가공매입금액을 수정신고하였음에도 사외유출로 보아 대표자 상여처분한 것이 부당하다는 주장

○○세무서장이 청구법인에게 1999.01.25. 33,416,900원을 대표자 이○○의 상여로 소득금액변동통지하여 1999.02.09.결정고지한 1996년 과세연도 근로소득세 7,936,570원의 부과처분은,

1. 위 33,416,900원중 3,037,900원 만을 대표자 이○○의 상여로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구주장은 이를 기각한다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 전기ㆍ전자부품 제조업을 영위하고 있는 사업자로서, 처분청은 청구법인에 대한 1996 사업여도 법인세 서면분석시 가공매입금액 33,416,900원(부가가치세 포함금액, 이하 “쟁점가공매입금액”이라 한다)을 적출하여 1989.09.09. 법인세 서면분석 검토결과 안내에 의하여 법인세, 부가가치세 및 근로소득세를 수정신고 및 추가 자진납부하도록 통지하였으나, 청구법인이 법인세와 부가가치세만 수정신고ㆍ납부하고 근로소득세를 수정신고ㆍ납부하지 않자, 쟁점가공매입금액을 대표자 상여로 하여 1999.01.25. 소득금액변동통지하였으나, 청구법인이 수정신고ㆍ납부를 이행치 않아 1996년 과세연도 근로소득세 7,936,570원을 1999.02.09. 청구법인에게 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.04.06. 심사청구하였다.

1996 사업연도 가공매입이 있음을 1998 사업연도중에 발견하여 1998.09.23. 대표자로부터 쟁점가공매입금액을 회수하였고, 장부상 매출원가 계정에서 차감 및 부가가치세 매입세액 불공제하여 수정신고납부 기한내인 1998.09.24. 법인세 1,783,590원과 부가가치세 3,949,270원을 수정신고 추가납부하였는바, 쟁점상여처분금액에 대하여 손금불산입 상여로 소득처분함은 부당하므로 이 건 근로소득세 부과를 취소하여야 한다.

법인세 서면분석 검토결과 안내시 쟁점가공매입금액에 대하여 대표자 상여처분사항임을 안내하였으나 청구법인이 수정신고ㆍ납부하지 않았기에 법인세법 시행령 제94조 의 2 제1항의 규정에 의하여 결정고지한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 가공매입금액을 법인세 과세표준 및 세액 신고후 수정신고 기한내에 회수하고 수정신고하였음에도 이를 대표자에게 상여처분하여 근로소득세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제32조 【결정과 경정】 제5항에서는 “법인세의 과세표준을 신고하거나 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다.”라고 규정하고, 같은 법 시행령 제94조의2 【소득처분】 제1항에서 “법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다.”라고 규정하면서, 제1호에서 “익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 이익처분에 의한 상여ㆍ배당ㆍ기타소득ㆍ기타 사외유출로 처분한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다.”라고, 제2호에서 “익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 한다”라고 규정하고 있다. 같은 법 기본통칙 4-4-12...32 【매출누락액 등의 상여처분】에서 『각 사업연도의 소득금액 계산상 익금에 산입하는 매출누락액 등의 금액은 다음 각호에 게기하는 경우를 제외하고는 그 총액(부가가치세 등 간접세를 포함한다)을 대표자에 대한 상여로 처분한다.

1. 삭제(1997.04.01.)

3. 전 각호에 준하는 금액으로서 사실상 유출되지 아니하였음이 입증되는 금액』이라고 규정하고 있다. 같은 법 기본통칙 4-4-17의 2...32 【사외유출금액이 신고기한 이전에 회수된 경우의 소득처분】에서는 『사업연도 종료일이 경과한 후에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액이 발견되어 법 제26조의 신고기한(수정신고의 경우는 국세기본법 제45조 의 수정신고기한)이내에 동 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다.』라고 규정하고 있다. 국세기본법 제45조 【수정신고】 제1항에서 『과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.』라고 규정하고, 제1호에서 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때”를 열거하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 처분청은 청구법인에 대한 1996 사업연도 법인세 서면분석시 쟁점가공매입금액 33,416,900원을 적출하여 1998.09.09. 법인세 서면분석 검토결과 안내에 의하여 법인세, 부가가치세 및 근로소득세를 수정신고 및 추가 자진납부하도록 통지하였고, 청구법인이 법인세와 부가가치세만 수정신고ㆍ납부하고 근로소득세를 수정신고ㆍ납부하지 않자, 쟁점가공매입금액을 대표자 상여로 하여 1999.01.25. 소득금액변동통지하였으나, 청구법인이 수정신고ㆍ납부를 이행치 않아 1996년 과세연도 근로소득세 7,936,570원을 1999.02.09. 청구법인에게 결정고지하였음이 소득금액변동통지서 및 결정결의서 등에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 1998.09.23. 쟁점가공매입액중 부가가치세를 제외한 30,379,000원을 대표자로부터 회수하여 청구법인의 예금계좌에 입금하였고, 장부상 매출원가 계정에서 차감 및 부가가치세 매입세액 불공제하여 수정신고납부 기한내, 즉 처분청이 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전인 1998.09.24. 법인세 1,783,590원과 부가가치세 3,949,270원을 수정신고 추가납부하였음이 무통장 입금중, 장부, 수정신고서 등에 의하여 확인되며 이에 대해서는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 판단 (가) 각 사업연도의 소득금액 계산상 익금에 산입하는 매출누락 등의 금액으로서 사실상 유출되지 아니하였음이 입증되는 금액을 제외하고는 부가가치세를 포함한 총액을 대표자에 대한 상여로 처분하는 것(법인세법 기본통칙 4-4-12...32)이나, (나) 법인이 사업연도종료일이 경과한 후에 매출누락ㆍ가공경비 등 부당하게 사외에 유출된 금액을 발견하여 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 이내에 동 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 하는 것(법인세법 기본통칙 4-4-17의 2...32, 법인 46012-1089, 1997.04.18.등 다수)이고, (다) 국세기본법 제45조 의 수정신고기한은 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지이며, 그 결정의 시점은 납세고지서의 발송일이고(재경부 기법46101-50, 1998.02.10.), (라) 청구법인이 비록 처분청의 법인세 서면분석 검토결과 안내문에 의하여 수정신고를 하였다 하더라도 동 안내문의 통지는 “과세표준과 세액의 결정 또는 경정통지”가 아닌바, (마) 청구법인이 1998.09.23. 쟁점가공매입액중 부가가치세를 제외한 30,379,000원을 대표자로부터 회수하고 수정신고 기한내인 1998.09.24. 세무조정으로 익금에 산입하여 법인세 등을 수정신고 추가납부하였기에, 회수하지 않은 3,037,900원은 상여로 처분함이 타당하다고 할 것이나, 회수하여 적법하게 수정신고한 위 30,379,000원에 대해서는 그 소득처분을 사내유보로 함이 타당하다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.