특수관계자인 법인에게 비상장주식을 고가로 양도하는 경우, 양도가액과 시가와의 차액을 기타소득으로 과세한 처분의 당부

1. ○○세무서장이 1999.03.02 청구법인에게 결정 고지한 1997년 과세연도 기타소득세 97,813,700원의 부과 처분은 취소하며,

2. 나머지 청구 주장은 이를 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 자동차 및 부품 제조업을 영위하는 영리법인이며, ○○국세청장은 청구법인이 청구외 ○○화학(주)(이하 “청구외법인”이라 한다) 발행주식 2,385,700주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1997.03.19. 청구외 정○○으로부터 1주당 6,039원에 매입한 것은 쟁점주식의 1주당 평가액이 5,822원으로, 청구법인이 청구외 정○○으로부터 쟁점주식을 고가 매입한 것이며 이는 부당행위계산 부인 대상이라고 판단하여 처분청에 통보하였으며, 처분청은 통보받은 내용에 의하여 쟁점주식의 1주당 평가액과 거래가와의 차액 489,068,500(이하 “쟁점금액”이라 한다)원을 손금불산입하고, 쟁점금액을 청구외 정○○의 기타소득으로 처분하여 1999.03.02. 청구법인에게 1997년 과세연도 기타소득세 97,813,700원을 결정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999. 04. 14. 심사청구하였다.

(가) 쟁점주식의 자산 평가시 자산 중 건물 일부에 대한 감정평가법인의 감정가액이 있음에도 건물가액을 과세시가표준액으로 평가함은 부당하고, (나) 쟁점주식의 고가 매입 상당분은 청구외 정○○의 양도소득을 구성하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하였음에도 청구외 정○○의 기타소득으로 처분하여 원천세를 과세함은 부당하다.

(가) 건물의 평가시 2 이상의 감정가액이 있어야 시가로 인정할 수 있는데 하나의 감정가액만 존재하므로 감정가액을 시가로 인정할 수 없어 과세시가표준액에 의하여 건물을 평가한 당초 처분은 정당하며, (나) 법인이 거주자로부터 비상장주식을 고가 매입한 것에 대하여 부당행위 계산부인이 적용된 것은 법인의 고가 매수행위에 대하여 적용한 것이고, 이는 거주자외 양도행위와는 별개로서 소득세법 규정에 의한 거주자의 양도차의 산정에는 영향을 미치지 않는 것으로, 소득세법상의 양도차익은 유상이전된 행위에 대하여 과세하는 것이고 법인세법상의 계산 부인은 유ㆍ무상 여부에 관계없이 과세하는 것이므로 본 건 종합소득세와 양도소득세는 별개의 처분으로 이중 과세에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁점 쟁점주식의 1주당 가액을 5,822원으로 평가한 것과 쟁점금액을 청구외 정○○외 기타소득으로 처분하여 원천세를 과세한 처분이 적법한지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 시행령 제165조 [토지ㆍ건물 외의 자산의 기준시가 산정] 제1항에서 『법 제99조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액”이라 함은 다음 각호의 가액을 말한다』라고, 제2호에서 『법 제94조 제4호의 규정에 의한 주식 등은 상속세법 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목 및 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액, 이 경우 평가기준시가나 평가액은 재정경제부령이 정하는 바에 의한다』라고 규정하고 있다. 법인세법 제20조 [부당행위계산의 부인] 본문에서 『정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세를 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다』라고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제46조 [법인의 부당한 행위 또는 계산] 제2항에서 『법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다』라고 규정하면서, 제4호에 『출자자 등으로부터 자산을 시가를 초과하여 매입하거나 출자자 등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때』를 열거하고 있다. 같은 법 시행규칙 제16조의 2 [시가] 본문에서 『영 제12조 제1항 제10호ㆍ영 제23조의 4 제2항ㆍ영 제 제37조의 3 제9항ㆍ영 제40조제1항ㆍ영 제41조제1항ㆍ영 제46조 및 영 제116조제2항ㆍ제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식은 상속세법 및 증여세법 제63조 의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다』라고 규정하고 있다. 같은 법 제32조 [결정과 경정] 제5항에 『제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타사외 유출ㆍ사내유보등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다.(1994.12.22.개정)』라고 규정하고 있다. 같은법 시행령 제94조의 2 [소득처분] 제1항에 『법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.(1994.12.31. 개정)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 샅이 이익처분에 의한 상여ㆍ배당 ㆍ기타소득ㆍ기타 사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(출자자인 임원과 그와 제46조의 2 제3항의 특수관계에 있는주주가 소유하는 주식 또는 출자지분을 합하여 당해 법인의 충발샐주식 또는 총출자지분의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 대표자로 하고, 조세감면규제법 제36조 제5항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 충자자인 이사 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로하며, 대표자가 2인이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하같다.) 에게 귀속된 것으로 본다.』라고, 마목에서 『귀속자가 가목 내지 다목 이외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득으로 한다.』라고 규정하고 있다. 상속세 및 증여세법 제63조 [유가증권 등의 평가] 제1항 제1호 다목에서 『유가증권 중 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다』라고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제49조 [평가의 원칙] 제1항에서 『법 제60조 제2항에서 “수용ㆍ공매가격 및 감정가액 등 대통령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 거”이라 함은 평가기준일전 6월(증여재산의 경우는 3월로 한다)부터 상속세과세표준신고 또는 증여세과세표준신고의 기간 중 다음 각 호의 1의 규정에 의하여 확인되는 가액을 포함한다』라고 규정하면서, 제2호에서 『당해 재산에 대하여 2 이상의 총리령이 정하는 공신력있는 감정기관이 상속세 및 증여세 납부외의 목적으로 재산을 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액』을 열거하고 있다. 같은 법 시행령 제55조 [순자산가액의 평가방법] 제1항에서 『제54조 1항의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 한다. 이 경우 그 평가는 총리령이 정하는 공신력있는 감정기관의 시가감정서에 의할 수 있다.』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계

① 청구외법인이 발행한 쟁점주식은 한국증권거래소에 상장되지 아니하였으며, 청구법인과 청구외 정○○이 특수관계자임과 쟁점주식의 1주당 순손익에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

② 쟁점주식을 청구법인은 1주당 가액을 6,039원으로 계산하여 14,407,242,300원에 청구외 정○○으로부터 매입하였으며, 처분청에서는 쟁점주식의 1주당 가액을 소득세법과 상속세 및 증여세법 규정을 적용하여 5,822원으로 평가하고 청구법인이 청구외 정○○으로부터 쟁점주식을 매입한 것에 대하여 고가 매입으로 부당행위 계산부인 대상으로 보아 매입가와 평가액과의 차액 489,068,500원(쟁점금액)을 손금불산입하고 쟁점금액을 청구외 정○○외 기타소득으로 처분하었음이 신고서 및 결의서 등에 의하여 알 수 있다.

③ 처분청은 쟁점주식의 1주당 가액 평가와 관련하여 자산 중 건물가액은 과세시가표준액으로 평가하였으며, 청구외 ○○간정평가법인에서 청구외법인의 자산 중 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 공장 건물의 1997.03.08. 시점 감정가격을 5,490,283천원으로, ○○도 ○○시 ○○읍 아파트를 34,400,134천원으로 평가하였음이 조사서 및 강정평가서에 의하여 확인된다.

(2) 판단 (가) 청구법인은 쟁점주식의 평가와 관련하여 건물의 가액을 감정가액으로 평가하여야 한다고 주장하나, 상속세 및 증여세법 시행령 제55조 제1항 후단의 규정에 의하여 비상장주식 평가를 위한 순자산가액을 계산함에 있어 달해 법인의 자산을 감정기관의 시가평가서에 의하여 감정하는 경우 그 시가감정은 같은법 시행령 제49조 제1항의 규정에 의한 감정가액의 평균액을 말하는 것(같은뜻, 재경부 재산 46014-45, 1999.02.09)인바, 건물의 평가시 2 이상의 감정가액이 잇어야 시가로 인정할 수 있는 데 하나의 감정가액만 존재하여 감정가액을 시가로 인정할 수 없다 할 것이므로, 과세시가표준액에 의하여 건물을 평가하여 1주당 가액을 계산한 처분청의 당초 처분은 정당하다 할 것이다. (나) 소득처분대상금액이 개인의 양도소득을 구성하여 소득세가 과세되는 경우 그 소득의 처분은 기타 사외유출로 처분하는 것(같은뜻, 법인 46012-3793, 1995.10.09)이므로, 쟁점주식의 고가 매입 상당분(쟁점금액)은 청구외 정○○의 양도소득을 구성하여 양도가액을 14,407,242,300원, 취득가액을 14,018,920,679원으로 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하여 1998.05.31. 처분청에 양도소득세를 신고하였음이 확인되는 점으로 보아 쟁점금액을 청구외 정○○의 기타소득으로 처분하여 원천세를 과세함은 부당하다는 청구 주장은 이유있다 할 것이다. 위 사실을 모두어 보면 쟁점주식의 평가와 관련하여 건물의 평가시 2 이상의 감정가액이 있어야 시가로 인정할 수 있는데 하나의 감정가액만 존재하므로 감정가액을 시가로 인정할 수 없어 건물을 과세시가표준액에 의하여 평가한 처분은 정당하며, 쟁점주식의 고가 매입 상당분(쟁점금액)은 양도소득을 구성하여 소득세가 과세되는 경우이므로 기타소득이 아닌 기타 사외유출로 처분함이 타당할 것이다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.