개인사업의 경정으로 증액된 세액에 대한 법인전환 후 감면적용을 받을 수 있는지 여부

○○세무서장이 1999.02.05 청구인에게 결정고지한 1996귀속 종합소득세 33,077,590원은,

1. 소매매출누락금액으로 소득금액에 가산한 30,221,815원은 실지 매출관련여부를 재조사하여 매출누락금액을 확정하고,

2. 경정결정으로 증액된 세액에 대하여는 “지방이전중소기업에 대한 세액감면(구조세감면규제법 제46조)의 감면을 적용하여 과세표준과 세액을 경정한다.

3. 나머지 청구는 이를 기각한다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 자동차필터 제조판매업(이하 “쟁점사업”이라 한다)의 개인사업을 영위하던사업자로 동 쟁점사업을 1997.03.31 사업포괄양ㆍ수도에 의하여 1997.04.01 법인으로 전환하였는 바, 처분청은 청구인의 1996년귀속 종합소득세에 대한 실지조사를 실시하여 소매매출누락으로 30,221,815원(이하“쟁점금액①”이라 한다)을 적출하는 등 총 64,896,577원을 소득금액에 가산하여 1996년귀속 종합소득세 33,077,590원을 1999.02.05 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999. 04. 29 이 건 심사청구를 하였다.

1. 쟁점사업에 대한 1996귀속 종합소득 과세표준확정신고시 소모품비중 134,759,190원(이하 “쟁점금액②”이라 한다)을 장부기장금액에서 제외하였으나 실제 사업과 관련하여 지출된 것이므로 필요경비로 인정하여야 한다.

2. 쟁점금액①은 실지매출누락이라고 입증된 사실이 없음에도 매출누락으로 보아 과세함은 부당하다.

3. 쟁점사업은 지방이전 중소기업세액감면대상이므로 경정으로 추가되는 세액에 대하여 세액감면을 적용하지 아니함은 부당하다.

청구주장 1)에 대하여, 쟁점사업과 관련하여 청구인이 기장ㆍ비치한 장부에 의하면 소모품비가 1996.01월~09월까지 총 94,446,553원이나 1996.10월~12월기간 235,844,900원으로 집중적으로 계상하고 있고 품목을 보면 사실상 원재료 해당이나 원재료수불부등 그 구입 및 사용내역을 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료의 제시가 없으므로 쟁점금액②는 필요경비로 인정하여 야 된다는 청구주장은 받아들일 수 없다. 청구주장 2)에 대하여, 쟁점금액①은 쟁점사업과 관련하여 청구인이 사용하는 은행통장에 입금된 금액으로서 청구인에게 입금사유에 의한 소명을 요구하였으나 조사종결시까지 매출과 관련하여 입금된 것이 아니라는 증거를 제시못하므로 매출누락으로 보아 과세한 처분은 정당하다. 청구주장 3)에 대하여, 청구인은 쟁점사업을 1997.04월에 법인으로 전환한 것으로 법인으로 전환하기전 개인사업에 대하여 추가결정으로 증액된 세액은 전환된 법인으로하여금 기업합리화적립금의 적립을 부여할 수 없는 것이므로 개인사업자의 경정으로 증액된 세액에 대하여 감면을 적용하지 아니한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 장부기장에서 직접 차감은 쟁점금액②의 소모품비를 추가로 필요경비 인정할 수 있는지와 쟁점금액①을 매출누락으로 본 처분의 적정여부 및 경정으로 증액된 세액에 대하여 지방이전중소기업세액감면을 적용할 수 있는 지를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 구 조세감면규제법 제46조 【지방이전중소기업에 대한 세액감면】 제1항에서 『수도권안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권외의 지역으로 그 공장을 전부이전하여 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도개시일부터 3년이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다』고 규정하고 있고, 같은법 제123조 【기업합리화적립금의 적립】 제4항에 의하면 “제46조 등의 세액감면을 적용받은 내국법인은 그 공제(감면)받은 세액을 기업합리화적립금을 적립하도록 규정하고, 제5항에서는 “세액감면등을 받은 거주자는 공제(감면)받은 세액의 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산의 투자나 장기차입금의 상환에 사용하여야 한다”고 규정하고 있다. 한편, 구 조세감면규제법 제124조 【감면세액의 추징】에서 『제123조 제1항의 규정에 의한 소득공제ㆍ세액공제 또는 세액감면을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 공제 또는 감면받은 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 지체없이 추징한다.

1. 제123조의 기업합리화적립금을 동조 제3항에 규정된 방법에 의하지 아니하고 처분한 때.

2. 생략.

3. 제123조 제1항의 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제를 받은 거주자가 공제받은 세액에 상당하는 금액을 제123조 제4항의 규정에 의하여 사용하지 아니한 때. 다만, 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수ㆍ도 방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.』고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제108조 제8항에서 『법 제124조 제3호 단서에서 “대통령령이 정하는 사업양수ㆍ도 방법”이라 함은 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리(미수금을 제외한다)와 의무(미지급금을 제외한다)를 포괄적으로 승계하는 경우를 말한다』고 규정하고, 제9항에서는 『법 제124조 제3호 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 현물출자 또는 제8항의 규정에 의한 사업양수ㆍ도 방법에 의하여 설립된 법인이 당해 법인의 최초사업연도의 이익금처분시에 감면세액 미사용분에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립한 경우를 말한다. 이 경우 제1항의 규정에 의한 사유로 최초사업연도에 당해 감면세액 미사용분에 상당하는 세액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우에는 그 다음 사업연도의 이익금처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구주장 1)에 대하여 살펴본다. 청구인은 소득세신고시 전기 소득율이상 신고권장하여 소모품비 134,759,190원을 필요경비에서 차감하여 신고한 것이므로 실지조사시 필요경비를 줄여서 소득을 과대하게 계상된 경우에도 실지조사시 필요경비의 정당여부를 확인하여 필요경비로 인정하여 줄 것을 주장하고 있는 바, 청구인이 제시하는 장부에 의하면 1996.12.31 소모품비계정에서 134,759,190원을 차감하는 것으로 기장하여 장부를 마감하고 소모품비 총금액을 195,552,263원으로 계상하였으나 처분청의 조사관련서류에 의하면 소모품비의 기장내역이 1996.01월~09월까지 총 94,446,553원이나 1996.10월~12월기간 235,844,900원으로 집중적으로 기말에 계상하고 있고, 대부분이 원재료 해당이나 청구인은 원재료수불부, 생산일지, 작업일보등 제품투입여부를 확인할 수 있는 객관적인 증거자료의 제시가 없어 필요경비로 인정할 수 없다는 의견이고, 쟁점금액②는 조사적출사항이 아닌 청구인이 직접기장한 사항으로 청구인은 이에 대한 근거자료 등을 제시못하고 있으므로 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 청구주장 2)에 대하여 살펴본다. 처분청의 조사내용에 의하면 청구인의 ○○은행의 기업자유예금(계좌번호: 000-00-000000)의 아래 입금내용에 대하여 청구인이 입금사유에 대하여 소명되지 아니한다고하여 소매매출누락이라고 수입금액에 가산하였음을 알 수 있다.

• 통장입금액중 매출누락으로 본 금액명세 - 입금일자 입금자 입금액 비고 1996.04.09 권○○ 600,000 합계금액 33,243,99원중 부가가치세 3,022,181원을 차감한 30,221,815원을 소득금액에 가산함. 1996.05.16 김○○ 9,016,000 1996.07.16 나○○ 1,759,497 1996.04.08 박○○ 3,368,500 1996.11.02 박○○ 2,000,000 1996.08.16 박○○ 7,000,000 1996.04.06 서○○ 5,000,000 1996.08.16 이○○ 3,000,000 1996.12.18 이○○ 1,000,000 1996.02.28 최○○ 500,000 계 33,243,997 청구인은 위 쟁점금액의 입금액은 매출과 관련된 입금액이 아니라고 주장하고 있고, 일반적으로 은행거래통장은 사업과 관련된 금액 뿐만 아니라 사업과 관련이 없는 자금도 입금할 수 있는 것이므로 동 입금액이 사업과 관련된 입금액으로 매출누락금액이라는 사실의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이므로 처분청에서 통장입금내역에 대하여 청구인이 근거자료를 제시하지 못한다고하여 매출누락으로 보아 과세함은 잘못이라고 할 것이므로 사실조사를하여 매출누락이 확인될 경우 과세함이 타당하다고 판단된다. 청구주장 3)에 대하여 살펴본다. 청구인은 “쟁점사업을 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 영위하다가 ○○공단 ○○번지로 1994년 사업장 이전후 구 조세감면규제법 제46조의 규정에 의한 지방이전 중소기업세액감면을 적용받아 오던중 사업양수ㆍ도 방법으로 1997.04.01 법인전환하여 현재법인으로 사업중에 있고 개인사업 당시 이미 감면받은 세액에 대하여 구 조세감면규제법 제123조 제4항에 규정하는 대로 사용하지 아니한 부분에 대하여 기업합리화적립금을 적립하고 있음이 관련서류에 의하여 확인되고 처분청은 개인사업자로 신고한 감면세액에 대하여 세액을 감면하였음을 알수 있고 감면세액의 적용요건에 대하여는 다툼이 없고, 처분청은 개인사업 당시의 1996과세연도에 대한 종합소득세의 경정으로 증액되는 세액은 전환된 법인으로하여금 기업합리화적립금의 적립을 부여할 수 없는 것으로 보아 개인사업자의 경정결정으로 증액된 세액에 대하여는 감면을 적용하지 아니하였고 청구인은 감면을 적용하지 아니함은 부당하다는 주장으로 세액의 감면여부에 다툼이 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 전시관계법령에 의하면 감면받은 세액의 추징사유를 보면 감면받은 세액을 사후관리하여 고정 자산의 투자나 장기차입금의 상환에 사용하지 아니한 때에는 감면세액을 추징하는 것이나 사업양수ㆍ도 방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우 전환으로 신설된 법인이 기업합리화적립금을 적립한 경우는 추징하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 법인세 과세표준의 경정으로 인하여 기업합리화적립금의 적립대상이 되는 감면세액이 증액되는 경우에는 당해경정일이 속하는 사업연도의 이익금 처분시에 그 증액된 감면세액에 대한 기업합리화적립금을 추가로 적립하도록 규정하고 있다(법인세법 통칙 123-108...2) 위 규정을 모두어 보면 감면요건에 충족되면 감면을 배제할 이유는 없는 것이라 할 것이고 감면세액에 대한 사후관리를 함에 있어 기업합리화적립대상금액을 적립을 하지 아니하거나 감면세액을 규정한 용도대로 사용하지 아니한 경우에 추징하는 것이며, 개인사업의 자산과 부채를 포함한 권리와 의무를 포관적으로 양수ㆍ도 방법에 의거 법인으로 전환된 경우에는 개인사업자의 감면세액 미사용분에 대하여 전환으로 신설된 법인이 기업합리화적립금을 적립하도록 규정하고 있음을 볼 때, 개인사업의 추가 경정으로 증액된 세액을 포함하여 감면세액의 사후관리의무를 포함하여 승계하였다고 봄이 타당하다 할 것이므로 개인사업의 경정으로 증액된 감면세액 상당액도 전환으로 신설된 법인에서 기업합리화적립금을 적립하는 등 사후관리의무가 있다 할 것이므로 감면요건에 충족되고 감면세액의 사후관리 위반사항이 아니한 법인으로 이미 전환하였다고하여 추가 경정으로 인하여 증액된 감면세액을 감면 적용하지 아니함은 잘못이라고 판단된다. 따라서, 청구주장 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.