이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 이 건 과세처분의 경위를 보면, ○○세무서장은 청구외법인에 대한 1995.01.01~12.31. 사업연도 법인세 서면분석을 하면서 ○○○이 1996.09.16. 작성한 쟁점확인서(쟁점부동산을 처분하고 회계처리상 현금입급된 것으로 처리하였으나, 그 처분가액이 회사에 입금된 사실이 없었다는 내용)를 근거로 양도가액 2억원은 익금산입하고, 장부가액 169,937,614원을 손금가산하는 한편 2억원을 청구인에게 배당으로 소득처분하였고, 처분청은 이 과세자료에 의하여 청구인에게 이 건 종합소득세를 결정고지하였음을 관련서류에서 알 수 있으며, 쟁점확인서의 내용을 뒷받침할 근거자료가 전혀 없고 달리 관세근거를 삼을 자료가 없음을 알 수 있다.

(2) 쟁점확인서의 내용을 뒷받침할 자료와 쟁점확인서 외에 다른 과세자료가 없다 하더라도 쟁점확인서가 과세근거로 삼을 만한 자료가 되는 지를 살펴보면, 첫째, 청구외법인은 1997.06월 부도로 ○○세무서장이 1998.06.20일자로 직권폐업시킨 토목공사 건설업을 영위하던 법인으로서, 그 대표자는 1994.11.2. 청구외 ○○○에서 1994.11.07 청구외법인을 인수한 청구외 ○○○으로, 1995.03.29. 청구외 ○○○으로, 다시 1996.01.15. ○○○(1996.01.17 청구외법인을 인수한 자)으로 변경되었음을 국세통합시스템과 청구외법인의 등기부등본에 의하여 알 수 있으며 둘째, 쟁점확인서를 작성한 ○○○은 쟁점부동산 양도(1995.01.27)당시에 청구외법인의 대표자가 아니어서 쟁점부동산 양도에 대하여 알 수 있는 위치에 없었음에도 쟁점확인서를 작성하였으며, 또한 청구인과 청구외 ○○○사이에 작성된 쟁점부동산매매계약서에서는 쟁점부동산 매매대금이 수수되었다고 계약체결 되었음에도 ○○○은 쟁점확인서에서 청구인이 매매대금을 지불하지 않았는지 아니면 청구인이 매매대금을 지불하였는데도 청구외법인의 양도당시 대표자가 이 대금을 회사에 입금하지 않았는지에 대하여 언급없어 단지 그 처분가액이 입금되지 않았다고 진술하였다가 나중에는 다시 매매대금이 입금되었다고 당초 확인을 번복(1997.06.17. 공증된 합의각서)하는 등 일관성이 없어 신빙성이 없음에도 처분청은 오직 이 쟁점확인서만을 근거로 과세하였는데 과세처분을 함에 있어서는 장부 및 기타 근거자료에 의하여야 함에도(심사소득2000-0271,2000.10.13 외 다수: 같은뜻) 이 건 과세는 근거과세에 위배된 처분임을 알 수 있다.

(3) 당심에서 직권으로 살펴본 바, 1995.01.27. 청구인과 청구외 ○○○사이에 작성된 쟁점부동산 매매계약서에 의하면, 청구인은 쟁점부동산을 양수하고 그 대금 2억원을 지불하였으며, 매도인 청구외 ○○○은 그 대금을 정히 영수하였다라고 계약하였음을 알 수 있는데, 청구외법인의 1995.01.01~12.31. 사업연도 법인세신고서의 대차대조표 및 손익계산서와 합계잔액시산표를 보면 쟁점부동산을 장부가액으로 양도한 것으로 회계처리하였음을 알 수 있다. 따라서, 쟁점부동산 양도가액 200,000,000원과 결산서상 양도가액 (169,937,614원)과의 차액 30,062,386원을 고정자산처분누락으로 쟁점부동산 양도당시의 청구외법인의 실질적인 대표자인 청구외 ○○○(주주이며 이사로서, 지분을 49%인 자: 구 법인세법 시행령 제94조 의 2 제1항 단서규정에 근거함)에게 상여처분하는 것은 별론으로 하고 이 건 부과처분은 근거과세원칙을 위배한 잘못이 있는 것으로 판단된다. (라) 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.